基于网络药理学和分子对接技术研究乌梅改善消化不良的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接法,研究乌梅改善消化不良的分子作用机制。方法 利用TCMSP数据库挖掘乌梅潜在活性成分,通过Sea和STP数据库预测相关作用靶点;通过DisGeNET、OMIM和GeneCards 数据库筛选消化不良的相关疾病靶点;通过Venny在线平台映射筛选成分与疾病的交集靶点,使用String数据库进行蛋白质-蛋白质互作分析,通过cytoscape分析连通度、节点紧密度和介数筛选关键靶点,并利用DisGeNET数据库分析靶点类型;使用Auto dock相关软件对关键靶点与对应成分进行分子对接;采用DAVID数据库对乌梅改善消化不良的潜在作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果 筛选出乌梅11个潜在活性成分及其182个作用靶点,与消化不良相关的789个疾病靶点取交集,得到50个潜在作用靶点,包含SRC, EGFR, AKT1, PIK3R1等关键靶点;GO富集分析显示与生物过程相关的条目145个,与分子功能有关的条目51个,与细胞组分相关的条目有22个;KEGG通路分析显示与75条通路相关,涉及癌症中的蛋白多糖、催乳素信号通路、癌症通路、雌激素信号通路、PI3K-Akt 信号通路、Rap1 信号通路等信号通路;分子对接结果显示活性成分与关键靶点具有较好的结合活性。结论 乌梅改善消化不良作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,可为其应用研究提供科学依据和参考。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨辣木叶抗肥胖的作用机制

目的：本研究基于网络药理学和分子对接技术预测和验证辣木叶活性成分抗肥胖的分子靶点和途径,探索辣木叶活性成分的抗肥胖作用及潜在机制。方法：利用PubChem、DisGeNET数据库和SwissADME、Swiss Target Prediction在线预测平台获取辣木叶活性成分靶点和肥胖相关靶点;利用Venny 2.0.1平台对活性成分靶点和肥胖相关靶点取交集,筛选出关键靶点,并利用STRING 11.0数据库进行PPI网络的核心靶点分析;采用Cytoscape3.8.2软件,构建“成分-靶点”相互作用网络,筛选出核心活性成分;基于David数据库进行GO功能富集和KEGG通路分析;最后,运用Auto Dock 4.2软件对通路富集靶点与核心成分进行分子对接。结果：筛选出辣木叶活性成分50个,共确定了126个辣木叶抗肥胖的核心靶点,其中主要活性成分为鼠李黄素、胆甾-5烯-3醇、杨梅素、木犀草素等。GO及KEGG分析结果显示,辣木叶活性成分通过RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、信号传导、基因表达的正调控、蛋白质磷酸化及凋亡表达的负调控等生物过程,通过HIF-1、胰岛素抵抗、二型糖尿病、胰岛...     

核桃仁预防动脉硬化性心血管疾病的网络药理学分析

采用网络药理学与分子对接方法探讨核桃仁中活性成分预防动脉硬化性心血管疾病（ASCVD）的作用机制。通过TCMSP筛选得到34种核桃仁主要活性成分,并利用SwissTargetPrediction数据库预测其潜在靶点,用Genecards、OMIM及DRUGBANK数据库筛选ASCVD相关靶点。利用STRING数据库以及Cytoscape软件建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络图提取核心靶点。运用Metascape数据库对潜在靶点进行GO富集及KEGG通路分析。富集分析发现,核桃仁可调节PPAR信号通路、粘附连接、血小板活化、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥作用。通过分子对接技术验证了关键成分（槲皮素、杨梅素、鞣花酸、山萘酚）与核心靶标（AKT1、EGFR、SRC、CCND1、ERBB2）具有较好的结合活性。结果表明,核桃仁可能通过调控细胞增殖与炎症反应参与发挥延缓ASCVD的作用。     

