肺腺癌CT影像分子分型研究进展

研究表明在明确驱动基因后进行特异性靶向治疗,肺癌患者的中位生存期显著延长。而除高通量测序技术和荧光原位杂交等分子生物学技术外,影像基因组学的出现,也为肺腺癌分子分型预测提供了一种无创的新方法。本文对肺腺癌计算机断层扫描(computed tomography, CT)影像分子分型的研究进展进行综述。首先,介绍肺腺癌分子分型的研究背景及肺腺癌主要的基因突变类型;然后,重点介绍两种主要的研究方法,即CT语义特征与肺腺癌分子亚型的相关性分析和基于机器学习的肺腺癌分子分型预测模型;最后,总结了该领域现阶段面临的主要问题,并对未来的研究方向做出展望。肺腺癌CT影像分子分型研究已经取得了一定成果,但仍存在很多问题。相关性分析与基于影像组学的预测模型研究由于样本各异且受过多人为干预,导致研究结果差异大,甚至有部分文献得到的结论截然相反。而基于深度学习的预测模型研究采用端到端的神经网络模型,人为参与极少,降低了研究难度,但尚处于起步阶段,构建的模型大多相对简单,远不能达到临床应用标准。今后的研究应聚焦于结合多种医学图像构建肺腺癌分子分型的大样本深度学习预测模型,同时结合临床信息、语义特征及影像组学特征...     

功能基因组学及其在辐射生物效应研究中的应用

功能基因组学是基因组学的重要组成部分,近年来已应用到辐射生物效应研究领域。本文介绍了功能基因组学的基本概念,主要研究内容、研究方法,以及在辐射生物效应研究领域中的应用。     

白酒酿造窖泥未培养微生物菌群的可培养化策略

窖泥是厌氧微生物的重要栖息地,厌氧微生物菌群的代谢活动对浓香型白酒的香气和风味形成起着重要作用。但大多数窖泥厌氧微生物尚未能在人工实验室培养条件下培养,这严重阻碍了对窖泥厌氧菌群功能的解析。采用CGM、NBM和MCI三种营养成分丰富度不同的培养基,以典型窖泥作为菌群接种源,探索富集菌群的种类与动力学变化。扩增子测序分析表明,寡营养的MCI培养基对于富集窖泥主体菌群是较为有效的,可以同时富集得到产甲烷菌群和细菌菌群,主要包括古菌的广古菌门(Euyarchaeota)、细菌的拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)。使用基于MCI培养基的寡营养技术能有效富集窖泥中高丰度和低丰度厌氧菌,如普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、Dysgonomonadaceae、太阳杆菌科(Heliobacteriaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)和甲烷八叠球菌科(Methanosarcinaceae)等;同时对扩增子测序无法检测的稀有微生物,包括甲烷鬃菌科(Methanosaetaceae)、消化链球菌科(...     

耐久肠球菌C11菌株的环境胁迫耐受性及其低温适应相关基因的基因组学鉴定

测定了耐久肠球菌C11菌株在不同环境胁迫条件下(温度、酸度、渗透压和人工胃肠液)的耐受性,并进行比较基因组学分析。结果显示,该菌株能够在15～25℃条件下生长,但是对酸(p H 2. 0～4. 0)、渗透压(质量分数为5. 0%～15. 0%的Na Cl、质量分数为0. 05%～0. 3%的胆盐),以及人工胃肠液均无显著耐受性;耐久肠球菌C11基因组含有33个菌株特异性基因,其中有26个编码功能未知的假设蛋白,7个编码功能蛋白。此外,还鉴定到大量与细胞膜不饱和脂肪酸合成、相容性溶质吸收或合成、环境应激调控等相关基因,可能与其低温适应性相关。     

动态增强影像特征与乳腺癌预后的关联性研究

探讨动态增强影像(DCE-MRI)特征与乳腺癌预后之间的关联性。首先,在61例包含影像和生存数据的数据集中,利用Cox多元回归分析互不相关的特征,找出与无病复发生存(RFS)独立相关的影像特征。然后,在87例包含DCE-MRI和基因表达数据的数据集中,使用弹性网络(elastic-net)回归模型建立影像特征的多基因标签。最后,在独立验证数据集中,测试多基因标签的预后价值。结果显示,纹理特征逆差分与RFS具有最强的独立关联(p=0.034 4)。使用elastic-net回归模型建立了纹理特征逆差分的74基因标签(R^2=0.937),在独立验证数据集中,使用74基因标签把患者分为两组,对不同生存风险水平的RFS(log-rank P=0.011)和总生存期(OS,log-rank P=0.029)进行分层。结果表明,DCE-MRI影像特征对预测乳腺预后有潜在价值。     

英特尔与迈克尔·J·福克斯基金会携手

正迈克尔·J·福克斯帕金森氏症研究基金会(MJFF)和英特尔公司于今日宣布了一项合作,该合作项目旨在促进帕金森氏症的研究和治疗——帕金森氏症是一种全球范围的、患病率仅次于阿兹海默氏症的神经退行性脑部疾病。这项合作将利用全新的大数据分析平台进行多阶段研究,该平台利用可穿戴技术监测患者症状,并用收集得来的数据探索相关模型。这项工作能帮助研究人员和医生们在衡量病症进展方面迈出重要一步,从而加快药     

生物服务业蓄势待发

据中国科学报,今年年初正式公布的《生物产业发展规划》(简称规划)曾让业内人士期盼了很久。而这份千呼万唤始出来的文件的"亮点"之一便是,首次将"生物服务"列为生物产业发展的七个重点领域之一。时隔半年之后,在北京科技园建设(集团)有限公司投资开发的青岛蓝色生物医药产业园和长春北湖科技园两大园     

病毒宏基因组学在医学领域的应用

新发、再发病毒性传染病不断出现,如何快速鉴别致病病原显得尤其重要。近年来,不依赖传统培养技术的病毒宏基因组学在临床医学的运用越来越广泛。大量成功诊断的临床病例和新病毒的发现为病毒宏基因组在传染病的预防和公共卫生防控方面开拓了新的领域。本文主要对近10年来病毒宏基因组的兴起、优势及策略、在临床检测及公共卫生领域的应用进展作一综述。     

烟草基因组知识篇:4.结构基因组学

基因组学的研究可分为两方面：以基因组测序为目标的结构基因组学和以功能鉴定为目标的功能基因组。结构基因组学是在基因组学研究的早期阶段,着重进行基因作图、序列分析以研究基因组成、定位的科学。染色体不能直接用来测序,必须将基因组分解成容易操作的较小的结构,