紫甘薯主要品质性状基因型与环境效应研究

利用甘薯国家区试7个紫甘薯材料,分析不同基因型差异和环境效应互作对其主要品质性状的影响以及其相关性。结果表明:不同基因型紫甘薯间产量水平、干率、淀粉以及可溶性糖均达极显著差异(P0.01),不同产地间产量水平和蛋白质呈极显著差异(P0.01),对还原糖和可溶性糖达显著差异(P0.05);相关分析表明紫甘薯不同品质指标之间相关性存在较大差异,花青素合成代谢主要受基因控制;选育高花青素品种(系)主要从遗传背景分析,选择高花青素品种(系)为亲本。     

牡丹江生态条件下不同基因型烤烟品种香气物质含量比较

以9个烤烟品种为材料,在黑龙江省牡丹江烟区研究了不同基因型烤烟品种烤后烟叶香气物质成分含量。结果表明,上部叶致香物质总量由高到低依次为CF202、NC89、911-21、7581、Y8303、温德尔、JY-02、9625、LJ237;中部叶依次为Y8303、温德尔、CF202、NC89、911-21、9625、JY-02、LJ237、7581。综合分析认为,CF202、NC89和Y8303三个品种总体烟叶质量表现较好,适宜在牡丹江烟区推广种植。     

2014—2016年济南市哨点医院食源性诺如病毒感染病例流行病学特征分析

目的 了解济南市哨点医院食源性散发腹泻病例中诺如病毒感染类型以及流行病学状况和临床特征。方法 采集2014年1月—2016年12月济南市2家食源性疾病主动监测哨点医院的腹泻病例粪便标本,并收集病例的临床症状资料和流行病学资料。结果 共收集1 292份病例标本,诺如病毒阳性率为18.58%(240/1 292),其中GII基因型占75.42%(181/240)。不同性别的诺如病毒感染病例以及GI和GII基因型病例阳性率差异均无统计学意义(P＞0.05);2种基因型各年龄段阳性率差异有统计学意义(χ²=27.912,P<0.001;χ²=42.285,P<0.001)。第一和第四季度诺如病毒阳性率高于其他季度,具有季节性分布特点。240例诺如病毒阳性病例中以单纯腹泻症状为主(54.17%,130/240),其次为腹泻+呕吐症状(18.75%,45/240);腹泻强度以中度腹泻为主(38.75%,93/240),平均腹泻频次为5.82次/d,粪便性状均以水样便为主(93.75%,225/240)。诺如病毒阳性病例出现呕吐症状的比例为30.00%(72/240),呕吐频次以1～2次/d居多。可疑暴露食物种类以肉与肉制品所占比例最高,其次为水产动物及其制品和乳及乳制品,占比分别为20.00%(48/240)、18.33%(44/240)和15.00%(36/240)。结论 济南市食源性散发腹泻病例诺如病毒感染类型以GII基因型为主,全年流行且具有明显的季节性,婴幼儿为易感人群。应针对诺如病毒感染的季节性特点,以及暴露人群易感程度的差异和暴露食品种类不同的特点,加强食源性散发腹泻病例的监测、识别和防控。     

地理环境和基因型对黑木耳营养组成和品质结构的影响

实验对西藏和东北东宁两地不同品种黑木耳营养组成和品质结构差异进行分析。结果表明黑木耳总糖、还原糖、粗纤维、粗脂肪等常量成分受基因型影响显著,西藏独特环境主要影响黑木耳钙、铁、锌、镁等矿质元素和多酚、黄酮、黑色素等功能性成分的积累。主成分分析和层次聚类分析表明环境因素对营养成分的影响超过基因型。伴随着营养组成的变化,环境因素主要影响弹性、凝聚力、黏性、咀嚼度、回复力,基因型仅影响了黑木耳硬度。黑木耳电镜观察显示相似结果,西藏同一地域不同品种黑木耳表观形态类似,而东宁种植黑木耳与西藏种植的黑木耳表观形态差异较大。这些结果表明黑木耳营养组成和品质结构差异更多依赖于环境因素,基因型影响相对较小。该研究为黑木耳栽培和生理机制的研究提供了理论依据。     

挪威传统木质农场的表型和基因型——挪威最小居民点的空间句法分析

传统挪威农场中木质建筑的空间布局体现了挪威最小居民点单元的布局形式。这些农场通常由几座包含一或两个功能的建筑组成,其布局受木材的长度和取暖难度的影响。本文对12个农场历史地图的原始空间布局进行了视觉关系分析（VGA）、所有线分析和线段分析等空间句法分析。结果表明,农场中整合程度最高的空间都与名为stugu（起居屋）的主要生活建筑的位置有关。从stugu中,农场的主人可以获得最大的视野,从拓扑上来说,有着通往其他所有建筑的最短路线。此外,空间句法分析表明,3个被识别的农场表型也有3个不同的基因型,这是受农场所处景观类型的影响。使用希利尔的最简空间关系类型[1]进行分类,排式农场符合线性b型空间组织,方形农场、圆形农场符合c型空间组织,集群式农场符合d型空间组织。本文对5个农场进行了详细的空间分析,并证明,农场中stugu的数量决定了“环”的数量或建筑之间的空间布局。     

