浙江地区中温大曲贮存过程细菌群落多样性及功能预测分析

利用16S rRNA高通量测序和理化分析技术分别解析浙江地区中温大曲贮存过程中细菌群落多样性和理化特征演替,并结合生物信息学方法预测菌群功能。结果表明,大曲贮存90 d后,pH和含水量显著降低（P<0.05）,酸度显著升高（P<0.05）,且贮存前后细菌群落多样性和结构组成差异显著（P<0.05）。乳酸杆菌属（Lactobacillus）和魏斯式菌属（Weissella）是大曲贮存期间的绝对优势属,其相对丰度范围分别为47.56%～63.44%和25.16%～42.77%。魏斯式菌属相对丰度与含水量和pH呈正相关,而酸度与乳酸杆菌属、醋酸杆菌属（Acetobacter）和克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）相对丰度呈正相关。此外,功能预测结果表明中温大曲贮存期间的基因功能主要与代谢、遗传信息处理和环境信息处理等功能相关。     

中温大曲在发酵和贮存过程中微生物群落结构分析

通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术解析中温大曲在不同发酵期和贮存期的微生物群落结构,获得表征中温大曲细菌和真菌群落结构的DGGE指纹图谱。结果表明,中温大曲细菌有19种,其中芽孢杆菌属（Bacillus）和乳酸菌属（Lactobacillus）均属于优势菌群;真菌共13种,其中根霉属（Rhizopus）和酵母属（Saccharomyces）均属于优势菌。大曲微生物总体的变化趋势是发酵开始时微生物数量较少,发酵中期（4～8 d）微生物数量达到顶峰,大量细菌和真菌旺盛繁殖,发酵后期（12 d）微生物群落逐渐减少并趋于稳定;贮存期内,微生物的种类的趋于平稳,数量变化较大。     

不同北方浓香型白酒大曲中微生物组成及理化差异分析

以3种北方浓香型白酒中高温大曲（Q1、Q2和Q3）为研究对象,对其理化指标及微生物多样性进行分析,并采用PICRUSt软件进行基因功能预测。结果表明,3种大曲的糖化酶活力及水分含量差异显著（P<0.05）;优势细菌属的种类及丰度存在差异,其中糖多孢菌属（Saccharopolyspora）和葡萄球菌属（Staphylococcus）相对丰度在样品Q1中较高,芽孢杆菌属（Bacillus）、肠杆菌属（Enterobacter）、魏斯氏菌属（Weisslla）和粘液乳杆菌属（Limosilactobacillus）相对丰度在样品Q2中较高,果实乳杆菌属（Fructilactobacillus）和广布乳杆菌属（Latilactobacillus）相对丰度在样品Q3中较高;优势真菌属差异较小,且嗜热子囊菌属（Thermoascus）的相对丰度均较高。果实乳杆菌属（Fructilactobacillus）为样品Q3与样品Q1和Q2的主要差异微生物,且其与糖化酶活力呈显著负相关（P<0.05）。3种大曲中微生物菌群的代谢相关功能簇丰度较高,且样品Q1细菌菌群的最高（P<0.05）...     

麻竹笋腌制过程中细菌群落动态变化分析

为了解麻竹笋腌制发酵过程中细菌群落的微生态演变情况,采用细菌16S r DNA的V3可变区的PCRDGGE技术监测6%Na Cl腌制麻竹笋的细菌群落组成和优势菌群的动态变化。经发酵液中细菌基因组DNA提取、巢式PCR、二次DGGE、切胶回收、测序及序列比对,共得到10条明显条带,分别鉴定为绿色气球菌、乳球菌属、食窦魏斯氏菌、魏斯氏菌属、噬甲基菌属、嗜盐嗜碱菌属、未培养细菌、乳球菌属、乳酸乳球菌、厌氧芽孢杆菌属和芽孢杆菌属。其中,发酵前3 d优势菌为绿色气球菌,7 d后优势菌为食窦魏斯氏菌和乳酸乳球菌。     

