Designing genetic regulatory networks using fuzzy Petri nets approach

In this paper, we have successfully presented a fuzzy Petri net (FPN) model to design the genetic regulatory network. Based on the FPN model, an efficient algorithm is proposed to automatically reason about imprecise and fuzzy information. By using the reasoning algorithm for the FPN, we present an alternative approach that is more promising than the fuzzy logic. The proposed FPN approach offers more flexible reasoning capability because it is able to obtain results with fuzzy intervals rather than point values. In this paper, a novel model with a new concept of hidden fuzzy transition (HFT) to design the genetic regulatory network is developed. We have built the FPN model and classified the input data in terms of time point and obtained the output data, so the system can be viewed as the two-input and one output system. This method eliminates possible false predictions from the classical fuzzy model thereby allowing a wider search space for inferring regulatory relationship. The experimental results show the proposed approach is feasible and acceptable to design the genetic regulatory network and investigate the dynamical behaviors of gene network.     

生命的出口

“生命,总会找到出口的”,记得《侏罗纪公园》里这句著名的台词吗？今年夏天,这个人类寻找了几千年的“出口”被美国人文特尔找到L5月20日,美国“基因狂人”文特尔宣布世界首例“人造生命”－Synthia诞生了。     

基于GO体系的基因功能相似性度量方法

比较基因或基因产物功能上的相似性是生命科学研究的一项重要内容,它在生物大分子功能预测、基因聚类、生物网络分析和疾病相关基因筛选等方面具有广泛的应用。计算基因之间的功能相似性已经成为生物信息学研究的基础性工作。基因本体GO(Gene Ontology)体系集成了多种异质数据库的信息,用结构化的自然语言术语对基因和基因产物的功能进行注释和分类,是研究基因功能相似性的有力工具。从GO术语之间相似性、基因之间功能相似性两个方面,总结和评述过去十几年里,人类利用生物信息学方法在语义水平上研究基因功能相似性的进展和取得的成果,分析基因功能相似性计算方法存在的问题和面临的挑战,指出基于GO体系的基因功能相似性度量方法今后的主要研究方向。     

技术改造物流基因，走向第四方物流

时捷物流创立于2002年9月1日,配送中心占地面积33000平方米,已投入使用的仓储面积20000平方米,其中有7500平方米是2008年10月时新增建的。公司自有专业运输车辆125台、签约车辆40多台,并采用GPS卫星定位系统等先进技术进行管理。拥有大批专业物流管理人员和技术人员,与国内著名物流软件合作,为广大客户提供优质的配送服务。     

电商基因决定信息化脉络

要摸索电商信息化的建设路子,就必须改变固有的传统零售业的思维方式,注入电商的思维模式,而电商思维将由电商基因决定。近些年,关于电商的话题不绝于耳,虽然电子商务对我们来说已经不再陌生,但对电商行业的问题探讨仍是炙手可热的话题。面对电商行业相对传统零售业经营模式的变革,电商行业的信息化似乎并不那么简单。     

基于强基因模式组织算法的VRPTW研究

提出一种强基因模式组织算法,给出了强基因模式、连续模式以及对称模式的定义,使用节约法提取强基因模式.设计了选择、变异和模式重组算子,同时建立了以运输成本为目标、具有时间窗等约束的车辆路径问题模型.将该算法与改进的遗传算法、改进的差分进化算法和节约法对模型进行仿真实验.结果表明,强基因模式的应用及模式重组算子大大缩小了解的搜索空间,提高了算法的收敛速度和解的精度,其性能优于其他3种算法.     

一种衡量基因语义相似度的新方法*

利用GO (Gene Ontoloty) 来衡量基因之间的相似度是近年来研究的热点。传统的方法在准确性上有一定的弊端,本文提出了一种新的方法来衡量基因之间的语义相似度。该方法的主要原则是同时依赖于GO拓扑结构图中基因注释项之间的路径长度和基因注释项的公共祖先节点在GO拓扑结构图中的深度。本文用人工数据和取自酵母基因数据库的基因数据进行了实验,结果表明本文的方法比传统方法更有效。     

用ENDEAVOUR软件鉴定肥胖症致病基因GAD2

鉴别复杂疾病致病基因对于治疗和预防疾病作用非常重要,致病基因预测软件是鉴别致病基因的有效工具。位于染色体10p12的基因GAD2是尚有争议的肥胖基因,许多研究者用实验方法研究基因GAD2,却得出了不一致的结论。基于生物计算的致病基因预测软件能弥补实验的不足,已成为揭示疾病发病机理和预测致病基因的有效途径,本文采用ENDEAVOUR软件来验证基因GAD2是否为肥胖症致病基因,该软件运用多种生物数据,根据每一个候选基因与已知致病基因的相似程度以排序,结果在35个候选基因中,基因GAD2排在最前面,表明基因GAD2最可能是肥胖症致病基因。预测结果有利于重新解释基因GAD2的生物功能,促使肥胖症药物的研制及治疗水平的提高。     

结肠癌基因表达谱的分类检测问题研究

随着大规模基因表达谱技术的发展,基于基因表达谱的癌症诊断方法正在成为临床医学上一种快速有效的诊断方法,但是由于基因表达数据维数过高、样本量小、噪声大,使得正确提取有关癌症的特征基因成为关键。以结肠癌肿瘤的基因表达谱数据为例,提出了结合Fisher权函数、离散傅里叶变换和主成分分析的混合特征基因提取方法,以多元Logistic回归分析和贝叶斯决策作为分类器进行肿瘤分类检测。实验结果表明,该方法对于结肠癌数据集CV识别准确率高达96.80%。