西藏不同产区曲拉细菌群落结构的比较分析

为探究西藏不同产区传统发酵乳制品曲拉中细菌多样性及其微生物安全性,该研究通过Illumina MiSeq测序平台,对西藏拉萨(LS)、日喀则(RKZ)、山南(SN)、昌都(CD)、林芝(LZ)、那曲(NQ)和阿里(AL)共7个地区的曲拉样品细菌多样性及群落结构进行了系统分析。结果表明,曲拉具有高度的细菌多样性,并且不同地区的样品存在一定的共性和差异。在门的水平上,7个地区的优势菌均集中在厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),其相对丰度分别在(12.82±5.63)%^96.54±1.39%和(3.46±1.39)%^75.09±9.37%。相比门的种类,拉萨(LS)最多,为24个门,阿里(AL)最少,为2个门。在属的水平上,拉萨地区(LS)曲拉样品中的优势菌属为雷尔氏菌属(Ralstonia)、假单胞菌属(Pseudomonas)和苍白杆菌属(Ochrobactrum),其相对丰度分别为(17.25±7.05)%、(16.05±3.22)%和(9.52±3.19)%;其他6个产地的曲拉样品中优势菌属主要为乳球菌属(Lactococcus)和乳杆菌属(Lactobacillus),其相对丰度分别为(85.13±2.99)%^25.82±1.42%和(4.15±1.38)%^57.21±3.11%;而在属的种类上,LS最多,为409个属,AL最少,为15个属。聚类分析显示,不同曲拉样本的菌群与地理位置存在一定关系,同一个采样区的样本具有一定的聚类趋势,同时发现LZ、RKZ和CD可聚为一类,而其他4个地区的样品较为离散,且各自独立。     

应用Illumina MiSeq测序技术比较传统发酵乳、肉食品中细菌多样性

为全面了解内蒙古特色发酵食品中细菌微生物多样性,比较不同发酵食品的细菌群落结构。运用高通量测序技术,对发酵乳制品(饼状奶酪、棒状奶酪及奶豆腐)和发酵肉制品(发酵香肠、风干羊肉和风干牛肉)中细菌群落组成和多样性进行分析。本研究中共获得194568条有效序列,237个OTU。菌群多样性分析表明:发酵肉制品中菌群Shannon指数较高于发酵乳制品,乳肉制品之间的菌群组成差异较大。发酵乳制品中主要以厚壁菌门为主,而发酵肉制品则以厚壁菌门和变形菌门为主;在属水平上,发酵乳制品的优势菌属为乳杆菌属,而发酵肉制品中的优势菌属为假单胞菌属,次优势菌属为乳杆菌属。在种水平上,由于未检测到的菌群含量较高,所以不能确定乳、肉制品优势菌种,而在发酵乳、肉食品中可检测到的菌群中清酒乳杆菌含量较高。通过16s预测功能分析,发酵乳、肉食品中的绝大部分细菌与转运代谢有关,如脂肪代谢、氨基酸代谢等功能。     

基于高通量测序技术分析广味香肠中细菌群落结构和演替规律

以广味香肠为对象,采用高通量测序技术研究广味香肠自然发酵过程中细菌群落结构和演替规律,结果表明:广味香肠发酵过程中,在门的水平主要有厚壁菌门、变形杆菌门、拟杆菌门、放线菌门,优势菌门厚壁菌门随发酵时间先增后减,第20天时,厚壁菌门占比达95.4%;在属的水平上,主要有弧菌属、乳酸杆菌属、魏斯氏菌属、不动杆菌属、环丝菌属、肠杆菌属、耶尔森氏菌属,优势菌属乳酸杆菌属随发酵时间先增后减,第20天时,乳酸杆菌属占比达84.61%,优势菌属乳酸杆菌属不仅影响细菌菌群结构的变化,而且影响风味物质等的生成。通过对广味香肠发酵过程中细菌群落结构和演替规律的研究,以期找到其优势菌群,并控制有害微生物的增长,减少有害物质的生成。     

