电子病历命名实体识别技术研究综述

电子病历（EMR）是医疗信息快速发展的产物,目前以非结构化文本形式存储。通过使用自然语言处理（NLP）技术,在非结构化文本中提取出大量医学实体,将有助于提升医务人员查阅病历效率,同时识别的成果也将辅助于接下来的关系提取和知识图谱构建等研究。介绍常用的若干个数据集、语料标注标准和评价指标。从早期传统方法、深度学习方法、预训练模型、小样本问题处理四个方面详细阐述电子病历命名实体识别方法,对比分析各模型自身的优势及局限性。探讨了目前研究的不足,并对未来发展方向提出展望。     

自然语言处理中的医疗命名实体识别研究

医疗命名实体识别是指自动从医疗文本中识别和标记与医疗领域相关的实体名称,对提高医学信息处理的效率和准确性具有重要意义。分析医疗命名实体识别面临的挑战,介绍基于传统机器学习和深度学习的识别模型,并展望医疗命名实体识别在自然语言处理领域的发展趋势。     

基于RoBERTa-WWM的中文电子病历命名实体识别

电子病历(EMRs)中包含着丰富的信息,如临床症状、诊断结果和药物疗效.命名实体识别(Named Entity Recognition,NER)旨在从非结构化文本中抽取命名实体,这也是从电子病历中抽取有价值信息的初始步骤.本文提出一种基于预训练模型RoBERTa-WWM (A Robustly Optimized BE...     

电子病历命名实体识别和实体关系抽取研究综述

电子病历（Electronic medical records,EMR）产生于临床治疗过程,其中命名实体和实体关系反映了患者健康状况,包含了大量与患者健康状况密切相关的医疗知识,因而对它们的识别和抽取是信息抽取研究在医疗领域的重要扩展. 本文首先讨论了电子病历文本的语言特点和结构特点,然后在梳理了命名实体识别和实体关系抽取研究一般思路的基础上,分析了电子病历命名实体识别、实体修饰识别和实体关系抽取研究的具体任务和对应任务的主要研究方法. 本文还介绍了相关的共享评测任务和标注语料库以及医疗领域几个重要的词典和知识库等资源. 最后对这一研究领域仍需解决的问题和未来的发展方向作了展望.     

结合自注意力的BiLSTM-CRF的电子病历命名实体识别

为弥补现有方法不能很好捕获电子病历实体之间的长距离依赖关系的缺陷,提出一种结合自注意力的BiLSTM-CRF的命名实体识别方法.将输入文本转成神经网络可识别的数值形式;经过BiLSTM网络并结合自注意力计算得到每个字的输出特征向量;通过C RF层找到句子最适合的输出标签序列,从而确定命名实体.采用CCKS2018数据集进行实验,结果表明,改进的命名实体识别方法对电子病历具有一定的适应性,且与现有的方法相比,测试集的准确率提高了6.50～9.25个百分点.     

结合自注意力的BiLSTM-CRF的电子病历命名实体识别

为弥补现有方法不能很好捕获电子病历实体之间的长距离依赖关系的缺陷,提出一种结合自注意力的BiLSTM-CRF的命名实体识别方法.将输入文本转成神经网络可识别的数值形式;经过BiLSTM网络并结合自注意力计算得到每个字的输出特征向量;通过C RF层找到句子最适合的输出标签序列,从而确定命名实体.采用CCKS2018数据集进行实验,结果表明,改进的命名实体识别方法对电子病历具有一定的适应性,且与现有的方法相比,测试集的准确率提高了6.50～9.25个百分点.     

融合文字与标签的电子病历命名实体识别

准确的命名实体识别是结构化电子病历的基础,对于电子病历规范化编写有着重要的作用,而现今的分词工具对于专业的医疗术语无法做到完全正确的区分,使得结构化电子病历难以实现.针对医疗实体识别中出现的问题,本文提出了一种在命名实体识别领域中改进的BiLSTM-CRF深度学习模型.模型将文字和标签结合作为输入,在多头注意力机制中使模型关注更多的有用信息, BiLSTM对输入进行特征提取,得到每个文字在所有标签上的概率, CRF在训练过程中学习到数据集中的约束,进行解码时可以提高结果的准确率.实验使用人工标注的1 000份电子病历作为数据集,使用BIO标注方式.从测试集的结果来看,相对于传统的BiLSTM-CRF模型,该模型在实体类别上的F1值提升了3%–11%,验证了该模型在医疗命名实体识别中的有效性.     

