草莓中诺如病毒和甲肝病毒的多重实时荧光逆转录PCR检测方法的建立

目的建立草莓中诺如病毒GI、诺如病毒GII和甲肝病毒等3种食源性病毒的多重实时荧光RT-PCR检测方法,并应用于实际样品检测。方法对草莓样品进行前处理、病毒富集、病毒RNA提取和纯化后,先采用单重实时荧光RT-PCR进行检测,随后进行多重实时荧光RT-PCR反应条件优化,建立多重实时荧光RT-PCR检测方法并分析其特异性和灵敏度。结果所采用的病毒富集和核酸提取方法可以实现病毒的有效富集和抑制剂的去除,建立的多重实时荧光RT-PCR方法特异性强(100%),对草莓样品中诺如病毒GI、诺如病毒GII和甲肝病毒的检测灵敏度分别为56.2 RT-PCR50/20 g、31.6 RT-PCR50/20 g和31.4 CCID50/20 g。同时对50份样品进行检测,结果均为阴性。结论所建立的检测方法快速、灵敏、特异性强,适用于草莓产品中诺如病毒GI、诺如病毒GII和甲肝病毒的同时检测。     

星状病毒核酸检测标准物质的研制

目的：研制用于食品中星状病毒核酸检测的cRNA标准物质。方法：利用基因克隆体外转录方法制备星状病毒cRNA纯品,初步定量后稀释至适宜浓度进行分装,其中一部分分装样品添加RNAsafe处理,剩余部分不做处理,制备2 种标准物质样品。采用实时荧光定量实时聚合酶链式反应（real-time-polymerase chain reaction,RTPCR）方法检验2 种标准物质样品均匀性和稳定性。样品中RNA浓度（拷贝/μL）通过荧光定量RT-PCR和数字PCR联合定值获得,并进行不确定度分析。结果：均匀性结果显示2 种样品组间精密度与组内精密度差异均无统计学意义（P＞0.05）。稳定性检验表明20～25 ℃ 10 d、4 ℃ 14 d、－20 ℃ 3 个月及－80 ℃和液氮6 个月2 种样品cRNA含量无显著变化。RNAsafe（－）标准物质定值为：（1.652±0.143）×108 拷贝/μL（－80 ℃）和（1.652±0.135）×108 拷贝/μL（液氮）。结论：RNAsafe（－）标准物质样品可作为用于星状病毒核酸检测的标准物质。     

实时荧光RT-PCR检测冷冻草莓中诺如病毒

目的：建立冷冻草莓中的GI、GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR检测方法,并应用于实际样品的检测。方法：对草莓样品进行前处理、病毒富集、病毒RNA的提取和纯化,然后采用实时荧光RT-PCR进行检测。结果：核酸提取方法能够有效地去除抑制因子,同时对104份送检样品进行检测,结果均为阴性。结论：所建立的核酸提取与实时荧光RT-PCR结合的检测体系适合于草莓样品中诺如病毒GI、GII型的检测。     

检测鲜草莓中GⅡ型诺如病毒的两种富集方法比较

目的建立鲜草莓中GⅡ型诺如病毒(No V GⅡ)的实时荧光RT-PCR检测方法,评价磁珠富集法和PEG(聚乙二醇)沉淀法对检测草莓中No V GⅡ的适用性,对北京地区采集的18份草莓样品进行检测。方法参照ISO/TS 15216-1《实时荧光RT-PCR方法测定食品中甲型肝炎病毒和诺如病毒水平方法》合成检测No V GⅡ的特异性引物和探针,分别采用磁珠富集法和PEG沉淀法富集病毒,然后提取RNA,建立实时荧光RT-PCR检测方法,并对提取条件进行优化。结果磁珠富集法的最高回收率为1.730%(PBS缓冲液),PEG沉淀法的最高回收率为1.682%(TGBE缓冲液),18份草莓样品均未检出No V GⅡ。结论通过磁珠富集法和PEG沉淀法建立的病毒检测的富集方法均适用于鲜草莓中No V GⅡ的检测。     