西藏地区青稞酒曲微生物群落结构及多样性分析

为分析西藏地区青稞酒曲中微生物群落结构组成差异,基于高通量测序技术对西藏7个地区青稞酒曲中的微生物群落结构组成及多样性进行分析。结果表明,青稞酒曲中富含丰富的微生物类群,且细菌多于真菌;那曲(NQ)样品细菌多样性最高,昌都(CD)样品真菌多样性最高;青稞酒曲中的优势细菌菌群为乳酸杆菌属、明串珠菌属和魏斯氏菌属,优势真菌菌群为根霉菌属和曲霉菌属,不同地区青稞酒曲中优势微生物类群存在一定的共性和差异性。主成分分析表明,NQ、阿里(AL)、日喀则(RKZ)和山南(SN)样品间细菌群落结构相似,CD、林芝(LZ)和拉萨(LS)样品间细菌群落结构相似;AL、NQ、LS、LZ和SN样品中的真菌群落聚为一类,而CD和RKZ各聚为一类。LEfSe差异判别分析表明,不同地区青稞酒曲中均有各自的标志性细菌类群,真菌菌群除SN样品外,其它地区均有标志性真菌类群。结论:西藏不同地区青稞酒曲中的微生物群落结构组成存在明显差异。本研究为进一步开发利用益生微生物类群和复合型酒曲的制备提供了理论依据。     

传统固态发酵鱼中细菌群落多样性与品质特征分析

为探讨固态发酵鱼中细菌群落多样性与品质的关系,采用Hi Seq测序平台,对4个不同工艺的传统发酵鱼中细菌16S DNA V4区进行测序和系统发育分析,并结合传统微生物培养计数法、感官评定和气相色谱-质谱法分析等手段来揭示样品中细菌数量和结构组成与品质相关性。结果表明:样品获得序列数平均为59 250条,操作分类单元数目分别为zy A2:1 053、zy A5:392、zy B:428、zy C:498。4 个样品中总体细菌组成较为复杂,含有11 个门、30多个属,厚壁菌门占绝对优势,约占总细菌的66.25%~97.40%,其次是变形菌门、拟杆菌门,主要优势菌属为葡萄球菌、肠球菌属(乳酸球菌)、乳杆菌属、魏斯氏菌属。与传统方法相比较,Mi Seq测序提供的微生物多样信息更接近于样品微生态,并发现各样品之间的菌属丰度存在一定的差异性,其菌群组成与工艺密切相关,菌群的种类和数量影响产品的色泽和风味;另外,样品中也检出少量有潜在危害的假单胞菌属、黄杆菌属、棒状杆菌属、冷杆菌属等腐败菌和条件致病菌。因此,在现有的生产模式下需要严格控制加工条件,避免食品安全隐患的发生。     

基于Miseq测序技术分析高脂膳食对不同性别SD大鼠盲肠菌群的影响

为研究高脂膳食对不同性别大鼠盲肠菌群的影响,采用Illumina Miseq测序技术分析普通膳食和高脂膳食Sprague-Dawlay大鼠盲肠菌群的变化。结果表明,高脂膳食后雌、雄大鼠肾周脂肪质量和脂肪系数显著性增加(P0.05)。在门分类水平上,厚壁菌门和拟杆菌门在所有样本中总相对丰度82%,且雌性大鼠盲肠中厚壁菌门相对丰度高于雄性大鼠。高脂膳食后雌、雄大鼠厚壁菌门相对丰度均降低,拟杆菌门均升高。在属分类水平上,高脂膳食后雌、雄大鼠盲肠中普氏菌属、未分类瘤胃菌科、Blautia、拟杆菌属和未分类紫单胞菌科的相对丰度均降低,分类位置未定的属和Alloprevotella的相对丰度均升高。雌性大鼠盲肠中未分类普氏菌科、考拉杆菌属和未分类毛螺菌科的相对丰度降低,而雄性大鼠盲肠中上述3属菌相对丰度升高。高脂膳食对雌、雄大鼠肠道菌群的影响存在一定差异,研究结果对于探讨不同性别大鼠盲肠菌群参与脂质代谢的机理研究具有一定参考价值。     

