基于并行多类支持向量机的蛋白质结构预测*

在远同源检测的蛋白质结构预测方法中,基于支持向量机的方法取得了优于其他方法的高准确性,但这类方法只能完成对目标蛋白质作出是否属于特定蛋白质结构的判别,而实际应用中常需要直接给出具体的结构预测结果.提出一种基于多类支持向量机的蛋白质结构预测方法,通过采用加权一对多的多类分类方法对标准支持向量机输出结果进行综合评价,获得唯...     

核函数的度量研究进展

核函数的度量(简称核度量)研究两个核函数(或一个核函数与另一个目标函数)之间相似性的度量方法,是核函数研究中的一个重要课题。系统综述了核度量的研究状况以及目前的研究进展,分析了典型核度量方法的特点及不足,并凝炼了其进一步研究的方向。     

基于模板匹配与塔式分解的蛋白质结构域分类

首先构造结构域的距离矩阵灰度图像;其次建立典型二级结构的距离函数,并分析所呈现的灰度模式;然后基于模板匹配和塔式分解,提出了结构域特征;最后在结构类和折叠子两个层次实施结构域分类。本方法在第一种验证策略的分类精度分别为90.7%和74.6%,使用第二种验证策略的为93.8%和78.7%。相比其他方法,具有更高分类精度和更低的特征维数,说明本方法更有效。     

基于像素链排序的直线绘制算法*

针对直线生成算法在直线斜率大于0.5时的低效率问题,提出一种基于像素链排序的直线绘制算法。将直线看做是由许多条平行像素链或对角像素链拼接而成,利用逆向生成直线的类Bresenham算法求得各像素链的长度,通过Bresenham算法生成相应直线的位移码对各像素链进行排序,一次判断生成一条像素链。仿真实验表明,基于像素链排序的直线绘制算法生成的直线与Bresenham算法生成的直线精度一致,且计算量显著减少。该算法只有加法和乘法两种整数运算,适合硬件实现,其绘制速度是Bresenham算法的4倍。     

极大熵自适应微粒群混合算法求解绝对值方程*

绝对值方程Ax-|x|=b是一个不可微的NP-hard问题。在假设矩阵A的奇异值大于1（这里矩阵A的奇异值定义为矩阵ATA特征值的非负平方根）时,给出了求解绝对值方程的一个新算法。通过引进一种极大熵函数把绝对值方程进行光滑化处理,再引入适当的目标函数,从而把绝对值方程问题转换为无约束优化问题,然后利用自适应微粒群算法对其进行求解。数值实验结果表明了该方法的正确性和有效性。     

基于动态整体更新和试探机制的蜂群算法

蜂群算法已被证明其效率高于多数传统优化算法,但是对于不可分离变量的函数则优势不明显。为平衡单维更新与整体更新,避免算法在某一方面开采过深陷入局部最优,通过计算单维开采成功率动态地控制参数limit,提出了一种单维更新和整体更新交替进行的混合算法。该算法在整体更新阶段采用基于试探机制的粒子群算法,避免种群飞向错误的方向。采用多种不同类型的基准函数对改进算法进行测试,数值实验结果验证了该算法的有效性。     

基于移动社交网络的空间资源利用分析系统*

提出并设计了一个办公环境下室内空间资源利用分析系统。该系统以基于位置的移动社交网络获取用户的位置数据,并以此产生用户活动热度分布图。以热度图形式展示一段时间内各空间处的人员密度高低,进而反映室内空间资源的利用情况。通过对会议室的实际利用情况与对应热度图比较,结果的一致性证明了该方案和系统的有效性及可靠性。     

电子邮件病毒传播的元胞自动机建模与分析*

为研究电子邮件病毒在有向无标度网络上的传播行为,基于元胞自动机理论,提出一个电子邮件病毒传播的元胞自动机模型。在该模型下,仿真分析多种因素对电子邮件病毒传播行为的影响,结果表明：在给定的有向无标度网络中,病毒传播速度和传播规模随着电子邮件病毒附件打开概率增加而增大,网络的有向性增加病毒传播规模对于免疫概率的敏感性,病毒传播演化主要与节点入度相关。研究还表明,病毒先感染入度大的节点,后感染入度小的节点,而节点感染病毒先后顺序与节点出度没有明显关系。     

Incorporation and metabolism of trans 20∶5 in endothelial cells. Effect on prostacyclin synthesis

To study the ability of long-chain trans fatty acids (FA) to be incorporated and metabolized into endothelial cells, bovine aortic endothelial cells were incubated with medium enriched eicosapentaenoic acid (EPA) bound to albumin (M2) or one of its geometrical isomers: 20∶5 5c,8c,11t,14c,17c(M3), 20∶5 5c,8c,11c,14c,17t(M4), or 20∶5 5c,8c,11t,14c,17t(M5). After 48 h of incubation, supernatant and cells were harvested and their lipids were analyzed, including prostacyclin synthesis. EPA and 22∶5n−3 of endothelial cells incubated with M2 were, respectively, three and two times higher than in control cells (incubated in M1, without any fatty acid added), whereas 22∶6n−3 increased only in the supernatant, suggesting its release after biosynthesis. However, 18∶2n−6 and 22∶4n−6 decreased (about 30%). Trans 20∶5 isomers represented 4.7, 3.9, and 5.2% of total phospholipid FA in endothelial cells incubated with M3, M4, and M5, respectively. They were elongated into trans 22∶5 and trans 24∶5, as revealed by gas chromatography-mass spectrometry and gas chromatography-Fourier transform infrared analysis. In cells incubated with M2, M3, M4, and M5, prostacyclin synthesis was inhibited by 49.0, 62.5, 60.5, and 72.0%, respectively. This effect may be due to less available arachidonic acid in the cells and to a competition between EPA isomers and AA at the level of cyclooxygenase pathway, as it was demonstrated that 20∶5 Δ17t was metabolized by this enzyme.     

求解互补问题的极大熵和声搜索算法*

针对传统算法无法获得互补问题的多个最优解的困难, 提出了求解互补问题的和声搜索算法。利用NCP函数, 将互补问题转换为一个非光滑方程组问题,用极大熵函数对其进行光滑换处理,进而把互补问题的求解转化为无约束优化,利用和声搜索算法对其进行求解。该算法对目标函数的解析性质没有要求且容易实现,数值结果表明了该方法在求解互补问题中的有效性。