进出境食品中单核增生李斯特菌的血清分型与脉冲场凝胶电泳分型分析

目的研究进出境食品中的单核增生李斯特菌(LMO)的血清分型与脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型的特性及其关系。方法采用标准方法对39株分离的LMO进行PFGE分型,分别用ApaI和Asc I酶切,电泳图谱进行聚类分析,以上菌株同时进行血清分型检测。结果 39株LMO分成6个血清型;经ApaI酶切后,分成29种带型,相似度在57.4%～100%;Asc I酶切后,分成34种带型,相似度在48.6%～100%。讨论 AscI酶切的PFGE分离效果优于ApaI酶切,与血清分型的一致性低于ApaI酶切;PFGE分型效果优于血清分型。     

阪崎肠杆菌脉冲场凝胶电泳分型及耐药研究

目的：研究北京、新疆、广东、辽宁等地和新西兰、美国、印度进口食品中分离的阪崎肠杆菌(ES)分子型别和耐药情况。方法：用限制性内切酶Xba Ⅰ酶切ES 染色体DNA 进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)实验,用BioNumerics 软件对不同地区分离的ES 进行比对,分析菌株之间的相似度。用Vitek 2 进行药敏实验,分析ES 耐药情况。结果：38 株ES(其中ES12 为标准菌株)分成37 个PFGE 型,相似度在25%～100%,未表现出优势带型和地区特异性,而部分食品被遗传紧密相关的ES 克隆株污染。药敏实验结果显示37 株ES 共有9 种耐药谱,部分菌株对呋喃类、头孢类、β- 内酰胺类耐药。结论：建立的PFGE 方法可应用于ES 的分子分型和溯源。     

2016年河南省市售生禽肉中沙门菌血清分型和分子分型研究

目的 了解河南省市售生禽肉中沙门菌污染状况,并对分离株进行血清型和分子分型研究,为河南省食源性疾病溯源数据库提供基础数据。方法 沙门菌检测及血清分型、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型分析参照国家食品及食源性疾病监测网工作手册。结果 165份生禽肉样品中检出41株沙门菌,分属13个血清型,优势血清型是科瓦利斯沙门菌、肯塔基沙门菌、鼠伤寒沙门菌及达布沙门菌。经Xba I酶切,获得30种带型,每种带型包括1～5株菌株,相似度为47.5%～100%。部分不同血清型沙门菌PFGE型相似。结论 河南省市售生禽肉沙门菌污染严重,沙门菌血清型和基因型呈现多样化,基因型有一定的地区聚集性。     

一起食物中毒病原菌斯坦利沙门菌的分子分型及耐药性分析

目的对引起跨区域食物中毒的斯坦利沙门菌分离株进行耐药性检测和分子分型分析,追溯并明确病因食品,为该菌防控工作提供科学依据。方法采用微量肉汤稀释法对15株斯坦利沙门菌进行18种抗生素敏感性试验,同时对菌株基因组DNA经限制性内切酶Xba I酶切后进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型,并与数据库中其他沙门菌比较。结果此次疫情分离菌株中食品分离株和腹泻患者分离株血清型一致,耐药谱基本一致。经PFGE溯源分析后具有100%同源的PFGE带型,数据库中无相同带型的菌株。结论本起跨区域食物中毒是由斯坦利沙门菌污染的煮花生引起,分离菌株对红霉素耐药,对氯霉素处于中介,对其他抗生素敏感。     

云南省食源性金黄色葡萄球菌脉冲场凝胶电泳分型分析

目的采用脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)方法分析云南省2013～2015年食源性金黄色葡萄球菌分子分型带型,初步建立金黄色葡萄球菌PFGE分型的数据库。方法用限制性内切酶Smal I酶切113株金黄色葡萄球菌染色体DNA以进行PFGE分析,并利用BioNumerics软件对分离株的指纹图谱进行聚类分析。结果 113株食源性金黄色葡萄球菌的PFGE图谱的相似性系数在56.67%～100%之间,经聚类分析得到89个PFGE型别。结论建立云南省食源性金黄色葡萄球菌PFGE分型数据库,PFGE带型呈现多样性,对今后云南省金黄色葡萄球菌引起食物中毒的诊断和溯源工作有重要意义。     

