"二元法"在混合基因型数据库比对应用中的效能估计

目的 以随机模拟法进行"二元法"混合基因型数据库比对应用效能分析.方法 利用随机模拟法产生1000万个无关个体样本,从中随机选取个体分别组合成10000个两人、三人和四人样本混合基因型.分别在13,15,17,19,20,21,22,23个常染色体STR检测系统上进行"二元法"混合基因型数据库比对应用效能比较分析.结果...     

意大利研究通过MC1R和NR6A1基因多态性分析可对野猪肉和家猪肉进行鉴别

<正>野猪肉不容易与家猪肉相区别,尤其是加工后的肉制品,因此,在市场上很有可能有用家猪肉来充当野猪肉售卖,欺骗消费者。意大利的研究者对市场上的5个品种的293头家猪肉,111头野猪肉及斯洛文尼亚和其他巴尔干地区的90头猪进行了抽样。基因分型结果表明:驯化的基因会导入到野猪种群,因此,仅通过单个基因MC1R(影响猪的毛色)来判定所得     

吉林市HIV-1型感染者耐药结果的分析

目的分析吉林市HIV感染者中HIV-1型对常用治疗药物的基因型耐药情况。方法采集吉林市接受抗病毒治疗的HIV-1感染者血样,提取RNA,采用巢式PCR法扩增HIV-1基因,利用ABI 3100测序仪进行核苷酸序列测定;用Sequencher 4.9对测定的序列拼接,用Bioedit软件进行多序列比对及序列清理后,与Stanford HIV Drug Resistance Database中的参考株序列进行比较,分析耐药基因突变及耐药结果。结果 49名HIV感染者中发现27人耐药,耐药率55.1%。检测出反转录酶(RT)区耐药突变位点8个,其中核苷类反转录酶抑制剂(nucleoside reverse transcripase inhibitors,NRTIs)类中,15例M184V和3例M41L突变,对应拉米夫定(Lamivudine,3TC)/恩曲他滨(Emdtricitabine,FTC)耐药15例和齐多夫定(Zidovudine,AZT)/司他夫定(Stavudine,D4T)耐药7例;非核苷类反转录酶抑制剂(non-nucleoside reverse transcripase inhibitors,NNRTIs)类中,13例K103N、8例V106I、6例Y181C及4例P225H突变,对应奈韦拉平(Nevirapine,NVP)耐药26例、依非韦伦(Efavirenz,EFV)耐药25例和利匹韦林(Rilpivirine RPV)耐药14例。蛋白酶(PR)区仅发现次要耐药突变(A71V/T/I和L10I/V),未造成相应药物的耐药。结论吉林市HIV感染者中耐药率较高,应加强耐药监测,拟定患者个性化治疗方案。     

基因型对诱导大豆子叶节不定芽的影响

以大豆11个基因型子叶节为外植体,研究基因型对无菌苗萌发、子叶节不定芽诱导与伸长的影响。结果表明,不同基因型在无菌苗萌发率、绿子叶率、愈伤组织诱导率、不定芽长等方面均存在显著差异。综合考虑无菌苗萌发和不定芽诱导的表现,合丰35、绥农14、吉林35、吉林20是适合于大豆子叶节诱导不定芽再生体系的基因型,建议作为受体用于农杆菌介导法转化大豆子叶节的研究。     

CYP2D6 PCR 基因型与DXT表型和基因芯片检测的比较1

目的: 为了评价 CYP2D6 的基因型和表型的联系以及基因芯片在 CYP2D6 多基因分析中的应用。方法: 242 健康志愿者, 口服 dextromethorphan 后收集尿液测定其代谢率, 收集 20 ml 血提取DNA, 并通过基 因 特 异性 PCR 和/(或) 基 因芯 片 分 析CYP2D6 *2———*11, *17 和多拷贝 CYP2D6 基因, 其中 5 个基因(*3、*4、*6、*7 和 *9) 用 PCR和CYD450 基因芯片同时分析。 结果: CYP2D6 基因型比表型更富有信息和更能反映 CYP2D6 酶的表达。 CYP2D6 *3、*4、*6、*7 和*9 的基因检测在CYP450基因芯片和基因特异性 PCR 中显示高度的一致性。结论: 基因芯片在检测基因多位点的多基因中是一个有发展前途和可靠的方法。     

Association between Aspergillus flavus Colonization and Aflatoxins Production in Immature Grains of Maize Genotypes

