不同包装方式对冷鲜鸡肉微生物菌群多样性的影响

为研究不同包装方式对冷鲜鸡肉贮藏期间菌群组成的影响,本文利用Illumina MiSeq高通量测序分析了不同包装方式下的微生物多样性。结果表明,在4℃冷藏期间,MAP,VP和N₂包装能显著降低微生物数量和挥发性盐基氮含量。高通量测序表明冷鲜鸡肉贮藏初期菌种丰富度高,贮藏后期优势菌属逐渐演变为假单胞菌属、环丝菌属、不动杆菌属和希瓦氏菌属,说明它们能耐受较低的温度。与PP组相比,MAP组假单胞菌属和不动杆菌属的丰度分别降低14.8%和9.2%,而N₂组不动杆菌属和希瓦氏菌属的丰度分别降低9.6%和7.4%。VP组不动杆菌属、环丝菌属丰度下降8%和5.6%。不同包装方式对冷鲜鸡肉中的菌群影响较大,三种包装均能抑制不动杆菌属的生长,气调包装对假单胞菌属抑制效果较好,而充氮包装和真空包装对希瓦氏菌属和环丝菌属有较好的抑制效果,本研究也为未来冷鲜鸡肉所采用的包装方式提供理论基础。     

冰鲜鸽肉贮藏过程中的微生物菌群多样性

采用Ion Torrent PGM高通量测序技术,从分子水平上对冰鲜鸽肉贮藏过程中的细菌在4 ℃与37 ℃ 2 种增菌温度下的细菌群落结构、丰度及演替规律进行深入研究。结果表明：在整个贮藏过程中,4 ℃与37 ℃增菌处理的结果表明：在门水平上,冰鲜鸽肉中的微生物菌群均以变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门为优势菌门,其中变形菌门占比达78%;在科水平上,4 ℃增菌条件下,假单胞菌科、莫拉氏菌科、假诺卡氏科及肠杆菌科为优势菌科,37℃增菌条件下,气单胞菌科、动球菌科、肠杆菌科及假单胞菌科为优势菌科,占比最多的为假单胞菌科。2 种增菌温度下细菌群落的多样性及菌群结构变化反映了冰鲜鸽肉潜在的安全风险,可用于冰鲜鸽肉冷藏过程或贮藏过程中温度失控情况下的质量管理。     

4 ℃贮藏期内冷鲜羊肉表面菌相变化分析

研究4 ℃条件下贮藏时间对冷鲜羊肉表面菌相组成的影响,以菌落总数为指标,结合菌落聚合酶链式反应法,了解冷鲜羊肉在其贮藏期内的菌群构成,以及随着贮藏时间延长其优势菌群的变化。结果表明,冷鲜羊肉在4 ℃托盘贮藏条件下,菌落总数随贮藏时间的延长而增加,第7天其菌落总数超过106 CFU/g,样品已经腐败变质;其表面主要菌群包括假单胞菌属、芽孢杆菌属、不动杆菌属等。随着贮藏时间的变化,假单胞菌占总菌相的大部分,是造成冷鲜羊肉腐败变质的主要优势菌。     

冷鲜猪肉贮藏过程中细菌群落结构演替规律分析

为探究冷鲜猪肉在贮藏过程中细菌群落结构的演替规律。将新鲜猪肉使用非密封包装进行低温贮藏,每天取样1次(共10 d),测定每日样品的pH值和挥发性盐基氮含量,并通过16S r DNA高通量测序技术分析细菌的多样性、群落组成和演替规律,探究细菌群落变化与腐败指标之间的相关性。通过Alpha多样性分析可知,猪肉在冷藏过程中细菌丰度和多样性总体上呈"三级台阶"的下降,丰度和多样性最高点在D3。在门水平上优势菌为变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门;在目水平上优势菌为假单胞菌目和肠杆菌目;在属水平上优势菌为假单胞菌属、不动杆菌属和泛菌属。对各菌属相对丰度变化的分析表明假单胞菌属,与肠杆菌属、泛菌属之间存在互生关系。细菌相对丰度和腐败指标的相关性表明猪肉腐败过程中拉乌尔菌属和醋杆菌属的相对丰度与挥发性盐基氮含量具有较强的相关性。     