椰毒假单胞菌酵米面亚种脉冲场凝胶电泳分型的研究

目的建立椰毒假单胞菌酵米面亚种的脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分型方法,并对29株分离株进行PFGE分型研究。方法分别选择5种限制性内切酶(XbaⅠ、SpeⅠ、NotⅠ、SmaⅠ、AscⅠ)酶切椰毒假单胞菌酵米面亚种染色体DNA以进行PFGE分析,并利用BioNumerics软件对分离株的指纹图谱进行聚类分析。结果NotⅠ、SmaⅠ和AscⅠ的酶切片段过小,而XbaⅠ酶切片段的大小适中但数量过多,不能获得清晰可辨的图谱,均不适于椰毒假单胞菌酵米面亚种的PFGE分型。SpeⅠ酶切的PFGE条带数量和大小适中、指纹图谱清晰可辨,对椰毒假单胞菌酵米面亚种具有足够的分辨率。结论本研究建立的PFGE分型方法可应用于椰毒假单胞菌酵米面亚种的分子分型和溯源。     

台州市食源性单核细胞增生李斯特菌分子特征研究

目的了解台州市食品中分离的单核细胞增生李斯特菌的血清型、毒力基因以及基因分型情况,建立食源性单核细胞增生李斯特菌的分子特征本底信息,为食源性疾病的防治提供技术支持。方法对近几年从食品中分离的37株单核细胞增生李斯特菌进行多重PCR血清分型、9种毒力基因(prf A、inl A、inl B、iap、fla A、hly A、plc B、mpl和act A)PCR检测、PFGE基因分型,用Bio Numerics 6.6软件对分型数据进行聚类分析。结果 37株食源性单核细胞增生李斯特菌的血清型以1/2a或3a型别为主;所有菌株均检出4种以上毒力基因,有15株菌携带所有9种毒力基因;37株菌经Apa I酶切PFGE分型后,共得到22种带型,每种带型包含1~5株不等,相似度区间为67%~100%。结论台州市食源性单核细胞增生李斯特菌存在致病流行风险,建立的指纹图谱数据库可为食源性疾病的防治提供技术支持。     

PFGE与16S rDNA对阪崎克罗诺杆菌分型的研究

研究脉冲场凝胶电泳(PFGE)与16S rDNA序列分析在阪崎克罗诺杆菌分型中的应用。对分离自不同来源的10株阪崎克罗诺杆菌进行16S rDNA序列扩增及测序,并构建系统发育树进行聚类分析。再利用限制性内切酶Xba I对这10株菌酶切后,进行PFGE电泳分型。16S rDNA序列分析显示,所有分离菌株与ATCC标准菌株在同一系统发育分支下,其序列相似性达到98.37%,并且不能进一步分型。而PFGE分型结果显示,10株分离菌株和2株标准菌株共分成11种PFGE基因型,说明PFGE的分型能力明显优于16S rDNA序列分析,部分菌株的基因型与分离来源具有一定的相关性,所以PFGE分型方法可用于阪崎克罗诺杆菌分子分型及溯源的研究。     

2020年辽宁省副溶血性弧菌PFGE分型、血清型分布和耐药谱分析

目的 了解辽宁省副溶血性弧菌（VP）的流行特征,为食源性疾病的防控提供可靠的技术支持,提高对食物中毒应急事件的处理能力。方法 对2020年从辽宁省内14个市内食源性疾病病人和食品中分离的VP进行PFGE分子分型、血清学分型、药物敏感试验并分析。结果 44株VP（食源性疾病分离株22株,食品分离株22株）共分为15个血清型,9个血清群,有8株不能进行K分型,不可分型率为18.2%。食源性疾病分离株分为4个血清型、3个血清群,主要血清群为O3,其次为O1;食品分离株分为11个血清型、6个血清群,主要血清群为O2,其次为O1和O3。44株VP对15种抗生素的药敏结果显示,头孢唑啉耐药率高达68.2%,其次是氨苄西林22.7%、红霉素13.6%、阿奇霉素4.5%、头孢西丁2.3%、头孢噻肟2.3%。菌株主要对β-内酰胺类和大环内酯类抗生素耐药,耐药性逐年增强,一些食源性疾病分离株出现多重耐药,且多重耐药株数量逐年增加。食源性疾病分离株较食品分离株耐药率高,血清型O3∶K6为主要流行菌株,且耐药率高,PFGE分子分型按相似度90%以上,可分为5种PFGE优势带型。食源性疾病分离株相似度较高,可聚类成3个组。而食品分离株相似度较低,除了两株菌相似度大于90%外,其余菌株间相似度均在85%以下。结论 O3与O1血清型菌株之间有高度同源性,提示O3与O1血清型菌株密切相关。食品分离株同源性较低,提示食品株间关联性较差。辽宁省2020年VP分离株耐药情况不容乐观,耐药趋势还需进一步关注。     

