基于支持向量机的中国地鼠分类特征基因选取

针对中国地鼠基因表达谱数据维数高和样本小的特点,提出一种基于支持向量机(SVM)的分类特征基因选取方法。该方法利用改进的Fisher判别(FDR)基因特征计分准则剔除分类无关基因,提出由空间距离和功能距离组成的新距离作为相似性度量的标准进行冗余基因的剔除,采用SVM作为分类器检验特征基因的分类性能。实验结果表明,该方法有效地剔除了分类无关基因和冗余基因,选取的特征基因满足对中国地鼠正确分类的最小基因数。     

基于YKW图形表达的人类基因短编码序列识别

针对人类短编码序列的识别问题,根据碱基在密码子三个位置的偏性和碱基自身物理化学性质的分类,提出一种新的图形表示方法--YKW图形,然后在此图形上,提取了9个有效的面积矩阵特征,识别过程中,为了提高识别率利用递增特征选择算法添加4个统计特征,并采用主元分析(PCA)方法对这13个特征降维,最后使用支持向量机(SVM)对人类的短编码序列进行编码区/非编码区识别。实验结果表明,与其他方法相比,该方法使用较少的特征(7个或4个)取得了更好的识别结果。     

结肠癌基因表达谱的分类检测问题研究

随着大规模基因表达谱技术的发展,基于基因表达谱的癌症诊断方法正在成为临床医学上一种快速有效的诊断方法,但是由于基因表达数据维数过高、样本量小、噪声大,使得正确提取有关癌症的特征基因成为关键。以结肠癌肿瘤的基因表达谱数据为例,提出了结合Fisher权函数、离散傅里叶变换和主成分分析的混合特征基因提取方法,以多元Logistic回归分析和贝叶斯决策作为分类器进行肿瘤分类检测。实验结果表明,该方法对于结肠癌数据集CV识别准确率高达96.80%。     

采用新的DNA进化算法自动设计Takagi-Sugeno模糊控制器

提出一种新颖的基于DNA的进化算法(DNA-EA)来自动设计一类Trakagi-Sugeno (TS)模糊控制器.TS模糊控制器采用带有线性规则后项的TS模糊规则,连续输 入模糊集,Zadeh模糊逻辑和常用的重心反模糊器.TS模糊控制器被证明是带有可变增 益的非线性PI控制器.DNA-EA被用于自动获取TS模糊规则,并同时优化模糊规则前 项和后项中的设计参数.DNA-EA采用由生物DNA结构启发得到的DNA编码方法来编 码模糊控制器的设计参数.在DNA-EA中,引入了受微生物进化现象启发的基因转移和细 菌变异操作.另外,也引入了基于DNA遗传操作的框构变异操作.DNA编码方法非常适 合于复杂知识的表达,基于基因水平的遗传操作也很容易引入到DNA-EA中.染色体的长 度是可变的,且可插入或删除部分碱基序列.作为示例,给出了采用DNA-EA来自动设计 TS模糊控制器用于控制一类非线性系统的方法.DNA-EA能自动地构造模糊控制器.计 算机仿真结果表明,DNA-EA是有效的,且优化得到的模糊控制器是满意的.     

人尿中活性物质的开发

本文叙述了近年来人尿中活性物质的开发状况,列举了从人尿中提取的11种生物药品及其应用,并提出今后发展的方向。     

斑马鱼A型γ-氨基丁酸受体同源模建及分子对接

为了研究杀虫剂氟虫腈对斑马鱼的毒性机理,以秀丽隐杆线虫谷氨酸受体[在蛋白质数据库（ProteinDataBank,PDB）登记号为3RHW]作为模板,通过蛋白质同源模建的方法构建了斑马鱼A型γ-氨基丁酸受体跨膜段,利用分子动力学和拉氏图验证了模型的合理性．将构建的模型与氟虫腈及其衍生物进行分子对接．氟虫腈及其衍生物与跨膜蛋白对接结果在分子水平上解释了氟虫腈对斑马鱼的毒性机理：10个不同构象的氟虫睛与跨膜蛋白对接各个打分和结合自由能都比较稳定,氟虫腈垂直地定位于跨膜段的胞质端,跨膜蛋白上28位天冬酰胺和38位精氨酸与氟虫腈分子产生氢键;苯环上的取代基CF3,CI,CI和吡唑环上取代基SOCF2或SO2CF3是产生毒性作用的重要基团;基于氟虫腈结构虚拟筛选的化合物与跨膜蛋白的对接结果也进一步验证了,上述结论．     