河套地区中温大曲细菌菌群多样性解析及其风味品质评价

为解析内蒙古河套地区中温大曲细菌类群及风味品质,该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自该地区的5份中温大曲细菌菌群结构及功能进行解析,同时采用电子鼻技术检测大曲风味品质,并通过纯培养技术对大曲中可培养芽孢杆菌（Bacillus）进行分离鉴定。结果表明,大曲中优势细菌属包括高温放线菌属（Thermoactinomyces）、乳杆菌属（Lactobacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、糖多孢菌属（Saccharopolyspora）、魏斯氏菌属（Weissella）、水杆菌属（Aquabacterium）、芽孢杆菌属（Bacillus）、嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）、明串珠球菌属（Leuconostoc）、片球菌属（Pediococcus）和青枯菌属（Ralstonia）,累积平均相对含量为89.31%。其中Bacillus与有机硫化物、萜类物质、氮氧化物和芳香类物质之间存在显著正相关性（P<0.05）,Saccharopolyspora与有机硫化物呈显著正相关（P<0.05）。基因功能预测显示,大曲细菌菌群基因在氨基酸运输...     

低盐泡菜乳酸菌群落演变及其优势菌群的探讨

以低盐泡菜为研究对象,动态跟踪发酵过程中的乳酸菌总量、群落结构和动态变化,结果显示:乳酸菌快速生长并启动泡菜发酵。采用可培养方法,从中分离得到乳酸菌共计245株。采用16S r RNA测序结合RAPD、种特异性PCR、RFLP、API50CHL等方法,鉴定出泡菜中的乳酸菌包括5个属,10个种。发酵前期(0 d和1 d)分离到最多的乳酸菌是乳酸乳球菌和食窦魏斯氏菌,而发酵中、后期(3 d后)分离到的主要乳酸菌是戊糖乳杆菌,发酵中、后期戊糖乳杆菌的丰度在90%以上,结合可培养与免培养(定量PCR)定量结果以及分离到的乳酸菌在模拟泡菜水中生长性能,低盐泡菜发酵前期的主要优势菌群是乳酸乳球菌和食窦魏斯氏菌,发酵中、后期的主要优势菌群是戊糖乳杆菌。由于发酵前期泡菜水适合所有乳酸菌生长,因此该阶段的优势菌群很大程度上取决于发酵起始原料中的微生物群落构成,发酵中、后期分离得到的乳酸菌具有更好的酸耐受性。     

基于16S/18S rRNA基因文库技术研究酿醋大曲固态发酵过程中微生物群落结构演变

针对酿醋大曲发酵过程中不同阶段样品,以16S/18S rRNA基因为目的片段,采用16S/18S rRNA克隆文库法分析大曲中细菌、真菌微生物群落的组成,并通过丰度和多样性分析剖析发酵过程中微生物群落的演变。整个固态发酵过程中,细菌类共检测到4个目14个属,真菌类共检测到3个目11个属。大曲固态发酵过程中微生物群落结构呈现明显动态变化。其中,片球菌(Pediococcus),乳杆菌(Lactobacillus),明串珠菌(Leuconostoc)以及毕赤酵母(Pichia)为固态发酵前期优势菌;泛菌属(Pantoea),肠杆菌属(Enterobacter),阪崎肠杆菌(Cronobacter)以及淀粉霉(Amylomyces),根霉(Rhizopus)为固态发酵中后期优势菌;而芽孢杆菌(Bacillus)以及Rasamsonia,曲霉菌(Eurotium)为固态发酵后期优势菌。PCA分析表明,酿醋大曲固态发酵过程中不同阶段的微生物种群多样性不一,发酵1 d、3 d,发酵7 d、13 d,发酵19 d、25 d、30 d各分为一类。研究大曲制作过程中菌群结构演变,对提高食醋品质具有重大意义。     

