基于混合并行遗传算法和阈值限定法的基因调控网络构建

为了解决传统基因调控网络构建算法准确度不高的问题,提出了一种基于混合并行遗传算法和阈值限定法的新型基因调控网络构建算法。该算法分缩小解空间和参数拟合两部分,缩小解空间阶段先用奇异值分解法限定数学上可行的基因调控网络,减少不必要计算,然后用阈值限定法将每个基因的控制基因限定到一定规模,提高计算效率的同时更合乎生物信息学规则。参数拟合部分先用并行遗传算法在整个解空间快速寻优,而后采用爬山法进行小范围细致求解,提高计算精度。实验部分将本文算法应用于人类复杂疾病的皮肤黑色素瘤和2型糖尿病基因调控网络的构建上。本文计算结果与真实网络作对比,验证了本文算法的有效性。同时将本文计算结果与传统遗传算法,粒子群算法进行比较,证明本文算法具有更高的执行效率。     

sisI替换genP在绛红小单孢菌G1008中的功能表达

将依纽小单孢菌3′,4′-双脱羟基基因sisI组合到绛红小单孢菌G1008中,替代其中的同工异源酶基因genP,研究sisI基因异源表达的内在特征.以温敏型质粒pKC1139作为克隆载体,构建sisI替换genP的重组质粒pIP303,利用接合转移技术,将穿梭质粒导入绛红小单孢菌G1008基因组,影印筛选并通过PCR(聚合酶链式反应)鉴定,获得一株基因重组工程菌GIP95.借助TLC(薄层色谱)、HPLC(高效液相色谱)和MS(质谱)检测代谢产物组分及结构变化,结果表明突变株GIP95的代谢流未被阻断,仍能够合成庆大霉素C族组分.由此得出结论,外源基因依纽小单孢菌3′,4′-双脱羟基基因sisI参与了庆大霉素生物合成中绛红糖胺3′,4′-双脱羟基这一关键步骤,在绛红小单孢菌G1008中实现异源表达.     

历史街区文化基因提取与基因库构建

基于文化基因理论的视角,借鉴生物基因工程中产品基因提取的逆转录思想,根据历史街区文化元素实例的逆翻译和实例种群的逆转录提取出历史街区文化基因要素,并按照基因要素的关联构建起历史街区文化基因库系统模型。该模型主要包括意识形态、居民生产生活方式和外部表象三个层面,构成历史街区的文化核心。     

国际

欧盟:成员国可决定是否种植转基因作物针对是否许可转基因作物的问题,1月13日欧洲议会通过欧盟决议,同意让各成员国自行决定是否禁止种植转基因作物。欧洲联盟会员国部长会议在2014年6月达成共识,尽管欧盟执委会保有基因改造作物的核准权,但各会员国可以依据本国情况,以国内法规限制、禁止转基因作物种植。这项决议13日在欧洲议会以480票同意、159票反对、     

基于多样本RNA-Seq数据的表达水平估计方法

随着下一代高通量DNA测序的快速发展,RNA-Seq测序已成为转录组学分析的标准技术。在处理多样本RNA-Seq数据时,现有表达水平估计方法通常基于单个样本逐个处理,忽略了基因读段分布在样本间高度相似的特点。因此,提出了一个基于多样本RNA-Seq数据的表达水平估计方法,称为MRSeq。其关键是通过建立偏差曲线估计模型获得基因读段分布在样本之间的共享特征,通过偏差权重将共享特征嵌入到模型中,用来修正读段数据,同时通过增加稀疏约束来表现基因和异构体表达水平之间的稀疏性。进而将该模型应用到多个真实数据集进行评测,与目前主流方法的比较结果表明:MRSeq不仅能得到准确的基因和异构体表达水平,同时也获得了更有意义的生物解释。     

互联网基因

最近有两个比较有意思的新闻。一是传统的地图软件厂商高德宣布旗下的手机导航软件开始免费;二是手机领域新责小米公司再添新丁,在9月的发布会上,除了小米3手机外,又一口气推出了小米电视和数字机顶盒。看似两个不搭界的新闻,却都被冠以了互联网因素。     

打造企业常青基因

对于一家公司而言,危机可能随时出现,兴衰成败转眼空。50年前的世界500强,现在70%已经被淘汰出局。如打造企业基业常青的基因,似是管理领域中一个老生常谈的主题,然而也是一个常谈常新的话题。     

基于融合信息的癌症相关基因选择方法

基因表达数据的出现,为人类从分子生物学的角度研究和探索癌症的发病机理提供了广阔的前景,利用基因表达数据发现与癌症相关的基因对于癌症的诊断和治疗具有重要的意义。在过去的十几年里,已经有很多种计算方法被成功地用于从基因表达数据中找出与癌症相关的关键基因,然而,不同的方法从不同的角度刻画基因对不同类型样本的区分能力,它们选择出来的关键基因可能不一致,这将给医学解释和应用带来困扰。现提出一种融合的方法,即将基因在不同方面对样本的判别能力结合起来,首先计算每个基因的信息增益、全局判别能力和局部判别能力,再用它们的识别率进行加权,进而计算每个基因的综合判别能力,最后筛选出判别能力最高的基因子集作为关键基因子集。实验结果表明,此方法得到了比采用单独一种评价标准更好的识别效果。     

基于相容关系的基因选择方法

有效的基因选择是对基因表达数据进行分析的重要内容。粗糙集作为一种软计算方法能够保持在数据集分类能力不变的基础上,对属性进行约简。由于基因表达数据的连续性,为了避免运用粗糙集方法所必需的离散化过程带来的信息丢失,将相容粗糙集应用于基因的特征选取,提出了基于相容关系的基因选择方法。首先,通过i检验对基因表达数据进行排列,选择评分靠前的若干基因;然后,通过相容粗糙集对这些基因进一步约简。在两个标准的基因表达数据上进行了实验,结果表明该方法是可行性和有效性的。     

企业转型的IT基因

作为英国排名前10的律师事务所信息技术总监的Peter Birley,在利用IT支撑企业转型方面有丰富的经验。