结合注意力机制的BERT-BiGRU-CRF中文电子病历命名实体识别

为了改善中文电子病历命名实体识别模型的性能,本文提出了基于BERT、双向门控循环单元(Bidirectional Gate Recurrent Unit, BiGRU)与条件随机场CRF相结合的中文电子病历命名实体识别模型,并在此基础上引入了注意力机制.利用BERT(Bidirectional Encoder Representation from Transformers)预训练模型得到结合语境信息的动态字向量,通过双向门控循环单元(Bidirectional Gate Recurrent Unit, BiGRU)提取全局语义特征,利用注意力机制获得增强语义特征,最后通过CRF(Conditional Random Field)解码输出概率最大的全局最优标签序列.利用含有解剖部位、手术、疾病和诊断、药物、实验室检验、影像检查6类实体的CCKS19中文电子病历数据集训练模型.对比实验表明了本文提出的命名实体识别模型的有效性,本文模型在CCKS19数据集上获得了84.11%的F1值.     

采用Transformer-CRF的中文电子病历命名实体识别

命名实体识别是自然语言处理的基本任务之一。针对中文电子病历命名实体识别传统模型识别效果不佳的问题,提出一种完全基于注意力机制的神经网络模型。实验采用自建真实中文电子病历数据集并对数据集进行人工标注、分词等预处理;对Transformer模型进行训练优化,以提取文本特征;利用条件随机场对提取到的文本特征进行分类识别。为验证所提方法的有效性,将构建的Transformer-CRF神经网络模型与其他7种传统模型进行比较研究,实验采用精确率、召回率和[F1]值三个指标评估模型的识别性能。实验结果显示,在同一语料集下,Transformer-CRF模型对身体部位类的命名实体识别效果较好,[F1]值高达95.02%;且与其他7种传统模型相比,Transformer-CRF模型的精确率、召回率和[F1]值均较高,在一定程度上验证了所构建模型具有较好的识别性能。     

基于知识增强的中文电子病历命名实体识别

针对中文电子病历中医疗嵌套实体难以处理的问题, 本文基于RoBERTa-wwm-ext-large预训练模型提出一种知识增强的中文电子病历命名实体识别模型ERBEGP. RoBERTa-wwm-ext-large采用的全词掩码策略能够获得词级别的语义表示, 更适用于中文文本. 首先结合知识图谱, 使模型学习到了大量的医疗实体名词, 进一步提高模型对电子病历实体识别的准确性. 然后通过BiLSTM对电子病历输入序列编码, 能够更好捕获病历的中上下语义信息. 最后利用全局指针网络模型EGP (efficient GlobalPointer)同时考虑实体的头部和尾部的特征信息来预测嵌套实体, 更加有效地解决中文电子病历命名实体识别任务中嵌套实体难以处理的问题. 在CBLUE中的4个数据集上本文方法均取得了更好的识别效果, 证明了ERBEGP模型的有效性.     

基于深度学习的电子病历命名实体识别的研究与实现

电子病历是医疗单位对门诊部、住院患者临床诊疗与指导干预的、数字化的医疗服务工作的相关记录[1]。为了完成电子病历的高效的信息提取工作,本文使用深度学习的相关算法对电子病历中的文本进行命名实体的识别工作。其算法选择LSTM(Long-Short Term Memory,长短期记忆人工神经网络)和MLP(Multi-Layer Perception,多层神经网络),其用于构建算法模型。该本使用BP网络(Back—PropagationNetwork,后向传播)训练数据模型,应用已经标注的病历数据进行相应的训练与测试。该本通过实验证明,深度学习的算法在电子病历命名实体识别中是高效的[2]。     

基于BERT的中文电子病历命名实体识别

针对中文电子病历命名实体识别过程中实体特征利用率低,语义表示不充分等问题,提出一种基于BERT语言模型的命名实体识别方法。运用Char-CNN学习字符的多种特征,将特征加入BERT预训练生成的词向量中,获得融合领域信息和汉字特征的词向量表示,将词向量输入迭代扩张卷积神经网络中进行特征抽取,引入注意力机制加强实体特征的关注度,通过CRF解码标注命名实体。实验结果表明,该方法在CCKS17中取得91.64%的F₁值,识别性能优于现有方法。     

基于BERT的电子病历命名实体识别

针对传统模型在处理电子病历文本命名实体识别问题时,存在的无法表征字的多义性和分词错误传递最终识别效果等问题,提出一种基于BERT(Bidirectional Encoder Representations from Transformers)的命名实体识别模型,该方法引入BERT预训练语言模型增强词向量的语义表示;使用...     

