应用PCR-DGGE技术分析发酵鸭肉中细菌多样性

对不同前处理的发酵鸭肉应用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术进行细菌菌群分析。以细菌通用引物扩增16S rDNA基因可变区V3区,进行DGGE上样,从而获得可以表征细菌群落结构的图谱。研究结果表明,热炒后发酵和未热炒发酵的2个样品菌群差异比较大,但它们都有乳杆菌(Lactobacillus alimentarius),在发酵过程中乳酸菌是主要优势菌,而且未热炒发酵相对于热炒后发酵的样品各菌群数量比较明显。热炒后发酵的鸭肉中存在乳酸菌属(Lactobacillus sp),赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus sp),乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici),葡萄球菌属(Staphylococcus stepanovicii),丛毛单胞菌属(Comamonas sp)。未热炒发酵的鸭肉中有赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus sp),普氏厌氧球菌(Anaerococcus prevotii),戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus),吲哚嗜胨菌(Peptoniphilus indolicus),乳杆菌(Lactobacillus alimentarius)。在发酵鸭肉中还检测到了3种不可培养菌Uncultured Lactobacillus sp、Uncultured bacterium、Uncultured Comamonas sp,这在鸭肉发酵过程中的作用还有待进一步研究和验证。PCR-DGGE能快速地反应发酵鸭肉中细菌群落结构。     

超高压处理对臭鳜鱼细菌群落结构和品质的影响

为分析超高压处理对臭鳜鱼微生物群落及品质变化的影响,分别使用300 MPa与500 MPa超高压处理臭鳜鱼10 min,以常压处理样品为对照组,通过高通量测序技术解析超高压处理前后各组样品的细菌群落变化。同时,进行色泽、持水性、体积皱缩比测定与感官评价,并结合微观组织结构观察与傅里叶变换红外光谱分析,综合评价超高压处理对臭鳜鱼品质变化的影响。结果表明,超高压处理对臭鳜鱼的菌相组成影响明显,其能使微生物组成类型明显减少,漫游球菌属和冷杆菌属为超高压处理前后的优势腐败菌。与对照组相比,样品经超高压处理后,其体表变白,持水性与体积皱缩比下降,其中,300 MPa处理的臭鳜鱼感官品质相对较好。超高压处理会使样品肌纤维纹理变得模糊,肌纤维结构紧致无序。傅里叶变换红外光谱分析结果显示,超高压处理能改变样品肌原纤维蛋白的二级结构,使α-螺旋和β-转角相对含量减少,无规卷曲和β-折叠相对含量增加。综上所述,300 MPa处理10 min对保持臭鳜鱼的质构特性与感官品质较好。     

传统发酵臭鳜鱼的研究概述

臭鱖鱼是我国徽州地区的传统自然发酵食品,具有悠久的历史、丰富的营养价值、独特的地域风味。该文对近年来发酵臭鳜鱼的研究成果进行了综述,归纳了臭鳜鱼传统与现代的加工工艺,对臭鳜鱼发酵过程中的微生物菌群结构进行了总结。此外,阐述了臭鳜鱼发酵的主要影响因素,指出温度、盐浓度、发酵时间影响了臭鳜鱼发酵的品质,并全面比较了臭鳜鱼发酵过程中理化指标的动态变化。针对现有研究的不足,展望了臭鳜鱼未来的研究方向,以期为臭鳜鱼的工业化生产和理论研究提供参考。     

汾酒大曲细菌群落结构的PCR-DGGE分析

建立了一种利用PCR-DGGE技术快速有效地评价汾酒大曲细菌群落结构多样性的方法,研究结果发现,品温最低的清茬曲含有的条带最多(10条),后火曲次之,品温最高的红心曲舍有的条带最少.清茬曲和红心曲间迁移位置不一致的条带达8条.在培养工艺中,品温控制的高低对3种汾酒大曲中细菌的种类多少和数量大小的影响较大.通过优势条带切胶鉴定,得知汾酒大曲中的细菌组成包括Enterococcus、Bacillus、Lactobacillus、Acinetobacter、Agrococcus,其中Enterococcus和Bacillus为优势类群.同时,还发现了5个不可培养微生物(Uncultured bacterium),丰富了酿酒微生物资源.     

