单体型组装问题计算模型的比较与分析

单体型检测在遗传病基因的定位、药理反应的研究、个体识别等方面有极其广阔的应用前景。单体型组装问题指如何利用个体的基因测序片断数据,根据不同的优化准则确定该个体单体型的计算问题。对MSR,MFR,MEC,WMLF,MEC／GI等单体型组装模型做了详细的分析比较,得出了如下结论：在没有引入测序误差情况下,上述模型的重构精度基本一致。随着测序误差的增加,MEC／GI模型的容错性最好,重构精度最高;MSR模型受测序误差的影响最大,只适用于测序误差极小的情形。     

大豆EST—SSR标记开发及与Genomic—SSR的比较研究

对458220条大豆EST序列进行SSR搜索,共检测出EST—SSR序列39989条,经拼接得到无冗余EST—SSR序列8190条,包括357种重复基元。其中二、三核苷酸重复基元类型居多,分别占无冗余EST总数的11．13％和16％,统计得到二核苷酸重复类型12种,三核苷酸重复类型60种。以含有简单重复序列的元冗余EST序列设计200对引物,其中148对引物有清晰且单一条带扩增产物,以30份大豆品种资源进行引物筛选,获得多态性引物31对。以21份大豆不同基因型的基因组DNA为模板选取30对显示多态性的大豆EST—SSR引物和30对大豆基因组SSR引物进行扩增,带型统计结果显示：大豆EST—SSR与基因组SSR在供试基因型间多态性指数均值分别为0．55和0．44,二者揭示的多态性水平差异不大。从而说明利用生物信息学方法基于大豆EST开发SSR标记是切实可行的,大豆EST—SSR可以用于大豆遗传多样性分析,是大豆DNA分子标记体系的一个重要补充。     

一株酿酒酵母的特征区域序列扩增标记

以23株不同来源的酿酒酵母为研究对象,分别提取基因组DNA,试用50条随机引物对其进行随机扩增多态性DNA分析,筛选到两条具有菌株鉴别能力的随机引物。P09可以从2.412,ST—01,SK—26,ZD—01四株酿酒酵母基因组DNA中扩增出长度为433bp的Sc—433片断Sc—433;P46可以从2.1882,ST—01,NJ—02三株酿酒酵母基因组DNA中扩增出长度为665bp的Sc—665片断,其中仅有目的菌株ST—01能稳定的扩增出这2个标记。把这2个片断分别克隆到pUCmT质粒载体中,经过酶切鉴定后测序,根据序列设计特异性引物,把RAPD标记转化为特征区域序列扩增标记,为酿酒酵母菌株的分子鉴别提供了新的借鉴。     

叶酸代谢相关基因的多态性对学龄前儿童神经心理发育的影响

目的：研究亚甲基四氢叶酸还原酶（MTHFR）、甲硫氨酸合成酶还原酶（MTRR）和甲硫氨酸合成酶（MTR）等叶酸代谢通路中关键酶的单核苷酸多态性（SNP）对汉族学龄前儿童神经心理发育的影响。方法：选取来自贵定县和嵩县的318名汉族学龄前儿童为研究对象,采用KASP SNP分型技术对MTHFR A1298C/C677T、MTRR A66G、MTR A2756G 4个位点进行基因分型,分析4个SNPs对发育商（DQ）和智力指数（MI）的影响。结果：MTHFR C677T位点不同基因型组的DQ和MI均存在显著性差异（P<0.05）,MTHFR A1298C位点不同基因型只有DQ存在显著性差异（P<0.01）。MTRR A66G和MTR A2756G位点不同基因型的DQ和MI均无显著性差异（P>0.05）。根据MTHFR A1298C和MTHFR C677T风险基因的A和T的携带,采用风险基因累积效应分析结果显示,携带不同数量风险基因型的DQ差异有统计学意义（P<0.01）。结论：MTHFR 1298CC纯合突变型对神经心理发育有保护作用,而MTHFR C677T位点的T...     

