浓香型白酒酿造区域空气微生物群落结构研究

为探究浓香型白酒厂不同区域空气微生物的群落结构特征,利用Illumina Miseq高通量测序技术对趵突泉浓香型酒厂厂区内、酿酒车间外、酿酒车间内空气微生物的群落结构及分布情况进行研究。结果表明,厂区内空气样品微生物菌群最丰富,多样性最高,酿酒车间内多样性较低,表明在长期酿造过程中,经过不断地筛选,淘汰不适应酿酒环境的微生物,适宜的微生物富集形成了与环境相适应且相对稳定的微生物区系。从所有空气样品中共检测出748个细菌操作分类单元（OTUs）,340个真菌操作分类单元;共注释到20个细菌门、289个细菌属和7个真菌门、149个真菌属。酒厂不同区域空气样品细菌菌群差异较大,真菌菌群相似度较高,与厂区内空气样品微生物相比,酿酒车间内、外微生物群落更接近。此外,在酿酒车间内还发现了机械化浓香型白酒酿造特有的副球菌属（Paracococcus）等微生物菌群。     

酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中细菌多样性分析

该研究应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中细菌多样性,并阐明其优势真菌微生物群落结构及其随酿造工艺动态变化。结果表明,在酒曲中主要优势菌有芽孢杆菌科（Bacillaceae）、海洋芽胞杆菌属（Oceanobacillus）;堆积发酵中主要优势菌有芽孢杆菌科（Bacillaceae）、变形菌纲（Proteobacteria）;在窖内发酵中乳杆菌属（Lactobacillus）占绝对优势;窖泥中主要优势菌有放线菌（Actinomyces）和乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）。同一酒厂和不同酒厂新老车间酒曲、堆积、窖内发酵、窖泥之间细菌组成相似度较高,但其优势菌群丰度差异显著。发酵车间使用年限及窖龄影响着酿酒微生物多样性;使用时间长的车间和窖池其环境微生物种群结构更稳定,优势菌群更突出。     

浓香型白酒生产区土壤微生物群落结构的季节性变化

采用高通量测序技术对浓香型白酒生产车间外的土壤微生物季节性变化趋势及主要影响因子进行分析,并与酿酒相关微生物进行比对。结果表明,土壤微生物群落结构和多样性有显著的季节性变化,冬季土壤微生物总数量显著高于夏季,季节对细菌的影响大于真菌。细菌优势菌群不同季节相对丰度占比无显著性差异（P＞0.05）,真菌优势菌群子囊菌门（Ascomycota）呈极显著性差异（P＜0.01）。通过冗余分析（RDA）,pH和有机碳分别是影响细菌和真菌群落结构变化的主要环境因子,解释率分别为12.7%、7.6%。此外,土壤中发现有酿酒微生物的存在,细菌共有11个菌属,真菌共有18个菌属,瘤胃球菌属（Ruminococcus）和芽孢杆菌属（Bacillus）是优势细菌菌群,镰刀菌属（Fusarium）、曲霉属（Aspergillus）、枝孢菌属（Cladosporium）则是优势真菌菌群。     

酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中真菌多样性分析

该研究应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中真菌多样性,并阐明其优势真菌群落结构及其随酿造工艺动态变化。结果表明,在酒曲中主要优势菌有曲霉属（Aspergillus）、嗜热子囊菌属（Thermoascus）;堆积发酵酒醅中主要优势菌有拟青霉属（Paecilomyces）、念珠菌属（Candida）;窖内发酵酒醅中主要优势菌有嗜热子囊菌属（Thermoascus）、嗜热真菌属（Thermomyces）;窖泥中主要优势菌有假霉样真菌属（Pseudallescheria）、镰刀菌属（Fusarium）。同一酒厂和不同酒厂新老车间酒曲、堆积发酵、窖内发酵、窖泥之间真菌组成相似度较高,但其优势菌群丰度差异显著。发酵车间使用年限及窖龄影响着酿酒微生物多样性;使用时间长的车间和窖池其环境微生物种群结构更稳定,优势菌群更突出。     