基于PCR-DGGE技术的四川麸醋固态发酵过程中微生物群落分析

为了解四川麸醋固态发酵过程中微生物群落变化规律,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对其固态发酵过程中真菌和细菌的多样性进行分析。结果表明,四川麸醋固态发酵过程中优势真菌主要有酿酒酵母(Sac.cerevisiae)、扣囊复膜孢酵母(Sac.fibuligera)、伊萨酵母(Iss.hanoiensis)、黑曲霉(Asp.niger)、草青霉菌(Pen.oxalicum)以及不可培养真菌(Uncultured fungus);主要细菌有嗜酸乳杆菌(Lac.acidophilus)、葡萄糖醋杆菌(Glu.oboediens)、巴氏醋杆菌(Ace.pasteurianus)、甲醇酸单胞菌(Aci.methanolica)、不可培养细菌(Uncultured bacterium)、不可培养芽孢杆菌(Uncultured Bacillus sp.)和不可培养乳杆菌(Uncultured Lactobacillus sp.)。PCR-DGGE技术可鉴别醋醅中多种不可培养微生物,四川麸醋固态发酵过程优势微生物种类多、丰度高,菌系十分复杂,多种微生物交替生长,但整体群落结构变化不明显。     

臭鳜鱼低温发酵过程中品质及挥发性物质的变化

以新鲜鳜鱼为原材料,8℃低温腌制发酵臭鳜鱼,研究臭鳜鱼在发酵过程中色泽、质构及挥发性物质的变化规律。结果表明:随着发酵时间的延长,鱼肉色泽、质构和挥发性物质均呈规律性变化。在整个发酵过程中,亮度值L*先显著升高后稍有下降,红度值a*和黄度值b*均呈逐渐下降趋势,色泽指标的综合变化使得鱼肉经发酵后变白亮。鱼肉硬度、凝聚性、胶粘性、咀嚼性和回复性变化趋势为先下降后上升,黏着性在发酵起始即明显增强,后保持稳定,而弹性则逐渐增强。臭鳜鱼硬度较新鲜鳜鱼稍有所降低,其它参数值均增加。挥发性物质组成和含量在发酵过程中基本呈逐渐增加趋势,发酵成熟臭鳜鱼中含有芳樟醇、柠檬烯、4-甲基-2-戊酮、α-松油醇等多种香气物质。     

基于PCR-DGGE技术对冷藏过程中草鱼肌肉的细菌群落结构分析

应用聚合酶链式反应(PCR)-变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对冷藏过程中草鱼肌肉细菌群落组成进行研究。研究对象为冷藏0~12 d的草鱼鱼块,每隔2 d取样,提取样本DNA。同时进行16s r DNA的V3可变区PCR扩增,产物纯化后进行DGGE分析。结果表明:除冷藏8 d的样品细菌种类和数量有所下降,冷藏过程其它阶段细菌种类和数量均随冷藏时间的延长呈上升趋势;不同冷藏时期样品的细菌群落表现出了一定的相似性;新鲜及冷藏初期(0~4 d)草鱼肉样品的优势菌主要是Schistostemon retusum和鲁氏不动杆菌,随着冷藏时间的延长,假单胞菌及热杀索丝菌逐渐变成优势菌,尤其是假单胞菌成为冷藏过程中最主要的腐败菌。     

基于PCR-DGGE技术对冷藏过程中草鱼肌肉的细菌群落结构分析

应用聚合酶链式反应(PCR)-变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对冷藏过程中草鱼肌肉细菌群落组成进行研究。研究对象为冷藏0~12 d的草鱼鱼块,每隔2 d取样,提取样本DNA。同时进行16s rDNA的V3可变区PCR扩增,产物纯化后进行DGGE分析。结果表明:除冷藏8 d的样品细菌种类和数量有所下降,冷藏过程其他阶段细菌种类和数量均随冷藏时间的延长呈上升趋势;不同冷藏时期样品的细菌群落表现出了一定的相似性;新鲜及冷藏初期(0~4 d)草鱼肉样品的优势菌主要是Schistostemon retusum和鲁氏不动杆菌(Acinetobacter lwoffii),随着冷藏时间的延长,假单胞菌(Pseudomonas sp.)及热杀索丝菌(Brochothrix thermosphacta)逐渐变成优势菌,尤其是假单胞菌成为冷藏过程中最主要的腐败菌。     

生鲜罗非鱼片在冷藏过程中细菌群落演替的PCR-DGGE分析

分析了生鲜罗非鱼片在腐败过程中细菌群落的演替规律。以4℃有氧冷藏条件下的生鲜罗非鱼片为研究对象,定期提取鱼片上的细菌总DNA,采用16S rDNA PCR-DGGE技术连续分析细菌群落演替,对DGGE电泳胶片上的主要DNA条带进行序列分析并构建系统发生树。结果表明:9个主要的DNA条带所代表的细菌来源于以下几个属:希瓦氏菌属(Shewanella)、无色杆菌属(Achromobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、短杆菌属(Brevibacterium)、迪茨氏菌属(Dietzia)、紫色杆菌属(Janthinobacterium)、黄杆菌属(Flavobacterium)。在冷藏初期即第0～6d鱼片上的细菌包括8个属,即无色杆菌属、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、短杆菌属、迪茨氏菌属、紫色杆菌属;冷藏9d后鱼片发生腐败,此时无色杆菌属、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属和假单胞菌属的细菌成为优势种;冷藏12d时出现黄杆菌属细菌。     