基于网络药理学与动物实验探究肉苁蓉总苷对炎症性肠病的作用机制

目的：通过网络药理学及动物实验研究，探讨肉苁蓉总苷对炎症性肠病（IBD）的潜在作用机制。方法：应用Pubchem数据库及文献收集肉苁蓉总苷中7种主要活性成分的三维结构。通过PharmMapper,UniProt,GeneCards等数据库获取活性成分相关靶点与IBD相关的基因靶点信息。再将肉苁蓉活性成分靶点和IBD的靶点绘制韦恩图，得到交集靶点，并将交集靶点上传到String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）筛选分析。使用DAVID数据库将肉苁蓉总苷活性成分对IBD发挥保护作用的靶点进行基因本体（GO）功能富集、京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，采用Cytoscape3.8.0软件构建“活性成分-靶点-通路网络”，预测肉苁蓉总苷治疗IBD的作用靶点与途径，并构建IBD小鼠模型进一步验证。结果：肉苁蓉总苷活性成分对IBD具有防护作用的靶点有254个，PPI分析筛选出核心靶点30个。GO功能富集和KEGG通路富集发现肉苁蓉总苷可能主要通过调控癌症通路、mTOR通路、TGF-β通路、JAK-STAT通路、AMPK通路等，进而影响细胞信号传导、增殖、分化、凋亡来发挥作用...     

基于网络药理学和分子对接技术预测山楂治疗冠心病潜在分子机制

通过网络药理学和分子对接技术探究山楂治疗冠心病的活性成分及作用机制,借助TCMSP、Gene Cards、OMIM等数据库搜集靶点信息,通过STRING数据库构建PPI网络图,对共同靶点进行GO、KEGG通路富集分析,最后将活性成分与核心靶点进行分子对接,初步验证网络药理学结果。共筛选出6个山楂活性成分（谷甾醇、山萘酚、豆甾醇、槲皮素、表儿茶素、异鼠李素）,10个山楂治疗冠心病核心靶点（JUN、AKT1、TNF、MAPK1、TP53、RELA、IL6、MAPK8、MAPK14、EGFR）。KEGG通路富集结果显示,山楂防治冠心病通路涉及癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、乙肝、MAPK信号通路等。分子对接结果显示,槲皮素、异鼠李素和山萘酚均与核心靶点的结合性较好,推测这些成分可能为治疗冠心病的主要活性成分。山楂可能通过多成分（异鼠李素、山萘酚、槲皮素）作用于MAPK8、MAPK1、RELA等关键靶点,调节MAPK等多条信号通路来治疗冠心病,初步揭示山楂治疗冠心病的潜在作用机制。     

基于网络药理学的葡萄籽油抗癌和抗肿瘤功能成分及机制研究

通过文献检索和TCMSP 数据库获取葡萄籽油主要活性成分信息及相应的靶蛋白,通过Genecards、OMIM 数据库筛选出癌症和肿瘤相关靶点,借助Venn 在线平台获取药物与疾病的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2软件构建“活性成分-疾病靶点”网络图。使用String 数据库绘制蛋白互作 （PPI）网络,利用David 数据库对关键靶点进行基因本体（Gene Ontology,GO）功能富集及KEGG信号通路分析。研究基于网络药理学方法探讨葡萄籽油抗癌和抗肿瘤的功能成分及作用机制。结果显示,共筛选出葡萄籽油活性成分15种,获得靶点236个,从疾病数据库获得癌症和肿瘤相关靶点686个,通过Venn图获得药物与疾病共同靶点93个,PPI网络分析表明葡萄籽油抗癌和抗肿瘤的关键靶点依次为信号转导子、转录激活子3、丝裂原激活的蛋白激酶1、丝裂原激活的蛋白激酶3、细胞肿瘤抗原p53等。GO功能分析获得P < 0.05的生物学过程477条,主要参与调控酶结合、蛋白质结合、转录因子结合、蛋白质异二聚活性、转录调控区DNA结合等生物学功能。KEGG通路富集分析获得P < 0.05的通路113条,涉及NOD样受体信号通路、MAPK信号通路、p53信号通路、ErbB信号通路、mTOR信号通路、VEGF信号通路、Wnt信号通路等经典信号通路。研究预测葡萄籽油抗癌和抗肿瘤的功能成分及作用靶点、生物学过程与富集通路,揭示其作用机制,为葡萄籽油抗癌作用的进一步研究提供参考。     

