随机走步软聚类识别蛋白质网交叠功能模块

认定蛋白质交互网中的功能模块对于理解细胞的组织结构,处理过程及其功能都是至关重要的。由于一个蛋白质可能具有多重功能因此蛋白质功能模块可能会相互交叠。然而,目前已有的一些识别功能模块的软聚类算法有如下两个缺陷：一是一些算法需要阈值来截断聚类;二是有些算法需要预设聚类数目。为了克服这两个缺陷,提出了随机走步软聚类识别算法来认定蛋白质交互网中的交叠功能模块。实验结果表明该算法在无需任何参数的情况下能发现一些重要的交叠功能模块。     

基于双重索引矩阵的蛋白质功能预测

针对单一数据源预测蛋白质功能效果不佳以及蛋白质相互作用网络信息不完全等问题,提出一种多数据源融合和基于双重索引矩阵的随机游走的蛋白质功能预测(MSI-RWDIM)算法。该算法使用了蛋白质序列、基因表达和蛋白质相互作用数据预测蛋白质功能,并根据这些数据源特性构建相应的相互作用加权网络;然后融合各数据源加权网络并结合功能相关性网络构建双重索引矩阵,使用随机游走算法计算得分进而预测蛋白质功能。在酵母数据集的五折交叉验证中,MSI-RWDIM算法具有较高的准确率和较低的覆盖率,还可降低功能标签损失率。研究结果表明,MSI-RWDIM算法的总体性能优于常用的k-近邻、直推式多标签集成分类和快速同步加权方法。     

兼顾费用与公平的带通信开销的多有向无环图调度

针对云环境下多有向无环图(DAG)工作流的调度算法应考虑执行时间、费用开销、通信开销、公平性等多个指标的问题,在模型带通信开销的DAG(CA-DAG)的基础上结合公平性算法提出一种优化完成时间的后向求异(BD)原则与兼顾费用和公平的多DAG调度策略CAFS.CAFS调度策略分为两个阶段:预调度阶段利用带通信开销的工作流费用优化(CACO)算法在考虑通信开销的同时求解所有任务的最优服务并优化费用,采用fairness算法得到较公平的调度顺序;调度阶段采用BD原则,根据在预调度阶段得出的调度顺序进一步优化整体的完成时间并执行调度.实验结果表明,CAFS调度算法具有较好的公平性,在不提高费用的基础上时间减少19.82%.     

服务质量感知的云应用资源自适应配置

针对部署在云环境下的云应用资源配置优化问题,提出了通过感知服务质量变化自适应配置云应用资源的策略。设计了一种基于采集到的历史运行指标数据生成贝叶斯网络概率推理模型,并利用预定义应用服务质量目标（Service Level Objectives,SLO）找到资源超配或不足的虚拟设备,生成资源优化方案。在仿真环境下验证测试结果显示,开启自适应配置算法的云应用请求响应时间指标明显优于未开启的云应用。     

基于上下文环境和句法分析的蛋白质关系抽取

针对蛋白质交互作用关系(PPI)抽取方法中特征利用的片面性问题,提出了一种从上下文环境和句法结构中抽取特征的方法。该方法抽取词法特征、位置特征、距离特征、依存句法特征和深层句法特征等丰富特征构成特征集,并且使用支持向量机（SVM）分类器进行PPI抽取。方法在5个公开的PPI语料上进行了评估。实验结果表明,丰富特征有效地利用了更为全面的信息,避免丢失重要特征的危险,得到了较好的PPI抽取性能。即在AImed语料上的实验取得了59.2%的F值和85.6%的曲线下面积（AUC）值。     

一种基于位置优化的排序学习方法

如何设计有效的相关性排序函数是信息检索研究的一个核心问题,因为排序函数直接影响着搜索结果的质量。排序函数的好坏一般由信息检索评价方法进行评估,对其进行优化的主要困难是这些方法都依赖于结果文档的排序位置,因此对于查询的结果返回列表中相关文档的位置的研究是十分重要的。通过探索相关文档和不相关文档之间的偏序关系构造新的输入样本;该样本是由一个相关文档和一组不相关文档所构成的,它能够更加有效的区分文档的相关性;基于该输入样本,通过定义位置损失函数对排序结果进行优化。在公开数据集Letor30的上的实验结果显示该方法可以将多种排序评价方法的准确率平均提高2％,证明了所提出的方法的有效性。     

基于能量福利函数的传感网络节能路由算法

针对无线传感器网络能耗不均衡、能量利用率低等问题,在PARPEW协议基础上提出了一种基于能量福利函数的传感网络节能路由算法。通过在簇形成阶段引入能量代价开销公式和能量福利函数确定簇成员和最终簇头,并且对选举临时簇头时的阈值进行了优化;簇间路由阶段,采用单跳与多跳结合方式,中继节点选举时的权值函数加入了簇内节点个数、已当选过中继节点次数因素。仿真实验表明,与LEACH和原PARPEW协议相比,改进算法均衡了网络能耗,提高了能量利用率,延长了网络生存周期。     

改进双向动态JPS算法的移动机器人全局路径规划

针对跳点搜索(jump point search, JPS)算法在寻路过程中所存在的路径拐点多、中间搜索跳点数多、寻找跳点的过程中扩展节点数多和寻路时间较长等问题,提出改进双向动态JPS算法。改进算法动态定义正、反扩展方向上的目标点,动态定义启发函数,并利用动态约束椭圆对算法的扩展区域加以限制,以区分椭圆内、外区域的扩展优先级。在算法从起点和目标点两个方向上分别向对方进行扩展的过程中,以寻找到的新的代价最小点为新椭圆的焦点,椭圆的方位和约束区域也随之动态调整。仿真结果表明,经过优化改进的双向动态JPS算法在一般地图中有一定的表现,在障碍物较少且目标点距离起点较近的室内环境地图中表现尤为良好。