生物芯片的应用

美国科学促进会将基因芯片技术列为1998年度自然科学领域十大进展之一，足见其在科学史上的意义。现在，基因芯片这一时代的宠儿已被应用到生物科学众多的领域之中。它以其可同时、快速、准确地分析数以千计基因组信息的本领而显示出了巨大的威力。目前在文献上可查到的生物芯片的应用有基因表达谱、HLA分型、SNP分析、丙型肝炎分型、物     

FQ-PCR联合Sanger测序法检测结直肠癌患者表皮生长因子受体、KRAS及BRAF基因突变

目的建立实时荧光定量PCR(fluorescent quantitative PCR,FQ-PCR)联合Sanger测序法快速检测结直肠癌患者表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、KRAS和BRAF基因突变的方法。方法根据结直肠癌中EGFR、KRAS和BRAF基因常见突变类型设计引物及其TaqMan探针序列,以提取的86份结直肠癌患者肿瘤组织DNA为模板,进行FQ-PCR扩增,PCR产物经SAP酶和EXOⅠ酶作用后,收集酶切产物,进行测序PCR扩增,扩增产物经乙醇/醋酸钠法纯化后进行测序,测序结果采用Bioedit软件进行分析;检测EGFR、KRAS及BRAF基因突变,并与FQ-PCR法检测KRAS12/13密码子突变进行比较。结果成功建立了FQ-PCR联合Sanger测序法检测结直肠癌患者样本中EGFR、KRAS和BRAF基因突变的方法,各基因PCR扩增曲线均为标准的"S"型荧光扩增曲线,测序峰图清晰、稳定。86份结直肠癌样本中,EGFR基因突变概率2.3%(2/86),均为第21号外显子点突变,突变类型为L858R和L861Q;KRAS基因突变概率33.7%(29/86),其中第12位密码子突变占79.3%(23/29),突变类型为G12D和G12V,第13位密码子突变占10.3%(3/29),突变类型为G13D,第12和13位密码子同时突变1例(3.4%),第61位密码子未检测到突变,第146位密码子仅检测到2例突变,占6.9%(2/29),突变类型均为A146V;BRAF基因未检测到突变。FQ-PCR法检测KRAS12/13密码子突变概率高于FQ-PCR联合Sanger测序法,但差异无统计学意义(P0.05),两种检测方法的总体符合率为97.7%(84/86)。结论实时FQ-PCR联合Sanger测序法可快速检测结直肠癌患者中EGFR、KRAS和BRAF基因突变,检测方法稳定、可靠。     

BRAF 基因突变及 Ki67蛋白表达与甲状腺乳头状癌的关系

目的：探讨 BRAF 基因突变及 Ki67表达与甲状腺乳头状癌（papillary thyroid carcinoma,PTC）及其临床病理特征之间的关系。方法收集46例 PTC 组织标本（PTC 组）及16例良性甲状腺肿瘤组织标本（对照组）。采用基因测序法检测 BRAF 基因突变情况,采用免疫组织化学法检测 Ki67蛋白表达情况。结果1）PTC 组 BRAF 基因突变率为32．6％（15／46）,其中Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳa 期突变率分别为14．3％、22．2％、60．0％、75．0％,Ⅰ、Ⅱ期与Ⅲ、Ⅳa 期 BRAF 基因突变率比较差异有统计学意义（P ＝0．040）;淋巴结阳性者 BRAF 基因突变率为69．2％,阴性者为18．2％,二者比较差异有统计学意义（P ＝0．026）;肿瘤直径≥2 cm BRAF 基因突变率为40．6％,＜2 cm 者为14．3％,二者比较差异无统计学意义（P ＝0．18）。对照组未发现 BRAF 基因突变。BRAF 基因突变诊断甲状腺恶性肿瘤的灵敏度为32．6％（15／46）,但特异性为100．0％（16／16）。2）PTC 组 Ki67蛋白阳性表达率为69．6％（32／46）,其表达与 PTC 病理分期、淋巴结转移、肿瘤大小均无明显关系,但其表达率随病情恶化程度呈逐步上升趋势;对照组 Ki67蛋白阳性表达率为18．6％（3／16）,且均为低表达;Ki67蛋白阳性表达诊断甲状腺恶性肿瘤灵敏度为69．6％（32／46）,特异性为81．4％（13／16）。3）在 PTC 中,15例 BRAF 基因突变 Ki67蛋白阳性表达率为80．0％（12／15）,31例无 BRAF 基因突变 Ki67蛋白阳性表达率为64．5％（20／31）,二者比较差异无统计学意义（P ＞0．05）。二者联合检测诊断甲状腺恶性肿瘤灵敏度为80．0％（12／15）,特异性为35．5％（11／31）。结论BRAF 基因突变在甲状腺乳头状癌中随临床分期增加和淋巴结转移其突变率增加;Ki67蛋白在甲状腺乳头状癌中阳性表达率高,但与病情进展无明显关系。     