基于高通量测序对不同散装宜宾芽菜的细菌群落结构分析

以宜宾芽菜为研究对象,采用高通量测序技术研究不同的成品散装宜宾芽菜的细菌群落结构差异性。结果表明,在门的水平上对芽菜中的细菌菌群结构进行分析,发现厚壁菌门(Firmicutes)是3种芽菜的优势菌门;在属水平上对芽菜中细菌菌群结构进行分析,发现乳酸杆菌属(Lactobacillus spp.)是3种芽菜中的优势菌属。此外,假单胞菌属(Pseudomonas spp.)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter spp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus spp.)等腐败致病菌在芽菜中被检测出。结果表明,不同的成品散装芽菜之间细菌菌群结构存在差异性,并且传统工艺下生产的芽菜存在食用安全的隐患。     

西藏青稞酒酿造小曲微生物多样性分析

该研究利用高通量测序技术分别对西藏自治区五个地区的青稞酒酒曲样品的微生物组成和差异性进行分析。 结果表明, 21种酒曲样品中共检测出真菌140种、69个属,细菌967种、309个属,其中,昌都、山南、拉萨曲水县和林芝地区青稞酒酒曲微生物种 类相对丰富,日喀则地区青稞酒酒曲微生物种类相对较少。 西藏五个地区青稞酒酒曲样品的共有优势真菌菌属为覆膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、根霉属（Rhizopus）和毛霉属（Mucor）,优势细菌菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）和明串珠菌属（Leuconostoc）。 西藏不同地区青稞酒酒曲样品微生物均存在一定差异。     

菠萝蜜多糖对小鼠肠道菌群的调节作用

为探究菠萝蜜多糖（JFP-Ps）对小鼠肠道菌群多样性及其结构的影响,将24只雄性昆明小鼠随机分为四组:对照组、JFP-Ps（50 mg/kg BW）组、JFP-Ps（100 mg/kg BW）组和JFP-Ps（200 mg/kg BW）组,连续灌喂2周后,收集新鲜小鼠粪便,提取粪便DNA扩增肠道菌群16S rRNA基因的V3~V4区,通过Illumina高通量测序技术研究菠萝蜜多糖对小鼠肠道菌群的调节作用。结果表明,JFP-Ps可通过调节拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）等肠道优势菌群的组成和结构,增加肠道菌群的多样性。通过属水平分析发现,JFP-Ps可增加拟杆菌属（Bacteroides）、异杆菌属（Allobaculum）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）和副拟杆菌（Parabacteroides）等产SCFAs菌属的丰度,减少普雷沃菌属（Prevotella）等菌属丰度,发挥肠道微生物调节作用,改善宿主肠道微生态健康,研究结果为JFP-Ps在肠道益生产品的研发应用奠定理论基础。     

基于Illumina MiSeq高通量测序分析清香型白酒酒糟微生物群落多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对清香型白酒酒糟中微生物多样性进行研究。结果表明,酒糟样品中细菌菌群的丰富度与多样性均大于真菌,细菌菌群归属于10个门、18个纲、31个目、66个科、86个属、124个种,真菌菌群归属于5个门、11个纲、20个目、33个科、49个属、66个种。优势细菌门（相对丰度≥1.0%）为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势细菌属为根瘤菌属（Rhizobium）、拉乌尔菌属（Raoultella）、谷氨酸杆菌属（Glutamicibacter）、红球菌属（Rhodococcus）、短波单胞菌属（Brevundimonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单孢菌属（Pseudomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、Devosia、嗜盐单胞菌属（Halomonas）、未分类-鼠杆菌属（unclassified-Muribaculaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）;优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）、毛霉门（Mucoromycota）及担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属为孢圆酵母属（Torulaspora）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、横梗霉属（Lichtheimia）、根霉属（Rhizopus）、曲霉属（Aspergillus）、酵母属（Saccharomyces）。     