2016—2020年辽宁省沙门菌耐药性及分子分型研究

目的 分析辽宁省2016—2020年食源性疾病监测中沙门菌分离株的耐药情况及分子分型特征,为沙门菌引起感染性腹泻的防控、临床抗生素使用提供可靠科学依据。方法 对辽宁省2016—2020年临床腹泻病例分离的90株沙门菌进行血清学鉴定,应用脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型,采用BioNumeries 7.6软件对菌株间的相似度进行聚类分析,采用微量肉汤稀释法进行药物敏感性检测。结果 90株沙门菌分为13种血清型,以肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为主。PFGE聚类分析得到54种带型,各带型间相似度为51.4%～100%,每种带型包含1～10株菌,同一血清型菌株的PFGE带型相似度较高,且存在多次聚集现象。药敏结果显示90株沙门菌呈现36种耐药谱,氨苄西林耐药率最高（66.7%,60/90）,其次为萘啶酸（62.2%,56/90）,头孢西丁全部敏感。多重耐药率达48.9%(44/90),其中鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌多重耐药率分别为87.5%和45.8%。结论 辽宁省沙门菌引起腹泻病例呈散发态势,菌株多重耐药趋势明显,且耐药率较高,耐药谱广泛,应进一步加强分子溯源及耐药性监测。     

2014~2018年北京市人源性肠产毒性大肠埃希菌耐药性与PFGE分子分型研究

目的 分析北京市门诊腹泻病例肠产毒性大肠埃希菌(enterotoxigenic Escherichia coli, ETEC)分离株抗生素敏感性及分子分型特征。方法 采用微量肉汤稀释法对2014~2018年北京市门诊腹泻病例ETEC分离株进行8大类14种抗生素敏感性检测。参照PulseNet中非O157大肠埃希菌脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)分型方法, 对不同区县不同采样时间分离的菌株采用随机抽样原则, 对178株菌基因组经限制性内切酶Xba I酶切后进行分子分型和聚类分析。结果 578株2014~2018年北京市门诊腹泻病例ETEC菌株总耐药率为94.29%, 对萘啶酸、氨苄西林、头孢唑林耐药率较高, 分别为61.58%、60.38%、36.19%。578株菌分为152个耐药谱, 耐3种及3种以上抗生素的菌株数达340株(59.00%), 有1株菌对12种抗生素耐药。常见耐药谱为耐喹诺酮类的萘啶酸, 占20.18%, 其次为耐β-内酰胺类的氨苄西林-头孢唑林-头孢噻肟, 占12.29%, 再次为耐β-内酰胺类的氨苄西林-喹诺酮类的萘啶酸-大环内酯类的阿奇霉素, 占6.79%, 且耐药谱种类逐年缓慢上升。其中178株菌共产生153种PFGE带型, 带型分布较为分散, 无优势带型, 菌株之间的相似系数为31.60%~100.0%。结论 2014~2018年北京市腹泻病例肠产毒性大肠埃希菌耐药情况严重, 耐药谱复杂广泛, 多重耐药菌株占比呈逐年缓慢上升趋势。PFGE带型呈多态性分布。     

广西香港海鸥菌分离菌株脉冲场凝胶电泳分子分型研究

目的 探讨香港海鸥菌分子分型方法,了解广西水产品监测所分离的香港海鸥菌的相关性.方法 以NotⅠ限制性内切酶对2005年分离的香港海鸥菌酶切后进行脉冲电泳,用BioNumerics 5.1聚类分析获得电泳图谱.结果 7株香港海鸥菌分为6个分子型,其中从南宁分离的与从河池分离的2株香港海鸥菌高度同源,相似度达100％.结论 PFGE可应用于香港海鸥菌分子分型,有助于发现香港海鸥菌流行规律和传播途径,水鸟可能是香港海鸥菌传播环节的一种重要媒介.     