基于宏基因组测序技术解析高温快速发酵豆豉菌群结构与功能注释

为揭示高温快速发酵曲霉型豆豉菌群结构在发酵过程中的变化规律，分析不同发酵阶段菌群的基因功能分布及贡献度之间的差异，基于宏基因组学手段对高温快速发酵豆豉中菌群和功能多样性进行解析，从而揭示菌群结构变化与代谢功能分布规律。菌群结构多样性结果显示，经高温发酵的豆豉中98.9%～99.8%为细菌。发酵前期，魏斯氏菌（Weissella）、乳杆菌（Lactobacillus）、片球菌（Pediococcus）及肠球菌（Enterococcus）4个优势菌属均为乳酸菌，占比总和高达69.91%，而中后期则以拟杆菌属（Bacteroides）、普氏菌属（Prevotella）、肠球菌属等专性厌氧菌属为主；KEGG结果显示，与代谢相关基因占比超过50%，表明发酵过程代谢旺盛，其中碳水化合物代谢和氨基酸代谢为主要代谢通路；CAZy结果显示，糖苷水解酶和糖苷转移酶基因丰度最高，表明发酵过程中糖苷转移活跃，产生丰富的寡糖与单糖供菌群代谢利用。以上研究可为豆豉多菌混合发酵工艺的改进提供新视角，也为后续运用多组学技术探索豆豉微生物与功能风味物质形成的内在机制奠定基础。     

古顺大曲微生物群落结构的分析

唐代邢州神曲酒是一种以含有多种中药材的特殊大曲酿制的白酒,历史悠久。利用高通量测序技术对河北古顺酿酒股份有限公司3类大曲样品的微生物群落结构进行研究。结果表明,3类大曲的细菌群落构成相似,以魏斯氏菌属、乳杆菌属和片球菌属为优势细菌;热子囊菌属和曲霉属是三者的优势真菌,嗜热真菌属是"神曲荷叶曲"的主要真菌群类。     

基于454方法分析曲霉型豆豉发酵中细菌群落多样性

采用454高通量焦磷酸测序技术测定了曲霉型豆豉发酵周期8个不同阶段样品细菌多样性变化,研究不同阶段细菌群落变化及多样性。结果表明:细菌在门、纲两个水平各个不同样品主要微生物类别相似度很高,总共厚壁薄门、变形菌门、放线菌门三者占90%以上,但目、科、属水平差别较大,样品均一性最好的样品为HY04,有31个主要属,魏斯氏菌属、芽孢杆菌属、葡萄球菌属、乳球菌属、肠球菌属、假单胞菌在发酵不同阶段出现,丰度差异较大。证明曲霉型豆豉发酵过程中微生物群落结构复杂,主要菌群相对稳定。     

宜昌腊肠与恩施腊肠细菌多样性的比较分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对宜昌腊肠细菌多样性进行解析,并与之前报道的恩施腊肠细菌群落结构进行比较分析。结果表明：宜昌腊肠在门水平主要由厚壁菌门（Firmicutes,64.93%）、变形菌门（Proteobacteria,32.12%）和放线菌门（Actinobacteria,1.14%）组成;在属水平上,主要由葡萄球菌属（Staphylococcus,16.57%）、乳酸杆菌属（Lactobacillus,16.22%）、魏斯氏菌属（Weissella,14.67%）和明串珠菌属（Leuconostoc,11.43%）等组成。宜昌腊肠细菌丰度显著低于恩施腊肠（P＜0.05）,且2 个地区腊肠的细菌菌群结构存在较大差异。基因功能预测结果表明,宜昌腊肠中细菌在碳水化合物代谢和多糖的生物合成与代谢等方面更加旺盛,这些差异与腊肠中乳酸杆菌的相对丰度存在显著相关性。     

Illumina MiSeq高通量测序分析红谷黄酒酒曲微生物菌群多样性

采用南阳红谷黄酒酒曲为研究对象,利用高通量测序方法对红曲、大曲、小曲的微生物菌群多样性进行分析。结果表明,大曲的微生物菌群多样性最高,红曲的最低,且两者间的微生物群落结构差异最大。红曲中优势细菌属为伯克霍尔德氏菌属（Burkholderia）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）等,优势真菌种为紫红曲霉（Monascus purpureus）、黑曲霉（Aspergillus niger）等;大曲中优势细菌属为克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）、芽孢杆菌属、魏斯氏菌属（Weissella）、葡萄球菌属（Staphylococcus）等,优势真菌种为嗜热子囊菌（Thermoascus aurantiacus）、黄曲霉（Aspergillus flavus）、疏绵状嗜热丝孢菌（Thermomyces lanuginosus）等;小曲中优势细菌属为魏斯氏菌属、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）等,优势真菌种为少根根霉菌（Rhizopus arhizus）、热带假丝酵母（Candida tropicalis）、异常威克汉姆酵母（Wickerhamomyces anomalus）等。     

