藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物多样性研究

为了探究藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物群落结构组成,利用高通量测序技术对苹果表皮及根际土壤微生物的群落结构与多样性进行研究,并对优势微生物菌属进行关联性分析。结果表明,苹果表皮样品分别获得554个细菌操作分类单元（OTUs）、612个真菌OTUs,根际土壤样品分别获得1 717个细菌OTUs、1 371个真菌OTUs,根际土壤样品细菌和真菌的多样性、丰富度均高于苹果表皮,且同一样品中细菌群落多样性和丰富度高于真菌。在属分类水平上,苹果表皮和根际土壤的主要优势细菌属均为节杆菌属（Arthrobacter）,其相对丰度分别为13.06%和5.53%,外囊菌属（Taphrina）和被孢霉属（Mortierella）分别是苹果表皮和根际土壤样品的主要优势真菌属,其相对丰度分别为41.07%和7.62%。优势细菌属和优势真菌属关联性分析结果表明真菌与细菌间存在显著的互作关系。     

市售茨河花色腐乳和红方腐乳微生物菌群及风味物质的比较分析

基于MiSeq高通量测序技术对湖北省谷城市茨河花色腐乳和全国不同地区的红方腐乳的微生物菌群进行了分析,同时使用GC-IMS对腐乳的气味基础—挥发性有机物进行了分析。结果表明,花色腐乳与红方腐乳的细菌与真菌菌群结构存在显著差异(P<0.05),前者的生物标志菌属为假单胞菌属(Pseudomonas),而红方腐乳的生物标志菌属为红酵母属(Rhodotorula),曲霉属(Aspergillus)和明串珠菌属(Leuconostoc)。GC-IMS结果显示,两种腐乳的小分子酯类风味物质种类最丰富,醛类物质在红方腐乳中富集,而酮类物质在花色腐乳中富集。另外,红方腐乳的特征风味物质为乙醇、2-甲基丁醛,2-甲基异丙醛等,而花色腐乳的特征风味物质为乙醛,丙烯酸乙酯,柠檬烯等。另外,威克汉姆酵母属(Wickerhamomyces)和毛霉(Mucor)与多种风味物质呈正相关,因此在花色腐乳的生产中具有开发与应用的潜力。     

甲硫氨酸氨肽酶高通量微型化检测方法的建立

采用甲硫氨酸对硝基苯胺底物检测甲硫氨酸氨肽酶酶活,通过优化甲硫氨酸氨肽酶检测条件提高检测方法的准确性和灵敏性,并在此基础上建立了微型化的检测方法———酶标板法,适应微型化高通量发酵培养对高通量酶活检测的要求,以实现氨肽酶产生菌真正意义上的高通量筛选。优化后的甲硫氨酸氨肽酶酶活微型化检测条件为:氨-氯化铵缓冲液40 mmol/L、pH 8.0、甲硫氨酸对硝基苯胺浓度6 mmol/L、温度60℃、酶反应时间10 min,于380nm波长比色测定。     

雪茄茄芯烟叶工业二次发酵过程中细菌与真菌群落多样性变化分析

【目的】为分析茄芯烟叶在二次发酵过程中细菌和真菌群落多样性及菌群动态变化规律。【方法】以德雪三号初次发酵烟叶为试验材料,采用细菌16S rDNA和真菌ITS1的Illumina MiSeq高通量测序技术,分析烟叶二次发酵0、5、10、15和20 d时细菌和真菌群落结构及丰度信息。【结果】发酵0 d时细菌群落Chao1、ACE和Shannon指数最高,分别为423.38、424.40和4.67;发酵10d时真菌群落Chao1和ACE指数最高,分别为85.82、89.49。基于门水平,随着发酵时间的增加,细菌从以变形菌门（Proteobacteria）为优势转变为以厚壁菌门（Firmicutes）为主,真菌主要优势菌门为子囊菌门（Ascomycota）,相对丰度在71.61%～98.16%之间。基于属水平,葡萄球菌属（Staphylococcus）为整个发酵过程中的主要优势细菌属,在发酵15 d时相对丰度最大（91.25%）;次要优势细菌属由假单胞菌属（Pseudomonas）、马赛菌属（Massilia）等转变为芽孢杆菌属（Bacillus）、土地芽孢杆菌属（Terribacillus）...     