杂交型DNA电化学生物传感器研究进展

杂交型DNA电化学生物传感器是一类利用核酸互补配对杂交原理检测和分析特定DNA序列的电化学生物传感器。由于其具有快速简便、选择性好、灵敏度高等优点,在临床医学、遗传工程、环境检测、食品安全监测和生物科学等领域有着重要的应用价值。简述了杂交型DNA电化学生物传感器的一般原理,对共价键结合法、自组装法、生物素-亲和索法、电聚合法以及吸附法等单链DNA的固定方法和DNA杂交信号的直接和间接电化学转换机制的近期研究进展进行了深入探讨,并对其在医疗检测和转基因植物检测等基因检测方面的最新应用和发展趋势进行了论述。     

siRNA分子设计研究进展

为了设计高效的siRNA（Short-interfering Ribonucleic Acid）分子、最大限度地减少siRNA分子的脱靶效应（off-target effects）,siRNA分子设计已经成为热门研究领域。siRNA分子设计主要是基于序列和能量特征,以及靶标的二级结构特征,基于这些特征设计的siRNA分子已经有了较高的抑制基因表达的效率。RNAi（RNA in-terference）在基因发现以及疾病治疗领域已有非常广泛的应用,就siRNA分子设计近年的研究进展作一综述,为今后siRNA研究提供参考。     

组蛋白去乙酰化酶抑制剂SAHA联合ZD55-TRAIL溶瘤腺病毒对肝癌细胞杀伤作用的研究

研究组蛋白去乙酰化抑制剂SAHA(suberoylanilide hydroxamic acid)联合ZD55-TRAIL对人肝癌细胞株的体外杀伤效果,实验采用MTT法检测SAHA、ZD55-TRAIL以及二者联合对肝癌细胞株Huh-7、Bel-7404、Hep3B以及人正常肝细胞株QSG-7701增殖的抑制作用;利用Hoechst33342染色对联合处理的细胞进行凋亡形态学观察;通过结晶紫实验进一步检测联合用药对肿瘤细胞的杀伤情况;通过Western blot实验在蛋白水平上检测一些凋亡相关蛋白表达情况的变化.实验结果表明:SAHA联合ZD55-TRAIL处理3d后对肝癌细胞株Huh-7的增殖抑制率达到50％,对Hep3B、Bel-7404也达到近40％的杀伤效率,并且联合治疗后对人正常细胞株QSG-7701未见明显的毒副作用.同时结晶紫实验也证明联合治疗对肿瘤细胞的杀伤力强于用SAHA或ZD55-TRAIL单独使用.Western blot实验证明了药物和病毒的联合作用使促凋亡蛋白Bcl-2,Bcl-xL的表达量明显减少,caspase-8和caspase-9蛋白也有相应剪切现象的发生.流式细胞仪同样检测出SAHA和ZD55-TRAIL联合作用对肝癌细胞有很好的杀伤作用.     

Expression of high-molecular-mass neurofilament protein in horse (Equus caballus) spinal ganglion neurons

Spinal ganglion (SG) neurons are subdivided, on the basis of their cytoplasmic aspect at light and electron microscopy, into dark (D) and light (L) neurons. Numerous efforts have been made to find specific markers able to identify D and L neuronal cytotypes. The isolectin B4 (IB4), utilized to identify nonpeptidergic D neurons in mice, unfortunately, has not proved as effective in other species. The 200-kDa neurofilament protein (NF200) is considered as a typical marker of L neurons in the rat, cat, and chick. The aim of this study was to analyze the histological, morphometric, and neurochemical characteristic of NF200-immunoreactive (IR) horse SG neurons, to better characterize them morphologically and functionally. NF200-IR neurons showed two levels (strong and weak) of staining intensity. Most (84%) strongly stained NF200-IR neurons corresponded to L neurons, and showed similar bimodality as in the size distribution study, which seems to indicate a third population of neurons, in addition to the two populations (small and large) previously identified. In triple-staining experiments where NF200 was colocalized with IB4, substance P (SP), and neuronal nitric oxide synthase (nNOS) neuronal markers, most NF200-IR neurons were single stained. On the contrary, most IB4-, SP-, and nNOS-stained neurons were triple labeled and almost equally subdivided between strong and weak NF200-IR with the latter being always smaller in size than strong NF200-IR neurons. In conclusion, horse SG neurons display significant morphometric and neurochemical differences compared with those of rodents.