不同地区发酵浆水中微生物群落结构比较及优势菌群的鉴定

浆水作为我国特色发酵食品,具有丰富的营养价值和独特的口感风味。本试验基于高通量测序技术,对甘肃天水、宁夏固原、陕西安康三个不同地区所采集的浆水中微生物群落结构展开研究,并对其中优势菌群进行鉴定,欲探究浆水中微生物群落结构是否具有地域性差异。结果表明,各地区浆水样品中细菌群落结构比较稳定,差异性较小,真菌群落结构稳定性低,各地区、样本之间差异较大。三个地区优势细菌属均为乳酸杆菌属（Lactobacillus）,在各地区样品中相对丰度在72.69%~99.95%之间,宁夏固原地区样品中醋酸杆菌属（Acetobacter,25.24%）、葡糖醋杆菌属（Gluconacetobacter,1.39%）也占有较高丰度。浆水中主要优势真菌属为双足囊菌属（Dipodascus）其相对丰度在40%以上,但不同样品中突出优势菌属差异较大。该研究揭示了陕西安康、甘肃天水、宁夏固原三个地区浆水中微生物群落结构及多样性的异同,表明三地浆水中微生物群落结构存在一定的地域性差异,为稳定浆水产品质量、口感风味及挖掘不同地区浆水中特色微生物资源提供了一定的理论依据。     

甘南地区牦牛曲拉中细菌群落结构

基于Illumina MiSeq高通量测序平台,对甘南牦牛曲拉样品中细菌16S rRNA V3-V4区进行测序,通过α多样性、物种分类组成及β多样性分析对曲拉中细菌多样性及群落结构进行分析。结果表明：曲拉样品中优势门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势属为乳杆菌属（Lactobacillus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、乳球菌属（Lactococcus）,不同来源的样品中群落组成存在差异;细菌的功能基因预测表明,不同来源样品的细菌群落之间存在差异。研究结果可为曲拉的利用和食用安全性提供理论依据。     

腐乳中细菌群落结构与生物胺的相关性分析

通过高通量测序技术分析不同生物胺含量腐乳样品的细菌群落结构,测定相关环境因子,在此基础上探究菌群结构与生物胺含量之间的相关性。结果表明,腐乳中的优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,四者的相对丰度之和在各样品中均达到91%以上;优势菌属包括芽孢杆菌属（Bacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、四联球菌属（Tetragenococcus）和假单胞菌属（Pseudomonas）;高低生物胺含量腐乳的组间主要差异菌属为芽孢杆菌属、魏斯氏菌属、假单胞菌属和赖氨酸芽孢杆菌属（Lysinibacillus）。相关性研究表明,总生物胺和总酸是影响细菌群落组成的主要因素（P<0.05）;生物胺含量主要与氨基酸态氮和pH等环境因子相关,腐乳样品的氨基酸态氮含量范围为0.62～0.86 g/100 g,pH变化范围在5.62～6.37之间;魏斯氏菌属、芽孢杆菌属和赖氨酸芽孢杆菌属丰度的增加与生物胺具有显著相关性;不动杆菌属（Acinetobacter）、丛毛单胞菌属（Comamonas）和四联球菌属与生物胺呈现负相关性。研究结果阐明了腐乳微生物群落结构与生物胺的关联性,为了解生物胺形成机制,有效控制生物胺和优化腐乳生产工艺提供了理论依据。     