冷藏小龙虾优势腐败菌的筛选鉴定及细菌群落结构和多样性分析

以4℃贮藏小龙虾货架期终点筛选武汉孝感小龙虾中优势腐败菌,同时结合高通量测序方法,进一步确定小龙虾中优势腐败菌,并对小龙虾贮藏过程中菌相变化、微生物结构及其多样性进行分析。结果表明：传统培养法从腐败小龙虾中共筛选出10 株腐败菌,包括波罗的海希瓦氏菌（Shewanella baltica）、维氏气单胞菌（Aeromonas veronii）、普通变形杆菌（Proteus vulgaris）等;在属水平上,高通量测序法最终确定气单胞菌属（Aeromonas sp.）及希瓦氏菌属（Shewanella sp.）是小龙虾腐败末期相对丰度最大的2 种优势腐败菌;同时,高通量测序结果表明,随着贮藏时间的延长,小龙虾微生物群落丰富度、多样性及均匀度不断下降,这与腐败末期优势腐败菌的大量增长及生长繁殖过程中抑制其他种类微生物有关。     

低分子质量壳寡糖对鲢鱼冷藏过程中鱼肉品质及菌相的影响

分析低分子质量壳寡糖（分子质量≤1 000 Da,脱乙酰度≥90%）对鲢鱼片4 ℃冷藏过程中菌相组成及品质变化的影响。将鲢鱼片随机分为对照组与壳寡糖（0.5 g/100 mL）处理组,测定其感官评分、菌落总数、总挥发性盐基氮含量、三磷酸腺苷关联物含量及K值等指标,并采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析菌相组成,评价壳寡糖对鲢鱼片的保鲜作用。结果表明：壳寡糖能够改变鲢鱼冷藏过程中的菌相组成且抑制其优势腐败菌属假单胞菌和气单胞菌的生长;壳寡糖处理能够显著抑制鱼肉菌落总数和挥发性盐基氮的生成,同时显著延缓肌苷酸及次黄嘌呤核苷酸的降解,进而减少次黄嘌呤的生成。壳寡糖能够显著提高鲢鱼贮藏过程中的品质,这主要通过抑制优势腐败菌属的生长实现。     

四川晒醋固态发酵过程中理化因子与真菌群落结构的动态变化规律

为了探究四川晒醋发酵过程中真菌群落的演替及关键理化因子的变化规律,本文利用国标法和高通量测序技术对醋醅的理化指标和真菌群落进行了解析,同时结合真菌群落和理化因子进行冗余分析,找出影响真菌群落变化的关键理化因子.结果表明,随着发酵的进行,醋醅的pH降低,水分、温度基本保持稳定,总酸、氨态氮含量先持续增加后保持稳定,还原糖...     

烟草种子附生真菌群落结构与多样性

为了解烟草种子附生真菌的群落结构和多样性。采用Illumina MiSeq高通量测序技术测定K326、云烟85、L8、301种子的附生真菌。结果表明K326种子的优势属为链格孢属（Alternaria）、赤霉菌属（Gibberella）、隐球菌属（Cryptococcus）、镰刀菌属（Fusarium）及红酵母属（Rhodotorula）等;云烟85的优势属为赤霉菌属、小画线壳属（Monographella）、链格孢属、红酵母属及镰刀菌属;301的优势属为链格孢属;L8的优势属为链格孢属、曲霉菌属、镰刀菌属、赤霉菌属及隐球菌属等。      

