基于高通量测序技术分析不同蔬菜种类四川泡菜中微生物多样性

以4种原料(萝卜、豇豆、辣椒及混合蔬菜)分别发酵四川泡菜,采用高通量测序技术对不同蔬菜原料四川泡菜中微生物多样性进行分析。结果表明,辣椒泡菜中微生物多样性最为丰富,其主要细菌属包括Lactobacillus、Pediococcus、unclassified Enterobacteriaceae、Lactococcus、Enterobacter、Pectobacterium、Citrobacter、Sphingomonas和Aeromonas;豇豆泡菜中的微生物多样性最低,其主要细菌属仅有Lactobacillus、Pediococcus和unclassified Enterobacteriaceae;Lactobacillus、Pediococcus、unclassified Enterobacteriaceae、Lactococcus、Enterobacter和unclassified Streptococcaceae是萝卜泡菜中主要的细菌属;Lactobacillus、Pediococcus、unclassified Enterobacteriaceae、Lactococcus、E...     

四川泡菜母水的微生物群落与理化特性分析

为明确泡菜母水中的优势微生物与理化特性的相关性,采用高通量测序技术分析母水中的微生物群落结构,并进行相关性分析。结果表明：泡菜母水的总酸含量为3.00～18.90 g/kg,pH值为3.27～4.71,盐含量为11.00～15.50 g/100 g,检出草酸、苹果酸、琥珀酸和乳酸等7种有机酸。微生物主要群落包括厚壁菌门和子囊菌门2个门,占比均超过99.00%。优势细菌是乳杆菌属、片球菌属,优势真菌是毕赤酵母属、哈克斯坦酵母属、德巴利酵母属。相关性分析表明,乳酸杆菌属与乳酸呈显著正相关关系（P<0.05）,与乙酸呈极显著正相关关系（P<0.01）。片球菌属与苹果酸呈极显著正相关关系（P<0.01）。结论：乳酸杆菌和片球菌是泡菜母水的优势微生物,研究结果为泡菜母水高效发酵菌株的选育和泡菜工业化生产提供试验参考。     

泡菜母水中细菌群落的动态变化规律及结构解析

细菌是泡菜发酵过程中的主要微生物类群,本研究采用扩增子序列变体（Amplicon sequence variants,ASV）高通量测序技术,持续跟踪并解析了泡菜制作完成后30 d内,25 ℃恒温、密闭保存条件下母水中的细菌群落结构及其动态变化规律。结果显示,30 d内共鉴别出10门、205属细菌,其中,优势属（占总体系含量>1%）12个,占比94.7%~97.8%;次优势属（0.1%<占总体系含量<1%）13个,占比2.1%~3.3%;稀有属（占总体系含量<0.1%）180个,占比0.08%~2.7%。在保存起始的1~7 d内,群落相对稳定（A阶段）;8~20 d次优势属和稀有属细菌发生持续变化（B阶段）,其中第8 d稀有属与次优势属发生非常剧烈的变化;22~30 d内优势属、次优势属、稀有属细菌都发生明显变化（C阶段）。Chao1、Ace指数在1~30 d内呈上升趋势,Shannon、Simpson指数在22~30 d（C阶段）达到高峰。由此,A和B、B和C阶段的群落相似,但A与C的群落不同,同时三个阶段内母水pH也发生了相对应的变化。在25 ℃、密闭储存泡菜母水中稀有属和次优势属的细菌动态变化使母水细菌群落结构在30 d内发生了持续改变并出现累积效应,母水的pH与细菌群落相互影响;在25 ℃、密闭条件下泡菜母水的最佳保存时长为一周。     