冷鲜鸡在微冻贮藏过程中的菌群结构变化

为揭示冷鲜鸡在微冻贮藏过程中的微生物变化规律,为微冻保鲜提供理论依据,本实验采用16S rRNA高通量测序技术解析冷鲜鸡在微冻贮藏条件下不同储藏时间菌群结构的变化规律。结果显示:冷鲜鸡在-3 ℃微冻贮藏过程中Shannon指数下降、Simpson指数升高,微生物多样性降低;丰富度指数（Ace指数和Chao1指数）随着贮藏时间先下降后上升,在贮藏第4 d时达到峰值,而后又逐渐降低;在门水平,冷鲜鸡在微冻贮藏过程中优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteriota）和绿弯菌门（Chloroflexi）,变形菌门相对丰度随着贮藏时间的延长而增加,其他菌门则降低;在属水平,冷鲜鸡优势菌属为假单胞杆菌属、不动杆菌属、希瓦氏菌属和嗜冷杆菌属,随着贮藏时间的延长,假单胞杆菌属相对丰度增加,不动杆菌、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属等微生物的丰度降低,贮藏第28天时,主要为假单胞杆菌属,其余菌属各自占比不足1%。由此可知,假单胞杆菌属是冷鲜鸡在微冻贮藏环境下的优势腐败菌。     

高通量测序分析冷鲜滩羊肉储藏过程中的细菌群落多样性

通过Illuminu测序技术对滩羊肉贮藏过程中菌群的16S rRNA基因V3区进行测序,探讨冷鲜滩羊肉在贮藏过程中细菌的菌群组成,以及随着储藏时间延长其优势菌群的变化。结果表明:滩羊肉在贮藏过程中其微生物菌群变化具有多样性;三个不同贮藏时期滩羊肉的微生物都是由11个细菌门、23个纲、35个属组成,但是不同时期的细菌的丰富度不同,随着储存时间延长,到第8 d时,冷鲜滩羊肉表面的主要类群为变形菌门(Proteobacteria)占71.59%,厚壁菌门(Firmicutes)占23.15%。其中Proteobacteria类群随着储藏时间的增加呈现减少的趋势,而Firmicutes菌群变化趋势与之相反。随着储藏时间变化,滩羊肉贮藏中主要腐败菌为假单胞菌属(Pseudomonas spp.)、不动杆菌属(Acinetobacter spp.)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter spp.)、肠杆菌属(Enterobacteriaceae spp.)、热死环丝菌(Brochothrix spp.)、乳酸菌属(Lactobacillus spp.)。其中假单胞菌属(Pseudomonas spp.)是造成冷鲜滩羊肉腐败变质的主要优势菌。     

保温发酵鱼露中细菌群落的16S rDNA分子生态分析

本文通过对细菌16S rDNA V₄区进行高通量测序,并结合实时荧光定量PCR 法(FQ-PCR)研究35 ℃发酵条件下鱼露的细菌群落多样性。研究发现发酵初期细菌数量快速下降,到后期数量基本保持稳定。鱼露中细菌群落组成复杂,在测序得到的所有细菌OTUs中共注释出37个门、238个属,但有50%左右的OTUs未能注释到属。发酵8个月后,继续增加发酵时间,鱼露中的细菌组成变化不明显。在门的水平上,在鱼露发酵的各个阶段中细菌主要分布在变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);在属分类的水平上,优势菌主要有乳杆菌属(Lactobacillus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链球菌属(Streptococcus)、不动菌属(Acinetobacter)等。发酵前2个月,优势菌是嗜冷杆菌属(Psychrobacter,23.39%)、链球菌属(Streptococcus,5.34%)、乳杆菌属(Lactobacillus,3.05%),发酵12个月时,主要优势菌中变形菌门中以链球菌属(Streptococcus,3.62%)、乳杆菌属(Lactobacillus,3.23%)、葡萄球菌属(Staphylococcus,1.20%)为主,而厚壁菌门以不动菌属(Acinetobacter,9.14%)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter,8.77%)、假单胞菌属(Pseudomonas,6.78%)为主,其中耐盐和嗜盐的乳酸菌主要有乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)等。     

