草莓中诺如病毒和甲肝病毒的多重实时荧光逆转录PCR检测方法的建立

目的建立草莓中诺如病毒GI、诺如病毒GII和甲肝病毒等3种食源性病毒的多重实时荧光RT-PCR检测方法,并应用于实际样品检测。方法对草莓样品进行前处理、病毒富集、病毒RNA提取和纯化后,先采用单重实时荧光RT-PCR进行检测,随后进行多重实时荧光RT-PCR反应条件优化,建立多重实时荧光RT-PCR检测方法并分析其特异性和灵敏度。结果所采用的病毒富集和核酸提取方法可以实现病毒的有效富集和抑制剂的去除,建立的多重实时荧光RT-PCR方法特异性强(100%),对草莓样品中诺如病毒GI、诺如病毒GII和甲肝病毒的检测灵敏度分别为56.2 RT-PCR50/20 g、31.6 RT-PCR50/20 g和31.4 CCID50/20 g。同时对50份样品进行检测,结果均为阴性。结论所建立的检测方法快速、灵敏、特异性强,适用于草莓产品中诺如病毒GI、诺如病毒GII和甲肝病毒的同时检测。     

实时荧光RT-PCR检测冷冻草莓中诺如病毒

目的：建立冷冻草莓中的GI、GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR检测方法,并应用于实际样品的检测。方法：对草莓样品进行前处理、病毒富集、病毒RNA的提取和纯化,然后采用实时荧光RT-PCR进行检测。结果：核酸提取方法能够有效地去除抑制因子,同时对104份送检样品进行检测,结果均为阴性。结论：所建立的核酸提取与实时荧光RT-PCR结合的检测体系适合于草莓样品中诺如病毒GI、GII型的检测。     

蓝莓中诺如病毒检测方法的优化及其在果蔬中的应用

目的:建立蓝莓等浆果类和蔬菜类食品中GII型诺如病毒(NoV GII)的有效检测方法。方法:利用已知NoV GII病毒样本对阴性的蓝莓进行人工染毒,分别比较7种洗脱液和2种浓缩方法的回收效果,优化RNA提取方法,最后采用荧光定量PCR方法进行检测。用新建立的诺如病毒浓缩检测方法,对7种市购浆果和蔬菜样品进行检测并研究其最低检出限。结果:实时荧光RT-PCR检测结果表明,人工染毒后的蓝莓等浆果样品(表皮和基质)采用TP ALK洗脱液洗脱,经酶处理后超滤法浓缩,最后采用病毒核酸提取试剂盒(QIAamp Viral RNA Mini Kit)提取浓缩病毒的RNA,诺如病毒的回收效率达到较高的水平,其灵敏度达3.5～350 PCRU/10g。将该方法用于草莓、杨梅、葡萄、小番茄、生菜、胡萝卜、黄瓜等7种水果蔬菜中诺如病毒的检测,其中杨梅和小番茄的检测灵敏度达到3.5～3 500 PCRU/10 g,草莓、生菜和胡萝卜次之,为35～35 000 PCRU/10 g,黄瓜和葡萄的灵敏度较低。结论:所建立的果蔬中诺如病毒富集方法和核酸提取方法操作简便,灵敏度较高,适合于蓝莓等浆果和蔬菜类样品中NoV GII的检测。     

检测鲜草莓中GⅡ型诺如病毒的两种富集方法比较

目的建立鲜草莓中GⅡ型诺如病毒(No V GⅡ)的实时荧光RT-PCR检测方法,评价磁珠富集法和PEG(聚乙二醇)沉淀法对检测草莓中No V GⅡ的适用性,对北京地区采集的18份草莓样品进行检测。方法参照ISO/TS 15216-1《实时荧光RT-PCR方法测定食品中甲型肝炎病毒和诺如病毒水平方法》合成检测No V GⅡ的特异性引物和探针,分别采用磁珠富集法和PEG沉淀法富集病毒,然后提取RNA,建立实时荧光RT-PCR检测方法,并对提取条件进行优化。结果磁珠富集法的最高回收率为1.730%(PBS缓冲液),PEG沉淀法的最高回收率为1.682%(TGBE缓冲液),18份草莓样品均未检出No V GⅡ。结论通过磁珠富集法和PEG沉淀法建立的病毒检测的富集方法均适用于鲜草莓中No V GⅡ的检测。     