高通量测序结合传统微生物培养研究酱醪中微生物多样性及群落变化

为了探究不同发酵时期酱醪中微生物群落结构及其动态变化,采用传统可培养和Illumina MiSeq高通量测序技术相结合的方法,研究0～6个月酱醪中的微生物群落多样性和动态变化。结果显示,酱醪发酵整个阶段细菌群落厚壁菌门(Firmicutes)占94.04%,为优势菌门。四联球菌属(Tetragenococcus)和魏斯氏菌属(Weissella)分别占41.55%和25.84%,为优势菌属。发酵前期非嗜盐乳酸菌含量最高,活菌数达到10⁸ CFU/mL,发酵中期乳酸菌种类和数量逐渐减少,发酵后期以嗜盐乳酸菌为主导。真菌群落主要以子囊菌门(Ascomycota)为优势菌门,占99.83%;Starmerella、Candida和Aspergillus为优势真菌属,该研究首次发现Starmerella在酱醪发酵过程中作为主要真菌属。研究表明,酱醪发酵主要参与的微生物是米曲霉、酵母菌和乳酸菌,其中米曲霉仅存在于发酵前期,发酵中期主要以乳酸菌为主要菌属,发酵后期以嗜盐乳酸菌和酵母菌为主。探究酱油酿造中微生物的变化规律,有利于指导人工添加乳酸菌和酵母菌来提高国内酱油的风味和品...     

高通量测序技术分析剑南春白酒母糟真菌群落多样性特征

以剑南春多个窖池发酵母糟为研究对象,高通量测序技术分析其真菌群落多样性特征,结果表明：母糟真菌群落结构复杂,丰富度高;母糟真菌群落结构在门水平下,优势真菌主要分布在Ascomycota、Basidiomycota Zygomycota,科水平下在主要分布于Mucoraceae、Trichocomaceae、Thermoascaceae,属水平下主要分布于Rhizopus、Aspergillus、Thermoascus、Issatchenkia。为深入研究浓香型白酒风味物质生成机理提供了理论依据。     

应用高通量测序法检测南疆传统酸奶中微生物多样性

采用高通量焦磷酸测序技术和传统培养法对3?份阿图什和1?份乌什传统发酵酸奶进行微生物群落多样性分析。结果表明：4?份样品在3?种培养基上的微生物数量和种类存在差异,即从MRS、YGC及?Lee氏培养基上得到的质量控制后细菌有效序列为20?669条,真菌质量控制后有效序列为293?677?条。在细菌水平上,厚壁菌门（Firmicutes）为各样品中占优势细菌门,丰富度最高,其次为变形菌门（Proteobacteria）;属于厚壁菌门的乳杆菌属（Lactobacillus）和链球菌属（Streptococcus）为其中占优势细菌属。在真菌水平上,子囊菌门（Ascomycota）为占优势真菌门,其次为担子菌门（Basidiomycota）;属于子囊菌门的酵母菌属（Saccharomyces）和克鲁维酵母属（Kluyveromyces）为占优势真菌属。本研究结果为新疆传统发酵酸奶微生物资源开发、应用提供了微生物多样性依据。     

基于高通量测序的紫贻贝中微生物群落分析

为探究不同状态下紫贻贝制品表面附着的微生物菌群组成情况。本实验以新鲜紫贻贝、冻藏紫贻贝、自制紫贻贝干,贮藏自制紫贻贝干和市售紫贻贝干为研究对象,通过对紫贻贝表面附着微生物提取及高通量测序分析,获得不同紫贻贝样品中微生物组成及变化情况。实验结果表明,各样本中有效序列范围为30066～40563条、Operational taxonomic unit(OTU)范围为28～128,其中市售紫贻贝干OTU数最低,而冻藏紫贻贝OTU数相对较高;新鲜紫贻贝和自制紫贻贝干中主要是嗜冷杆菌属和不动杆菌属,冻藏紫贻贝干中主要为嗜冷杆菌属,贮藏紫贻贝干中主要为假单胞菌属和嗜甲基菌属,而市售紫贻贝干中优势菌群为葡萄球菌属和肠球菌属。不同状态下的紫贻贝样品的菌群组成均存在着较大距离,表明紫贻贝状态、加工过程及贮藏销售环境等,均对贻贝产品菌群组成产生较大的影响。研究结果可为保障紫贻贝制品的质量与安全提供参考。     