不同贮藏温度下稻花鸡肉优势腐败菌变化及Arrhenius 货架期预测模型的建立

为获得稻花鸡肉腐败菌的Arrhenius货架期预测模型,采用培养基初步筛选与16S rDNA全基因序列鉴定优势腐败菌,研究不同贮藏温度（25、4、0℃）下优势腐败菌和菌落总数的生长变化,通过化学反应动力学方程构建菌落总数、假单胞菌和沙雷氏菌货架期预测模型并进行验证。结果表明,稻花鸡肉在贮藏过程中逐渐占主导地位的优势腐败菌是假单胞菌属莓实假单胞菌和肠杆菌科沙雷氏菌属液化沙雷氏菌。稻花鸡肉25℃常温贮藏下货架期不超过0.5 d,腐败中后期沙雷氏菌占主导地位,4℃冷藏保鲜货架期不超过4 d,假单胞菌和沙雷氏菌均随贮藏时间的延长呈增长趋势,0℃冰温贮藏货架期不超过10 d,贮藏后期假单胞菌和沙雷氏菌差异性不显著。利用菌落总数、假单胞菌、沙雷氏菌3个指标建立货架期预测模型,3种货架期预测模型预测值与实测值对比,平均相对误差均在允许范围内,预测效果最佳的是假单胞菌货架期预测模型。菌落总数、假单胞菌和沙雷氏菌货架期预测模型均能对稻花鸡肉的货架期进行真实预测。     

小肠结肠炎耶尔森氏菌在冷鲜鸡肉上的生长

将小肠结肠炎耶尔森氏菌接种到无该菌污染的冷鲜鸡肉上,测定接种前后于4℃贮藏的冷鲜鸡肉在第0、2、4、6、8、10天时的理化指标和微生物指标,包括p H值、挥发性盐基氮值(Total Volalite Base Nitrogen,TVBN)、菌落总数、嗜冷菌总数以及耶氏菌总数,并综合感官评价结果分析各指标间的相关性。最后通过结合16S r DNA基因序列分析及PCR扩增方法鉴定冷鲜鸡肉在贮藏过程中的菌相组成变化。实验结果表明:接种前后,冷鲜鸡肉的TVB-N值、菌落总数、嗜冷菌总数、耶氏菌总数都随贮藏时间延长而增大;p H值呈波动上升再下降趋势;感官评定分数一直下降;货架期由8 d缩短到6 d。从菌相鉴定结果中发现,假单胞菌属、希瓦氏菌属在贮藏过程中一直处于优势地位,且在贮藏后期检出了罕见的哈夫尼亚菌属。     

生鲜罗非鱼片在冷藏过程中细菌群落演替的PCR-DGGE分析

分析了生鲜罗非鱼片在腐败过程中细菌群落的演替规律。以4℃有氧冷藏条件下的生鲜罗非鱼片为研究对象,定期提取鱼片上的细菌总DNA,采用16S rDNA PCR-DGGE技术连续分析细菌群落演替,对DGGE电泳胶片上的主要DNA条带进行序列分析并构建系统发生树。结果表明:9个主要的DNA条带所代表的细菌来源于以下几个属:希瓦氏菌属(Shewanella)、无色杆菌属(Achromobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、短杆菌属(Brevibacterium)、迪茨氏菌属(Dietzia)、紫色杆菌属(Janthinobacterium)、黄杆菌属(Flavobacterium)。在冷藏初期即第0～6d鱼片上的细菌包括8个属,即无色杆菌属、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、短杆菌属、迪茨氏菌属、紫色杆菌属;冷藏9d后鱼片发生腐败,此时无色杆菌属、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属和假单胞菌属的细菌成为优势种;冷藏12d时出现黄杆菌属细菌。     

