虚拟筛选研究Islatravir衍生物抗新型冠状病毒RdRp潜力

筛选新型冠状病毒RNA依赖性RNA聚合酶(RdRp)抑制剂.选择RdRp为靶标蛋白,以核苷逆转录酶抑制剂Islatravir作为研究对象,构建Tri-islatravir衍生物配体分子库,D3Targets-2019-nCoV平台进行分子对接.确定结合位点Pocket 1,对比Tri-islatravir,筛选出9种具...     

基于分子对接的计算机虚拟筛选技术在新药发现中的应用进展

基因组学和蛋白质组学的迅速发展,促进了计算机虚拟筛选技术在药物开发中的应用。结合文献及前期工作,本文全面的阐述了基于分子对接的计算机虚拟筛选技术在新型药物发现中应用的过程,对近年来有关计算机虚拟筛选技术在医药领城中的应用进展进行了简述。随着科技的急速发展,计算机虚拟筛选技术必将深刻的改变传统新型药物研究开发的整体思路和策略。     

基于分子对接技术的红毛七抗炎化学成分虚拟筛选

利用分子对接技术筛选探究红毛七中的抗炎化学成分。选取红毛七中23个化学成分作为配体,采用Sybyl软件对小分子与炎症密切相关的9个靶蛋白进行分子对接筛选出活性成分,采用Discovery Studio、Pymol软件分析蛋白复合体的相互作用力。通过分子对接虚拟筛选,选出具有较好结合活性的化合物8个,蛋白复合体的分析结果显示,氢键、疏水作用力在对接中发挥着重要作用。     

基于分子对接技术的农药敏感乙酰胆碱酯酶的虚拟筛选

酶抑制法是最具前景的农药残留快速检测方法,但存在灵敏度和准确性方面的缺陷。新酶源的发掘和研究是酶抑制法发展的关键。通过同源建模及分子对接技术,对不同物种的乙酰胆碱酯酶与不同农药分子的敏感性进行了虚拟筛选,并分析了可能影响农药敏感性的关键氨基酸残基,为农药残留检测用酶的选择以及采用定点突变技术对酶进行改造的可行性提供科学依据。     

新型四氢异喹啉类AChE抑制剂的虚拟筛选

通过考察GOLD对已知的TcAChE复合物中配体的结合构象的重现性,评价了其对AChE体系的分子对接的可靠性。运用分子设计方法,虚拟筛选了一系列具有不同碳链长度和取代基的四氢异喹啉类化合物（延胡索类生物碱corydaline开环衍生物）,并分析了得分较高的配体分子与受体蛋白的相互结合作用。     

离子型GABA受体新型拮抗剂的虚拟筛选

离子型GABA受体是杀虫剂的重要靶标之一.以人GABA受体为模板同源模建了黑腹果蝇GABA受体的三维结构,通过药效团模型和分子对接方法对小分子数据库进行了虚拟筛选,结合对接模式发现了 6个GABA受体拮抗剂苗头化合物,为靶向GABA受体新型杀虫剂的设计和开发提供了重要信息.     

新型蝶啶酮类PLK1抑制剂的虚拟筛选

Polo样激酶1(PLK1)是治疗多种癌症的一个靶点,蝶啶酮衍生物作为PLK1抑制剂具有显著的生物活性。为了更好理解PLK1抑制剂的药效特征并筛选出具有新骨架的苗头化合物,对新型三/四唑蝶啶酮衍生物进行了系统的分子模拟,主要包括分子对接、药效团模型构建、虚拟筛选和分子动力学模拟。分子对接结果表明,关键氨基酸残基C67、A80、K82、L130、C133、F183可以通过疏水作用、氢键或π-π堆积作用与三/四唑蝶啶酮衍生物相互作用。通过构建的药效团模型,结合分子对接和药代动力学ADME预测,虚拟筛选得到了3个潜在化合物(VS01、VS02和VS03)。分子动力学模拟结果表明,VS02和VS03不仅能与PLK1稳定结合,而且结合自由能优于已报道活性最高的化合物27。为新型PLK1抑制剂的筛选和开发提供了有效信息和理论参考。     

基于AutoDock vina软件的药物设计学课程教学案例设计——以虚拟筛选细菌RNA聚合酶抑制剂为例

在药学本科生的药物设计学课程中,以细菌RNA聚合酶抑制剂的虚拟筛选为例,利用AutoDockvina软件对小分子化合物库进行分子对接虚拟筛选,用Py MOL和LigPlot软件进行结果分析。该教学案例的设计可以帮助学生理解基于分子对接的药物虚拟筛选方法,认识小分子抑制剂与靶蛋白的作用机制,帮助学生更好理解药物分子设计,有效调动学生的学习积极性,达到了提高教学质量的目的。     

新型乙酰胆碱酯酶抑制剂的设计与虚拟筛选

运用分子对接软件GOLD,研究了延胡索类生物碱corydaline与乙酰胆碱酯酶的结合模型,以coryaaline为先导化合物,设计与虚拟筛选一系列四氢异喹啉衍生物。预测活性做好的化合物1A环与Trp84发生π-π堆积;质子化的氮原子与Phe330发生阳离子-π作用;B环与Trp279发生π-π作用;1位的羟甲基、4位甲氧基、C环上的甲氧基分别与Tyr334、Tyr21、Tyrl30形成氢键作用。     