151株副溶血性弧菌的分子分型研究

目的 了解辽宁省副溶血性弧菌的分布规律及流行趋势，为辽宁省副溶血性弧菌引起的食源性疾病的溯源和预警提供基础。方法 对2019年辽宁省151株VP分离株进行血清分型、PFGE、REP-PCR和ERIC-PCR分子分型和聚类分析，评价3种方法间的关联性，同时探讨菌株间的亲缘关系。结果 124株分离株可共分为18个血清型，27株分离株未能分型，血清群以O3群、O1群和O2群为主。PFGE的分辨力（DI）为0.97,REP-PCR的DI为0.95,ERIC-PCR的DI为0.93。血清型O3群菌株与O1群菌株分子型相似度高。结论 2019年辽宁省临床VP分离株流行血清型仍为O3:K6，食品VP分离株流行血清群仍为O2。PFGE、REP-PCR和ERIC-PCR 3种分型方法结果一致，且PFGE分型方法的分辨力和再现性均优于其他两种方法，研究结果可以为副溶血性弧菌所引起食源性疾病的溯源提供新的技术手段。     

单核细胞增生李斯特茵脉冲场凝胶电泳分型

运用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对单核细胞增生李斯特茵进行基因分型,通过同源性分析为该茵引起的食源性疾病溯源提供技术支持.采用限制性内切酶Apa I对单核细胞增生李斯特茵进行PFGE分型,所得结果用Quantity One软件进行同源性分析;根据电泳条带不同可将所有茵株分为6个PFGE型别.由聚类分析可知:不同年份分离到的菌株表现为不同的PFGE型别,同一种食物来源的菌株也有不同的PFGE型别.结果说明在研究单核细胞增生李斯特茵分子分型方面,PFGE是一种非常有效的方法.     

我国四省肉鸡屠宰厂沙门氏菌脉冲场凝胶电泳分子分型结果分析

目的 了解我国四省肉鸡屠宰厂沙门氏菌脉冲场凝胶电泳分子分型情况。方法 参照美国疾病预防控制机构PulsNet实验方法,对2010年监测四省肉鸡屠宰厂分离到的167株沙门氏菌,运用XbaⅠ酶进行酶切并完成PFGE分析,利用BioNumerics 软件对分离株的指纹图谱进行聚类分析并建立数据库。结果 167株沙门氏菌共分为18个群,包括了75个不同的带型。相同血清型具有相似带型,基本归于同一群。65株印地安纳沙门氏菌分成了38个带型,54株肠炎沙门氏菌分成了16个带型,16株奥尔巴尼沙门氏菌分成1个带型。结论 各省沙门氏菌的带型具有地区性差异, 又具有优势型别的交叉。屠宰厂存在严重的交叉污染,加强加工环节关键控制点沙门氏菌的监测和干预,从而降低肉鸡及其产品中沙门氏菌的污染,这是从源头控制污染的根本措施。     

江西省食源性沙门菌血清分型及脉冲场凝胶电泳指纹图谱研究

研究江西省食源性沙门菌的血清型,用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法对优势血清型进行分子分型,建立江西省食源性沙门菌PFGE指纹图谱资料库,为食源性疾病溯源提供数据。方法 对136株食源性沙门菌进行血清分型,对其中优势血清型德尔卑沙门菌菌株进行PFGE分型,获得分子分型指纹图谱,运用Bionumerics v6.6软件进行聚类分析。结果 136株沙门菌分离株血清群以B群为主,优势血清型主要是德尔卑沙门菌(49.26%),67株德尔卑沙门菌可分为41个型别的PFGE指纹图谱(相似值100%的为同一PFGE型别),主要集中在3个型别中。结论 江西省食源性沙门菌血清型分布呈多样性,优势血清型是德尔卑沙门菌,生肉制品是其主要的来源,同种血清型别的PFGE指纹图谱无相关性。     

2015—2020年宜宾市肉类食品沙门菌血清型及分子分型研究

目的 研究宜宾市肉类食品中沙门菌分离株的血清型和分子分型特征,分析沙门菌污染的危险因素。方法 收集2015—2020年宜宾市辖区(县)肉类食品沙门菌分离株29株,进行血清型鉴定和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型分析,并就地域、物种来源和售卖方式对沙门菌血清群检出构成比的影响进行多因素Logistic回归分析。结果 29株沙门菌分离株共检出14种血清型(分属4个群),主要优势血清型为鼠伤寒沙门菌、吉韦沙门菌和肠炎沙门菌。聚类分析显示PFGE分子分型为18种带型。肠炎沙门菌带型相似度100%,来自同一传染链;吉韦沙门菌有2种带型,鼠伤寒沙门菌有4种带型,相似度较差;多因素Logistic分析显示,影响D群沙门菌检出的主要危险因素为地域分布(OR=1.053,P<0.05);影响E群沙门菌检出的主要危险因素为物种来源(OR=3.887,P<0.05)和地域分布(OR=1.227,P<0.05)。结论 监管部门应从家禽养殖地地域来源和肉类物种来源两个方面加强宜宾市肉类食品安全监督。     