冷鲜鸡胸肉主要腐败菌的分离及低温贮藏对货架期的影响

冷鲜鸡肉的货架期与其腐败菌的种类和数量密切相关。采用选择性培养基对冷鲜鸡胸肉中的主要腐败菌进行了分离,并对其低温条件下的货架期进行了研究。结果表明,假单胞菌、热死环丝菌、肠杆菌和乳酸菌是冷鲜鸡胸肉中的主要腐败菌;在低温贮藏过程中,前两种菌的数量呈明显上升趋势,并成为优势菌群。在2、4、8和10℃贮藏条件下,冷鲜鸡胸肉的货架期分别为14、10、5和3 d。     

冷鲜牛肉贮藏中菌群结构及优势菌致腐性的分析

为探究牛肉在0?℃冷藏下微生物菌群变化和优势腐败菌,采用培养依赖的16S rRNA结合高通量测序技术分析牛肉样品的微生物多样性变化。通过定期测定接种牛肉汁的生长、感官、蛋白酶活性、pH值和挥发性盐基氮（total volatile basic nitrogen,TVB-N）值,分析分离株的致腐特征。结果表明,牛肉冷藏中感官品质保持良好,15?d出现异味,18?d有腐臭味。而样品中菌落总数第3天快速上升,15?d菌落总数为8.73（lg（CFU/g））,之后呈现稳定,假单胞菌（Pseudomonas spp.）、热死环丝菌（Brochothrix thermosphacta）、肠杆菌（Enterobacter）和乳酸菌4 种分离培养基中细菌与菌落总数增长趋势相似,其中假单胞菌增长最快,肠杆菌数和乳酸菌数生长最慢。两种菌群鉴定结果显示,冷鲜牛肉初始微生物构成复杂,包括热死环丝菌、不动杆菌属（Acinetobacter spp.）、气单胞菌属（Aeromonas spp.）和假单胞菌等多种菌属构成,而腐败末期菌群构成趋于单一,假单胞菌和热死环丝菌为优势腐败菌,特别是莓实假单胞菌（P. fragi）。将腐败分离株10?株假单胞菌、4?株热死环丝菌和1?株蜂房哈夫尼菌（Hafnia alve）接种于冷藏的牛肉汁,发现假单胞菌和蜂房哈夫尼菌的接种组感官评分、pH值和TVB-N值高于热死环丝菌,且假单胞菌有较强的蛋白酶活性。研究表明,结合感官和微生物评价冷鲜牛肉贮藏期为15?d,且菌群多样性下降,假单胞菌和热死环丝菌是优势腐败菌,其中假单胞菌致腐性较强。     

冷藏卵形鲳优势腐败菌的分离鉴定及致腐能力分析

为研究卵形鲳鲹冷藏末期的优势腐败菌及其致腐能力,采用传统选择性培养结合16S rDNA序列分析法,对卵形鲳鲹4℃贮藏期间腐败菌分别进行分离纯化、菌相分析及菌属确定,并以腐败物质的产量因子Y_TVB-N/CFU为评价标准,定量分析了贮藏末期优势菌的致腐能力。结果得出,卵形鲳鲹4℃贮藏过程中共分离纯化出16株细菌,其中革兰氏阴性菌10株,革兰氏阳性菌6株,其分属6个菌属。贮藏初期（0 d）时菌相丰富,希瓦氏菌属（Shewanella sp.）、假单胞菌属（Pseudomonas sp.）、葡萄球菌属（Staphylococcus sp.）、芽孢杆菌属（Bacillus sp.）、乳酸杆菌属（Lactobacillus sp.）与肠杆菌属（Enterobacter sp.）等均有出现;中期（3 d）菌群种类有所减少,以希瓦氏菌属（Shewanella sp.）与假单胞菌属（Pseudomonas sp.）所占比例较高,后期（6 d）种类进一步减少,只有3株菌占较高,分别是2号腐败希瓦氏菌（Shewanella putrefaciens 48%）、5号奥奈达希瓦氏菌（Shewanella oneidensis 26.6%）与16号霍氏肠杆菌（Enterobacter hormaechei 19.4%）;致腐能力由高至低依次为腐败希瓦氏菌 > 奥奈达希瓦氏菌 > 霍氏肠杆菌,其中腐败希瓦式菌致腐能力显著强于另两株菌;综合贮藏末期所占比例及致腐能力结果,最终确定腐败希瓦氏菌为4℃贮藏下卵形鲳鲹的优势腐败菌。     