Aspergillus flavus maize colonization leads to crop contamination by toxic secondary metabolites and carcinogens called aflatoxins （AF）; it has negative effects in public health and has caused economic losses in agricultural activities. Eleven genotypes of immature maize grain frequently used in Mexico were inoculated in vitro with two indigenous toxigenic strains ofA. flavus. The size of inoculum, temperature, humidity and presence of other phytopathogens were assessed. Genotypes Popcorn, C-526, Garst 8366, As910 and 30G40 showed resistance to rating of fungal colonization （FC） and AF accumulation, while 3002W, 30R39, Creole, C-922, HV313 and P3028W genotypes were less resistant. AFB~ had the highest concentrations （26.1 mg/kg ± 14.7 mg/kg）, while AFB2, AFG1 and AFG2 showed only residual concentrations 1.6, 2.0 and 4.0 ~tg/kg, respectively. Concerning FC and AF, there were significant differences （P 〈 0.01） between strains and genotype. Both strains showed significant association （P 〈 0.01） between FC and the concentrations of AFB1 and AFB2 （R2： 99.5% and 93.2%; 87.2% and 73.2%, respectively）. Results suggest that the level of resistance to fungus infection and AF accumulation is related to maize genotype. It emphasizes the relevance of developing A. flavus resistant maize genotypes as an alternative to control contamination in foodstuff intended for human and animal consumption.     

禽肉空肠弯曲杆菌的多位点序列分型技术研究

目的:了解禽肉空肠弯曲杆菌的耐药表型和基因型.方法:采用琼脂平板稀释法测定从零售禽肉分离的120株空肠弯曲杆菌对环丙沙星(CIP)、强力霉素(DOX)、红霉素(ERY)和硫酸庆大霉素(GEN)的敏感性.采用多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)技术,选择空肠弯曲杆菌的7个管家基因aspA、glnA、gltA、glyA、tkt、pgm和uncA作为目标基因,对这些基因分别进行PCR扩增及产物测序,并将120株菌的测序结果提交到http://pubmlst.org/campylobacter/进行分析.结果:有15株菌(占12.5%)对环丙沙星药物不敏感,19株菌(占15.8%)对强力霉素药物不敏感,4株菌(占3.3%)对环丙沙星和强力霉素都不敏感的菌株,所有菌株对红霉素和硫酸庆大霉素敏感.通过MLST得到68个(含10个新的)等位基因(alleles);43个(舍14个新的)序列型(Sequence type,ST),其主要流行序列型依次是ST-353(占15.8%)和ST-50(占7.5%);10个序列型克隆系(ST clonal complexes)和9个没有序列型克隆系,其主要流行序列型克隆系依次是ST-353克隆系(占45%)、ST-48克隆系(占13.3%)、ST-21克隆系(占10.8%)、ST-45克隆系(占5.8%)和ST-460克隆系(占5%);对环丙沙星药物和强力霉素不敏感的序列型和序列型克隆系分别是ST-353和ST-353克隆系.结论:出现对环丙沙星和强力霉素的耐药菌株.禽肉中空肠弯曲杆菌主要流行的序列型克隆系依次是ST-353克隆系、ST-48克隆系、ST-21克隆系、ST-45克隆系和ST-46 0克隆系,耐环丙沙星和强力霉素的序列型和序列型克隆系主要是ST-353及ST-353克隆系.说明应加强禽肉空肠弯曲杆菌的耐药监测.     

成都北部地区女性人乳头瘤病毒感染特征分析

目的 探讨成都北部地区人乳头瘤病毒(HPV)感染状况以及亚型分布特征。方法 收集2016年1月至2017年12月在成都医学院第一附属医院妇科门诊就诊和常规体检自愿进行HPV分型检测的女性3379例为研究对象,利用PCR膜杂交法对宫颈分泌物样本进行HPV基因型分型检测。结果 检出HP V亚型1155项阳性,高危型903项、低危型252项、高低混合感染型107项;感染率较高的HR-HPV基因亚型分别是HPV-52、58、16、53;LR-HPV感染较高的亚型分别为HPV-6、11、cp8304(81)、44;HPV阳性感染者共779例,以单一亚型感染为主,占全部感染者的69.19%(539/779);大于60岁患者感染概率最高,达28.79%,其次是小于30岁的患者。年龄超过40岁,随着年龄的增长,感染的风险逐渐增加,各年龄组均以单一感染为主。结论 女性HPV感染类型以高危型和单一型感染为主,常见的高危型HPV基因亚型为HPV-52、58、16、53,不同年龄段的感染率及单一感染和多重感染特征存在差异,结合目前已经上市的九价HPV疫苗仍缺乏对HPV-53、39两种高危亚型的覆盖。     

KIR基因多态性与丙型肝炎

本文采用序列特异性引物聚合酶链反应(PC/SSP)法,分析54例CHC(慢性丙型肝炎患者)和324例正常对照KIR(杀伤细胞免疫球蛋白样受体)基因位点的多态性,在国内外首次报道了其与CHC的易感性的关系。     

不同基因型番茄苗期叶片光合特性对弱光的响应研究

番茄在弱光下的叶片光合特性在耐性和不耐性品种间有很大差别。弱光下，总叶面积增加，叶片厚度减小，叶绿素含量变化复杂。叶绿素荧光指标品种间差异明显。不耐性品种的叶绿体膜ATP酶活性下降幅度大。