西藏林芝地区不同品种葡萄果实表皮微生物群落结构组成分析

基于高通量测序技术对西藏林芝地区不同品种葡萄果实表皮细菌和真菌菌群的多样性及群落组成进行分析。结果表明,不同品种葡萄果实表皮微生物群落多样性差异明显,‘夏黑’葡萄果实表皮微生物丰富度和多样性指数最高,‘火焰无核’葡萄果实表皮最低。优势细菌属（相对丰度>1%）主要有伯克霍尔德氏菌属（Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia）、慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）、SJA-15、劳尔氏菌属（Ralstonia）、异样根瘤菌属（Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、甲基杆菌属（Methylobacterium）和阿菲波菌属（Afipia）,优势真菌属主要为球腔菌属（Mycosphaerella）、曲霉属（Aspergillus）、枝孢属（Cladosporium）和枝顶孢属（Acremonium）。结果显示,不同品种葡萄果实表皮微生物群落结构组成及相对丰度差异明显,说明葡萄品种影响葡萄果实表皮微生物群落结构组成。     

暗纹东方鲀冷藏期间细菌群落结构与功能变化

目的：探究暗纹东方鲀（Takifugu obscurus）冷藏期间的微生物群落结构与功能变化规律，明确贮藏过程的优势菌属。方法：通过高通量测序技术研究冷藏期间（4℃，8 d）暗纹东方鲀细菌群落结构组成与变化规律，利用Tax4Fun2软件进行细菌群落功能预测，并测定其挥发性盐基氮（Total Volatile Basic-N,TVB-N）、pH、感官评分等指标变化。结果：高通量测序表明贮藏期间样品细菌群落发生显著变化，初期的主要菌属有不动杆菌属（Acinetobacter）、乳杆菌属（Lactobacillus）、气单胞菌属（Aeromonas）、假单胞菌属（Pseudomonas）等，贮藏后期假单胞菌属（Pseudomonas）的相对丰度增至91.7%以上，成为优势菌属。贮藏初期α多样性指数较高，贮藏后期明显降低。细菌群落功能预测结果显示贮藏后期的氨基酸代谢、细胞交流、膜运输等功能通路丰度升高。贮藏后期样品pH、挥发性盐基氮值、菌落总数呈上升趋势，感官评分呈下降趋势。结论：样品贮藏过程中，微生物群落结构与功能发生明显演替，假单胞菌属（Pseudomonas）是贮藏过程中的优势菌属；该结...     

三代全长高通量测序分析新稻草和陈稻草的微生物特征

通过传统培养法和三代全长高通量测序技术分析高温大曲培菌发酵过程中使用的新、陈稻草的微生物组成和代谢通路的差异。结果表明，陈稻草样品中菌落总数、耐热菌和真菌数量显著高于新稻草（P＜0.05）。两种稻草的群落结构存在差异，主要体现在细菌群落，新稻草中主要优势细菌属为泛菌属（Pantoea）和伯克霍尔德菌属（Burkholderia），而陈稻草为芽孢杆菌属（Bacillus）和糖多孢菌（Saccharopolyspora）。四折叠球菌属（Quadrisphaera）、微杆菌属（Microbacterium）、曲霉属（Aspergillus）、孢堆黑粉菌属（Sporisorium）等是新稻草中的标志菌属，而糖多孢菌属（Saccharopolyspora）、变形闭囊鞘属（Chromocleista）和节担菌属（Wallemia）等是陈稻草中的标志菌属。新稻草中的细菌在L-色氨酸生物合成、L-精氨酸/腐胺/4-氨基丁酸降解和甲基乙二醛降解所占功能丰度更高，而陈稻草中的真菌在辛烷氧化、L-色氨酸降解和硝酸盐还原途径中的功能丰度更高。     