雪茄茄芯烟叶工业二次发酵过程中细菌与真菌群落多样性变化分析

【目的】为分析茄芯烟叶在二次发酵过程中细菌和真菌群落多样性及菌群动态变化规律。【方法】以德雪三号初次发酵烟叶为试验材料,采用细菌16S rDNA和真菌ITS1的Illumina MiSeq高通量测序技术,分析烟叶二次发酵0、5、10、15和20 d时细菌和真菌群落结构及丰度信息。【结果】发酵0 d时细菌群落Chao1、ACE和Shannon指数最高,分别为423.38、424.40和4.67;发酵10d时真菌群落Chao1和ACE指数最高,分别为85.82、89.49。基于门水平,随着发酵时间的增加,细菌从以变形菌门（Proteobacteria）为优势转变为以厚壁菌门（Firmicutes）为主,真菌主要优势菌门为子囊菌门（Ascomycota）,相对丰度在71.61%～98.16%之间。基于属水平,葡萄球菌属（Staphylococcus）为整个发酵过程中的主要优势细菌属,在发酵15 d时相对丰度最大（91.25%）;次要优势细菌属由假单胞菌属（Pseudomonas）、马赛菌属（Massilia）等转变为芽孢杆菌属（Bacillus）、土地芽孢杆菌属（Terribacillus）...     

基于高通量测序解析四川晒醋固态发酵过程中细菌群落变化

本文以四川晒醋固态发酵过程的醋醅为研究对象,采用高通量测序分析其细菌群落结构及其丰度。结果表明,在整个发酵过程中,醋醅中的细菌群落共包括166个属。当发酵第15 d时,经可操作分类单元（operational taxonomic units, OTUs）分析共得到11个门、14个纲、36个目、45个科和79个属;通过UPGMA聚类分析初步探索了糖化、酒精发酵和醋酸发酵同池发酵的分界节点,即第1~3 d为发酵初期,其优势细菌为乳杆菌属（Lactobacillus）和魏斯氏菌（Weissella）;第5~11 d为发酵中期,其优势细菌为乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）,在发酵第7 d时细菌的丰富度和多样性达到最高值;第13~17 d为发酵后期,其优势细菌为醋杆菌属（Acetobacter）、贪铜菌属（Cupriavidus）、嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）和鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）。本研究揭示了晒醋固态发酵过程中细菌群落演替,为进一步研究晒醋发酵过程中微生物群落结构奠定了基础。     

四川不同地区浓香型大曲微生物群落结构比较

利用高通量测序技术分析四川不同地区浓香型大曲微生物群落结构差异。结果表明：大曲中优势细菌菌群为葡萄球菌属（Staphylococcus）、魏斯氏菌属（Weissella）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、Kroppenstedtia、高温放线菌属（Thermoactinomyces）、糖多孢菌属（Saccharopolyspora）、短杆菌属（Brevibacterium）,其中在品温较高的宜宾、泸州曲样中,魏斯氏菌属、高温放线菌属比例均高于遂宁曲样,而遂宁两个曲样的优势菌属均为葡萄球菌属和芽孢杆菌属,其中葡萄球菌属远高于宜宾和泸州曲样。另一方面,4 种曲样的真菌主要以嗜热真菌属（Thermomyces）、曲霉属（Aspergillus）、嗜热子囊菌属（Thermoascus）、丝衣霉属（Byssochlamys）、节担菌属（Wallemia）为主,在品温较高的宜宾、泸州曲样中,嗜热真菌属和嗜热子囊菌属为优势菌属,其比例远高于遂宁曲样,而遂宁两个曲样的优势菌属均为曲霉属,其比例远高于宜宾和泸州的曲样。遂宁1、遂宁2曲样的细菌和真菌多样性均高于宜宾和泸州曲样。通过主成分分析发现,遂宁1和遂宁2曲样微生物群落结构较相似,而宜宾和泸州曲样的微生物群落结构则更接近。     