高通量测序方法分析冰鲜鸡肉保鲜期间微生物菌相变化研究

目的分析冰鲜鸡保鲜期间微生物菌相(细菌和真菌)的变化。方法采用高通量(16srDNA high-throughputsequencing)技术对冰鲜鸡保鲜期间微生物菌相多样性及丰富度进行分析。结果研究结果表明:冰鲜鸡在保鲜期间微生物菌相多样性及丰富度总体上呈先上升后下降的趋势。在保鲜初期,细菌(Cellulosimicrobium、 Vagococcus、 Serratia)的相对丰度水平均呈下降趋势;在保鲜的中后期,假单胞菌(Pseudomonas)的相对丰度急剧增加,成为优势菌。真菌主要为担子菌门(Basidiomycetes)与子囊菌门(Ascomycetes),其中子囊菌门(Ascomycetes)最丰富;保鲜期间曲霉(Aspergillus)、白蚁(Termitomyces)和镰刀菌(Fusarium)为优势菌属。结论冰鲜鸡保鲜期间Pseudomonas急剧增加,为优势腐败菌。     

Bacterial diversity and spoilage-related microbiota associated with freshly prepared chicken products under aerobic conditions at 4°C

This study analyzed the bacterial diversity and spoilage-related microbiota associated with freshly prepared chicken products stored aerobically at 4°C, using "bone and chicken string," a product popular in the People's Republic of China, as the study subject. Samples collected from three different factories were tray packaged with cling film and stored at 4°C. Bacterial diversity and dominant bacteria were analyzed using PCR amplification and denaturing gradient gel electrophoresis. Combined with selective cultivation of the dominant bacteria and correlation analysis, the dominant spoilage microbiota was determined. The results showed that bacterial diversity varied with different manufacturers. Such bacteria as Acinetobacter sp., Carnobacterium sp., Rahnella sp., Pseudomonas sp., Brochothrix sp., and Weissella sp. were detected in freshly prepared chicken products during storage. And Carnobacterium sp., Pseudomonas sp., and Brochothrix sp. bacteria were the common dominant spoilage bacteria groups in most freshly prepared chicken products from different factories. Carnobacterium was, for the first time, shown to be an important contributor to the spoilage-related microflora of freshly prepared chicken products stored aerobically under refrigeration. Our work shows the bacterial diversity and dominant spoilage microbiota of freshly prepared chicken products stored aerobically under refrigeration.     

基于Illumina MiSeq测序技术分析大鲵肉冷藏过程中微生物菌群演替规律

为探究大鲵肉冷藏过程中菌相组成及特定腐败微生物,对托盘包装大鲵肉不同冷藏时间（4 ℃,0、2、4、6、8 d）的挥发性盐基氮和菌落总数进行评价,在此基础上采用Illumina MiSeq测序技术探究其微生物菌群变化与多样性。结果表明,大鲵肉在冷藏过程中菌落总数和挥发性盐基氮呈上升趋势,分别在第6天和第8天超标。高通量测序结果显示,大鲵肉中微生物丰度随着冷藏时间的延长呈降低趋势。在门水平上进行群落组成分析,细菌的优势菌门从冷藏前期（0、2 d）的拟杆菌门、厚壁菌门逐渐转变为中（4 d）、后期（6、8 d）的变形菌门。在属水平上细菌的优势菌属从冷藏前期主要的拟杆菌属、Faecalibacterium逐渐转变为中、后期的假单胞菌属、气单胞菌属、Hafnia-Obesumbacterium、沙雷氏菌属。主坐标分析显示0-2、4、6、8 d之间微生物菌群差异较大,2 个主坐标叠加解释度达80.92%;LEfSe分析表明,引起大鲵肉各冷藏期差异显著的菌门主要为变形菌门、放线菌门、拟杆菌门、纤维杆菌门、厚壁菌门,菌属主要为假黄单胞菌属、Bauldia、沙雷氏菌属、不动杆菌属、气单胞菌属、假单胞菌属、ambiguous_taxa、Hafnia-Obesumbacterium、Rikenellaceae_RC9_gut_group、Prevotella_9、拟杆菌属、纤维杆菌属、毛螺菌属、Faecalibacterium、Clostridium_sensu_stricto_1。进化分析表明大鲵肉冷藏过程中微生物菌群演替与冷藏时间具有较强相关性。综合分析,引起冷藏期间大鲵肉腐败变质的微生物主要为假单胞菌属、气单胞菌属、Hafnia-Obesumbacterium和沙雷氏菌属。该研究为今后大鲵肉冷藏过程中靶向抑菌及货架期延长提供了参考。     