基于16S rRNA高通量测序方法比较新疆冷水鱼肠道中微生物多样性

为了解新疆阿勒泰地区额尔齐斯河流域野生冷水鱼肠道微生物多样性及其群落结构组成。采用NGS高通量测序技术,分析3?种冷水鱼肠道内容物和黏膜中细菌16S?rRNA?V4区基因序列,进而比较不同种类冷水鱼肠道内容物和黏膜中微生物的群落结构组成及多样性差异。结果共获得58?328?条有效序列,242?个OTU。多样性分析表明,哲罗鱼样品中的Shannon指数明显低于细鳞鱼和黑斑狗鱼,细鳞鱼和黑斑狗鱼在群落结构上更为接近。在门水平6?个样品中的菌群均以厚壁菌门（Firmicutes）、丙型变形菌门（Gammaproteobacteria）为主;哲罗鱼中Firmicutes是最占优势的菌群门,而细鳞鱼和黑斑狗鱼中Gammaproteobacteria显著增加,Firmicutes显著减少。属水平上哲罗鱼中主要以肉杆菌属（Carnobacterium）为主,细鳞鱼和黑斑狗鱼中嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、不动杆菌属（Acinetobacter）、梭菌属（Clostridium sensu stricto）等比例较高。不同种鱼肠道微生物的组成及多样性在门和属水平上有明显差异,而同种冷水鱼的肠道内容物和黏膜间微生物群落组成较为相似,无显著差异。     

基于高通量测序分析玉米浸泡液细菌菌群结构及多样性

为探究玉米浸泡液新酸、老酸在逆流浸泡过程中细菌群落的组成、微生物的多样性与淀粉提取浸泡工艺的联系,利用Illumina MiSeq 高通量测序技术对玉米浸泡副产物中的新、老酸玉米浸泡液进行细菌16S rRNA V3～V4 测序,结果表明样品中新酸2（L-2）、新酸3（L-3）、新酸4（L-4）、老酸2（X-2）、老酸3（X-3）、老酸4（X-4）中有效序列分别为42 102、41 679、39 779、39 922、39 800、38 896 条。在属的分类层次上,老酸中的优势细菌属包括乳酸杆菌属（Lactobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、海洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus）,新酸中的优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）。玉米浸泡液中的新酸老酸菌群结构和丰度有所不同,结果发现在玉米浸泡液中存在提升浸泡工艺的有益菌,也存在降低玉米淀粉质量的有害菌和腐败菌。     

槟榔贮藏及加工过程中细菌群落结构变化

目的：确保槟榔产品细菌指标合格。方法：采用Illumina Miseq高通量测序技术对槟榔由原料到成品全过程关键工序样品进行测序分析。结果：7个样品共获得191 456条有效序列，隶属于239科790属，优势菌属包括Bacillus（芽孢杆菌属）、Pseudomonas（假单胞菌属）、Hydrogenophaga（氢噬胞菌属）、Leuconostoc（明串珠菌属）和Chryseobacterium（金黄杆菌属）。槟榔原籽贮藏前后细菌的群落结构存在显著差异，贮藏前（新籽）的物种丰富度要高于贮藏后（老籽）的，而老籽则拥有更高的物种多样性。槟榔加工过程中煮籽及切籽后的工序能有效减菌，两阶段消亡细菌属数量分别为216和227，煮籽到闷香之间的工序易受到环境中细菌污染，新增细菌属数量为126。结论：槟榔加工过程中污染细菌多样性变化的研究指示细菌污染应重点防控发制闷香中的细菌增殖及各工序中的环境污染，而用好煮籽工序及成品前工序是减菌的关键。     

基于高通量测序技术分析不同地区自然陈化广陈皮表面微生物群落多样性

采用高通量测序技术对不同地区自然陈化1年广陈皮表面微生物群落多样性进行分析,比较群落结构的差异。结果表明,不同地区自然陈化1年广陈皮微生物丰富度和多样性差异不显著（P＞0.05）,群落结构相似,但相对丰度存在差异。北京地区优势细菌属为Methylocella、苔藓杆菌属（Bryobacter）等,优势真菌属为短梗霉属（Aureobasidium）、炭疽菌属（Colletotrichum）等;四川地区优势细菌属为甲基杆菌属（Methylobacterium）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳球菌属（Lactococcus）等,优势真菌属为Symmetrospora、曲霉属（Aspergillus）等;广东地区优势细菌属为Rubellimicrobium、乳杆菌属（Lactobacillus）等,优势真菌属为假尾孢属（Pseudocercospora）、毛壳菌属（Chaetomium）等;云南地区优势细菌属为罗尔斯顿菌属（Ralstonia）、Glutamicibacter等,优势真菌属为平脐疣孢属（Zasmidium）、拟暗球腔菌属（Phaeosphaeriopsis）等。     