食品中人星状病毒的定量检测方法

目的:应用一步法微滴数字PCR方法(RT-ddPCR),建立一种食品中人星状病毒(HAstV)定量检测方法。方法:筛选引物探针,建立HAstV RT-ddPCR方法;利用其它常见食源性病毒RNA,确定特异性;梯度稀释HAV RNA标准样品确定检测限、准确度和重复性。用已知效价的MS2噬菌体制备人工污染样品,研究RT-ddPCR方法在不同种类食品基质中的检测限和回收率,比较2种RNA提取方法的病毒检出量。结果:HAstV RT-ddPCR方法准确度、灵敏度和重复性良好,检测限105~100拷贝/μL,最低定量限5拷贝/μL;不同种类食品基质的检测限分别为7.2×106~3600拷贝(贝类消化腺),7.2×106~3600拷贝(硬表面食品),7.2×106~7200拷贝(生食蔬菜)、7.2×107~7200拷贝(软质水果);高浓度污染剂量时,Trizol裂解结合磁珠纯化方法病毒检出量显著低于Trizol裂解提取方法(P<0.05);不同种类食品基质中模拟病毒回收率存在显著差异(P<0.05)。结论:本研究建立的食品中HAstV定量检测方法可有效定量检测HAstV,可通过病毒回收率计算样品中HAstV的实际载量。     

蓝莓中诺如病毒检测方法的优化及其在果蔬中的应用

目的:建立蓝莓等浆果类和蔬菜类食品中GII型诺如病毒(NoV GII)的有效检测方法。方法:利用已知NoV GII病毒样本对阴性的蓝莓进行人工染毒,分别比较7种洗脱液和2种浓缩方法的回收效果,优化RNA提取方法,最后采用荧光定量PCR方法进行检测。用新建立的诺如病毒浓缩检测方法,对7种市购浆果和蔬菜样品进行检测并研究其最低检出限。结果:实时荧光RT-PCR检测结果表明,人工染毒后的蓝莓等浆果样品(表皮和基质)采用TP ALK洗脱液洗脱,经酶处理后超滤法浓缩,最后采用病毒核酸提取试剂盒(QIAamp Viral RNA Mini Kit)提取浓缩病毒的RNA,诺如病毒的回收效率达到较高的水平,其灵敏度达3.5～350 PCRU/10g。将该方法用于草莓、杨梅、葡萄、小番茄、生菜、胡萝卜、黄瓜等7种水果蔬菜中诺如病毒的检测,其中杨梅和小番茄的检测灵敏度达到3.5～3 500 PCRU/10 g,草莓、生菜和胡萝卜次之,为35～35 000 PCRU/10 g,黄瓜和葡萄的灵敏度较低。结论:所建立的果蔬中诺如病毒富集方法和核酸提取方法操作简便,灵敏度较高,适合于蓝莓等浆果和蔬菜类样品中NoV GII的检测。     

食源性单增李斯特菌的实时定量PCR检测

根据GenBank数据库单增李斯特菌的O基因序列(AF253320)设计引物,建立单增李斯特菌实时荧光定量PCR检测方法。标准曲线的相关系数为0.996,检出底限约8个细菌/反应,而常规PCR检出底限约60个细菌/反应。比较常规PCR和实时荧光定量PCR对人工污染样品检测,发现实时定量PCR也具有较高的灵敏度;对40份牛奶和40份火腿样品进行检测,阳性率分别为12.5%和10%,与传统细菌分离检测结果完全相符。因此,实时定量PCR检测单增李斯特菌具有快速、灵敏的优点,适宜于食品中单增李斯特菌污染的调查及监测。     