应用Illumina MiSeq测序技术比较风干肉中细菌多样性和微生物安全性

为了解风干肉制品中细菌的多样性及其微生物的安全性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析风干肉制品中细菌16S rRNA V4区基因序列,进而比较不同风干肉微生物的群落结构组成及多样性差异。结果显示,14 个样品共获得466 975 条有效序列,975 个操作分类单元。多样性分析表明,自然发酵风干肉中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,自然发酵样品中厚壁菌门（Firmicutes,39%）、变形菌门（Proteobacteria,40%）、拟杆菌门（Bacteroidetes,14%）为优势菌门,所占比例都超过了10%,人工调控样品中Firmicutes（92%）为优势菌门。在自然发酵和人工调控肉制品中分别鉴定出241 个和102 个细菌属,细菌多样性在属的水平上差异显著（P＜0.05）。研究结果加深了对风干肉细菌群落组成和多样性的认识,为保证风干肉制品的质量安全、提高风干肉制品的品质、优化风干肉的生产工艺提供理论依据。     

西藏4地市糌粑中重金属含量分析与污染评价

通过调查西藏4地市（山南市、日喀则市、林芝市、拉萨市）不同磨制方式生产的糌粑中重金属砷（As）、镉（Cd）、铬（Cr）、铅（Pb）、汞（Hg）含量,并开展污染情况全面分析评价,以提高西藏各地市糌粑的质量安全水平,为加强质量安全监管提供可靠的数据支持。从西藏4地市分别采集不同模式生产的糌粑样品101个,使用电感耦合等离子体质谱法对糌粑样品中5种重金属进行检测分析与质量安全评价。101个糌粑样品中,按照糌粑质量分级标准综合污染指数进行评价,不同磨制方式生产糌粑中应用单因子污染指数、综合污染指数评价结果显示,电磨和水磨糌粑中的重金属As 、Cd 、Cr、Pb、Hg污染等级均属于安全。不同地市生产糌粑中单因子污染指数及综合污染指数评价结果显示,山南市糌粑中的重金属Pb污染等级属基本清洁,As 、Cd 、Cr、Hg污染等级均属安全;日喀则市糌粑中的重金属As污染等级属基本清洁,Cd 、Cr、Pb、Hg污染等级均属安全;林芝市糌粑中的重金属Pb污染等级属基本清洁,As 、Cd 、Cr、Hg污染等级均属安全;拉萨市糌粑中的重金属Pb、As 、Cd 、Cr、Hg污染等级均属安全;根据Nemerow综合污染等级评价4地市中的其他重金属综合污染指数等级均是安全。因此,西藏4地市糌粑中的重金属As 、Cd、Cr、Pb、Hg综合污染指数等级均是安全。     

高通量测序技术对西藏林芝传统发酵酸奶及酪乳细菌多样性研究

随着我国各方面重大活动的日益增多,重大活动中餐饮安全日益得到重视,食品相关产品是食品安全非常重要的一环。其中密胺类食品相关产品风险、肉制品及加工设备风险、餐具洗消风险和油烟风险等四方面应该着重注意。重大活动中,监管部门应加大对密胺餐具的管控,加强密胺类餐饮厨具管理。重大活动中肉制品生产加工过程中应关注加工设备清洁,避免食源性食品中毒事件发生。重大活动餐饮具洗消过程中,除常规消毒外,还应注意水资源检测与洗涤剂残留。重大活动的厨房油烟机应规范清洗标准、使用寿命标准,规范操作人员着装,油烟无法有效吸收时应立即更换或停止使用。     