单体型组装问题MEC/GI模型的参数化算法

根据DNA测序片段数据的特点,提出了一个时间复杂度为0（nk2^2k2＋mlogm＋mk1）的单体型组装问题MEC／GI模型的参数化算法,其中m为片段数,n为单体型的SNP位点数,k1为一个片段覆盖的最大SNP位点数（通常小于10）,k2为覆盖同一SNP位点的片段的最大数（通常不大于10）。对于实际DNA测序中的片段数据,即使m和n都相当大,该算法也可以在较短的时间得到MEC／GI模型的精确解,具有良好的可扩展性和较高的实用价值。     

高原娟姗牛β-酪蛋白A2纯合基因型的筛选鉴定

为了筛选出A2A2基因型娟姗牛，组建A2型奶牛育种核心群，为A2牛奶的开发应用奠定基础。从云南欧亚乳业公司鹤庆有机牧场核心群选取385头娟姗牛进行尾静脉采血，提取血液中基因组DNA，检测浓度和纯度后，将提取的DNA进行PCR扩增并送公司测序，同时对血清中β-酪蛋白的含量进行检测。经不同公司各自使用不同引物进行检测，结果一致。在所有娟姗牛中，检测到3种基因型：A2A2基因型198头、A1A1基因型29头、A1A2基因型158头；3种基因型奶牛分别占51.43%、7.53%和41.04%,A2基因频率达71.95%。娟姗牛β-酪蛋白的平均含量为5.58μg/mL,A2A2型和A1A2型奶牛的β-酪蛋白含量均显著低于A1A1型奶牛（P<0.05），但是A2A2型和A1A2型奶牛之间则无统计学差异（P>0.05）。结果表明，通过DNA测序检测突变位点核苷酸能够鉴定出A2A2基因型娟姗牛，β-酪蛋白含量测定不能分辨出A2A2型和A1A2型娟姗牛。与ELISA蛋白检测方法相比，DNA测序法具有快速准确、成本较低等优点，可作为牛群分型的理想方法。     

融合卷积与自注意力机制的基因型填补算法

基因型填补可以通过填补估算出在基因测序数据中未覆盖的样本区域弥补因技术限制导致的缺失，但现有的基于深度学习的填补方法不能有效捕捉到全序列位点间的连锁关系，造成整体填补准确率低、批量序列填补准确率分散等问题。针对这些问题提出一种融合卷积与自注意力机制的填补方法——FCSA，使用两种融合模块构成编解码器组建网络模型。编码器融合模块使用自注意力层得到全序列位点间的关联度，将该关联度融合到全局位点后再通过卷积层提取局部特征；解码器融合模块使用卷积对编码后的低维向量进行局部特征重建，应用自注意力层对全序列建模并融合。使用多物种的动物基因数据进行模型训练，并在Dog、Pig和Chicken数据集上进行比较验证，结果表明，与SCDA(Sparse Convolutional Denoising Autoencoders)、AGIC(Autoencoder Genome Imputation and Compression)和U-net相比，FCSA在10%、20%和30%缺失率下的平均填补准确率均取得了最高值，且批量序列填补准确率的分散程度较小；消融实验的结果也表明，这两种融合模块的设计能够有效提升...     

贵州传统小曲酵母菌分子指纹图谱分析

采用26S rRNA基因D1/D2区域序列分析方法将59株分离自贵州5个不同地区传统小曲的酵母菌鉴定为6个酵母菌种：1株阿萨丝孢酵母（Trichosporon asahii）、32株扣囊覆膜孢酵母（Saccharomycopsis fibuligera）、8株Saccharomycopsismalanga、4株伯顿丝孢毕赤酵母（Hyphopichia burtonii）、6株异常威克汉姆酵母（Wickerhamomyces anomalus）和8株酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）。本研究展示了6个酵母菌种的WL培养基菌落特征和5.8S rRNA基因ITS区限制性片段长度多态性酶切图谱特征，为这6个菌种的快速鉴定提供依据。在菌种鉴定的基础上，本研究进一步采用串联重复-tRNA指纹图谱法分析酵母菌的种内差异，共展示了17个基因型，H. burtonii、W. anomalus与S. fibuligera分别鉴定出4、3种和8种基因型，其中S. fibuligera基因型10、11、12、15、16与17之间的遗传关系较近，而其余菌种内部基因型之间的遗传关系相对较...