基于网络药理学探讨杜仲叶的营养价值与作用机制

目的：基于网络药理学分析方法,对杜仲叶的营养价值与作用机制进行初步的探讨预测分析。方法：通过TCMSP数据库,收集杜仲叶化合物和对应的潜在靶点。基于STRING数据库、DAVID数据库和KEGG Pathway数据库分别进行蛋白相互作用关系分析、基因功能富集分析及信号通路分析,利用Cytoscape软件,构建“化合物-靶点-通路”网络,找出潜在的重要化合物,并对其作用机制进行探讨。结果：筛选得到槲皮素、山奈酚、芦丁、桃叶珊瑚苷、牻牛儿醇等5个重要的活性营养成分,10个潜在关键靶点;KEGG通路富集分析显示,杜仲叶可能是通过肿瘤通路、脂质与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、膀胱癌信号通路等多个代谢途径发挥其营养功能。结论：运用网络药理学的研究方法,有助于杜仲叶潜在关键靶点及信号通路的筛选确认,为系统阐述其作用机制提供了数据支持和科学依据。     

基于网络药理学研究核桃粕的降脂机理（网络首发、推荐阅读）

基于网络药理学方法探究核桃粕降脂的作用机理。通过TCMSP数据库和文献挖掘获得核桃粕的活性成分及相应潜在靶点;使用GeneCards等数据库进行高脂血症（HLP）相关基因预测和筛选;采用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物–活性成分–疾病–靶点”网络以形成核桃粕防治HLP的成分及靶点相互作用关系,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果表明,筛选获得14种核桃粕活性成分,其中7种成分具有HLP相关靶点59个,HAS2、NCOA2、ESR1、CAT、AR、VEGFA和POR可能是HLP的关键靶点,主要信号通路为HIF-1信号通路、TNF信号通路、南美锥虫病、疟疾信号通路。核桃粕通过多成分、多靶点、多途径防治HLP,其中作用靶点最多的成分为槲皮素、芦丁、儿茶素、芥子酸和鞣花酸;受最多化合物作用的靶点为透明质酸合酶2、核受体辅活化因子2、雌激素受体、过氧化氢酶、雄激素受体、血管内皮生长因子A和NHLPPH-细胞色素P450还原酶。     

基于网络药理学与分子对接技术探究逍遥丸治疗乳腺增生的作用机制（网络首发、推荐阅读）

用网络药理学方法进行逍遥丸治疗乳腺增生过程的机制研究.通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)进行逍遥丸活性成分的搜集和筛选,将纳入的化合物成分通过TCMSP数据库进行成分的靶点预测;在GeneCards数据库,NCBI基因数据库以及OMIM数据库进行乳腺增生疾病靶点筛选;取药物靶点和疾病靶点作韦恩图,并利用共有靶点在String数据库中作PPI网络图,利用拓扑分析和MCODE聚类分析筛选核心靶点和核心基因;在cytoscape 3.8.0软件中进行关键活性成分的筛选;关键靶点使用String数据库进行GO分析和KEGG分析,将相关结果导入Cytoscape3.8.0绘制成分—疾病—通路—靶点网络图.结果表明,筛选得到逍遥丸各药活性成分及靶点,其中与乳腺增生相关的有169个靶点.STAT3、AKT1、MAPK1、JUN、MAPK3等20个靶点为该药治疗乳腺增生的关键靶点,HTR2A、IL2、TOP2A、PCNA、MMP1为该药治疗乳腺增生的核心基因.槲皮素(quercetin)、山奈酚(kaempferol)、叶黄素(luteolin)、柚皮素(naringenin)、甘草酮a(licochalcone a)、7-甲氧基-2-甲基异黄酮(7-Methoxy-2-methyl isoflavone)、芒柄花素(formononetin)、醋栗素(acacetin)等可能是逍遥丸治疗乳腺增生发挥作用的主要活性成分.GO富集分析总共富集到2328条生物过程,160项分子功能相关,47项细胞组成相关.通路富集分析显示与166条通路相关,涉及AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、TH17细胞分化、流体剪切应力与动脉粥样硬化等信号通路.分子对接验证结果说明关键活性成分与核心靶点均对接良好.     

