甲基丙烯酸缩水甘油酯对大豆蛋白塑料改性作用研究

用模压的方法制备了甲基丙烯酸缩水甘油酯(GMA)改性大豆分离蛋白质(SPI)塑料。表征了GMA改性SPI塑料的力学性能、耐水性,并分析了GMA与SPI之间的相互作用。结果表明GMA在模压过程中,环氧基与蛋白质分子间发生接枝和交联反应,同时自聚,在GMA含量较低时可以同时对SPI塑料起到增强和增塑作用,但是随着GMA含量增加,交联作用增强,塑料的断裂伸长率下降。     

基于图嵌入与拓扑结构信息的蛋白质复合物识别算法

蛋白质复合物是细胞结构和生化机制的研究基础,如何准确识别蛋白质复合物成为近年来的研究热点。针对传统算法根据结构信息对蛋白质复合物进行搜索存在敏感度和F-measure低的问题,以及现有监督学习算法根据人为构造特征进行蛋白质复合物识别存在特征构造不能较好地反映图的真实信息等不足,提出了graph2vec-SVM识别算法。将蛋白质复合物看作稠密子图并考虑子图模块度大小,利用graph2vec将图信息转换为向量,并进一步采用SVM分类器对蛋白质复合物进行识别,提高了蛋白质复合物识别的敏感度和F-measure。该算法分别与目前流行的4种非监督学习算法(ClusterOne、CMC、HC-PIN和COACH)和3种监督学习算法(SCI-BN、SCI-SVM和RM)进行比较,在精准度、敏感度和F-measure 3项指标上都显示出了良好的性能。     

基于弹性网络模型的蛋白质结构-功能关系

蛋白质结构-功能关系研究是结构生物学领域的热点问题之一,具有重要的理论和实际应用价值.弹性网络模型(elastic network model,ENM)是获取蛋白质结构本身固有动力学性质,进而揭示其生物学功能的有效方法,在蛋白质结构-功能关系研究中得到了广泛应用.简要介绍了ENM的基本原理及其在蛋白质结构-功能关系中的应用,主要包括蛋白质功能性运动分析和关键位点识别等.     

分子对接方法在药物发现之外领域的应用

分子对接是一个预测蛋白质与配体的结合模式和结合自由能的强有力的计算工具.该方法起源并主要应用于药物设计与研发领域,而其设计思想却可以服务于很多其他领域的研究.详细叙述了分子对接的基本原理和方法,并进一步介绍了应用广泛的基于分子对接的虚拟筛选技术.然后,结合已发表的文献,具体介绍了分子对接方法在蛋白质工程、生物修复、生物传感器及纳米科学等领域的应用.这将有助于分子对接方法及相关技术更好地服务于非药物发现领域的研究工作.     

蛋白质-RNA对接中打分函数设计及RNA结合位点识别研究进展

分子对接是目前研究蛋白质-RNA相互作用与识别的有效方法之一.其中,打分函数的合理设计与分子结合位点的准确识别对成功预测蛋白质-RNA复合物结构至关重要.结合小组的工作,对用分子对接方法预测蛋白质-RNA复合物结构中所涉及2个关键性问题(即分子对接打分函数的设计和RNA结合位点的预测)及研究进展进行了回顾,并对几种常用的方法进行了比较.最后分析了这两方面研究目前所存在的主要问题,并对未来的发展方向进行了展望.     

基于加权网络和局部适应度的蛋白质复合物识别算法

蛋白质复合物识别对分析蛋白质网络的结构特征和模块功能具有重要意义。通常在蛋白质网络中挖掘稠密子图或模块来识别其中的蛋白质复合物,限制了其应用范围和识别的准确性。针对该问题,提出了一种基于加权网络和局部适应度的蛋白质复合物识别算法,该算法综合稠密子图的密度指标和模块性定义了新的局部适应度函数,并基于边聚集系数构建加权的蛋白质网络,根据权值选择边,在加权蛋白质网络中将种子边不断聚类扩展,从而获取具有最大综合适应度的子图作为蛋白质复合物。在酵母蛋白质等多个实际网络中试验表明,该算法能够有效提升蛋白质复合物识别的准确性。     

蛋白质折叠的计算机模拟研究进展

蛋白质折叠是结构生物学领域有待解决的重要科学问题,计算机模拟方法是研究蛋白质折叠的主要手段之一.对蛋白质折叠的计算机模拟研究进展进行了简要介绍,主要内容包括:全原子分子动力学模拟、Gō模型以及弹性网络模型的主要思路及其在蛋白质折叠研究中的应用.     

CAPRI第32～37轮竞赛中蛋白质复合物结构的预测和评估

为了探究蛋白质复合物的结构与相互作用,建立了蛋白质的分子对接方法,从2014年起参加蛋白质复合物结构预测竞赛的预测和打分竞赛.该方法首先采用结构模建方法预测单体蛋白质分子的结构,通过快速傅里叶变换进行全空间构象搜索.然后,优化蛋白质复合物构象,并采用全原子统计势函数进行评价.总结第32~37轮CAPRI竞赛结果发现,该方法在T104、T105、T111和T118比赛中挑选出了L_(RMSD)小于2.0×10~(-10)m的近天然结构.通过对比其他国际优秀课题组的方法,分析预测和打分比赛中取得的成绩和不足之处,并为后续的研究提出了改进方案与建议.     

蛋白质修饰剂制备硫化物水溶性量子点及其性能研究

采用不同的修饰剂(溶菌酶(Lyz)、牛血清白蛋白(BSA)和巯基丙酸(MPA))合成4种不同的Ag2S和ZnS量子点(QDs),分别为Ag2S量子点(Lyz-Ag2S QDs)、BSA包裹的ZnS量子点(BSA-ZnS QDs)、MPA包裹的ZnS量子点(MPA-ZnS QDs)以及BSA包裹的Ag2S量子点(BSA-Ag2S QDs).采用紫外、荧光和透射电镜方法进行分析比较不同量子点,运用红外光谱和热重分析方法探究了量子点合成机理.其粒径均在5~10nm之间,其中以BSAAg2S QDs的形貌最优,粒径分布均一且晶形完美.对于Lyz-Ag2S QDs,Ag2S与Lyz中的三个基团发生了作用,分别为-OH、amide I和amide II.BSA-ZnS QDs结果表明-OH、amide I、amide II和amide A’在合成量子点过程中都起到重要作用.MPA-ZnS QDs结果表明MPA中的-COOH和-SH基团与ZnS量子点发生了配合作用.而BSA-Ag2S QDs中的-OH,-NH和-SH三种基团在合成中起到重要作用.热分析结果表明量子点晶核与蛋白质之间的作用增加了蛋白质的热稳定性,原因是因为蛋白质的一些官能团和量子点之间发生了结合.     

离子色谱-原子荧光检测海产品中的汞形态

建立了离子色谱(IC)-紫外消解氢化物发生原子荧光(UV-HGAFS)联用技术测定海产品中3种常见汞化合物的方法。实验分别对离子色谱和原子荧光的仪器条件进行优化,在仪器的最优条件下,对不同提取液下的南极磷虾粉样品中的汞形态进行测定。结果表明:2%(V/V)甲酸+1%(m/V)硫脲+0.15%(m/V)氯化钾作为提取液时,提取效率最高,回收率在95.76%~116.1%之间,且RSD5%。所建立的方法准确性好、精密度高,样品前处理方法简便,较适用于水产品中汞化合物形态的测定。