高通量测序解析白酒中高温大曲细菌和真菌群落结构

采用高通量测序技术,定期采集河南贾湖酒业中高温大曲制备过程中的样品,研究大曲中真菌和细菌群落在整个发酵过程中的动态变化。结果表明,各发酵阶段的细菌和真菌组成均发生动态变化。大曲样品从入房到出房,细菌和真菌数量表现出先升高后降低的趋势,并且都在曲温达到顶温时（大曲JH3）达到最高值。发酵前期主要有假丝酵母属（Candida）、根霉属（Rhizopus）和曲霉属（Aspergillus）,当曲温达到顶温时,横梗霉属（Lichtheimiaceae）成为优势菌群,发酵后期以毛霉属（Mucor）和曲霉属为主。入房和出房大曲中细菌组成变化不大,乳杆菌属（Lactobacillus）是整个过程中的优势菌属。当曲温达到顶温时,高温放线菌科（Thermoactinomycetaceae）克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）成为明显优势菌群,相对丰度达到60.67%。     

基于高通量测序技术分析广味香肠中细菌群落结构和演替规律

以广味香肠为对象,采用高通量测序技术研究广味香肠自然发酵过程中细菌群落结构和演替规律,结果表明:广味香肠发酵过程中,在门的水平主要有厚壁菌门、变形杆菌门、拟杆菌门、放线菌门,优势菌门厚壁菌门随发酵时间先增后减,第20天时,厚壁菌门占比达95.4%;在属的水平上,主要有弧菌属、乳酸杆菌属、魏斯氏菌属、不动杆菌属、环丝菌属、肠杆菌属、耶尔森氏菌属,优势菌属乳酸杆菌属随发酵时间先增后减,第20天时,乳酸杆菌属占比达84.61%,优势菌属乳酸杆菌属不仅影响细菌菌群结构的变化,而且影响风味物质等的生成。通过对广味香肠发酵过程中细菌群落结构和演替规律的研究,以期找到其优势菌群,并控制有害微生物的增长,减少有害物质的生成。     

基于高通量测序分析四川辣椒酱自然发酵过程中细菌群落结构演替规律

以自然发酵的四川辣椒酱为研究对象,通过高通量测序技术,探究其在发酵过程中细菌群落的多样性和演替规律。结果表明,辣椒酱自然发酵过程中在门的水平上主要有厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)等菌门,其中厚壁菌门的数量随着发酵时间增加逐渐增多,在发酵第15 d时相对丰度达到28.56%,成为丰度最高的菌门。在属的水平上主要有乳杆菌属(Lactobacillus spp.)、片球菌属(Pediococcus spp.)、魏斯氏菌属(Weissella spp.)、葡萄球菌属(Staphyloccoccus spp.)等,其中优势菌属乳杆菌属在0~25 d含量较低,在发酵第30 d时,相对丰度达到68.24%。此外,在辣椒酱自然发酵过程中,检测到肠杆菌属(Enterobacter spp.)等致病菌属,表明自然发酵辣椒酱存在微生物卫生食用安全问题。     

汉中地区浆水发酵过程中微生物群落演替及其功能预测

该研究利用Illumina MiSeq测序技术，对发酵不同阶段的汉中浆水进行细菌与真菌多样性检测分析。结果表明，随着发酵的进行，细菌群落的丰度和多样性较为稳定，真菌群落的丰度和多样性先增加后趋于稳定。3个发酵时期中优势细菌门均为厚壁菌门（Firmicutes），优势细菌属为乳植杆菌属（Lactiplantibacillus）、腐败乳杆菌属（Loigolactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、寡碳乳杆菌属（Paucilactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）等；优势真菌门为担子菌门（Basidiomycota）和子囊菌门（Ascomycota），优势真菌属主要有双胞菌属（Cystofilobasidium）、白冬孢酵母属（Leucosporidium）、镰刀菌属（Fusarium）、德巴利酵母属（Debaryomyces）、Holtermanniella等。整个发酵过程中优势菌属相对含量有明显波动，参与发酵的真菌种类多于细菌。微生物功能预测结果显示，细菌中涉及代谢、遗传信息处理和环境信息处理的通路比例分别为（74.11±0.11）%、（12....     

运用PCR-DGGE技术分析贵州侗族酸肉中细菌多样性

应用PCR-DGGE技术研究贵州侗族发酵肉中的细菌群落结构及其品种间的多样性差异。结果表明:酸肉中的优势菌群差异不明显,3个样品中共检测到21种菌,共4个属,分别是葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、魏斯氏菌属(Weissella)和四联球菌属(Tetraggenococcus)。另还发现两种不可培养细菌uncultured 1和uncultured 2。