一种基于双重ddPCR的肉制品中牛源性成分的定量分析方法

将低价肉类原料掺入高价肉制品是一种典型的肉类掺假方式,为准确鉴别牛肉及牛肉制品的真伪,建立一种基于双重微滴式数字聚合酶链式反应（droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR）的牛源性成分定量分析方法。通过对14 种动物的Beta-actin单拷贝基因序列进行分析,设计牛源性特异性引物、探针与动物源性成分通用引物、探针并建立双重ddPCR体系,推导出牛源性成分质量与其特异性扩增拷贝数之间的计算公式,对牛源性成分进行定量检测该方法得到牛源性成分质量M牛（mg）与其特异性扩增拷贝数浓度C牛（copies/μL）之间的计算公式为M牛=0.033C牛＋2.37,对已知牛肉质量的混合肉样品与不同部位的牛肉样品进行检测,结果显示牛肉定量检测值与实际质量基本一致。同时拷贝数相对含量可辅助判断肉制品中是否存在非牛源性的其他动物源性成分掺假。对市售样品的检测发现,存在目标肉样含量不达标以及不同程度的动物源性成分等掺假现象,说明该检测方法可为牛肉制品掺假量化判定和混合源性产品分级鉴定提供技术支撑。     

基于转录组学分析酸胁迫影响鼠伤寒沙门氏菌耐酸能力的机理

目的：探究酸胁迫和非酸胁迫条件下鼠伤寒沙门氏菌（Salmonella typhimurium）的转录组反应,分析差异基因（differentially expressed genes,DEGs）表达水平,阐明酸胁迫影响鼠伤寒沙门氏菌耐酸反应（acid tolerance response,ATR）的相关代谢通路。方法：对鼠伤寒沙门氏菌进行酸胁迫处理,利用转录组测序技术和生物信息学分析相关DEGs,并通过实时聚合酶链式反应（real-time polymerase chain reaction,real-time PCR）进行验证。结果：经酸胁迫后,共筛选到683 个DEGs,其中上调343 个,下调340 个。其中涉及细胞运动、氨基酸代谢、细胞膜组成等通路上调能够使鼠伤寒沙门氏菌快速适应酸环境;碳水化合物代谢相关通路上调能够为鼠伤寒沙门氏菌快速适应酸环境提供更多的能量,与此同时,嘧啶代谢等能量代谢通路下调能够使鼠伤寒沙门氏菌降低能量消耗以维持上述的必需代谢过程;细菌应激调控相关通路上调赋予鼠伤寒沙门氏菌交叉保护抗性;鞭毛、外膜蛋白、脂多糖等毒力相关基因表达上调增强了鼠伤寒沙门氏菌的毒力。real-time PCR验证结果与转录组测序分析表达趋势一致。结论：酸胁迫显著提高了鼠伤寒沙门氏菌的耐酸能力,其中与代谢和细胞过程相关的通路发挥主要作用,本研究结果为进一步了解该菌的酸胁迫反应及更好地控制其在食品中的污染提供了理论依据。     

同时检测速冻食品中鸡、鸭、猪和牛源性成分实时荧光聚合酶链式反应方法的建立及应用

以鸡转化生长因子β-3(transforming growth factor beta-3,TGFB3)基因、猪朊蛋白(prion protein,PRNP)基因和鸭、牛生长激素(growth hormone,GH)基因为靶基因,设计合成特异性引物和TaqMan探针,通过对实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)体系和反应条件的优化,建立同时检测速冻食品中鸡、鸭、猪和牛源性成分的实时荧光PCR检测方法。结果表明:本研究所建立的方法只在鸡、鸭、猪或牛源性成分存在时才产生特异性扩增曲线,表明该方法具有良好的特异性;且对鸡、鸭、猪和牛源性成分的最低检测质量浓度分别可达到10.0、1.0、10.0、10.0 pg/μL,具有良好的灵敏性;应用建立的检测方法对市售34份速冻食品鸡、鸭、猪和牛源性成分进行同时检测,能够实现对速冻食品中4种动物源性成分的有效检测,进一步分析发现,15份速冻食品源性成分测定结果与外包装标注成分不一致。本研究所建立的同时检测速冻食品中鸡、鸭、猪和牛源性成分的实时荧光PCR检测方法具有良好的特异性和灵敏性,且操作简单、适用范围广,能够满足日常检测需求。     