中国部分食品中肠炎沙门菌分离株的PFGE分子型别分析研究

目的 研究中国食品中肠炎沙门菌分离株的分子谱别.方法 用脉冲场凝胶电泳分型技术对从中国11个省市食品中分离的51株肠炎沙门菌进行分子分型.结果 肠炎沙门菌经2种内切酶Xba I、Spe I处理后,均分为11个不同的带型.两种内切酶的分型结果不相同,但其中有部分交叉.2种内切酶的PFGE分型都有2个主要的带型,分别涵盖了分离株的70%,并在两型之间有部分兼容性.通过双酶系统的双重分型,还可以将其中的型别进一步区分为亚型.在各地区之间菌株的型别分布无明显规律,在各种食品之间菌株的型别分布,SpeI酶切后的结果更有规律.分离自羊肉中的4株菌经XbaI、Spe I酶切表现为同-PFGE型别,在Xba I分型结果中为XF型,在Spe I分型结果中为SE型,揭示了一定的亲缘关系.结论 脉冲场凝胶电泳分型技术是肠炎沙门菌分子分型的有效手段.     

利用全基因组序列优化气单胞菌脉冲场凝胶电泳分型方法

目的对气单胞菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方法从限制性内切酶的选择和电泳条件设置上进行优化,减少片段共迁移,使片段在电泳中分布均匀且利于分析。方法利用6个种的气单胞菌的全基因组数据,通过BioEdit软件对基因组序列进行677种酶的限制性片段分析,选择产生片段数量适宜的、有效片段比例高的酶作为备选酶。对片段长度取以10为底的对数作为自变量,以片段在泳道中的相对迁移距离作为应变量,计算片段长度-相对位置拟合公式,并模拟备选酶的电泳效果图。利用气单胞菌分离株对备选酶进行试验验证,确定PFGE分型方法,并用其对腹泻分离株进行分型应用。结果经Bio Edit分析,根据片段数量及有效片段比例,PmeⅠ、PacⅠ、SwaⅠ比XbaⅠ更适合于气单胞菌的分型。从PFGE模拟效果及分离株试验验证看,Pac Ⅰ、PmeⅠ的限制性片段的分布比XbaⅠ和SwaⅠ更均匀,片段重叠更少。最终确定PmeⅠ、PacⅠ分别为气单胞菌PFGE分型的首选酶和次选酶,脉冲场电流转换时间为2.16~63.8 s。16株腹泻分离株PFGE分型辛普森多样性指数为99.17%。结论优化的PFGE方法使用PmeⅠ、PacⅠ作为气单胞菌PFGE分型的限制性内切酶,该方法产生的片段数量与分布都优于XbaⅠ,在腹泻分离株的分型中能获得良好的分辨率。此研究提供的优化程序可用于其他细菌PFGE方法的建立或优化。     

2011~2018年红河州食品中沙门氏菌血清分型及脉冲场凝胶电泳分型研究

目的 了解红河州2011~2018年食品中沙门氏菌血清型分布及分子分型特征, 初步建立沙门氏菌脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis, PFGE)分型的数据库。方法 使用全自动微生物鉴定系统对收集的49株沙门氏菌进行鉴定, 依据沙门氏菌White-Kauffmann-LeMinor抗原表用沙门氏菌属诊断血清确定血清型, 参照国家食源性疾病分子溯源网络(TraNet)的沙门氏菌PFGE分子分型法进行基因分型, 用Bionumerics(7.6)软件聚类分析。结果 49株沙门氏菌属于B、C、D、E和G群5个群25个血清型; 伦敦沙门氏菌是主要血清型, 占24.5%(12/49); 49株沙门氏菌分成了42个PFGE带型(P001-P042), 其中P038型包含8株菌, 其余各型分别只包含1株菌。结论 红河州食品中沙门氏菌具有不同血清型及PFGE型别, 相同血清型菌株PFGE型别聚集成簇。