西生菜中低污染量GⅡ型诺如病毒的富集与定量检测研究

目的优化新鲜西生菜中低污染量的GⅡ型诺如病毒富集方法,比较实时荧光RT-PCR与微滴式数字RT-PCR检测方法,研究适用于新鲜西生菜中低污染量的GⅡ型诺如病毒的定量检测方法。方法选取洗脱液种类、沉淀剂种类、沉淀剂作用温度及沉淀剂作用时间4个因素进行研究,以确定较优的GⅡ型诺如病毒富集条件。结合较优的富集条件,分别采用实时荧光RT-PCR方法和微滴式数字RT-PCR方法进行定量检测。结果病毒富集方法研究表明:洗脱液为牛肉膏-甘氨酸洗脱液、沉淀剂为PEG6000+PEG8000、沉淀剂作用温度为4℃,沉淀剂作用时间为4 h为较优条件,此时富集后的平均病毒浓度最高,平均回收率可达53.43%。实时荧光RT-PCR的检测限为1.44×10~4 copies/g;而微滴式数字RT-PCR的检测限为7.86×10~2 copies/g。结论通过优化西生菜中低污染量的GⅡ诺如病毒富集方法,比较实时荧光RT-PCR方法与微滴式数字RT-PCR方法定量检测病毒的效果,建立了适用于西生菜样品中低污染量GⅡ诺如病毒的定量检测方法。     

草莓中甲型肝炎病毒检测

目的：建立草莓中甲型肝炎病毒（hapatitis A virus,HAV）的有效富集方法及病毒RNA提取方法,用于草莓中HAV检测。方法：利用甲肝减毒疫苗对已知阴性的草莓样品进行人工污染,通过有效富集条件的优化及RNA提取后,采用实时荧光逆转录-聚合酶链式反应进行检测。结果：病毒富集选择Tris-甘氨酸-1 g/100 mL牛肉浸提物缓冲液洗脱、果胶酶30 U、氯仿-正丁醇为抑制剂去除剂、聚乙二醇沉淀、5 ℃孵育1 h等优化条件,检测灵敏度较高;最优RNA提取方法为美国ABI公司生产的RNA提取试剂盒。采用优化后的方法对草莓样品中HAV病毒的检测显示,该病毒粒子的检测灵敏度可以达31.36 CCID50/20 g样品。同时对50 份送检样品进行检测,结果均为阴性。结论：所建立的病毒富集方法和核酸提取方法更适合草莓样品中HAV的检测,灵敏度较高。     

运用SYBR Green I荧光实时RT-PCR法检测草莓中甲肝病毒

针对甲肝病毒的vp3/vp1 壳蛋白区域设计引物,建立SYBR Green Ⅰ实时荧光RT-PCR 检测甲肝病毒的反应体系。此方法的病毒检测下限达到101 TCID50,标准曲线为Ct= － 3.052lg(TCID50)+34.57,线形范围101～105TCID50,相关系数0.9961。该方法对甲肝病毒检测特异,与轮状病毒、腺病毒、诺如病毒、星状病毒无交叉反应。针对甲肝病毒标准品检测的批内试验变异系数(CV)为0.85%～1.71%(n=5)、批间试验CV 为0.76%～1.98%(n=3)。运用此方法随机检测45 份草莓样品,检测出3 份阳性样品。该检测方法灵敏、特异、重复性好,可应用于水果和蔬菜中甲肝病毒的快速检测。     

基于cgcA基因实时荧光PCR快速检测穆汀斯克罗诺杆菌的研究

为实现奶粉中常见污染菌穆汀斯克罗诺杆菌的快速检测与控制,本文根据cgcA基因序列设计出特异性探针和引物,建立了运用实时荧光定量PCR法检测穆汀斯克罗诺杆菌的反应体系和反应条件,并对该法的特异性、灵敏度、稳定性进行评价,并进行人工染菌样品检测实验。特异性结果表明,对穆汀斯克罗诺杆菌的荧光PCR检测结果的特异性为100%;灵敏度结果表明,穆汀斯克罗诺杆菌检出限在440 cfu/m L;稳定性结果表明,穆汀斯克罗诺杆菌组内实验CV在0.48~0.69%之间波动,而组间实验CV在0.69~0.73%之间波动;人工染菌样品试验表明,在增菌6 h后能检出阳性。本研究所建立的实时荧光定量PCR法特异性好、灵敏度高、稳定性强,有望成为快速检测食品中穆汀斯克罗诺杆菌污染的新方法,具有很好的研究价值和应用前景。     