一株高产3-羟基丁酮枯草芽孢杆菌的构建

以产3-羟基丁酮枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)TH-49(Val-)和产α-乙酰乳酸脱羧酶地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)AD-30为亲本菌株,以聚乙二醇为融合促进剂,进行原生质体融合获得融合子,融合子经再生、筛选等过程,最终获得高产3-羟基丁酮菌株HB-32,该菌株3-羟基丁酮产量高达49.64 g/L,比菌株TH-49(Val-)提高了61.8%,且遗传稳定性良好。进一步采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,从分子水平上分析了高产3-羟基丁酮菌株HB-32与亲本菌株基因组的变化。结果表明,枯草芽孢杆菌(B. subtilis)TH-49(Val-)和地衣芽孢杆菌(B. licheniformis)AD-30原生质体融合成功,提高了融合子HB-32 3-羟基丁酮产量。     

随机扩增多态性法分析西藏牦牛奶酪中乳酸菌的遗传多样性

目的：利用随机扩增多态性（randomly amplified polymorphic DNA,RAPD）法对西藏地区牦牛奶酪中27 株乳酸菌基因型进行同源性分析。方法：利用5 个随机引物对Mg2+浓度、dNTP用量、退火温度、模版用量/引物用量（ng/pmol）4 个条件做单因素梯度试验,建立最佳反应条件,筛选最佳引物,然后对27 株乳酸菌和4 株乳酸菌标准菌株进行随机扩增,用NTsys 2.10e软件对扩增条带进行聚类和遗传相似性系数分析,分析结果与16S rRNA测序得到的菌种鉴定结果进行对比。结果：31 株菌遗传相似系数在0.72～1.00之间,当相似性系数在0.82时,菌株被分成了8 组,菌株按照不同种属聚类,聚类结果同16S rRNA测序结果基本一致,同时成功将Lactobacillus casei和Lactobacillus paracasei两个亚种区分开。结论：RAPD技术可以较好地应用于西藏地区牦牛奶酪中乳酸菌亲缘性关系分析。     

三种不同分子标记技术对灵芝单核体多态性的研究

为了探讨灵芝Ganoderma.lucidum原生质体单核体间遗传多态性,为育种材料的筛选提供分子水平依据。运用ISSR、SRAP、RAPD3种分子标记技术对制得的34株灵芝单核体进行了遗传多样性分析和聚类分析。结果显示,三种分子标记技术共扩增出347条条带,多态性条带为308条,多态比率为88.76%,其中ISSR-PCR扩增效果较好,多态性条带和多态比率最高;119-123与其余菌株相异系数最大,或已发生基因突变。根据综合分析结果,在相异系数为0.67时,可以把剩余33株菌株分为两大类群,Ⅱ类含5株菌株,分别为119-180、119-210、119-212、G0119和119-214,剩余的28株菌株为Ⅰ类。研究表明,ISSR、SRAP和RAPD分子标记可用于灵芝单核体多态性研究,这将为育种材料的筛选提供帮助,减少育种工作量和风险。      

泡椒凤爪中解脂耶氏酵母的分离鉴定及生长特性分析

本研究对涨袋泡椒凤爪产品中的主要腐败菌及其生长特性进行了分析。采用传统的分离培养方法,筛选出主要的污染菌群,通过美兰染色镜检对细胞形态进行检测,利用26S rDNA D1/D2区序列测定及系统发育分析对分离菌株进行鉴定,采取ERIC-RAPD技术对分离菌株的分子遗传多态性进行分析,最后对优势菌株的生长特性进行研究。结果表明:从涨袋产品中共分离出40株酵母菌,分别编号为PJ1~PJ40,镜检发现所有菌株的细胞形态相同,均为椭圆形。经分子鉴定发现所分离菌株都为解脂耶氏酵母,且为两个基因分型,说明解脂耶氏酵母是该产品中的一种优势腐败菌,且污染源不同。同时,研究发现解脂耶氏酵母PJ1的最适生长pH值为4.5、最适生长温度为25℃、并且NaCl浓度的升高对该菌的生长起到一定的抑制作用。     

酒精代谢及其相关基因遗传多态性

人体内酒精代谢的重要酶有乙醇脱氢酶(alcohol dehydrogenase，ADH)和乙醛脱氢酶(aldehy dedehydrogenase，ALDH)。乙醇代谢途径为：乙醇氧化为乙醛，乙醛再氧化为乙酸。ADH基因多态性由ADHl，ADH2(1)，ADH2(2)，ADH2(3)，ADH3(1)和ADH3(2)组成；ALDH多态性由ALDHl，ALDH2，ALDH3和ALDH。组成。     

中国金顶侧耳菌株遗传多态性的ISSR分析

金顶侧耳是重要的食药用真菌。本实验收集全国各地18种金顶侧耳菌株,通过ISSR分子标记技术分析金顶侧耳菌株种内遗传多态性,11种引物扩增出102个条带,其中78个条带具有多态性,多态率为76.4%。结果表明,金顶侧耳菌株内具有丰富的遗传多样性,遗传相似系数在0.50～0.96。采用平均分类法UPGMA分析表明,在遗传相似系数为0.62时,18种菌株分为两大类。当遗传相似系数增大到0.75时,它们分为7类。16号菌株具有独立的遗传体系。