基于Illumina Hiseq高通量测序分析酱香型白酒大曲曲皮和曲心的细菌群落差异

为探究酱香型白酒大曲曲皮和曲心细菌群落结构的差异,采用Illumina Hiseq高通量测序技术对某酱香型白酒大曲曲皮和曲心两个部位的细菌群落多样性及菌群结构进行研究。结果表明,曲皮样品中细菌群落的多样性高于曲心样品,但其物种丰富度低于曲心样品。曲皮和曲心样品中的细菌菌群归属于7个门、13个纲、19个目、29个科和55个属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）,曲皮样品的特有优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）;共有优势细菌属为枝芽孢杆菌属（Virgibacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、芽孢链菌属（Desmospora）、乳杆菌属（Lactobacillus）、糖多孢菌属（Saccharopolyspora）,除Desmospora外,其他优势细菌属在曲皮和曲心中的含量差异较大。曲皮样品的特有优势细菌属为链霉菌属（Streptomyces）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingo- monas）、片球菌属（Pediococcus）;曲心样品的特有优势细菌属为火山渣芽孢杆菌属（Scopulibacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）。     

白酒发酵副产物黄水原核微生物组成及理化特性研究

黄水是固态发酵白酒的副产物,其具有丰富的微生物资源。该研究采用常规理化检测方法和高通量测序技术全面分析了不同来源黄水在理化特性和原核微生物结构组成的异同。结果表明,不同车间黄水的pH、总酸、不挥发酸、酒精度、还原糖和淀粉含量等理化指标均差异极显著（P<0.01）,并且不同车间黄水原核微生物群落的多样性、丰富度和结构组成差异显著（P<0.05）。乳酸杆菌属（Lactobacillus）是所有原核微生物的优势属,其相对丰度为72.34%～98.52%,与总酸、酒精度、不挥发酸和淀粉含量呈正相关。黄水中含有魏斯氏菌属（Weissella）、肠球菌属（Enterococcus）和副拟杆菌属（Parabacteroides）,这些微生物与pH和还原糖含量呈正相关。此外,不同车间黄水原核微生物群落差异会影响原酒酸酯的含量,乳酸杆菌属与原酒总酸和总酯含量呈极显著正相关（P<0.01）。不同车间黄水原核微生物群落结构差异与理化因子显著相关,了解理化因子对原核微生物的影响,可为以黄水为原料筛选功能菌株提供数据基础。理化因子显著影响黄水原核微生物群落组成,不同车间黄水原核微生物群落结构差...     

再造烟叶生产过程物料微生物群落结构分析

为分析造纸法再造烟叶生产过程微生物的多样性及其分布与变化情况,以再造烟叶生产过程各物料为研究对象,采用Illumina高通量测序技术对25个物料样品的细菌16S rRNA V3-V4区和真菌ITS序列进行测序分析,获得了生产过程物料细菌和真菌丰度及群落组成情况。结果表明:①再造烟叶生产过程物料中共检测出393个细菌属和165个真菌属,其中优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、假丝酵母属（Candida）和曲霉属（Aspergillus）;②生产过程不同物料微生物群落多样性和结构存在明显差异,聚类分析显示细菌属多样性和结构变化相对较小而真菌属变化相对较大;③从萃取到制涂布液过程中,细菌乳杆菌属（Lactobacillus）相对丰度逐渐增加,而真菌假丝酵母属（Candida）相对丰度总体逐渐降低。      

