基于iTRAQ技术研究锰离子缺乏对植物乳杆菌的影响

利用iTRAQ技术研究锰离子缺乏对发酵6 h和9 h的植物乳杆菌胞内蛋白表达情况。锰离子缺乏发酵6 h后共鉴定出56种差异蛋白,其中31种蛋白表达上调,25种表达下调。发酵9 h后,共鉴定出78种差异蛋白,其中40种蛋白表达上调,38种蛋白表达下调,共有16种蛋白在2个时间点均表现出显著性差异。锰离子缺乏,乳酸菌胞内多种核糖体结构蛋白的表达量总体下调,而与DNA修复和应激反应相关的蛋白则显著上升,其中UspA家族蛋白是上升最为显著的蛋白之一,说明锰离子缺乏使菌体处于非正常的应激状态。GO和KEGG分析表明:锰离子对丙酮酸代谢、氨基酸代谢等多条代谢通路都有极为显著的影响,说明锰离子是维持乳酸菌正常代谢水平必需的重要因子。     

蛋白质组学在果实成熟衰老机理方面的研究进展

利用蛋白质组学技术,可以从蛋白质表达水平上揭示果实成熟衰老的分子机理。本文综述蛋白质组学在跃变型和非跃变型果实成熟衰老机理方面的研究进展,根据生物信息学对差异积累的蛋白质进行的功能分类表明,果实的成熟衰老普遍涉及基础代谢、能量生成、防卫和胁迫反应等重要生理过程。同时,分析蛋白质组学在果实成熟衰老机理研究中存在的不足,并对今后的发展方向进行展望。     

酒酒球菌（Oenococcus oeni）相关生物组学研究进展

酒酒球菌（Oenococcus oeni）是触发葡萄酒苹果酸-乳酸发酵的主要微生物,而苹果酸-乳酸发酵有利于提高葡萄酒品质,为了进一步提高酒酒球菌在葡萄酒酿造工业中的应用,通过各种生物组学方法来探究酒酒球菌的生物调节和代谢体系是必要的。本文对不同生物组学的研究手段进行汇总,并对其在酒酒球菌相关研究中的应用进行归纳和展望。     

基于蛋白质组学的植物多酚抗肿瘤作用机制研究进展

蛋白质组学（proteomics）作为一种大规模研究细胞蛋白质功能的重要技术和研究方法,广泛应用在揭示肿瘤发病分子机制、寻找生物标志物、筛选治疗新药物等方面。植物多酚作为一种天然活性物质,已经证实具有抗肿瘤潜力。本文对蛋白质组学及运用蛋白质组学技术和研究方法探讨植物多酚抗肿瘤作用机制进行了综述,以期为植物多酚保健食品、药品的开发提供一定的科学依据。     

烟草基因组学研究方法篇:1.烟草突变体的创制及其在功能基因组学研究中的应用

从2000年6月26日参与"国际人类基因组计划"的美、英、日、法、德、中6个国家16个研究中心联合宣布人类基因组"工作框架图"开始,人类历史进入了一个崭新的时代即后基因组时代。其研究内容主要包括功能基因组学、转录物组学、蛋白质组学、代谢物组学、比较基因组学等,可在全基因组水平     

米曲霉机理性探索对酱油生产的启示

将相同培养条件下的不同米曲霉（Aspergillus oryzae）菌株之间进行了比较基因组学和蛋白质组学的研究,分析酱油发酵过程中米曲霉的关键基因和蛋白对酱油风味产生的影响。通过米曲霉沪酿3.042（中国）和米曲霉RIB40（日本）菌株的基因组学比较,发现与酱油风味物质形成相关的特异基因。围绕米曲霉3.042及其诱变菌株米曲霉100-8的蛋白质组学比较,找到米曲霉代谢过程中与风味物质形成有关的蛋白,为酱油工艺的改进提供了理论基础。     

甜椒果实总蛋白质双向电泳优化体系的建立

以甜椒果实"红方"为实验材料,对其果实总蛋白制备方法、蛋白提取液的pH、总蛋白的上样量、IPG胶条的pH范围及等电聚焦程序进行条件优化,建立了适用于甜椒果实总蛋白分析的双向电泳体系。结果表明,采用提取液为pH7.8的酚提法制备的甜椒果实总蛋白、17cm pH5~8的IPG胶条、上样1200μg进行66000VH等电聚焦和垂直凝胶电泳,经过考马斯亮蓝G-250胶体考染后得到可用于进一步质谱分析的电泳图谱,图谱的蛋白点分布均匀、背景清晰、分辨率高。经统计,其总蛋白点达到703±17个。     

提高N-连接完整糖肽鉴定准确性的母离子特征筛选策略

将糖链设置为糖基化位点上的可变修饰是鉴定完整糖肽的常见策略。可变修饰策略的检索性能依赖设置的糖库,糖库越大,产生的随机匹配越多,则完整糖肽鉴定的准确性越差。随机匹配的完整糖肽会造成母离子质荷比的分配发生同位素偏移,进而影响糖链部分的鉴定。由于可变修饰检索只考虑肽段的碎裂,而忽略糖修饰碎裂产生的糖碎片离子,因此,该方法仅依赖二级质谱图信息无法系统地对母离子和完整糖肽的匹配进行评估与考察。基于一级质谱图的母离子特征(如流出曲线、强度分布等信息)可实现对鉴定结果的筛选,排除母离子同位素偏移导致的错误鉴定,提高完整糖肽结果的准确性。本方法通过母离子特征筛选,在同位素标记的酵母标准数据集中将鉴定假阳性率从11.31%降至4.15%。小鼠组织样品的数据处理结果表明,该方法可用于提升复杂体系中完整糖肽鉴定的准确性。     

质谱鉴定磷酸化蛋白研究进展

蛋白磷酸化是真核细胞中信号传导最主要的方式。为了理解信号传导过程 ,知道不同条件下蛋白质中磷酸化蛋白的总量和位点至关重要。基于质谱分析磷酸化蛋白 ,对样品富集、磷酸化位点的找寻以及磷酸化蛋白定量的各种方法及最新进展进行了详细报道与评述