基于网络药理学和分子对接探讨紫苏籽抗癌抗肿瘤的分子机制

采用网络药理学和分子对接的方法对紫苏籽成分、靶点、通路与癌症肿瘤的治疗进行系统研究。借助TCMSP、Genecards、Uniprot数据库收集紫苏籽成分、靶点以及癌症和肿瘤的靶点,使用Cytoscape软件构建紫苏籽成分、靶点与癌症肿瘤之间的网络图;通过STRING数据库进行蛋白互作网络分析,并借助DAVID平台进行GO功能和KEGG富集,采用Auto Dock将紫苏籽的活性成分和抗癌抗肿瘤靶点进行分子对接。结果表明：共筛选出紫苏籽抗癌抗肿瘤作用的靶点72个,对应17种有效成分。KEGG信号通路涉及的癌种包括膀胱癌、甲状腺癌、胰腺癌等。分子对接结果显示木犀草素和TP53对接活性最好。结论：该研究通过构建紫苏籽成分—靶点—疾病网络,挖掘紫苏籽抗癌抗肿瘤的关键靶点,并模拟靶点蛋白和活性成分的分子对接,为紫苏籽在临床应用及机制研究等方面提供了方向和思路。     

基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制.方法:通过色谱-质谱联用得到刺老苞药材的化学成分信息,然后利用Stitch数据库预测其作用的靶点.应用GeneCards等数据库获取与骨质疏松症相关的疾病靶点.通过去异存同得出两者之间的交集靶点,对交集靶点进行基因本体注释(GO)及通路富集分析(KEGG...     

驼乳乳铁蛋白DPP-IV抑制肽的筛选验证及其防治糖尿病潜在作用机制探究

目的:结合生物信息学,从驼乳乳铁蛋白（Lactoferrin,LF）中筛选DPP-IV（Dipeptidyl peptidase IV,DPP-IV）抑制肽,并利用网络药理学探讨筛选肽段对糖尿病的潜在作用机制。方法:利用BIOPEP网站模拟酶切LF序列产生多条肽段,结合多肽数据库及分子对接筛选潜在的DPP-IV抑制肽,选择其中四条进行人工合成,验证其DPP-IV抑制活性,通过分子对接分析肽段与DPP-IV分子间相互作用方式,Lineweaver-Burk方法分析肽段抑制模式。选择抑制作用较强的GPQY进行网络药理学分析,预测其对糖尿病的潜在作用机制。采用Swiss Target Prediction和GeneCards数据库挖掘GPQY及糖尿病的作用靶点,String数据库获取蛋白与蛋白互作关系,Cytoscape 3.9.0软件构建PPI网络,DAVID数据库对靶点进行GO与KEGG通路富集分析。结果:筛选验证获得2条DPP-IV抑制GPQY和EACAF,其半抑制浓度（IC₅₀）值分别为348.27±16.11和1024.89±19.67 μmol/L,抑制模式分析表明GPQY为竞争性抑制,EACAF为混合型抑制。分子对接结果显示两条肽段通过氢键、疏水作用和静电作用与DPP-IV结合。由PPI网络筛选到GPQY有STAT3、MMP9、SRC、MAPK1等25个核心作用靶点,KEGG通路富集显示GPQY防治糖尿病通路涉及IL-17信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、肾素-血管紧张素系统、细胞凋亡等。 结论:驼乳LF是DPP-IV抑制肽的良好来源,由其获得的四肽GPQY可通过多靶点、多通路参与炎症反应,影响细胞增殖分化等多方面防治糖尿病及其并发症。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨绞股蓝防治肥胖的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术揭示绞股蓝防治肥胖的物质基础及潜在作用机制.方法:使用TCMSP数据库结合文献补充筛选绞股蓝活性成分;使用Pubchem、Swiss target prediction数据库收集绞股蓝活性成分作用靶点;使用GeneCards、OMIM、DurgBank数据库荻取肥胖疾病靶点.取绞股蓝作...     