肉中4种致病菌的PCR快速检测方法的建立

目的:建立一种能同时检测肉中金黄色葡萄球菌、志贺氏菌、沙门氏菌和单核增生李斯特菌的多重PCR检测方法。方法:根据金黄色葡萄球菌的耐热核酸酶基因(nuc)、沙门氏菌的侵袭蛋白基因(invA)、志贺氏菌的侵袭性质粒抗原基因(ipaH)和单核细胞增生性李斯特菌的内化素基因(inlA)设计引物,通过优化好的反应体系进行多重聚合酶链反应(PCR)扩增目的基因。结果:特异性实验结果表明4种菌均能在相应位置扩增出特异性条带。对污染4种菌的猪肉进行检测,确定出金黄色葡萄球菌和沙门氏菌的检出限是102CFU/mL,志贺氏菌和单核增生李斯特菌的检出限是101CFU/mL。结论:本实验建立的多重PCR方法比传统细菌检测方法更特异、快速、灵敏,适用于肉中金黄色葡萄球菌、志贺氏菌、沙门菌和单核增生李斯特菌的快速检测。     

Detection of culturable and viable but non‐culturable cells of beer spoilage lactic acid bacteria by combined use of propidium monoazide and horA‐specific polymerase chain reaction

Current methods of detecting beer spoilage lactic acid bacteria (LAB) are time‐consuming and do not differentiate between viable and non‐viable bacteria. In this study, a combination of the conventional polymerase chain reaction (PCR) and propidium monoazide (PMA) pretreatment has been described to circumvent the disadvantages. The horA‐specific PMA‐PCR described here identifies beer spoilage LAB based not on their identity, but on the presence of a gene that is shown to be highly correlated with the ability of LAB to grow in beer. The results suggest that the use of 20 µg/mL or less of PMA did not inhibit the PCR amplification of DNA derived from viable, but putatively non‐culturable (VPNC) Lactobacillus acetotolerans. The minimum amount of PMA to completely inhibit the PCR amplification of DNA derived from dead L. acetotolerans cells was 1.5 µg/mL. The detection limit of established PMA‐PCR assays was found to be 100 VPNC cells/reaction for the horA gene. Furthermore, the horA‐specific PMA‐PCR assays were subjected to 18 reference strains, representing 100% specificity with no false positive amplification observed. In conclusion, the use of horA‐specific PMA‐PCR allows for a substantial reduction in the time required for the detection of potential beer spoilage LAB and efficiently discriminates between live and dead cells. Copyright © 2016 The Institute of Brewing & Distilling     

三重real-time PCR检测副溶血弧菌主要毒力基因

针对编码副溶血弧菌的特异性基因和主要毒力基因tlh、tdh、ureR进行引物及探针设计,通过优化反应条件,建立基于Taqman探针快速检测副溶血弧菌毒力基因的三重实时聚合酶链式反应（real-time polymerase chain reaction,real-time PCR）方法。利用10 株副溶血弧菌和22 株非副溶血弧菌对设计的引物及探针进行特异性验证,结果表明设计的引物及探针具有很高的特异性;优化后的引物浓度分别为tdh 0.15 μmol/L、tlh 0.15 μmol/L、ureR 0.80 μmol/L,探针浓度分别为HEX 0.50 μmol/L、FAM 0.50 μmol/L;该方法即使在高浓度的背景细菌存在下,DNA浓度与Ct值均呈良好的线性关系,检出限为1.8×102 拷贝/mL;以完整菌细胞的悬液为模板时,预变性时间为30 min,扩增检测效果与以基因组DNA（gDNA）为模板相当（ΔCt＜1）。本研究建立的三重real-time PCR方法能实现快速定量检测副溶血弧菌,并能有效区分致病性及非致病性副溶血弧菌,为副溶血弧菌的快速定量检测和风险评估提供快速、灵敏、准确的方法。     