微滴式数字PCR检测冷冻草莓中GⅠ、GⅡ型诺如病毒

目的:建立一种检测冷冻草莓中诺如病毒(GⅠ和GⅡ)的逆转录微滴数字PCR (RT-ddPCR)方法。方法:根据ISO标准选定检测引物,优化反应体系,退火温度,进行了方法学实验,建立了一种快速检测冷冻草莓中GⅠ和GⅡ亚型诺如病毒的新方法。结果:确定了数字PCR检测GⅠ型诺如病毒退火温度为56.5℃,GⅡ型诺如病毒退火温度为58.1℃。RT-ddPCR检测GⅠ质粒标准品标准曲线的R²=0.9947,RT-ddPCR检测GⅡ质粒标准品标准曲线的R²=0.9950,说明该方法具有良好的线性关系。与RT-qPCR灵敏度对比,RT-ddPCR法的灵敏度比RT-qPCR法高一个数量级。在检测范围内,最低检测限低至个位拷贝数。RSD最小为3.8%,表明该实验重复性良好。浓度较低100 copies/μL左右时,RT-ddPCR的重复性不佳。结论:本研究建立的诺如病毒数字PCR法具有特异性强、灵敏度高、检测限低等优点,可用于冷冻草莓中诺如病毒的定量检测。     

从生食鱼肉中提取GII型诺如病毒的不同方法的比较

目的本研究比较了多种可能适用于生食水产鱼肉中诺如病毒(No V)的提取方法。方法人工污染GII型No V三文鱼肉样品,通过病毒洗脱、浓缩、核酸提取,以及实时荧光定量反转录-聚合酶链式反应(RT-q PCR)检测等步骤的比较和优化,提高样品中No V的检测成功率和回收率。结果采用Tri/Glycine/Beef extract缓冲溶液洗脱、PEG/Na Cl溶液沉降、增加氯仿-正丁醇(1∶1,V/V)溶液萃取等步骤,可以有效富集样品中的No V,并有效去除样品中的PCR抑制成分。优化后的检测方案可以将人工污染GII型No V的鱼肉样品的回收率由不足3%提高至15.15%,检测灵敏度可以达到17.3 RT-PCRU/25 g。结论优化后的病毒提取方法具有良好的耐用性和重现性,适合于生食水产鱼肉中No V的快速检测。     

草莓中甲型肝炎病毒检测

目的：建立草莓中甲型肝炎病毒（hapatitis A virus,HAV）的有效富集方法及病毒RNA提取方法,用于草莓中HAV检测。方法：利用甲肝减毒疫苗对已知阴性的草莓样品进行人工污染,通过有效富集条件的优化及RNA提取后,采用实时荧光逆转录-聚合酶链式反应进行检测。结果：病毒富集选择Tris-甘氨酸-1 g/100 mL牛肉浸提物缓冲液洗脱、果胶酶30 U、氯仿-正丁醇为抑制剂去除剂、聚乙二醇沉淀、5 ℃孵育1 h等优化条件,检测灵敏度较高;最优RNA提取方法为美国ABI公司生产的RNA提取试剂盒。采用优化后的方法对草莓样品中HAV病毒的检测显示,该病毒粒子的检测灵敏度可以达31.36 CCID50/20 g样品。同时对50 份送检样品进行检测,结果均为阴性。结论：所建立的病毒富集方法和核酸提取方法更适合草莓样品中HAV的检测,灵敏度较高。     

GⅡ型诺如病毒微滴式数字RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为了建立快速准确的GⅡ型诺如病毒定量检测方法,本研究将微滴式数字RT-PCR技术应用于GⅡ型诺如病毒检测中,并与实时荧光RT-PCR法进行了比对。微滴式数字RT-PCR反应退火温度的优化实验确定了其最佳退火温度为56℃,实时荧光RT-PCR和微滴式数字RT-PCR两种方法的灵敏度实验对比表明微滴式数字RT-PCR法检测GⅡ型诺如病毒的灵敏度为5.40 copies/μL,其灵敏度高于实时荧光RT-PCR法,重复性实验对比表明两种方法在检测中间浓度的GⅡ型诺如病毒时重复性均较好;人工污染西生菜实验中表明微滴式数字RT-PCR法最低检测限为54.00 copies/μL。本研究建立的GⅡ型诺如病毒的微滴式RT-PCR检测方法,灵敏度高,重复性良好,在人工污染西生菜GⅡ型诺如病毒的检测中表现理想,具有良好的应用前景。     