中文电子病历命名实体和实体关系语料库构建

电子病历是由医务人员撰写的面向患者个体描述医疗活动的记录,蕴含了大量的医疗知识和患者的健康信息.电子病历命名实体识别和实体关系抽取等信息抽取研究对于临床决策支持、循证医学实践和个性化医疗服务等具有重要意义,而电子病历命名实体和实体关系标注语料库的构建是首当其冲的.在调研了国内外电子病历命名实体和实体关系标注语料库构建的基础上,结合中文电子病历的特点,提出适合中文电子病历的命名实体和实体关系的标注体系,在医生的指导和参与下,制定了命名实体和实体关系的详细标注规范,构建了标注体系完整、规模较大且一致性较高的标注语料库.语料库包含病历文本992份,命名实体标注一致性达到0.922,实体关系一致性达到0.895.为中文电子病历信息抽取后续研究打下了坚实的基础.     

基于堆积策略的电子病历实体识别

随着各国政府对健康医疗信息系统的投入,电子病历信息挖掘得到越来越多学者的关注。与传统的文本相比,电子病历有其自身的特点.。在2010年i2b2举办的评测中,概念抽取任务最好系统的F值为0.8523,与传统的命名实体识别效果有一定差距。使用了CRF、最大熵两种模型建立了baseline系统并且使用堆积策略综合两者的结果,使得系统的F值达到了91.1%。     

基于多神经网络协作的电子病历命名实体识别方法

随着电子病历在医疗领域的推广应用,越来越多的研究者关注如何高效地从电子病历中抽取高价值科研信息.CHIP2018将中文电子病历临床医疗命名实体识别作为评测任务,即从中文电子病历中抽取三种恶性肿瘤相关的实体.结合三种实体的特点和实体间的依赖关系,提出基于多神经网络协作的复杂医疗命名实体识别方法,并实现了句子级别的模型迁移...     

CRF与规则相结合的医学病历实体识别

针对电子病历结构化中命名实体识别困难的问题,提出了一种基于CRF与规则相结合的医学病历实体识别算法.该算法采用CRF进行病历实体的初始识别,然后基于规则进行病历实体识别结果优化,其中规则包括基于决策树生成的规则和临床知识规则.实验证明,该算法对病历实体进行识别时准确率及召回率分别最高达到91.03％和87.26％,满足临床中系统应用需求,同时实验表明该算法具有很好的鲁棒性和稳定性.     

基于BERT-CRF模型的电子病历实体识别研究

电子病历实体识别是智慧医疗服务中一项重要的基础任务,当前医院诊疗过程中采用人工分析病历文本的方法,容易产生关键信息遗漏且效率低下。为此,提出一种结合BERT与条件随机场的实体识别模型,使用基于双向训练Transformer的BERT中文预训练模型,在手工标注的符合BIOES标准的语料库上微调模型参数,通过BERT模型学习字符序列的状态特征,并将得到的序列状态分数输入到条件随机场层,条件随机场层对序列状态转移做出约束优化。BERT模型具有巨大的参数量、强大的特征提取能力和实体的多维语义表征等优势,可有效提升实体抽取的效果。实验结果表明,论文提出的模型能实现88%以上的实体识别F1分数,显著优于传统的循环神经网络和卷积神经网络模型。     

空间命名实体的识别

采用地理编码和汉语切分词相结合的方法对空间命名实体进行在线识别。通过全文粗扫描获取相关的地理编码来锁定文中涉及的空间范围,然后按照一定的策略在确定的空间范围内进行单句识别,从而显著地减少了词典的加载量,较好地解决了因命名实体词典数量庞大而导致的低效率问题。实验表明,该方法能有效降低内存的消耗量和识别时间,提高识别精度,基本满足空间命名实体在线识别和位置信息服务的要求。     

嵌套命名实体识别研究进展

嵌套命名实体之间蕴含着丰富的语义关系与结构信息,对于关系抽取、事件抽取等下游任务的执行至关重要。近年来,深度学习技术由于能够获取文本中更为丰富的表征信息,在文本信息抽取模型的精确度上已经逐渐超过了传统基于规则的方法,因此许多学者开展了基于深度学习的嵌套命名实体识别技术研究,并获得了目前最先进的性能。对现有的嵌套命名实体识别技术进行了全面的综述,介绍了嵌套命名实体识别最具代表性的方法及最新应用技术,并对未来面临的挑战和发展方向进行了探讨和展望。