基于高通量测序技术分析青藏高原牦牛和犏牛乳中微生物多样性的研究

为探究牦牛和犏牛生鲜乳中微生物的组成和多样性,采用高通量测序技术分析两种生鲜乳的16S rDNA V4区域,并进行生物信息学对比分析。结果显示:97%的一致性共得到5516个OTUs,微生物门水平的比较表明变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）及放线菌门（Actinobacteria）为牦牛乳和犏牛乳共同的优势菌门,牦牛乳三种微生物的相对丰度分别为29.80%、35.99%及8.41%,犏牛乳为45.36%、25.79%及7.39%;在属水平上,牦牛乳的优势菌属为未分类的蓝藻细菌属（unidentified-Cyanobacteria）,相对丰度为9.32%,犏牛乳的优势菌属为慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）,所占比例为11.53%;在种水平上,埃尔坎尼中慢生根瘤菌种（Bradyrhizobium elkanii）和Kosakonia oryzae为牦牛乳和犏牛乳中共有的优势菌种,两种菌种在牦牛乳中分别占比2.42%、3.36%,在犏牛乳中分别占比11.53%、5.53%;Alpha多样性分析表明不同牛乳丰度估计值存在显著差异（P<0.05）,且犏牛乳的丰富度及多样性较高。     

高通量测序分析比较不同保存温度下牦牛酸奶细菌多样性

为了比较甘南牧区不同保存温度下牦牛酸奶细菌群落结构和多样性,采用Illumina NovaSeq高通量测序技术,对4种不同保存温度下甘南牧区牦牛酸奶细菌的16S rRNA V3-V4区基因序列进行测序,并对测序结果进行操作分类单元（OTU）聚类、α多样性和β多样性等分析。结果表明,4种不同保存温度下甘南牧区牦牛酸奶细菌多样性无显著差异（P＞0.05）,各分类水平细菌群落组成基本相同,仅组成比例存在一定差异。优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,其平均相对丰度分别＞75.87%、7.20%和3.52%,优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）和链球菌属（Streptococcus）,其平均相对丰度分别＞61.82%和11.88%。     

应用Illumina Miseq测序分析川西高原传统牦牛发酵酸奶中细菌多样性

为探究传统发酵牦牛酸奶中细菌群落结构的多样性,本文采用Illumina Miseq高通量测序对川西高原不同地区的传统自然发酵牦牛酸奶样品进行细菌群落结构分析。结果表明,测序样品数8个,共获得375236条优化序列,平均每个样品46905条,共有88条不同的OTU;样品GC的α-多样性指数最佳,细菌群落多样性最高且分布均匀;巴塘县的两个样品相对其它县占仅有的OTU数最多,为31;8个样品在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),占总样本数量的98.33%~99.96%;在属水平上,主要细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)、巨型球菌属(Macrococcus)和魏斯氏菌属(Weissella),乳杆菌属(Lactobacillus)是所有样品的优势菌属,相对丰度占比69.31%~99.92%;根据样品的Heatmap和PCoA分析8份样品在属水平和种水平上的群落结构相似,具有细微的差异,不同地区的牦牛酸奶中的群落结构具有差异性和相似性。本研究结果为川西高原传统发酵牦牛酸奶微生物资源开发应用提供了理论依据。     

新疆哈萨克族传统风干肉中真菌多样性分析

为明确新疆哈萨克族传统风干肉中真菌结构组成,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对新疆传统风干肉样品中真菌内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS1)基因序列进行分析,比较新疆北疆地区不同来源风干肉中真菌群落结构组成,并对其进行差异性分析。结果表明,4个组26份样品共获得了1 936 392对有效的基因序列条带,371个运算分类单位(operational taxonomic unit,OTU),其中4组共有的OTU数目为84个,26份样品中共有的OTU数目仅为13个。真菌属水平检测结果表明,假丝酵母属(Candida) 30. 09%、Mrakia 16. 26%、德巴利酵母属(Debaryomyces) 11. 14%、球腔菌属(Mycosphaere) 6. 37%、青霉属(Penicillium) 4. 23%、曲霉属(Aspergillus) 2. 39%、Mrakiella 2. 88%、Naganishia 1. 71%和维希尼克氏酵母(Vishniacozyma) 1. 55%为优势菌群。新疆传统风干肉中真菌菌群具有丰富的多样性,且大部分菌群对肉的发酵起到积极作用,高通量测序技术能够很好地对传统风干肉中真菌多样性监测。