基于Illumina MiSeq高通量测序分析清香型白酒酒糟微生物群落多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对清香型白酒酒糟中微生物多样性进行研究。结果表明,酒糟样品中细菌菌群的丰富度与多样性均大于真菌,细菌菌群归属于10个门、18个纲、31个目、66个科、86个属、124个种,真菌菌群归属于5个门、11个纲、20个目、33个科、49个属、66个种。优势细菌门（相对丰度≥1.0%）为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势细菌属为根瘤菌属（Rhizobium）、拉乌尔菌属（Raoultella）、谷氨酸杆菌属（Glutamicibacter）、红球菌属（Rhodococcus）、短波单胞菌属（Brevundimonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单孢菌属（Pseudomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、Devosia、嗜盐单胞菌属（Halomonas）、未分类-鼠杆菌属（unclassified-Muribaculaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）;优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）、毛霉门（Mucoromycota）及担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属为孢圆酵母属（Torulaspora）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、横梗霉属（Lichtheimia）、根霉属（Rhizopus）、曲霉属（Aspergillus）、酵母属（Saccharomyces）。     

高通量测序与传统纯培养方法在牡蛎微生物群落分析中的应用对比

为揭示牡蛎体附着的微生物群落结构特征,采用Illumina HiSeq高通量测序技术对牡蛎的细菌种类进行了分析,并与传统纯培养方法的分析结果进行对比。结果表明,牡蛎体附着的细菌以变形菌门（Proteobacteria,77.5%）、γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria,72.3%）为主;在目的分类水平上,弧菌目（Vibrionales,49.3%）、交替单胞菌目（Alteromonadales,12.2%）占优势;在科的分类水平上,主要是弧菌科（Vibrionaceae,36.8%）、希瓦氏菌科（Shewanellaceae,10.3%）和交替假单胞菌科（Pseudoalteromonadaceae,7.2%）;在属的分类水平上,弧菌属（Vibrio,28.3%）、希瓦氏菌属（Shewanella,10.3%）、交替假单胞菌属（Pseudoalteromonas,7.2%）比例相对较高。高通量测序分析结果中,丰度前3 位的菌属与纯培养鉴定的结果一致,但比例有所差异。     

四川传统腊肉中微生物群落结构研究

为了揭示四川腊肉的微生物多样性和群落结构,基于Illumina Mesiq高通量平台,对腊肉样品中细菌16S rRNA的V3-V4区和真菌的ITS区进行测序。结果表明:不同腊肉样品的Shannon指数、Chao1指数和ACE指数存在差异,并且细菌的多样性指数高于真菌;在腊肉样品中共检测出5个细菌门,共有优势门为厚壁菌门(Firmicutes),62个细菌属,共有优势属为葡萄球菌属(Staphylococcus);4个真菌门,共有优势门为子囊菌门(Ascomycota),70个真菌属,共有优势属为曲霉属(Aspergillus)。主成分分析结果表明,不同来源的样品间微生物组成有一定差异,为四川传统腊肉的品质控制提供参考依据。     

古顺大曲微生物群落结构的分析

唐代邢州神曲酒是一种以含有多种中药材的特殊大曲酿制的白酒,历史悠久。利用高通量测序技术对河北古顺酿酒股份有限公司3类大曲样品的微生物群落结构进行研究。结果表明,3类大曲的细菌群落构成相似,以魏斯氏菌属、乳杆菌属和片球菌属为优势细菌;热子囊菌属和曲霉属是三者的优势真菌,嗜热真菌属是"神曲荷叶曲"的主要真菌群类。     

基于高通量测序技术分析朝鲜族传统米酒及其酒曲中微生物群落多样性

以吉林延边朝鲜族地区酒曲及其发酵后粗滤和精滤米酒为研究对象,分别采用Illunina MiSeq、Illunina HiSeq高通量测序平台对朝鲜族传统米酒及其酒曲中细菌16S rDNA V3区和真菌ITST1区进行测序,分析其微生物群落结构多样性。结果表明,本次测序深度有效地覆盖其微生物种类,酒曲及米酒中细菌和真菌有丰富多样性;与酒曲相比,米酒中微生物群落结构存在显著差异,粗滤、精滤米酒间微生物群落结构具有一定相似性。在属水平下,酒曲和米酒样品中共鉴定出147 个细菌物种,酒曲中优势菌种为假单胞菌属（Pseudomonas）（5.00%）、肠杆菌属（Enterobacter）（4.28%）,2 种米酒中优势菌均为乳杆菌属（Lactobacillus）（粗滤米酒3.72%、精滤米酒7.73%）和肠杆菌属（粗滤米酒6.31%、精滤米酒4.41%）;在种水平下,真菌菌属共鉴定出12 个物种,酒曲中优势菌为普鲁蓝久浩酵母（Guehomyces pullulans）（10.22%）,2 种米酒中优势菌均为酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）（粗滤米酒49.48%、精滤米酒81.52%）和伯顿丝孢毕赤酵母（Hyphopichia burtonii）（粗滤米酒29.47%、精滤米酒6.43%）。     