药食资源山楂果防治2型糖尿病成分与作用靶点分析研究

目的 探究山楂果降血糖作用靶点及潜在的分子机制。方法 利用中药综合数据库(traditional Chinese medicines integrated database, TCMID)及中医药百科全书数据库(the encyclopedia of traditional Chinese medicine, ETCM)并结合文献报道获得山楂果活性成分, 通过Swiss Target Prediction数据库预测其作用靶点。使用GeneCards及在线孟德尔人类遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)获取2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus, T2DM)相关靶点, 与山楂果预测靶点取交集即为山楂果防治T2DM的治疗靶点。将交集靶点导入STRING数据库及Cytoscape 3.7.2进行蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)、药物-靶点-疾病网络可视化, 并通过DAVID数据库平台进行基因本体(gene ontology, GO)功能分析及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析。结果 山楂果有效活性成分为12种, 其中槲皮素、熊果酸等作用较为重要, 对应157个靶基因与T2DM相关。PPI及文献检索结果显示磷脂酰肌醇-3激酶调节亚基1 (phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, PIK3R1)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (RAC-alpha serine/threonine-protein kinase, AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3、8、14 (mitogen-activated protein kinase 3、8、14, MAPK3、MAPK8、MAPK14)等可能是山楂果防治T2DM的重要作用靶点。KEGG通路富集分析主要涉及磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B (PI3K/Akt)信号通路、叉头状转录因子O亚家族蛋白(FoxO)信号通路、催乳素(prolactin)信号通路等。结论 山楂果能多成分、多靶点、多途径的防治T2DM, 对其引起的胰岛素水平失调、炎症反应、免疫功能及糖脂代谢紊乱发挥关键的调节作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖症的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接探讨“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖病的作用机制。方法首先利用(中药系统药理学数据库与分析平台)TCMSP数据库,对黄芪、黄连的活性成分进行挖掘。利用UniProt数据库对靶点进行校正。再以儿童肥胖病(childhood obesity)为查找条件,通过Gene Cards、OMIO数据库筛选儿童肥胖病的相关靶点,并与“黄芪-黄连”药对的作用靶点进行选取交集处理,得到该药对治疗儿童肥胖病的有效靶点。利用String数据库对上述靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络预测,之后利用Bioconductor数据库进行GO和KEGG富集分析,最后利用AutoDock软件对度值较高的药物成分和核心靶点进行分子对接验证。结果共筛选出“黄芪-黄连”药对67个药物活性成分及95个治疗儿童肥胖病的靶点。通过PPI网络分析,“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖病可能与MAPK8、EGFR、IL6、ESR1、VEGFA、CCND1、AR、MYC、CASP3、PPARG等蛋白靶点有关。GO功能富集分析显示“黄芪-黄连”药对的主要功能为蛋白质异源二聚化、近端启动子序列特异性DNA结合、RNA聚合酶Ⅱ近端启动子序列特异性DNA结合、染色质结合、泛素样蛋白连接酶结合等;KEGG通路分析涉及的主要通路为PI3K/Akt、MAPK信号通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒、人巨细胞病毒感染等。分子对接表明“黄芪-黄连”药对的主要活性成分与疾病的核心靶点有较稳定的结合活性。结论“黄芪-黄连”药对可直接或间接作用于PI3K/Akt通路,主要通过调节细胞分裂、抑制炎症等治疗儿童肥胖症。     

基于网络药理学探讨桦褐孔菌降血糖功效成分及作用机制

目的:本研究基于网络药理学和分子对接技术探究桦褐孔菌降血糖功效成分及作用机制研究。方法:通过文献大数据挖掘获取桦褐孔菌主要成分，利用OMIM、DisGeNET和GAD数据库收集降血糖相关基因，Cytoscpe软件构建桦褐孔菌成分-靶点相互关系网络。主要靶点通过DAVID数据库进行GO和KEGG富集，并对KEGG信号通路进行可视化。最后，采用PyRx软件对成分与核心靶点进行分子对接。结果:筛选得到25, 26-二羟维生素D、桦褐孔菌酸，栓菌酸和桦褐孔菌醇烷D等19种成分为桦褐孔菌降血糖的功效成分，作用于AKT1、AGTR1、ADRA2B和HSP90AA1等21个关键靶点，参与调控89条信号通路。分子对接结果发现疏水作用和氢键连接是其主要的作用形式。结论:本研究通过桦褐孔菌主要成分降血糖的功效研究筛选出19个核心活性成分，为桦褐孔菌相关产品开发及其质量控制提供科学的依据。     

基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS和网络药理学分析五味子治疗非酒精性脂肪肝的物质基础及作用机制

目的:基于超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱法(UPLC-Q-Orbitrap HRMS)、网络药理学方法及分子对接技术探索五味子治疗非酒精脂肪肝的物质基础与作用机制.方法:利用UPLC-Q-Orbitrap HRMS技术鉴定五味子中的化学成分.利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)和SwissT...