微妙突变

说生物，外观的变化是由于基因突变造成的。过去十几年，中国城市——如果把它当作一个生命体笼统地说，它的核心内容，它的基因，它的居民内心深处的渴望和危机感，具有悠久的遗传史，并没有发生巨变。但是它的外观却展现出仿佛基因突变的结果。     

新发基因突变致成人线粒体神经胃肠脑肌病

目的　探讨线粒体神经胃肠脑肌病患者的临床表现及基因突变情况。方法　分析1例成人线粒体神经胃肠脑肌病患者临床资料，对患者及其家系线粒体病相关基因应用NimbleGen固相芯片进行目标区域捕获测序。结果　该患者表现为进行性加重的假性胃肠梗阻、脑白质病、恶液质、周围神经病、眼外肌无力及多种代谢紊乱。基因检测发现TYMP基因c.217G＞A纯合突变为该患者的致病突变，患者父母（近亲婚配）及姐姐均为该突变杂合子，该突变为新发突变。结论　经基因检测确诊TYMP基因新发突变致成人线粒体神经胃肠脑肌病。     

维生素D依赖性佝偻病IA型两例报告

回顾性分析2017年7月至2019年9月在深圳市儿童医院诊断为维生素D依赖性佝偻病IA型(vitamin D-dependent rickets IA,VDDR-IA) 2例患儿的症状、体征、实验室检查(包括1α-羟化酶编码基因CYP27B1检测结果)、影像学资料及随访情况,并进行文献复习。两例患儿女性、男性各1例,分别于11月龄和18月龄起病,临床表现为佝偻病,25羟维生素D (25-hydroxyvitamin D,25OHD)正常或轻度升高,常规维生素D治疗无效,其中1例股骨骨折迁延2年余不愈,经CYP27B1基因测序分析发现两例患者1例为c. 1319_1325dupCCCACCC纯合突变、1例为[c. 1319_1325dupCCCACCC]+[c. 1358G> A]复合杂合突变,确诊为VDDR-IA,予口服骨化三醇及钙剂治疗,分别随诊35个月、22个月,患儿症状、体征好转,骨折愈合,呈现身高追赶。当佝偻病发病年龄不典型,常规维生素D治疗无效,25OHD不低时,需警惕VDDR-IA,并行CYP27B1基因检测,注意c. 1319_1325dupCCCACCC突变。     

散发大肠癌患者hMSH2基因突变研究

应用ＰＣＲ、ＳＳＣＰ和ＤＮＡ序列分析等方法检测了３５例散发性大肠癌患者ｈＭＳＨ２突变及微卫星Ｄ２Ｓ１２３。结果在５例患者中发现生殖细胞ｈＭＳＨ２突变，外显子７和８各２例，外显子１５有１例。２例肿瘤细胞突变中外显子７和８各１例。上述３例突变测序结果有２例为错义突变，１例为同义突变。Ｄ２Ｓ１２３不稳定在９例患者中存在。本文结果提示，散发大肠癌患者的生殖细胞和体细胞中存在有ｈＭＳＨ２基因碱基置换突变。在     

^60Coγ射线所致HeLaMR细胞hprt基因突变谱研究

将正常ＨｅＬａＭＲ细胞用＾６０Ｃｏγ射线分别进行０－８．０Ｇｙ照射后，在含６－巯基鸟嘌呤（６－ＴＧ）的培养基中克隆和筛选ｈｐｒｔ基因突变细胞。细胞的突变民γ射线的照射剂量有关，共获得３个自然突变的细胞克隆和１８个γ射线诱导的突变细胞克隆，用８对ｈｐｒｔ寡核苷酸引物进行多聚酶链式反应（ＰＣＲ），从培养细胞提取ＤＮＡ中分别扩增ｈｐｒｔ基因的９个外显子片段，分析突变细胞的ｈｐｒｔ基因外显子突变情况。结果     

数字PCR和下一代测序方法用于KRAS基因突变检测中的可比性研究

针对KRAS基因中的2个常见突变G12R和G12S,建立了基于数字聚合酶链反应（PCR）和下一代测序（NGS）技术的特异性检测方法。利用含有目标突变的细胞系配制成不同突变比例的样本,考察了所建立的数字PCR和NGS方法的分析灵敏度和2种方法测量结果的可比性。结果发现对突变比例≥0.83%的样品,NGS和数字PCR的测定结果无显著差异（p>0.05）。突变比例<0.83%的样品,2种方法的测定结果差异显著（p<0.05）,而数字PCR方法的测定结果与配制值无显著差异。这表明2种方法在检测高丰度突变时测量结果可比,而数字PCR方法在测定低丰度突变时准确性更高。     

p53基因突变检测技术的研究进展

p53基因是迄今发现与人类恶性肿瘤相关性最高的基因,也是肿瘤细胞中基因变异频率最高的靶基因,50%的肿瘤患者中均发现p53基因有缺失或突变。目前,检测p53基因点突变的方法较多,大概分为3种类型,即直接法、间接法和生物传感技术。本文对上述3种突变检测技术的原理、方法及进展作一简要综述。