基于高通量测序分析不同保鲜冰处理对鲈鱼菌群组成与代谢功能的影响

目的：分析不同保鲜冰处理下鲈鱼微生物菌群变化及其与品质指标的相关性。方法：分别采用流化冰（slurry ice,SI）、酸性电解水冰（acidic electrolyzed water ice,AEWI）和碎冰（crushed ice,CI）对鲈鱼进行处理,测定鲈鱼的总挥发性盐基氮（total volatile basic nitrogen,TVB-N）含量与K值,并利用高通量测序技术对样品菌群结构和代谢功能进行比较分析。结果：SI和AEWI对鲈鱼均有一定的保鲜作用,其中SI抑制鲈鱼蛋白质和核苷酸降解速度的效果最显著。在冰藏前期（0～3 d）,AEWI与CI组样品中芽孢杆菌属（Bacillus）、乳球菌属（Lactococcus）、大洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus）相对丰度明显高于SI组。冰藏中、后期（12～21 d）,SI组样品中假单胞菌属（Pseudomonas）、希瓦氏菌属（Shewanella）、摩替亚氏菌属（Moritella）、埃希氏杆菌属（Escherichia）和别弧菌属（Aliivibrio）相对丰度明显增加,AEWI组样品假单胞菌属（Pseudomonas）和不动杆菌属（Acinetobacter）相对丰度所占比例逐渐增大,CI组中不动杆菌属在21 d时达27.77%,成为造成鲈鱼贮藏中、后期腐败的主要菌属。主成分分析表明,冰藏方式及贮藏时间对鲈鱼菌群结构组成有较大影响。鲈鱼菌群中与TVB-N含量、K值呈正相关的有假单胞菌属、不动杆菌属、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）和希瓦氏菌属,它们可能是鲈鱼冰藏期间的优势菌。CI和AEWI组鲈鱼细菌中参与氨基酸、脂质和碳水化合物代谢的相关基因相对丰度高于同一时期的SI组,这在一定程度上从细菌代谢水平解释了SI能延缓鲈鱼腐败的原因,为后期进一步从微生物抑制机制上优化鲈鱼贮藏保鲜技术提供了理论参考。     

家禽屠宰场微生物菌群结构及大肠杆菌耐药性评估

家禽屠宰场的水体、地面和屠宰器械表面微生物对鸡肉微生物交叉污染有重要的影响。本研究的主要目的是分析家禽屠宰场水体、地面和与鸡肉接触的屠宰器械表面的细菌结构及其耐药基因携带状况,并从中分离大肠杆菌进行耐药性评估和肠杆菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应（enterobacterial repetitive intergenic consensus polymerase chain reaction,ERIC-PCR）分型分析。在浙江省某大型屠宰场的挂禽间、宰杀沥血间、浸烫脱羽间、净膛间、预冷间、包装间、冷藏间、内脏间区域采集水体,并用无菌纱布擦拭各区域的地面和器械表面采集微生物,基于16S rRNA V3～V4的Illumina高通量测序方法分析其菌群结构多样性,并从中分离大肠杆菌,分别用PCR对总细菌和大肠杆菌进行9大类耐药基因的检测分析和大肠杆菌的ERIC-PCR分型研究。结果表明：屠宰场不同区域水体、地面和屠宰器械表面微生物均以变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteria）为主;优势菌属为不动杆菌属（Acinetobacter）、链球菌属（Streptococcus）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）和假单胞菌属（Pseudomonas）等一些腐败菌属与致病菌属。屠宰场不同区域的水体、地面和屠宰器械表面存在的耐药基因种类较多,共检测到21 种耐药基因分布在这些样品中,其中sulI、sulII、blaTEM、aadA1、floR、tetA、ereA和qnrS等8 种耐药基因检出率达88.9%以上,与从中分离的大肠杆菌耐药基因检出情况吻合度较低,这表明还存在其他携带耐药基因的菌株,此外分离的大肠杆菌菌株多重耐药现象严重。ERIC-PCR分型结果表明,大肠杆菌可以沿屠宰生产链进行克隆传播。本实验将为探究屠宰环境微生物与鸡肉污染微生物之间的关系提供理论参考。     

应用Illumina高通量测序技术分析3 种酒曲中微生物多样性

为了解贵州花溪（酒曲A）、盘州（酒曲B）、安顺（酒曲C）3 个地区的酒曲中微生物群落组成和多样性,运用高通量测序技术对酒曲中的细菌16S rDNA V3-V4区和真菌ITS1区进行测序,比较不同地区酒曲中微生物群落结构差异。测定不同地区酒曲的基本理化指标,与酒曲主要细菌种群进行相关性分析。结果显示,细菌获得129 510 条有效序列,1 030 个OTU;真菌获得60 945 条有效序列,19 个OTU。细菌的多样性分析表明,酒曲B中Shannon指数明显低于酒曲A和酒曲C,酒曲A和酒曲C的细菌群落结构更为接近。真菌的多样性分析表明,酒曲C中Shannon指数明显低于酒曲A和酒曲B,酒曲A和酒曲B的真菌群落结构更为接近。在门水平上,酒曲A的优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,优势真菌门为接合菌门（Zygomycota）;酒曲B的优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,优势真菌门为接合菌门;酒曲C的优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上,酒曲A优势细菌属为红球菌属（Rhodococcus）,酒曲C和酒曲B的优势细菌属均为芽孢杆菌属（Bacillus）;酒曲A和酒曲B的优势真菌属为米根霉属（Rhizopus）,而酒曲C的优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）。不同地方来源的酒曲中的微生物组成及多样性在属和门水平上有明显差异;酒曲理化指标与酒曲细菌种群结构具有一定相关性。     

