云南省6种鹅膏菌DNA条形码序列分析

目的 对云南省6种鹅膏菌的核糖体大亚基(nuclear large-subunit ribosomal DNA, nLSU rDNA)及内转录间隔区(internal transcribed spacer, ITS)DNA序列进行比对分析, 探究其亲缘关系以找到合适的鉴定鹅膏菌DNA条形码序列的方法。方法 采用试剂盒离心柱法提取6种鹅膏菌DNA, 以ITS4/ITS5作为ITS序列引物和LR5/LROR作为nLSU序列的引物进行PCR扩增, 后送至华大基因科技有限公司进行测序。所返回的序列进行遗传距离分析及邻接树构建。结果 球基鹅膏、红托鹅膏与小豹斑鹅膏3种鹅膏菌亲缘关系较近。以ITS序列分析, 三者遗传距离在0.0202~0.0801之间。以nLSU序列分析, 三者遗传距离在0.0031~0.0303之间。黄毒蝇鹅膏与赭盖鹅膏菌H2在ITS序列中与黄毒蝇鹅膏20、21、H7、D1、D16、D24亲缘关系较近, 遗传距离在0.0462~0.0479。赭盖鹅膏菌7与黄毒蝇鹅膏D14两株菌遗传距离仅有0.1528。从邻接树来看ITS序列存在种内多, 聚类分析结果不稳定, 明显不同的2个种聚为一支。而nLSU序列可将各种分离开。结论 建议鹅膏菌快速鉴定选用nLSU序列作为主要鉴定序列, ITS序列作为辅助序列。     

中国被毛孢分离鉴定及其PKS、NRPS功能基因的多样性

探究中国被毛孢(Ophiocordyceps sinensis)遗传、聚酮合成酶(Polyketide synthase,PKS)、非核糖体多肽合成酶(Non-ribosomal peptide synthase,NRPS)的多样性,为寻找合成生物活性物质的潜在菌株奠定基础。采用组织分离法从冬虫夏草中分离获得一株具有较强抑菌活性的真菌ZG4-23,采用多基因系统分析的方法对该菌株进行鉴定;利用兼并性引物对菌株ZG4-23的PKS基因和NRPS基因进行PCR扩增及序列测定分析,构建系统发育树,明确菌株ZG4-23的PKS基因序列和NRPS基因序列的系统进化地位。结果表明,多基因序列分析显示,菌株ZG4-23与多个中国被毛孢菌株同源性高达99%,因此确定该菌株为中国被毛孢(O. sinensis)。菌株基因组含有PKS I、NRPS 基因,经比对,PKS I片段与已知Ophiocordyceps sinensis PKS序列相似度为99%,NRPS片段与Trichophyton rubrum NRPS序列相似度为76%。中国被毛孢具有较强合成生物活性次生代谢产物的潜在能力,值得进一步开发研究和应用。     

烟草根结线虫生防菌限制性片断长度多态性(RFLP)分析

利用PCR-RFLP方法对烟草根结线虫生防菌单顶孢属进行了系统发育研究。以ITS₁和ITS₄为引物对该属12种14个菌株的核糖体DNA转录间区(ITS)进行了PCR扩增,4种内切酶(AluⅠ、HaeⅢ、HpaⅡ、TaqⅠ)酶切。结果表明,该属的ITS区长度没有明显差异,其长度范围在608~675之间。酶切图谱能体现不同种间的多态性,根据4种内切酶酶切结果,利用UPGMA法构建的单顶孢属分子系统树,基本体现了属内不同种间的亲缘关系,从分子水平证明了单顶孢属形态分类上的合理性      

山东烟区首次发现番茄斑萎病毒侵染

为确定番茄斑萎病毒（TSWV）在山东烟草上的侵染,基于GenBank中已有的TSWV基因组序列设计该病毒特异性引物,通过总RNA提取,RT-PCR扩增,全基因组序列测定和拼接分析等,结果表明,山东临沂疑似病样中含有TSWV,该TSWV分离物具有3条RNA链,大小分别为8911、4773和2971 bp,与国内已报道的其他TSWV分离物核酸序列同源性均在99.0%以上,蛋白氨基酸序列同源性均在98.0%以上。系统进化分析结果显示,该分离物与已报道的TSWV云南分离物聚类到同一分支中,推测山东烟区中的TSWV可能由云南烟区通过带毒介体的迁入而传入。该研究为山东烟区TSWV的发生流行溯源和该危险性病毒病的精准测报及防控提供科学依据。     