应用Illumina高通量测序技术分析3 种酒曲中微生物多样性

为了解贵州花溪（酒曲A）、盘州（酒曲B）、安顺（酒曲C）3 个地区的酒曲中微生物群落组成和多样性,运用高通量测序技术对酒曲中的细菌16S rDNA V3-V4区和真菌ITS1区进行测序,比较不同地区酒曲中微生物群落结构差异。测定不同地区酒曲的基本理化指标,与酒曲主要细菌种群进行相关性分析。结果显示,细菌获得129 510 条有效序列,1 030 个OTU;真菌获得60 945 条有效序列,19 个OTU。细菌的多样性分析表明,酒曲B中Shannon指数明显低于酒曲A和酒曲C,酒曲A和酒曲C的细菌群落结构更为接近。真菌的多样性分析表明,酒曲C中Shannon指数明显低于酒曲A和酒曲B,酒曲A和酒曲B的真菌群落结构更为接近。在门水平上,酒曲A的优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,优势真菌门为接合菌门（Zygomycota）;酒曲B的优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,优势真菌门为接合菌门;酒曲C的优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上,酒曲A优势细菌属为红球菌属（Rhodococcus）,酒曲C和酒曲B的优势细菌属均为芽孢杆菌属（Bacillus）;酒曲A和酒曲B的优势真菌属为米根霉属（Rhizopus）,而酒曲C的优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）。不同地方来源的酒曲中的微生物组成及多样性在属和门水平上有明显差异;酒曲理化指标与酒曲细菌种群结构具有一定相关性。     

基于高通量测序的南美白对虾中微生物群落分析

目的：分析不同状态下南美白对虾表面附着的微生物菌群组成情况。方法：以活体对虾、冰鲜对虾、冰鲜虾仁和冷冻虾仁为对象,通过对虾表面附着微生物提取及高通量测序分析,获得不同对虾样品中微生物组成及变化情况。结果：1）各样本有效序列范围为30?591～42?043?条、操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）范围为68～168,其中冷冻虾仁OTU数量最低,而活体对虾和冰鲜对虾OTU数量相对较高。2）多样性指数分析发现,所有样品中以冷冻虾仁的ACE、Chao1和Shannon指数值最低、Simpson指数最高,表明其菌群丰度及多样性较低。3）在科水平上,相比于活体对虾,冰鲜对虾中莫拉氏菌科（Moraxellaceae）相对丰度显著增加,其可能与虾体死亡、微生物污染繁殖有关;冰鲜虾仁弧菌科（Vibrionaceae）相对丰度显著增加且含量最高,主要是虾仁加工制备环境及加工器具中微生物接触污染所致;而冷冻虾仁中主要以莫拉氏菌科（Moraxellaceae）、假单胞菌科（Pseudomonadaceae）、李斯特菌科（Listeriaceae）为腐败优势菌。4）热图分析发现,活体对虾和冰鲜对虾菌群结构整体相似度较高,二者与冰鲜虾仁、冷冻虾仁的相似度较低,表明虾仁制备过程、低温冻藏对于虾仁中菌群结构影响较大。5）主成分分析表明,冷冻虾仁与其他组别样本均相距较远,说明冷冻虾仁中微生物种类及组成与其他样品存在着较大差异。结论：南美白对虾样品处于不同状态时,其附着优势微生物、菌群结构、丰度及相互比例等存在显著差异,需针对于不同类型虾类制品,采取不同的控制工艺以保障虾类制品的质量与安全。     

基于高通量测序技术对浙江传统发酵蔬菜微生物多样性的解析

以浙江地区传统发酵蔬菜臭冬瓜、臭苋菜梗、酸笋和酸茭白为研究对象,采用Illunina MiSeq高通量测序技术,分别分析浙江传统发酵蔬菜的汁液、固形物和培养物中细菌和真菌微生物群落组成和多样性,探讨“臭”和“酸”类发酵食品的微生物群落组成差异.结果 表明:14个样品中细菌和真菌的测序覆盖率分别为0.97和0.99.分析...     