雪茄烟叶工业发酵过程中细菌群落多样性和结构变化

为揭示雪茄烟叶工业发酵过程中细菌群落多样性和结构变化的规律,采集雪茄茄芯烟叶混配堆积发酵过程中的样品,采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析细菌群落多样性和结构。结果表明：(1)在雪茄烟叶发酵过程中,与混配发酵前相比,混配发酵完成后样品细菌群落的OTU数量和物种丰富度降低,物种多样性提高;(2)优势菌门由厚壁菌门（Firmicutes）转变为变形菌门（Proteobacteria）;优势菌属由海洋芽胞杆菌属（Oceanobacillus）、丛毛单胞菌属（Comamonas）、芽胞杆菌属（Bacillus）转变为丛毛单胞菌属（Comamonas）、鞘氨醇杆菌属（Sphingobacterium）、Georgenia、类芽胞杆菌属（Paenibacillus）;(3)10个菌属的平均相对丰度显著增加,分别为鞘氨醇杆菌属（Sphingobacterium）、Georgenia、类芽胞杆菌属（Paenibacillus）、细粒类极小单胞菌属（Parapusillimonas）、假单胞菌属（Pseudomonas）、DSSF69、溶杆菌属（Lysobacter）、假黄色单胞菌属（Ps...     

谷氨酰胺转氨酶对鳜鱼鱼糜凝胶的品质影响

以鳜鱼鱼糜热诱导凝胶为研究对象,检测盐度、持水性、色泽、质构、感官评分、蛋白质二级结构、微观结构以及十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)指标.研究谷氨酰胺转氨酶(transglutami...     

徽州臭鳜鱼微生物多样性、品质特性及其酶解产物抗氧化能力分析

研究徽州传统发酵臭鳜鱼的品质特性,运用高通量测序技术对发酵前后鳜鱼微生物群落组成和多样性进行分析,从营养成分、理化性质、质构特性等角度分析发酵品质,并探讨发酵后臭鳜鱼不同酶解产物的抗氧化作用.结果表明,发酵前后鳜鱼的菌群组成差异较大,菌群中优势细菌的种类也各不相同.发酵前鳜鱼中假单胞菌属(Pseudomonas)和肉杆...     

液熏罗非鱼片加工过程中微生物群落的PCR-DGGE 分析

为弄清液熏罗非鱼片加工过程中微生物污染的源头,以进一步防控产品的微生物污染提供依据。应用基于细菌16S rDNA 的PCR-DGGE(PCR-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR- 变性梯度凝胶电泳)技术分析液熏罗非鱼片主要加工关键环节的微生物群落结构,提取样品中的细菌总DNA,对细菌的16S rDNA 的V6～V8 区段进行PCR 扩增后,进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),对DGGE 图谱进行微生物多样性分析,对主要条带进行序列分析并构建系统发生树。结果表明：10 个条带所代表的优势种很可能来源于以下几个属：巨型球菌属(Macrococus)、微球菌属(Micrococus)、肠道细菌属(Enterobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、弧菌属(Vibrio)、突柄杆菌属(Prosthecobacter)、布特菌属(Buttiauxella),其中肠道细菌属、微球菌属、假单胞菌属和弧菌属细菌都具有使产品腐败的潜能。本研究表明：液熏罗非鱼片中呈现微生物多样性,PCR-DGGE 技术可用于研究液熏罗非鱼片加工过程中的微生物群落结构及变化,且具有一定的优越性。     

臭鳜鱼源清酒乳杆菌的分离鉴定及其在臭鳜鱼发酵中的应用

利用含溴甲酚绿的MRS鉴别培养基,从传统臭鳜鱼中分离筛选到1 株乳酸菌,经形态学、生理生化实验以及16S rDNA序列分析鉴定为清酒乳杆菌,并命名为SMF-L5。清酒乳杆菌SMF-L5在MRS液体培养基中生长良好,14 h进入生长稳定期,活菌数最高可达7.0×109 CFU/mL,培养24 h后乳酸产量达10 g/L,最适培养条件为：培养温度30.9 ℃、初始pH 6.15、接种量1.94%。菌株SMF-L5具有耐受0.08 g/mL NaCl的能力,对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等菌株具有明显的抑制作用。接种清酒乳杆菌SMF-L5发酵的臭鳜鱼,比自然发酵臭鳜鱼具有更好的色泽、质构和风味品质。研究结果表明,臭鳜鱼源清酒乳杆菌SMF-L5可作为优良的乳酸菌发酵剂,在臭鳜鱼工业化生产中具有应用潜力。     

Texture characteristics of chilled prepared Mandarin fish (Siniperca chuatsi) during storage

Mandarin fish that have been prepared and chilled have a shelf life of 4 days at 4°C storage, according to the total volatile basic nitrogen values. During the storage process, we observed that the texture characteristics of these fish significantly deteriorated. Certain low-abundance proteins were degraded during the shelf life, which resulted in changes in protein conformation and protein–water interaction patterns. The water-holding capacity of the fish decreased during 4°C storage; nuclear magnetic resonance analysis showed that the binding of water in fish was weakened as shelf storage prolonged and a portion of the free water was also “squeezed” to the surface of the fish in the later stages of storage. A correlation analysis showed that a decrease in the immobilized water content and mobility was associated with quality deterioration of the fish, which may be a result of increase in hydrophobic interaction and disulfide bonds in the fish during storage.     