Evaluation of viral extraction methods on a broad range of Ready-To-Eat foods with conventional and real-time RT-PCR for Norovirus GII detection

Noroviruses (NoV) are a common cause of foodborne outbreaks. In spite of that, no standard viral detection method is available for food products. Therefore, three viral elution-concentration methods and one direct RNA isolation method were evaluated on a broad range of Ready-To-Eat (RTE) food products (mixed lettuce, fruit salad, raspberries and two RTE dishes) artificially seeded with a diluted stool sample contaminated with NoV genogroup II. These seeding experiments revealed two categories of RTE products, fruits and vegetables grouped together and RTE dishes (penne and tagliatelle salads) which are rich in proteins and fat formed another category. The RNA extracts were amplified and detected with two conventional RT-PCR systems (Booster and Semi-nested GII) and one real-time RT-PCR (Real-time GII) assay. A fast direct RNA isolation method detected 10(2) RT-PCRU on 10 g penne and tagliatelle salads with the conventional RT-PCR assays. However real-time RT-PCR was less sensitive for penne salad. A viral elution-concentration method, including a buffer solution for the elution step and one polyethylene glycol (PEG) precipitation step, was able to detect 10(2) RT-PCRU on 50 g frozen raspberries with conventional and real-time RT-PCR assays. Moreover the latter extraction method used no environmental hazardous chemical reagents and was easy to perform.     

蔬菜水果中菊酯类农药残留快速检测的方法研究

为研究一种蔬菜水果中菊酯类农药残留快速检测方法,通过选购市场上常见的胶体金免疫层析产品及菊酯类农药,对蔬菜水果中菊酯农残的快速检测进行前处理步骤的优化,并考察每种胶体金免疫层析产品在果蔬基质样品检测中的灵敏度、特异性、假阳性率、假阴性率和准确度,以实现胶体金免疫层析产品的整体性评价。结果表明,直接稀释法检测大白菜、韭菜和柑橘时,检测限较高,无法满足检测要求;直接提取法适用于大白菜、韭菜和柑橘的快速检测,检测限为2 mg/kg。方法学验证结果表明：以大白菜、韭菜和柑橘作为空白基质的检测限为2 mg/kg,灵敏度均为100%,特异性为100%,假阳性率为0,假阴性率为0。该方法快速准确、灵敏度高,可适用于蔬菜水果中菊酯类农药残留的快速检测。     

荧光染料EMA在实时荧光PCR定量检测海产品中致病性副溶血弧菌活细胞中的应用

将荧光染料--叠氮溴乙锭(ethidium bromide monoazide,EMA)与实时荧光-聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,RT-PCR)技术相结合,对其在RT-PCR定量检测海产品中致病性副溶血弧菌活细胞中的应用进行研究。纯培养条件下,在2.2×102～2.2×107CFU范围内细胞数的常用对数值与Ct值之间呈严格的负相关性,并且不添加EMA时的检测灵敏度(22CFU)略大于添加EMA(2.2×102CFU)时的检测灵敏度;人工污染牡蛎样品,利用RT-PCR和EMA RT-PCR以及平板计数法分别进行副溶血弧菌定量检测,结果表明EMA RT-PCR更接近于平板计数的结果,单纯RT-PCR定量的结果偏大;在采集的45份海产品样品中,不经富集培养,利用EMA RT-PCR方法仅有一份牡蛎样品呈阳性,牡蛎样品污染程度为114CFU/g。该方法能够快速、灵敏、准确地进行海产品中致病性副溶血弧菌活细胞的定量检测,具有很好的应用价值。