包装方式和贮藏温度对羊肉微生物数量、细菌多样性和代谢途径的影响

为探究包装方式和贮藏温度对羊肉微生物数量、细菌多样性和代谢途径的影响,将宰后羊肉分别经空气包装（air packaging,AP）、真空包装（vacuum packaging,VP）和贴体包装（skin packaging,SP）后置于冷藏（4±1）℃和冰温（－1.7±0.2）℃下贮藏30 d,采用平板计数和高通量测序相结合的方法对贮藏过程中的微生物群落进行分析。结果表明,贮藏过程中SP组的菌落总数（total viable count,TVC）、乳酸菌、假单胞菌等6 种菌群数量均低于AP组和VP组,冰温组6 种菌群数量均明显低于冷藏组。随贮藏时间延长羊肉菌群多样性均呈下降趋势,冷藏组较冰温组多样性更复杂。采用高通量测序技术对羊肉菌群16S rDNA的V3～V4区域测序,共获得10 个菌门和30 个菌属,所有样品中丰度最高的菌门均为变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）;假单胞菌属（Pseudomonas）在AP组中为优势菌属,而在SP组和VP组中丰度较低,肉食杆菌属（Carnobacterium）、环丝菌属（Brochothrix）和乳杆菌属（Lactobacillus）均为AP、VP和SP组贮藏末期的优势菌属。基于京都基因与基因组百科全书富集分析发现碳水化合物代谢、氨基酸代谢和核苷酸代谢为羊肉贮藏过程中主要代谢途径,其中贮藏前期以氨基酸代谢为主,贮藏后期主要为碳水化合物代谢和核苷酸代谢,包装方式和贮藏温度导致的菌群结构差异主导了代谢丰度的不同。结论：SP协同冰温贮藏能够降低羊肉贮藏过程中微生物的数量和细菌群落多样性,有利于保持羊肉品质。     

不同时期鲳鱼冷藏期间优势腐败菌的多样性变化

目的：比较分析不同时期冷藏鲳鱼（Pampus argenteus）贮藏期间的感官品质、pH值、微生物指标与主要微生物菌群的变化规律。方法：冷藏（4±1） ℃条件下,以感官评定、pH值与菌落总数为品质评价指标,采用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增结合生理生化鉴定法分别对冬、春两个时期的鲳鱼进行优势腐败菌的变化规律研究。将经细菌培养与分离纯化得到单菌落按其形态特征进行分类,再通过生理生化鉴定与革兰氏染色,初步得到菌落种类,对单菌落进行DNA提取与PCR扩增并测序。结果：冬季样品获得12 种菌株,春季样品获得9 种菌株。贮藏末期时,冬季样品中优势腐败菌的种类与比例分别为嗜冷杆菌（Psychrobacter spp.）21.51%、草莓假单胞菌（Pseudomonas fragi）16.13%、荧光假单胞菌（Pseudomonas fluorescens）52.68%与热杀索丝菌（Brochothrix thermosphacta）9.68%;春季样品为草莓假单胞菌（Pseudomonas fragi）8.62%、荧光假单胞菌（Pseudomonas fluorescens）64.66%与腐败希瓦氏菌（Shewanella putrefaciens）26.72%。结论：冬、春时期中冷藏鲳鱼贮藏期间优势腐败菌的种类基本一致,以革兰氏阴性菌为主,但在细菌种类与比例上存在差异,冬季样品的微生物种类较春季丰富。贮藏期间,随着荧光假单胞菌所占比例的增加,使腐败希瓦氏菌的生长受到明显抑制。