基于副本交换的局部增强差分进化蛋白质结构从头预测方法

针对蛋白质高维构象空间搜索问题,提出一种基于副本交换的局部增强差分进化蛋白质结构从头预测方法(RLDE)。首先,采用基于知识的Rosetta粗粒度能量模型显著降低构象空间优化变量维数;其次,引入基于片段库知识的片段组装技术进一步减小构象搜索空间,有效避免搜索过程中的熵效应;此外,在每个副本层设置构象种群,采用差分进化算法对种群进行更新,然后利用Monte Carlo算法对种群做局部增强,以此得到全局和部分局部最优构象。综上,RLDE利用差分进化算法较强的全局搜索能力可以对构象空间进行有效的全局搜索;借助Monte Carlo算法局部搜索性能对构象空间局部极小区域进行更为充分的采样;副本交换策略保证了副本层中种群的多样性,同时能够增强算法跳出局部极小的能力,从而使得算法对构象空间的搜索能力进一步增强。15个目标蛋白测试结果表明,所提方法能够有效地对构象空间采样,得到高精度的近天然态蛋白质构象。     

带有时间窗口的富网络配送问题研究及仿真

通过建立GIS富网络路网属性模型,并组合N阶最短近邻自适应聚类算法和遗传算法,来解决不确定车辆数目、较大规模网点和多层次交通网络的带时间窗口的联合配送问题。首先,为了解决传统带有时间窗口车辆线路调度模型中配送网点规模小(不超过20个网点)的问题,以及在建模时将各网点抽象为图的顶点的缺陷,建立基于实际道路数据的网络数据集,采用GIS技术精确计算各网点之间的距离,并建立距离OD矩阵;然后,为了降低对较大规模网点配送算法设计的复杂度,采用N阶最短近邻自适应算法确定聚类簇数,再通过聚类数划分配送网点。其次,为了确定配送车辆的种类、车辆数目以及时间窗口的限制,利用遗传算法对配送线路进行优化。最后,通过2个实例验证了所提方法的有效性。     

蛋白质序列比对下的分子虚拟筛选方法

分子虚拟筛选方法旨在找到一种可以与受体蛋白质进行相互作用并适当修改其生物学行为的活性分子.大多数分子虚拟筛选方法的先决条件是已知蛋白质的结构或小分子结合物.然而对于大多数蛋白质而言,这些信息都是未知的.因此,本文提出了一种名为Screener的基于蛋白质序列比对和活性分子相似性评估的分子虚拟筛选方法.Screener首先从受体蛋白质的序列出发,生成位置特异性频率矩阵特征、二级结构特征以及溶剂可及性特征,利用I-LBR程序对受体蛋白质的潜在结合位点残基进行预测;其次,根据预测的结合位点残基以及相关特征信息构建模板蛋白质库;然后,将所有与任意模板蛋白质相互作用的活性分子收集起来构成潜在的种子分子库;最后,利用分子2D指纹之间的相似性来对待筛选分子集进行排序,完成分子虚拟筛选.在基准测试集DUD40和DUD-E65上,Screener的平均EF^1%分别为16.6和25.7,HR^1%分别为44.1和67.6.基准测试结果表明Screener的虚拟筛选平均性能优于基于对接的虚拟筛选方法AutoDock Vina及基于结构比对的虚拟筛选方法FINDSIT...     

论桥上测流法的若干问题

根据桥梁水力学原理及实际经验，论述了桥上测流法的若干技术、效益、安全问题及适用条件，提出了一些可供实际工作参考的意见。     

松散含水层下煤巷允许掘进距离的确定

就松散含水层下煤巷允许掘进距离的确定方法进行初步探讨，同时指出其意义及借鉴价值。     

现代城市供配水系统优化调度的研究

全面综述了城市供配水优化调度的建模、优化、算法仿真方法的研究进展,重点介绍现代优化算法在供配水系统中的应用研究,指出一类具有自适应特性的混合全局优化算法的应用具有特别重要的意义.     

蛋白质构象空间的多模态优化算法

蛋白质能量模型的不精确性导致数学上的最优解并不一定对应其稳定的天然态结构,同时其巨大的构象空间使得现有方法也极易收敛到局部最优解。针对蛋白质结构能量模型不精确和高维构象空间采样可靠性低的问题,在进化算法的基础上,提出了一种基于二面角相似度的蛋白质构象多模态优化方法。首先,执行模态探测,将Rosetta粗粒度能量模型作为筛选高质量新个体的标准,进行种群更新,增加种群构象的多样性;然后,建立二面角相似度模型,用于评价不同构象间的相似程度,以满足多模态优化算法中相似个体快速判定的要求,并基于排挤更新策略实现模态增强,获得结构更为合理的构象。10个测试蛋白质的实验结果表明:所提算法能够达到较高的预测精度,并且可以使种群具有良好的模态分布,得到尽可能多的高质量局部极值解,从而获得一些较好的蛋白质亚稳态结构。     

水文测验设施建设洪水影响评价方法

阐述以肇源站测验设施建设为例研讨了一种水文测验设施对洪水影响的评价方法,分析了其设施阻水,壅水对行洪无甚影响。     

窄脉冲半导体激光器峰值功率测量方法研究

介绍一种利用示波器和光电转换装置同时测试窄脉冲半导体激光器的脉宽和功率的方法,主要分析了影响测量的几个因素,给出测量不确定度。该方法用示波器直接测量脉冲宽度,根据测量电压与激光脉冲功率的正比例关系,同时获得窄脉冲半导体激光器的脉宽和功率。经理论分析和试验验证均能满足对窄脉冲半导体激光器的脉宽和功率测量需要,在808～1064nm波长范围内做过多波长测量试验,测量结果令人满意。     

国产化大型生成气压缩机的设计选型

文章对国产化大型生成气压缩机的设计选型过程进行详细阐述,围绕温度控制对其配置和布置方案等设计要点进行理论分析.方案通过将两级压缩带中间冷却与压缩机腔体喷液冷却进行组合配置,将一、二级出口温度很好地控制在72℃以内,确保与最高上限温度80℃留有足够余量;同时,创新地提出两台压缩机共用一台汽轮机驱动的并联布置方案,提高机组...