蔬菜及水果中NLVs和HAV检测的研究

目的建立蔬菜水果中诺沃克样病毒(NLVs)和甲肝病毒(HAV)的RT-PCR检测方法。方法使用具有较强缓冲力的甘氨酸缓冲液将病毒从试样表面洗脱下来,用PEG6000将病毒沉降后进行RNA提取和RT-PCR检测。结果蔬菜中NLVs和HAV检测的灵敏度可达1.0×103RT-PCRU50/30 g试样和30 TCID50/30 g试样。而草莓样品的NLVs和HAV最低检出限为1.7×103RT-PCRU50/100 g试样和48 TCID50/100 g试样。结论该方法灵敏、可靠。     

西生菜中低污染量GⅡ型诺如病毒的富集与定量检测研究

目的优化新鲜西生菜中低污染量的GⅡ型诺如病毒富集方法,比较实时荧光RT-PCR与微滴式数字RT-PCR检测方法,研究适用于新鲜西生菜中低污染量的GⅡ型诺如病毒的定量检测方法。方法选取洗脱液种类、沉淀剂种类、沉淀剂作用温度及沉淀剂作用时间4个因素进行研究,以确定较优的GⅡ型诺如病毒富集条件。结合较优的富集条件,分别采用实时荧光RT-PCR方法和微滴式数字RT-PCR方法进行定量检测。结果病毒富集方法研究表明:洗脱液为牛肉膏-甘氨酸洗脱液、沉淀剂为PEG6000+PEG8000、沉淀剂作用温度为4℃,沉淀剂作用时间为4 h为较优条件,此时富集后的平均病毒浓度最高,平均回收率可达53.43%。实时荧光RT-PCR的检测限为1.44×10~4 copies/g;而微滴式数字RT-PCR的检测限为7.86×10~2 copies/g。结论通过优化西生菜中低污染量的GⅡ诺如病毒富集方法,比较实时荧光RT-PCR方法与微滴式数字RT-PCR方法定量检测病毒的效果,建立了适用于西生菜样品中低污染量GⅡ诺如病毒的定量检测方法。     

荧光定量PCR与常规PCR法检测GⅡ型札幌样病毒的比较

目的比较荧光定量PCR与常规RT-PCR法检测牡蛎中GⅡ型札幌样病毒的灵敏度与准确性,为该病毒检测提供适用的方法。方法采用荧光定量PCR和RT-PCR方法,分别检测牡蛎样品中的GⅡ型札幌样病毒。结果荧光定量PCR检测的灵敏度可达102拷贝/μl,札幌样病毒呈阳性的牡蛎有6例,阳性率为4.72%(6/127);RT-PCR的灵敏度为103拷贝/μl,札幌样病毒呈阳性的牡蛎有1例,阳性率为0.79%(1/127)。结论与RT-PCR方法比较,荧光定量PCR是更为敏感准确的方法,更适用于牡蛎中GⅡ型札幌样病毒的检测。     

北京市市售牡蛎中诺如病毒污染对居民健康影响的初步定量风险评估

目的通过建立针对北京市居民从零售到餐桌的牡蛎-诺如病毒暴露模型,对北京市居民通过市售牡蛎暴露诺如病毒的风险开展初步定量评估。方法利用北京市市售牡蛎中诺如病毒的356条定量检测数据,模拟北京市居民牡蛎消费情景,建立暴露评估模型,结合文献发表的基于暴发数据推导的剂量-反应关系模型,对居民通过生食牡蛎后发生诺如病毒感染的健康风险及其影响因素进行评估。结果 GI型和GII型诺如病毒阳性样品的污染水平分别为2.62×104个病毒拷贝/g(95%CI:3.73×103~1.54×105)和5.02×104个病毒拷贝/g(95%CI:8.13×103~2.52×105)。对血清分泌受体阳性的人群,生食1个可能受GI型和GII型诺如病毒污染的牡蛎的发病风险分别为0.93(95%CI:0.73~0.98)和0.95(95%CI:0.80~0.99);对血清分泌受体阴性的人群,生食1个可能污染GI型和GII型诺如病毒牡蛎的发病风险分别为0.37(95%CI:0.04~0.64)和0.57(95%CI:0.07~0.99)。风险的估计值与诺如病毒阴性样品的赋值相关,相关系数为0.49。不确定性分析显示,现有检测方法的检出限高于半数感染及致病剂量,是评估结果不确定性的主要来源。结论北京市居民通过生食牡蛎发生食源性诺如病毒感染的风险很高;提高病毒拷贝定量检测技术的灵敏度,降低检测方法的检出限水平是降低评估结果不确定性的主要途径。     