基于高通量测序分析不同品种柠檬NFC果汁的微生物多样性

目的:探索柠檬非浓缩还原汁(Not From Concentrate,NFC)中微生物多样性,为柠檬NFC灭菌工艺优化提供理论数据.方法:采集不同品种柠檬NFC,利用HiSeq高通量测序技术,比较不同柠檬NFC样品中细菌和真菌多样性差异.结果:通过高通量测序共获得147231条有效16S rDNA序列和113238条有...     

基于16S rRNA高通量测序方法比较新疆冷水鱼肠道中微生物多样性

为了解新疆阿勒泰地区额尔齐斯河流域野生冷水鱼肠道微生物多样性及其群落结构组成。采用NGS高通量测序技术,分析3?种冷水鱼肠道内容物和黏膜中细菌16S?rRNA?V4区基因序列,进而比较不同种类冷水鱼肠道内容物和黏膜中微生物的群落结构组成及多样性差异。结果共获得58?328?条有效序列,242?个OTU。多样性分析表明,哲罗鱼样品中的Shannon指数明显低于细鳞鱼和黑斑狗鱼,细鳞鱼和黑斑狗鱼在群落结构上更为接近。在门水平6?个样品中的菌群均以厚壁菌门（Firmicutes）、丙型变形菌门（Gammaproteobacteria）为主;哲罗鱼中Firmicutes是最占优势的菌群门,而细鳞鱼和黑斑狗鱼中Gammaproteobacteria显著增加,Firmicutes显著减少。属水平上哲罗鱼中主要以肉杆菌属（Carnobacterium）为主,细鳞鱼和黑斑狗鱼中嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、不动杆菌属（Acinetobacter）、梭菌属（Clostridium sensu stricto）等比例较高。不同种鱼肠道微生物的组成及多样性在门和属水平上有明显差异,而同种冷水鱼的肠道内容物和黏膜间微生物群落组成较为相似,无显著差异。     

高通量测序在食品微生物生态学研究中的应用

随着分子生物学的发展,越来越多新的研究投入到对食品微生物的研究中。高通量测序作为一种新兴的分子生物学技术,具有数据产出通量高、分析全面、灵敏、快速等特点,被广泛用于食品微生物生态学的研究中。本文对高通量测序的操作流程及其在食品微生物生态学研究中的应用进行总结,评价该技术的优势和局限性,并对其在食品微生物研究中的应用前景进行展望,以期为食品微生物生态学的研究提供参考。     

基于高通量测序技术分析菜心切口处微生物多样性

研究菜心冷藏期间的腐败微生物,使用高通量测序技术,对冷藏菜心切口处微生物的多样性进行分析,探究冷藏期间微生物菌群相对丰度的动态变化。以4 ℃冷藏菜心为研究对象,分析贮藏早期0 d、中期7 d、后期14 d的菜心切口处细菌的16S rRNA和真菌的ITS序列,比较各组菌群组成和丰度。通过物种注释评估和物种组成分析,明确菜心贮藏过程中切口处的优势菌群。在贮藏早、中、后期,真菌优势菌群均为担子菌门（Basidiomycota）、子囊菌门（Ascomycota）和unclassified Fungi。在贮藏早期,细菌优势菌群为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,而在贮藏中、后期,细菌优势菌群转变为厚壁菌门、变形菌门、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）。微生物多样性结果显示,真菌的多样性要高于细菌。本研究明确了菜心冷藏期间的微生物多样性发生规律,为后续菜心保鲜剂和保鲜技术的研究提供了理论支撑。