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41.
42.
The Individual Haplotyping MFR problem is a computational problem that, given a set of DNA sequence fragment data of an individual,
induces the corresponding haplotypes by dropping the minimum number of fragments. Bafna, Istrail, Lancia, and Rizzi proposed
an algorithm of time O(22k
m
2
n+23k
m
3) for the problem, where m is the number of fragments, n is the number of SNP sites, and k is the maximum number of holes in a fragment. When there are mate-pairs in the input data, the parameter k can be as large as 100, which would make the Bafna-Istrail-Lancia-Rizzi algorithm impracticable. The current paper introduces
a new algorithm PM-MFR of running time
, where k
1 is the maximum number of SNP sites that a fragment covers (k
1 is smaller than n), and k
2 is the maximum number of fragments that cover a SNP site (k
2 is usually about 10). Since the time complexity of the algorithm PM-MFR is not directly related to the parameter k, the algorithm solves the Individual Haplotyping MFR problem with mate-pairs more efficiently and is more practical in real
biological applications.
This research was supported in part by the National Natural Science Foundation of China under Grant Nos. 60433020 and 60773111,
the Program for New Century Excellent Talents in University No. NCET-05-0683, the Program for Changjiang Scholars and Innovative
Research Team in University No. IRT0661, and the Scientific Research Fund of Hunan Provincial Education Department under Grant
No. 06C526. 相似文献
43.
在城市景观规划与城市生态环境演变研究中,理解与把握城市景观格局信息至关重要.本文以海淀区2006年ALOS卫星为研究数据,运用面向对象的影像分类方法获取景观类型分布,选取景观分维数、破碎度、分离度等景观指数来定量描述海淀区的景观格局.研究表明海淀区景观多样性指数较低,景观类型面积所占比例差异大,人为作用影响显著.居民地及工矿用地景观和耕地景观构成海淀区的景观基质,道路交通景观构成廊道景观,林地景观相对较稳定,而水域景观和草地景观受人为干扰严重,需要加强管理与规划. 相似文献
44.
"现代办公设备"是一门操作性、实用性和应用性极强的课程,是高职计算机专业和计算机相关专业学生必修的一门课程。如何使学生掌握现代办公设备的操作技能启发学生的创造性思维,引导学生掌握核心的操作技巧。该文根据自己近几年的教学实践经验,谈谈在该课程教学过程中的几点体会。 相似文献
45.
裔传俊 《数字社区&智能家居》2009,5(5):3518-3520
针对基本分形图像编码算法时间过长的问题,提出了一种基于HVS分类及邻域搜索的快速算法。根据HVS特性将子块分为平滑类子块和非平滑类子块,对于平滑类子块直接存储其均值,以减少需要搜索匹配父块的子块数;对于非平滑类子块,从离其最近的父块开始搜索,在搜索父块时,剔除与当前子块的近似度不满足要求的父块,并引入误差阂值和搜索父块的最大次数来控制子块的搜索过程。实验结果证明,该算法大大提高了编码速度。 相似文献
46.
裔传俊 《数字社区&智能家居》2009,(13)
针对基本分形图像编码算法时间过长的问题,提出了一种基于HVS分类及邻域搜索的快速算法。根据HVS特性将子块分为平滑类子块和非平滑类子块,对于平滑类子块直接存储其均值,以减少需要搜索匹配父块的子块数;对于非平滑类子块,从离其最近的父块开始搜索,在搜索父块时,剔除与当前子块的近似度不满足要求的父块,并引入误差阈值和搜索父块的最大次数来控制子块的搜索过程。实验结果证明,该算法大大提高了编码速度。 相似文献
47.
没有现代化的信息管理,没有公共物流信息平台,就没有现代化的物流服务。该文对公共物流信息平台进行了介绍,阐述了公共物流信息平台规划与设计的原则,并设计了公共物流信息平台的基本功能模块及扩展功能模块,以期有助于公共物流信息平台建设的科学性和合理性。 相似文献
48.
针对充满噪声干扰和多径效应的无线信道环境,提出一种基于二维导频的信道估计改进算法.该算法采用二维导频设置图案,利用导频点处充分记录的信道信息,提取信道参数的最优初始估计.在此基础上,利用优化的LMMSE算法,修正初始信道估计中的估计误差.理论分析及仿真实验表明,在多径时变衰落信道下,改进后的信道估计方法有效提高了系统的估计性能. 相似文献
49.
比较了多功能显示模拟器的三种实现方法,提出了采用周边键实物的总体设计方案,以达到最佳的模拟操作效果;采用了周边键编码电路设计,以减少连接电缆的信号数量;根据显示画面之间的调用关系,分析了画面转换矩阵的构建方法,实现了多功能显示模拟器的显示功能和控制功能.该模拟器可推广使用到其他机型仿真系统中,满足教学和仿真的需要。 相似文献
50.
探索一种实用的基于想象运动思维脑电的脑-机接口(BCI)方式,为实现BCI应用奠定比较坚实的理论和实验基础。对6名受试者进行三种不同时段(箭头出现2s、1s和0s后提示按键)情况下想象左右手运动思维作业的信号采集实验,利用小波变换和支持向量机对实验数据进行离线处理。对三种情况下的延缓时间△t0、△t1和△t2分析发现:△t0与△t1和△t2之间都有显著性差别(p<0.05),而△t1与△t2之间没有显著差别(p>0.05);平均分类正确率分别达到68.00%、80.00%和56.67%(p<0.05);实际按键前0.5~1s左右,想象左右手运动的思维脑电特征信号都发生了明显改变。通过合理的实验设计获取的信号有助于识别正确率的提高,为BCI系统中思维任务的特征提取与识别分类提供了新思路和方法。 相似文献