不同水源中GⅡ型诺如病毒实时荧光逆转录聚合酶链式反应检测方法建立及应用

目的建立不同水源中GⅡ型诺如病毒(NoV GⅡ)实时荧光逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测方法 ,对某市疾病预防控制中心送检的10份疑似引起诺如病毒中毒的水样进行NoV GⅡ检测。方法以瓶装水、河水和生活污水为研究对象,采用硝酸纤维素膜-聚乙二醇(PEG)沉淀法富集病毒,对取样体积、病毒洗脱条件、PEG终浓度及PEG沉淀条件等进行了优化,提取病毒RNA、建立实时荧光RT-PCR检测方法 ;通过外加MS2计算方法的回收率,评价所建方法对水样中诺如病毒的回收效果。结果建立的方法对瓶装水、河水和生活污水中NoV GⅡ的平均回收率分别为(60.1±8.0)%、(22.0±6.5)%和(35.7±8.1)%,10份送检水样中3份检出NoV GⅡ。结论建立的实时荧光RT-PCR方法适用于瓶装水、河水和生活污水中NoV GⅡ的检测,饮用水被NoV GⅡ是引发某市人员中毒的原因之一。     

基因序列比对法验证实时荧光定量PCR阳性结果真伪

实时荧光定量PCR(q PCR)是检测食源性病毒的常用方法,其高度的灵敏性导致检测过程中容易产生假阳性结果。基因序列比对法是比利时根特大学食品微生物与食品保藏实验室新近建立的验证q PCR阳性结果真伪的一种方法。本研究以检测贝类诺如病毒GII.4(No V GII.4)为例,采用基因序列比对法验证q PCR阳性结果的真伪。在q PCR检测时添加102copies/m L的No V GII.4质粒作为标准阳性对照,旨在排除由于q PCR的高灵敏性而产生的假阳性结果。研究结果表明,在8份No V阳性的贝类样品中,2份为No V GII.4真阳性,2份可能为No V GII.4的变异株,1份为受到质粒污染的假阳性,其余3份为引物二聚体所致假阳性。基因序列比对法作为一种验证q PCR阳性结果真伪的高效、可行的方法,值得推广。     

北京市市售牡蛎中诺如病毒核酸检测及定量分析

目的针对北京市市售牡蛎样品中诺如病毒污染水平及污染浓度进行定量分析研究。方法分离牡蛎消化腺,将消化腺匀浆处理,加入含有蛋白酶K的磷酸盐缓冲液,进行样品前处理,用试剂盒提取病毒RNA,用一步法实时荧光逆转录聚合酶链式反应(real time RT-PCR)检测诺如病毒RNA,并对阳性样品进行定量分析。结果共检测牡蛎样品356份,其中GGI阳性样品12份,GGII阳性样品39份,GGI和GGII同时为阳性的样品6份。对阳性样品中的诺如病毒核酸定量分析,核酸浓度在3.7×10~3~2.8×10~5基因拷贝/g(消化腺)之间。结论北京市市售牡蛎中存在诺如病毒污染的情况,需要加强对牡蛎中诺如病毒的污染监测,并开展污染水平风险评估,保障消费者食用安全,降低由诺如病毒引起的腹泻病的疾病负担。     

贻贝中诺如病毒荧光定量反转录PCR检测及北京市污染情况调查

目的监测北京市市售贻贝中诺如病毒(NoV)的污染率及污染浓度,为贝类样品中诺如病毒的风险评估提供基础数据。方法解剖并分离贻贝的内脏团,将内脏团研磨至均质,加入磷酸盐缓冲液振荡60 min,提取病毒颗粒。提取病毒RNA,荧光定量反转录PCR检测诺如病毒,并进行定量分析。结果共检测293份贻贝样品,总阳性率为9.22%(27/293),其中诺如病毒基因组Ⅰ(GGⅠ)占阳性样品数的37.04%(10/27),基因组Ⅱ(GGⅡ)占阳性样品数的62.96%(17/27),未检测到同时携带GGⅠ和GGⅡ的样品。阳性样品中诺如病毒浓度范围在6.20×10~3~3.15×10~5基因拷贝/g(内脏)之间。结论北京市市售贻贝中存在诺如病毒污染。