基于PCR-DGGE方法分析榨菜中乳酸菌群落结构

为了深入了解榨菜中的乳酸菌多样性以及影响因素,以市场销售含有辣椒和不含辣椒两种袋装榨菜为研究对象,测定榨菜中的食盐浓度以及亚硝酸盐含量;通过变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）法分离榨菜总微生物混合16S rDNA基因V7～V8片段,采用Quantity One软件分析乳酸菌物种丰富度、均匀度及物种多样性指数。结果表明：含辣椒的榨菜食盐浓度和亚硝酸盐含量均略低于不含有辣椒的榨菜;含有辣椒和不含辣椒的榨菜两者间物种多样性指数、丰富度和均匀度无显著差异（P＞0.05）。通过回收DGGE电泳带,经克隆后测定碱基序列、与GenBank库序列对比鉴定,不含有辣椒的榨菜5 条回收聚合酶链式反应（polymerase chainreaction,PCR）-DGGE泳带a、b、c、d、e经鉴定分别与Pediococcus argentinicus CRL 776、Uncultured Lactobacillus sp. isolateDGGE gel band lx12、Uncultured bacterium clone 11.02-12、Uncultured bacterium clone 11.02-9、Uncultured Lactobacillus sp.clone PxSC03相似度为98%、96%、97%、97%、97%。含有辣椒的榨菜4 条回收PCR-DGGE泳带1、2、3、4经鉴定分别与Uncultured Lactobacillus sp.、 Lactobacillus sakei A156、Lactobacillus sakei YY1、Lactobacillus sakei WJ1相似度为96%、97%、98%、97%。研究结果表明辣椒对榨菜中微生物群落结构无显著影响。     

应用PCR-DGGE技术分析酱香型白酒酒曲细菌多样性

利用PCR-DGGE技术研究酱香型白酒制曲过程中的细菌菌群结构及其消长规律,鉴定出不同样品的优势茵群。结果表明,酱香型大曲间的细茵组成存在明显差异,母曲与出仓曲的相似性系数仅为O．29。随着曲药的发酵,细菌多样性下降,优势茵群变化明显。其中,芽孢杆菌属（Bacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、片球菌属（Pedio-cocuss）、魏斯氏菌属（Weissella）、棒状杆菌属（Corynebacterium）、高温放线茵属（Thermoactinomyces）和乳酸杆菌属（Lactobacillus）是母曲和翻仓曲的优势菌群,而出仓曲的主要类群为芽孢杆菌属（Bacillus）和乳酸杆菌属（Lactobacillus）。另外,还发现了在白酒曲药中不曾报道的种群和不能培养的细茵：Uncultured Propionibacteriaceae bacterium、Uncultured Weissellasp、Uncultured cyanobacterium,该技术克服了传统分离培养的缺点。     

传统鱼露发酵过程中细菌群落演替及对其挥发性风味形成的影响分析

采用16S rRNA高通量测序技术研究传统鱼露发酵过程细菌群落演替规律。结果显示,鱼露细菌种类随着发酵时间的延长逐渐上升,在发酵时间6 个月达到最大（312 种）,随着发酵时间延长至12 个月,菌群多样性有所下降但菌群间差异性变小。厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）是鱼露整个发酵过程中最主要的门。盐厌氧菌属（Haloanaerobium）是鱼露发酵过程中最主要的属,随着发酵时间的延长其相对丰度先上升而后下降。与发酵初期（0 个月）相比,发酵中后期发光杆菌属（Photobacterium）、四联球菌属（Tetragenococcus）和盐单胞菌属（Halomonas）等微生物菌群的相对丰度增加最为显著;发酵末期（12?个月）,Halomonas成为优势菌群。采用气相色谱-质谱联用技术研究鱼露发酵过程中的挥发性风味成分,共检测出醛、醇、酮、酯、烃、酸、含氮化合物7?大类共54?种挥发性化合物,并根据气味活性值（≥1）筛选到9 种主体呈香风味化合物。Pearson相关性分析显示Halanaerobium和Halomonas与多种主体挥发性风味化合物的变化呈现一定的相关性。结果表明,细菌群落结构对鱼露特殊的风味形成具有重要影响。