微生态制剂调节便秘、腹泻人群肠道菌群结构与产短链脂肪酸关键菌属的相关性

为探究微生态制剂对健康、便秘和腹泻人群肠道菌群结构的调节能力。本研究以健康、便秘和腹泻人群 为对象,令其定时、定量摄入水苏糖（stachyose tetrahydrate,Sta）、益生菌纯粉（probiotics power,PP）、益生 菌剂（probotic preparations,PPrs）3 种微生态制剂,共6 周,采集新鲜粪便样本并提取DNA,利用Ion torrent PGM 二代测序技术进行16S rRNA V3区扩增子测序,并用气相色谱检测粪便中的短链脂肪酸（short-chain fatty acids, SCFAs）表达水平,最后联合多变量统计学分析方法对测序数据进行多样性分析。结果表明：绝大多数序列属 于硬壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,约占总序列数的94.37%。随着微生态制剂的摄入,受 试人群肠道菌群的群落结构多样性明显增加,毛螺菌科（Lachnospiraceae）中的Blautia、Lachnospira以及瘤胃菌 科（Ruminococcaceae）中的Faecalibacterium、Oscillospir等与产SCFAs相关的菌属都明显地增长,其中Blautia和 Faecalibacterium与SCFAs含量呈显著正相关。SCFAs的含量以及肠道中相应菌群的增长与减少都与微生态制剂的成 分相关,在3 组受试人群中,服用Sta组,丙酸含量显著增加,乙酸与丁酸含量也在2 周左右有所增加,并伴随产 SCFAs的菌属快速且大量增长;PP组肠道中只有乙酸含量有所增加,丙酸和丁酸含量呈现降低的趋势,而产SCFAs 的菌属增长较明显;服用PPrs组,乙酸和丁酸含量明显增加,且便秘和腹泻人群在停止服用后,其SCFAs的含量 接近于健康人群,常见的Bifidobacterium、Lactobacillus、Parabacteroides等外源性益生菌均明显增长,可能性致病 菌相对丰度降低,表明服用PPrs对肠道菌群结构的调节作用以及影响更大。此外,根据肠型的分析,Bacteroides和 Prevotella在饮食的共同驱动下会调整并改变肠型,而仅通过所选择的微生态制剂的作用,在驱动肠型改变方面不 显著。综上所述,肠道疾病状态的人群服用微生态制剂后,肠道菌群结构向正常人群的状态调整,菌群多样性和 SCFAs表达水平提高,表现出持续抑制肠道有害细菌生长,促进有益菌的增殖,以此来维持肠道菌群结构的稳态。 经扩增子测序分析获得初步结论为：微生态制剂有改变腹泻、便秘人群肠道菌群整体结构的功效,并且PPrs要比单 一的Sta或PP调整肠道菌群的能力更突出。     

基于高通量测序分析不同保鲜冰处理对鲈鱼菌群组成与代谢功能的影响

目的：分析不同保鲜冰处理下鲈鱼微生物菌群变化及其与品质指标的相关性。方法：分别采用流化冰（slurry ice,SI）、酸性电解水冰（acidic electrolyzed water ice,AEWI）和碎冰（crushed ice,CI）对鲈鱼进行处理,测定鲈鱼的总挥发性盐基氮（total volatile basic nitrogen,TVB-N）含量与K值,并利用高通量测序技术对样品菌群结构和代谢功能进行比较分析。结果：SI和AEWI对鲈鱼均有一定的保鲜作用,其中SI抑制鲈鱼蛋白质和核苷酸降解速度的效果最显著。在冰藏前期（0～3 d）,AEWI与CI组样品中芽孢杆菌属（Bacillus）、乳球菌属（Lactococcus）、大洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus）相对丰度明显高于SI组。冰藏中、后期（12～21 d）,SI组样品中假单胞菌属（Pseudomonas）、希瓦氏菌属（Shewanella）、摩替亚氏菌属（Moritella）、埃希氏杆菌属（Escherichia）和别弧菌属（Aliivibrio）相对丰度明显增加,AEWI组样品假单胞菌属（Pseudomonas）和不动杆菌属（Acinetobacter）相对丰度所占比例逐渐增大,CI组中不动杆菌属在21 d时达27.77%,成为造成鲈鱼贮藏中、后期腐败的主要菌属。主成分分析表明,冰藏方式及贮藏时间对鲈鱼菌群结构组成有较大影响。鲈鱼菌群中与TVB-N含量、K值呈正相关的有假单胞菌属、不动杆菌属、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）和希瓦氏菌属,它们可能是鲈鱼冰藏期间的优势菌。CI和AEWI组鲈鱼细菌中参与氨基酸、脂质和碳水化合物代谢的相关基因相对丰度高于同一时期的SI组,这在一定程度上从细菌代谢水平解释了SI能延缓鲈鱼腐败的原因,为后期进一步从微生物抑制机制上优化鲈鱼贮藏保鲜技术提供了理论参考。