基于新一代高通量测序技术分析拮抗酵母Cryptoccocus laurentii诱导处理樱桃番茄果实后转录组学的变化

罗伦隐球酵母（Cryptococcus laurentii）作为生物激发子,能显著诱导采后樱桃番茄对灰葡萄孢（Botrytis cinerea）的抗性响应,但其防治机制尚未完全明确。本实验以樱桃番茄为材料,利用新一代高通量测序技术Illumina HiSeqTM4000对罗伦隐球酵母处理及水对照处理的番茄果肉组织进行转录组测序,采用生物信息学方法对差异基因进行功能注释和通路分析,并利用实时荧光定量聚合酶链式反应（real time-quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR）技术对随机选取的差异表达基因进行验证。结果表明,樱桃番茄果实经过罗伦隐球酵母诱导处理48?h后,共有3?141?个基因差异表达,上、下调表达基因分别为1?689?个和1?452?个,这些差异表达基因涉及多个代谢路径,揭示罗伦隐球酵母对番茄的诱导作用是一个多代谢路径参与的调控过程。此外,RT-qPCR验证结果与转录组分析结果趋势一致。     

A PCR Assay for Specific Detection of the Pandemic Vibrio parahaemolyticus O3:K6 Clone from Shellfish

: The current standard method for identifying Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6, an emerging pathogen with apparent enhanced virulence characteristics, typically takes 4 to 6 d to complete and requires serotyping. To provide a more rapid strategy, we optimized a polymerase chain reaction (PCR)‐based assay for specific detection of V. parahaemolyticus O3:K6. Of 78 V. parahaemolyticus isolates and other related species; only strains classified into the V. parahaemolyticus O3:K6 clonal group (n= 39) showed positive results in the PCR assay. The assay detected 2.3 cells/PCR reaction and 310 cells/g using bacterial cultures and inoculated oyster samples, respectively. Sensitive and specific detection of V. parahaemolyticus O3:K6 was possible following a 6‐h enrichment.     

一种5 重real-time PCR筛查转基因水稻方法的建立

以转基因水稻中最常用的CaMV35S启动子、NOS终止子、Cry1Ab/Ac基因、HPT基因及SPS水稻内标基因为研究对象,利用5 种不同的荧光信号（FAM、HEX、Taxas Red、Cy5、Cy5.5）进行多重实时聚合酶链式反应（real-time polymerase chain reaction,real-time PCR）检测方法的研究。通过引物组合筛选、反应体系优化、特异性测试、灵敏度测试、适用性测试等一系列实验,建立了5 重real-time PCR方法,灵敏度可达0.032%。此方法具有灵敏度高、结果准确、通量大等优点,可实现水稻中转基因成分的快速、高效检测。     

四川省肉毒梭菌PCR基因分型方法比较研究

目的比较分析4种肉毒毒素(botulinum neurotoxins,Bo NT)基因分型方法,为四川省监测和食物中毒中肉毒梭菌(Clostridium botulinum)分型鉴定提供可靠的方法。方法使用本实验室保存的6株肉毒梭菌(包括A、B、E型)验证4种肉毒梭菌PCR基因分型鉴定方法——美国食品药品监督管理局(FDA)多重PCR分型方法、国际标准化组织(ISO)的两种多重PCR分型方法和一种实时荧光PCR分型方法,比较方法间的差异,并初步分析差异原因。结果 3种多重PCR方法均可在一个反应中同时检测A、B、E 3种型别肉毒梭菌。ISO多重PCR方法 1中A型检测虽能获得预期条带,但结果条带不清晰。其余两种多重PCR方法在分型检测肉毒梭菌时,可获得清晰的预期条带。实时荧光PCR分型方法能在多重反应体系中同时检测到不同型的肉毒梭菌,但由于荧光标记相同,要获得分型结果需要分别检测各毒素型别。结论美国FDA多重PCR方法和ISO多重PCR方法 2操作较简单易行,可在四川省肉毒梭菌监测中推荐使用。