海洋微生物来源的α-葡萄糖苷酶抑制剂的筛选及性质研究

建立了α-葡萄糖苷酶抑制剂的体外筛选模型。10株海洋微生物经摇床培养得到发酵液,经大孔树脂吸附、甲醇洗脱得到粗提物;以阿卡波糖为阳性对照,用比色法（PNPG法）对粗提物进行α-葡萄糖苷酶抑制活性测定,并对产生活性代谢产物的菌株做进一步研究。结果发现：有6株菌株的代谢产物均具有不同程度的α-葡萄糖苷酶抑制作用,其中菌株N-1的代谢产物对α-葡萄糖苷酶的抑制作用最强,每毫升N-1样品液中含有的活性代谢产物对α-葡萄糖苷酶的抑制作用相当于5mg的阿卡波糖对α-葡萄糖苷酶的抑制作用;该活性产物具有较强的酸碱耐受性及温度耐受性,在pH值1～14、50～100℃时稳定性较好;初步分析活性代谢产物的成分并非蛋白质、氨基酸、糖类及皂苷类物质。     

天平草中抗肿瘤活性成分的计算机虚拟筛选研究

运用计算机辅助药物设计寻找天平草植物中抗肿瘤的活性成分。在知网数据库中搜索其主要化学成分,在Sybyl软件中,将化学成分与抗肿瘤相关的16个靶点进行分子对接,通过对接打分函数（Total Score≥7）筛选出活性成分。采用Discovery Studio软件分析了结合较好的蛋白与小分子化合物的相互作用力,结果表明,11β,13-二氢莴苣素8-O-对甲氧基苯乙酸酯与谷氨酸受体3(GRM3)结合最好;3β-羟基-12(13)-烯-齐墩果烷-11-酮与法尼基转移酶（FTase）结合最好;豆甾-5-烯-3β-醇-7-酮与组蛋白去乙酰化酶（HDAC）结合最好。     

中药α-葡萄糖苷酶抑制剂降糖作用活性成分及其筛选模型的研究新进展

α-葡萄糖苷酶抑制剂在降低餐后高血糖方面发挥了重要的作用.临床常用的α-葡萄糖苷酶抑制剂类化药存在不同程度的不良反应,更多学者转向从天然药物中筛选此类抑制剂的研究.     

高效液相色谱-串联质谱法测定猪肝中5种α2受体激动剂

高效液相色谱串联质谱测定猪肝中5种α2受体激动剂残留量.样品加入碳酸钠缓冲液,乙酸乙酯提取,MCX固相萃取净化后用甲酸-乙腈溶解,高效液相色谱-串联质谱测定.结果 显示,5种α2受体激动剂在0～20μg/L浓度范围内线性良好,相关系数(r)均大于0.995;在0.5～4.5 μg/kg添加水平下,5种α2受体激动剂回收...     

产α-淀粉酶抑制剂的药用植物内生放线菌的筛选

α-淀粉酶抑制剂属于糖苷水解酶抑制剂中的一种,能有效地抑制肠道内唾液及胰淀粉酶的活性,阻碍食物中碳水化合物的水解和消化,减少糖分的摄取,降低血糖和血脂含量水平,使食后不产生高血糖症。本实验利用快速灵敏的比色法,对从几种药用植物体内分离得到的70株内生放线菌菌丝提取物和发酵液的α-淀粉酶抑制活性进行了检测,得出:具有产胞外α-淀粉酶抑制剂活性的菌株19株,抑制率达70%以上的有6株;产胞内α-淀粉酶抑制剂活性的菌株16株,其中抑制率达70%以上的有3株;既能产胞内α-淀粉酶抑制剂又能产胞外α-淀粉酶抑制剂的菌株7株。从菌株WS19发酵液中分离获得了α-淀粉酶抑制剂WSI19,对α-淀粉酶和α-麦芽糖酶均有显著抑制,且对麦芽糖酶的抑制性比同剂量的奥恬苹还强11.2 倍。经小鼠糖耐量实验,证实WSI19 对餐后高血糖有明显改善。总体上看,药用植物内生放线菌具有很大的产α-淀粉酶抑制剂潜力,可进一步为开发糖尿病药物。     

基于结构的HIV-1整合酶抑制剂的虚拟筛选

目的虚拟筛选基于结构的HIV-1整合酶抑制剂。方法从PDB(Protein Data Bank)下载HIV-1整合酶催化核心结构域与LEDGF/p75整合酶结合结构域(integrase binding domain,IBD)的晶体结构(PDB ID:2B4J),通过AutoDockTools对结构进行处理;从ZINC数据库下载化合物结构,用PyRx处理和转换成pdbqt格式,建立一个处理后的化合物数据库;以HIV整合酶为靶点,通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina,对ZINC数据库的化合物进行虚拟筛选;分析得到的小分子抑制剂与整合酶之间的结合情况,并用PyMol对小分子抑制剂与整合酶的结合模式进行3D建模。结果经3轮筛选,发现5个高活性的HIV-1整合酶抑制剂ZINC9486894、ZINC47636331、ZINC57383520、ZINC68964708、ZINC73549421;5个小分子抑制剂与整合酶之间的结合主要是氢键结合力和疏水相互作用。结论通过PyRx运行AutoDock Vina,从ZINC数据库的化合物中筛选出5个新的HIV-1整合酶抑制剂。     

CBS催化合成β-受体激动剂关键中间体——手性α-卤代仲醇

用CBS催化剂中的R/S-α,α-二苯基脯氨醇为催化剂不对称还原α-卤代苯乙酮衍生物,得到系列手性α-卤代仲醇--β-受体激动剂关键中间体,反应具有较好的收率,产物光学纯度高.     

分散剂的稳定机理及筛选方法

主要介绍了分散剂的锚固机理和分散剂的稳定机理,同时介绍了分散剂筛选方法。