虫草属真菌的ITS序列分析和系统发育研究

收集不同产地虫草属真菌,进行ITS(Internal Transcribed Spacer)区段克隆测序和序列特征比较分析,并对ITS序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,并与检索获得的7个最相似物种的ITS序列构建系统发育树.结果表明,虫草属真菌的ITS序列长度为570～576bp,GC含量56.29～56.77%,系统发育分析显示,供试菌株中除C-6与九州虫草高度同源外,其他与蛹虫草均具有高度的亲缘关系.     

天山一号冰川产脂肪酶酵母菌的筛选及其系统发育分析

通过对天山一号冰川底部沉积层耐低温酵母菌的分离和其中产脂肪酶酵母菌株的筛选,了解冰川微生物生理多样性和系统发育多样性,为低温脂肪酶生物技术的研发奠定基础。采用RB琼脂平板涂布分离可培养酵母菌,通过橄榄油选择培养基和吐温80选择培养基筛选产脂肪酶的耐低温菌株。对分离菌株表型特征、最适生长温度进行比较,结合26S r DNA基因序列同源性分析确定产脂肪酶菌株的多样性和系统进化地位。从57株分离物中筛选到12株产脂肪酶的耐低温酵母菌株,其中7株属于隐球菌属(Cryptococcus),2株属于掷孢酵母属(Sporobolomyces),2株属于红酵母属,1株属于Mrakiellaspp。天山一号冰川冻土中产脂肪酶的耐低温酵母菌多样性较丰富,依据其生长温度的范围,均属于耐冷菌。     

Lactobacillus的系统发育分析及分群

对乳杆菌属所有已有效发表的种做了16S rRNA基因系统发育分析,结合各个类群的标签序列把乳杆菌属分为12个主要类群,并详细分析了各个类群内种间16S rRNA基因序列同源性以及同源性较高种间的区别。希望对乳杆菌属各个种的区分和鉴定提供一些借鉴。     

大豆中GmKAB1基因的克隆和信息学分析

为探讨GmKAB1在大豆处于低钾胁迫下的表达水平,以大豆钾高效品系油06-71和钾敏感型品系衡春04-11为试验材料,设置低钾胁迫试验,分别在处理后0．5h、2h、6h、12h、3d、6d、9d和12d取样提取RNA,利用Realtime—PCR检测各时间段GmKABl基因的表达量。结果显示GmKABl基因在地下部分表达比地上部持续时间更长,地下部相对表达倍数最高为3．5,较地上部相对表达倍数更高。克隆目的基因并对基因序列进行同源性及生物信息学分析,结果表明,与GmKAB1基因相似性在30％以上的同源基因有45个,GmKAB1在进化树中的位置与Gly-ma20g19000最近;GmKAB1编码蛋白为稳定的可溶性蛋白．具有2个保守结构域,多个磷酸化位点,表明在受到低钾胁迫后该基因编码的β亚基与α亚基结合调控电压门控钾离子通道,对大豆从根部获取钾离子可能起着关键作用。     

降解乳蛋白菌株的分离筛选与鉴定

从腐败食物中分离筛选到一株可降解牛乳蛋白的菌株,并通过菌落形态观察与测定、生理生化指标测定、核酸特征分析以及16S rRNA基因序列测定等方面对该菌株进行鉴定,经BLAST比对构建了该菌株的系统发育树。经上述几方面的鉴定后,判定该菌株属于枯草芽孢杆菌。     

高产柚苷酶菌株的筛选及鉴定

以柚苷为诱导底物,通过稀释平板法和透明圈法,从柑橘林下土壤和腐烂柑橘皮中筛选出1株柚苷酶生产菌株。该菌株摇瓶发酵酶活力达264.07 U/m L。通过微生物形态学鉴定以及基于r DNA-ITS序列的系统发育分析,鉴定菌株为棘孢曲霉。该菌株具有较强的降解柚苷能力以及较好的选育潜力。