机械化与传统酿造方式下浓香型白酒酿造环境微生物群落结构对比分析

为探究机械化与传统酿造方式浓香型白酒酿造环境微生物群落结构特征，该研究采用高通量测序技术结合数学方法统计分析，对两种酿造方式下酿造车间不同环境区域的微生物群落结构及分布特征进行对比，结果发现，两种酿造方式的不同环境区域的真菌群落结构具有不同的特征，而细菌群落结构特征较为相似。机械化酿造方式的环境真菌类群主要分布在摊晾区，细菌类群在不同环境区域均衡分布；传统酿造方式的环境真菌类群主要分布在摊晾、窖池及上甑周围环境区域，而细菌类群在不同环境区域的分布较为均衡。两种酿造方式的各环境区域共有46种真菌属，占真菌属总种类的13.90%;共有229种细菌属，占细菌属总种类的23.32%。机械化酿造方式的摊晾、窖池区有25种特有真菌属、62种特有细菌属，而传统酿造方式的摊晾、窖池区有14种特有真菌属、35种特有细菌属，但这些特有的微生物在各环境区域的相对丰度均<1%。从两种酿造方式的摊晾、窖池区检测到的假丝酵母属、威克汉姆酵母、魏斯氏菌属、短杆菌属等白酒酿造的重要微生物，其相对丰度均>1%且存在一定的差异。主要原因与两种酿造方式下酿造环境条件不同及微生物的相互作用等有关。     

高原饲养下荷斯坦牛乳和娟姗牛乳的营养成分和细菌多样性的比较及其相关性分析

为了分析高原饲养的荷斯坦和娟姗牛乳营养成分及其与细菌多样性间的相关性，本研究测定了两种牛乳的营养成分和细菌多样性并进行了相关性分析。结果表明，两种牛乳基本成分（脂肪、蛋白质、干物质和非脂固体）、14种氨基酸和矿物质钙、磷含量存在显著差异（P<0.05）。两种乳中细菌群落组成结构相似、丰度不同，鲸杆菌属（Cetobacterium）、气单胞菌属（Aeromonas）、拟杆菌属（Bacteroides）、阿克曼氏菌属（Akkermansia）、假单胞菌属（Pseudomonas）和乳杆菌属（Lactobacillus）为共同优势菌属。Spearman相关热图分析显示细菌群落与乳成分之间存在一定的相关性。综合分析表明，高原饲养环境下娟姗牛乳品质优于荷斯坦牛乳，乳细菌群落可能受到乳成分影响。     

高通量测序分析不同地区红腐乳细菌多样性

为了解我国传统发酵食品红腐乳中细菌的多样性及其微生物安全性,采用高通量测序技术,分析华东、华北和东北地区红腐乳中细菌16S rDNA V1-V3区基因序列,比较不同地区红腐乳中微生物群落结构组成及多样性差异。结果显示,本次测序深度有效地覆盖了样品中微生物种类,不同地区红腐乳样品中细菌群落结构具有丰富多样性。在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)为不同地区红腐乳种主要优势菌的门;而在属水平上,9个红腐乳样品共检测出296个细菌属,其中共有菌属分别为:棒状杆菌属(Corynebacterium)、四联球菌属(Tetragenococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc)、Rummeliibacillus属、乳球菌属(Lactococcus)、魏斯氏菌属(Weissella)、链球菌属(Streptococcus)、丛毛单胞菌属(Comamonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)以及Trabulsiella属。不同样品中菌群的结构与地区存在一定的聚类关系:明串珠菌属、乳球菌属以及四联球菌属是华北地区样品中主要的优势菌属,而东北地区腐乳样品中的芽孢杆菌属和盐厌氧菌属为主要优势菌属。研究结果加深了对红腐乳中细菌群落组成和多样性的认识,为保证传统发酵食品的质量安全、生产工艺提供一定的理论支持。