基于MiSeq测序技术石花酒大曲中微生物多样性解析

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对襄阳市石花酒大曲中微生物多样性进行分析。结果表明,4个样品中优势细菌门（＞0.1%）为变形杆菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteria）,且均为核心菌门;优势细菌属（＞1%）为假单胞菌属（Pseudomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、链霉菌属（Streptomyces）、魏斯氏菌属（Weissella）、明串珠菌属（Leuconostoc）和Kroppenstedtia。优势真菌门（＞0.1%）为子囊菌门（Ascomycota）、担子菌门（Basidiomycota）和Mucoromycota,其中子囊菌门为核心菌门;优势真菌属（＞1%）为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、红曲菌属（Monascus）、热子囊菌属（Thermoascus）、青霉菌属（Penicillium）、曲霉属（Aspergillus）和Leiothecium。样品中假单胞菌属和曲霉属呈现显著正相关（P＜0.05）。综上,4个石花酒大曲样品中共有大量的核心菌群,且样品中细菌与真菌有一定的相关性。     

Bacterial Fibrinolytic Enzyme Coding Sequences from Indonesian Traditional Fermented Foods Isolated Using Metagenomic Approach and Their Expression in Escherichia Coli

Fibrinolytic proteins play an important role in treatment of cardiovascular disease. This study aimed to express coding sequences of new bacterial fibrinolytic protein from Indonesian traditional fermented foods obtained by a PCR-based metagenomic approach and to test their biological activity. New amino acid variations were found in nattokinase (NAT) at several positions i.e. D41N and V192A from dried Tauco, V4F, D41N, and V192A from yellow Oncom but not in Douchy Fibrinolytic Enzyme (DFE) from Terasi. The NAT and DFE recombinant versions were overproduced in Escherichia coli BL21(DE3) using pET16b(+). Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis analysis showed all clones produced mature soluble fibrinolytic proteins of 28 kDa. All recombinant proteins displayed caseinolytic and fibrinolytic activities. In conclusion, metagenomic approach can be applied to obtain and to express coding sequences of new variant bacterial fibrinolytic protein as active soluble mature form in E. coli.     

高通量测序分析正常及腐败熟成牛肉和牛舌细菌多样性

目的 解析正常与产生腐败异味的熟成牛肉和牛舌的优势细菌。方法 利用高通量测序技术分析熟成牛肉和牛舌的细菌多样性。结果 4组样品共获得有效序列数197144,基于序列16SrRNA基因97%的相似度,可划分为498个操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)。正常熟成牛肉(BG)、腐败熟成牛肉(BB)、正常熟成牛舌(BTG)、腐败熟成牛舌(BTB)样本OTU数分别为82、32、165、219。4组样品的Coverage、Sobs、Ace、Chao1与Shannon指数表明细菌多样性依次为:BTB>BTG>BG>BB。BG的优势菌为厚壁菌门(Firmicutes,占比94.5%)的乳杆菌属(Lactobacillus,占比91.0%);BB的优势菌为变形菌门(Proteobacteria,占比99.0%)的不动杆菌属(Acinetobacter,占比92.3%)。BTG的优势菌为Firmicutes(占比67.6%)的Lactobacillus(占比62.8%); BTB的优势菌为Proteobacteria(占比80%)的假单胞菌属(P...     

糯米酸细菌多样性解析及其表型和基因功能预测

在采用MiSeq高通量测序技术对糯米酸中细菌多样性进行解析的基础上,对细菌表型和基因功能进行了预测.结果发现,糯米酸的细菌类群主要为隶属于Firmicutes(硬壁菌门,97.45％)的Lactobacillus(乳酸杆菌属,89.36％)和Pediococcus(片球菌属,6.37％).有5个分类操作单元存在于所有样...     

生化-混凝法处理制浆中段废水

采用序批式生物膜反应器处理制浆中段废水,研究结果表明,中段废水经序批式生物膜反应器生化处理后,CODCr、BOD5去除率均达到75%以上,AOX去除率也达到55%以上,但色度和TSS的去除效果不理想;GC-MS分析结果表明,生化处理过程中废水中的污染物质由氯代酚为主的氯化有机物转变为较多的酸类物质和烷烃类物质;采用聚合氯化铝对生化出水进行混凝处理可有效降低出水的色度和TSS。废水经生化-混凝处理后,CODCr、BOD5、色度、TSS和AOX去除率均达到90%左右,可达标排放。     

厌氧序批式反应器(ASBR)的六大优点

分析了厌氧序批式反应器（ASBR）的六大优点,与连续流厌氧反应器相比,ASBR构造简单、投资省,生物絮凝和固液分离效果好,水头损失小、动力费用低,生化反应推动力大,可形成以甲烷八叠球菌为优势茵的颗粒污泥,处理高浓度有机废水时对碱度的需求量少,运行费用低。     

燕麦黄酒发酵过程中微生物群落结构变化及对高级醇的影响

燕麦作为一种营养独特的作物,用于酿造黄酒是黄酒酿造研究的一项新的尝试。为进一步探究燕麦黄酒中的高级醇指标、微生物群落结构及其相关性,研究燕麦黄酒特性,本研究应用顶空固相微萃取、气相色谱-质谱联用技术对燕麦黄酒发酵过程中的高级醇变化进行了定量分析,并通过高通量测序检测了燕麦黄酒发酵过程中的微生物群落结构变化。利用统计学原理对高级醇变化与微生物代谢之间的相关性进行预测。燕麦黄酒中共检测到β-苯乙醇、异戊醇等18种高级醇。门水平上,相对丰度最高的细菌和真菌分别是厚壁菌门和子囊菌门;属水平上,相对丰度最高的细菌和真菌分别是乳球菌属和酵母属。高级醇与微生物间共建立869项关联,有297属微生物可能参与高级醇的代谢。本研究表明,以燕麦为原料酿造黄酒不仅可以增加黄酒的品类及原料来源,还可能改善黄酒营养价值;另外,高级醇与微生物之间的关联分析可以预测燕麦黄酒品质特性的生物学机制。     

高通量测序技术在酿酒微生物多样性研究中的应用

高通量测序技术是分析研究酿酒微生物多样性的重要手段,与其他方法相比,具有测序方法简单、通量高、速度快和准确度较高等特点。本文在阐述高通量测序技术特点和测序平台的基础上,着重介绍其在酿酒微生物多样性研究领域中常用的数据分析方法和应用现状,旨在为酿酒微生物多样性研究者提供较为系统、全面的关于高通量测序技术的使用策略。     

基于高通量测序的郫县豆瓣后发酵期细菌多样性研究

为研究郫县豆瓣后发酵过程中细菌变化规律,揭示其特有"日晒夜露"工艺的发酵本质,采用MiSeq测序分析其从后发酵1周至后发酵6 a期间一共8个时间点的细菌群落演替变化情况。结果表明,郫县豆瓣后发酵过程中共有57个门类群、174个纲类群、321个目类群、535个科类群、921个属类群的细菌参与演替变化。后发酵时间对郫县豆瓣的细菌群落组成具有重要影响,随着后发酵的进行肠杆菌科和链形菌科持续减少,而鞘脂单胞菌科、芽孢杆菌科、梭菌科和消化链球菌科的细菌则出现先增加后减少,其峰值大多出现在1~3 a,但后发酵6 a的郫县豆瓣细菌群落较其他样品呈明显偏低。该方法发现了大量的非培养细菌和未报道细菌,所得细菌多样信息更接近于样品微生态,更能够全面解析自然发酵调味品—郫县豆瓣的细菌多样性,为传统产业的现代化改造和食品质量安全控制提供了科学支撑。