冠突散囊菌胞外多糖生物活性高通量筛选试验

目的：探讨冠突散囊菌胞外多糖的生物活性以及茯砖茶的功能成分；方法：从不同培养基冠突散囊菌液体发酵液中分离出胞外多糖ECP和ECP，采用高通量筛选技术，选用PPARs、K526和HepG2模型对其减肥降脂和抗肿瘤活性进行初步研究；结果：冠突散囊菌胞外多糖对PPARα、PPARγ、PPARδ3种模型均有活性，且对PPARγ模型有强的活性，ECP和ECP#对PPARγ模型激活值分别达1．63和1．41；ECP对K562细胞有一定的抑制作用。     

转基因大豆低密度基因芯片的检测方法研究

目的建立Roundup Ready转基因大豆（简称RRS）的基因芯片检测方法,探讨其在转基因大豆检测中的应用。方法根据大豆中所转入的外源基因,选择camv35s启动子、nos终止子和cp4epsps基因,以大豆内源基因lectin基因为内参照基因设计了引物和探针,并制备了核苷酸芯片;通过多重PCR对样品核酸进行扩增和荧光标记后,将PCR产物与芯片杂交,检测大豆样品中所含的外源基因,并评价方法的灵敏度。结果检测转基因含量不同的RRS标准参考物,结果显示：camv35s启动子、nos终止子、外源基因cp4epsps检测灵敏度均可达0．45％。结论本研究所建立的基因芯片检测方法有良好的灵敏度及可重复性,有助于实现转基因大豆的高通量、高灵敏的检测。     

高效液相色谱-串联飞行时间质谱高通量筛查生鲜乳中兽药残留

建立了一种高通量检测生鲜乳中兽药残留的高效液相色谱-串联飞行时间质谱方法,包括17大类兽药,共174?种。样品用乙腈和乙酸乙酯提取,冷冻净化后,目标化合物经过Poroshell 120 EC-C18柱（3.0?mm×150?mm,2.7?μm）分离,经0.1%甲酸溶液和甲醇流动相洗脱,采用电喷雾正离子模式进行采集。结果显示,114?种兽药化合物在质量浓度0～200?ng/mL范围线性良好（R2＞0.990?0）,检测限为1～10?ng/g。此外,回收率在70%～130%范围内的质控加标样品达99?种,相对标准偏差为1.03%～9.65%。该方法检测速度快、灵敏度高,大大提高了生鲜乳中兽药筛查的效率。     

基于图像灰度处理的谷氨酰胺转氨酶产生菌半定量-高通量筛选

以图像灰度处理软件Image J为测量手段,以微生物谷氨酰胺转氨酶（MTG）产生菌拟无枝酸菌（Amycolatopsis sp.）109.5为出 发菌株,经紫外诱变后,对突变株进行半定量测定和高通量筛选。 突变株在含有营养琼脂培养基的96孔板中30 ℃条件下培养3 d后进 行显色反应,利用Image J获得各孔灰度均值,根据灰度均值差异预测突变株的产酶水平。 结果表明,从334株突变株中筛选到一株 MTG活力为0.803 U/mL的正突变株80,较出发菌株MTG活力提高148.6%。 基于Image J图像处理软件与96孔板的固体培养法可以实 现MTG产生菌株的半定量测定和高通量筛选。     

基于Miseq高通量测序技术的古襄阳酒窖泥细菌多样性评价

使用Miseq高通量测序技术对4份古襄阳酒业浓香型白酒窖泥样品的细菌多样性进行了评价,同时通过选择性培养分离出窖 泥中的优势乳酸菌,再利用16S rDNA序列分析方法,对其进行初步鉴定。 结果表明,乳酸杆菌是古襄阳酒窖池中的优势细菌,其相对 含量高达92.02%。在分类操作单元（OTU）水平上,发现8个核心OTU相对含量＞1.0%,其中7个隶属于乳酸杆菌属（Lactobacillus）。4份 古襄阳酒业浓香型白酒窖泥样品中共分离到12株菌株,初步鉴定其全部为副干酪乳杆菌（Lactobacillus paracasei）。     

张家界市酸鱼细菌类群解析及其功能预测

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自张家界市的7个酸鱼样品进行了细菌类群分析,结果发现厚壁菌门（Firmicutes）为优势菌门,其平均相对含量为95.49%。优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、四联球菌属（Tetragenococcus）和葡萄球菌属（Staphylococcus）,其平均相对含量分别为66.53%、11.77%和8.10%。发现8个核心分类操作单元中有6个注释为Lactobacillus,各有1个注释为Tetragenococcus和Staphylococcus,其中乳酸菌的累计平均相对含量达60.27%。PICRUSt技术预测酸鱼菌群功能结果表明,酸鱼中的细菌菌群在“氨基酸转运与代谢”和“碳水化合物运输和代谢”功能上表达较高,说明菌群在代谢方面的功能比较突出。由此可见,张家界地区酸鱼中蕴含了丰富的乳酸菌资源,且以Lactobacillus、Tetragenococcus和Lactococcus为主。     

永春老醋不同生产阶段细菌和真菌多样性动态变化特征分析

以16S rRNA和18S rRNA基因为分子标记,应用高通量测序技术分析了福建永春老醋发酵中(Y1)、1个月成品(Y2)、1年陈酿(Y3)和10年陈酿(Y4)共4个不同生产阶段中的细菌与真菌群落多样性.结果表明,对于细菌组成,Y1、Y2和Y3三个阶段优势菌纲皆为 α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)...