多核体系下的并行任务构建

基于多核体系下的系统运行效率越来越受到各行业的关注,一个系统往往是由若干软件子模块构成的.一个完整的系统可以由Tomcat,Httpd以及Lucene这3个软件模块构成.这些软件本身均进行了一定的优化,各自运行效率都良好,可是如果将它们整合成一个系统,其效率的提高仍需要从整体多方面考虑.从不同软件的子任务之间的关系入手,通过分析它们的特点,提出苦干提高整体性能的方案.研究贡献在于以下3个方面:1)线程间同步操作的消除;2)通过多任务重排提高并行度;3)系统调用的单线程化.结果表明系统整体性能得到了提高,同时,每个子任务完成的功能更加清晰明了.     

基于Myrinet/GM的多通道通信

通信子系统对并行系统的计算效率有重要影响,大规模应用对并行平台的通信性能和可用性提出了挑战性的要求.多通道通信技术通过并行采用多路网络链路互连来提高并行系统通信性能和可用性.首先分析了多进程复用网络对通信性能的影响,然后以Myrinet/GM网络平台为基础,提出了基于网络接口层的通信链路动态选择与分配策略,设计和实现了支持多路Myrinet网络并行通信的协议层MNC.MNC支持通信进程平等,充分地利用多路Myrinet网络链路资源.在使用2路Myrinet互连的PC机群平台上,MNC进程间通信带宽相对于单链路提高了约34%,有效地提高了应用层通信性能.     

基于XML实现应用网关可配置服务的方法

可配置能力是系统灵活性的重要体现。基于XML语言建立系统的可配置能力是现今比较流行的做法。应用网关是一种特别强调可配置能力的系统。文章结合应用网关模型，使用DTD数据字典的形式对系统配置的几个方面的要点进行了叙述。     

NAS和SAN的融合方案与研究

NAS系统和SANs是网络存储技术发展的两个主要方向．NAS和SAN的融合可以解决SAN和NAS之间存储共享问题，提高效率，是存储需求的趋势．本文对NAS和SAN的关系以及它们融合涉及的技术进行了论述，然后给出了它们融合的方案及特点．     

Myrinet:一种适用于机群系统的新型高速网络

机群系统用于并行处理具有很多ＭＰＰ系统所没有的优点，但要实现高性能的机群系统，则需要高带宽、低延迟的高速网络的支持。该文从软硬件结构、采用的技术及其应用实例几方面介绍了一种适用于机群系统的新型高速网络———Ｍｙｒｉｎｅｔ，并通过实验测试数据以及与其它高速网络特性的对比可知，Ｍｙｒｉｎｅｔ的性能／价格比很高，是组建机群系统的理想网络解决方案。     

提高工作站机群系统通信性能方法的研究

工作站机群系统是目前并行处理技术的研究特点之一，而春网络通信的性能又是机群系统的关键。本文在分析影响系统性能因素的基础上，从软、硬件两方面着重讨论了高速网络技术，精简通信协议和Ａｃｔｉｖｅ Ｍｅｓｓａｇｅ通信机制等提高网络通信性能的方法。     

DENNET中降低调试器干扰的机制

DENNET是清华大学高性能计算所开发的一个机群系统并行程序调试环境．本文分析并行程序调试环境的现状和发展趋势；阐述调试环境对并行程序的干扰问题，指出降低乃至完全消除干扰是并行程序调试环境的一个重要研究方向，介绍了DENNET设计时采用的两种降低干扰的技术．     

新型存储系统设计与应用

<正>存储系统是计算机的核心,在人工智能、大数据、云计算和物联网等新兴战略产业的可持续发展中起着重要作用。随着处理器和网络设备性能不断提高,存储软件栈成为限制数据密集型系统性能的主要因素。近年来,新型存储设备因其打破“内存墙”的能力而受到广泛关注。这些设备包括支持块寻址的闪存设备、支持字节寻址的非易失性存储器、存算一体化设备以及大容量光存储。构建高吞量、低延迟和高可靠性的大规模存储系统,需要对算法、软件设计和硬件的持续创新。     

基于图划分的全基因组并行拼接算法

提出了一种基于图划分的全基因组并行拼接算法．该算法巧妙地将数据划分问题转化成图划分的问题,解决了传统数据划分算法中存在的节点负载不平衡的问题．同时,算法在建立关系图时有效地利用了WGS测序中所提供reads之间的长度信息和配对信息,使reads关系图能更准确地反映出数据之间的关系特性,从而提高了数据划分的准确性．实验结果表明,该算法可以准确地划分各种模拟数据、真实数据的数据集,相对于传统数据划分算法划分质量有了明显改善．     

网格计算专刊前言

网格是高性能计算和信息服务的战略性基础设施，它将地理上分布、异构的各种资源通过高速网络连接并集成起来，共同完成重大的科学问题研究．它不仅能够为信息资源的获取、分布、传输和有效利用带来革命性和结构性的巨大变化，而且将根本改变我们的研究方式、教育方式以及生产和生活方式．从1998年国家科技部的国家高技术研究发展计划（863）启动中国的“高性能计算环境”项目开始至今，网格计算已在中国经历了8个年头,尤其是在国家“十五”计划期间，国家各部委先后启动了包括国家科技部的国家高技术研究发展计划（863）“中国国家网格（CNCrid）”、教育部211公共服务体系建设项目“中国教育科研网格计划（China Grid）”、国家自然科学基金委的重大专项“以网络为基础的科学活动环境研究”、国家重点基础研究发展规划（973）中的“语义网格的基础理论、模型、方法及关键技术”和“虚拟计算环境聚合与协同机理研究”等在内的国家级网格研究、开发和建设项目．这些研究项目在网格的各个方面都取得了有代表性的成果．