New Generations: Sequencing Machines and Their Computational Challenges

New generation sequencing systems are changing how molecular biology is practiced. The widely promoted ＄1000 genome will be a reality with attendant changes for healthcare, including personalized medicine. More broadly the genomes of many new organisms with large samplings from populations will be commonplace. What is less appreciated is the explosive demands on computation, both for CPU cycles and storage as well as the need for new computational methods. In this article we will survey some of these develo...     

快速的致病基因分析方法

目前通过IBD定位研究致病基因首先需要检测IBD片段,然后利用得到的IBD关系进行关联检测来定位致病基因,但是寻找IBD片段需要较长时间。提出了一种新的算法FADG,通过分析IBS和IBD的关系找出候选IBD片段,然后定义评价函数分别对病例组和对照组进行分析,差异最大的SNP位点就是致病位点。通过对GAW15提供的类风湿关节炎模拟数据的五个主要的致病位点和GS生成的模拟数据进行分析,实验结果与数据给定的致病位点一致;与已有的方法进行对比表明该算法在能找到正确位点的基础上效率较高;最后选择了RA数据中两条染色体分别进行permutation测试,验证算法得到致病位点的可信度,进一步排除所得结果假阳性的可能性。     

基于GBrowse的多源长非编码RNA数据可视化系统

针对长非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）数据类型多样带来的有用信息提取困难的问题,提出基于基因组浏览器GBrowse（Generic Genome Browser）的多源lncRNA数据可视化系统.该系统主要包括网页服务器和lncRNA数据存储.其中,网页服务器主要由HTTP服务和GBrowse网页组件构成,支持纯文本、MySQL、SQLite等多种数据存储方式.系统实现流程包括GBrowse安装与配置、多源lncRNA数据的收集、数据预处理、数据存储、数据访问及可视化配置.原型系统收集了六种人类lncRNA数据,包括人类基因注释、基因组序列、组蛋白修饰H3K4me3信号及其位点、转录因子CTCF绑定位点信号及其位点的数据,并对数据进行了预处理.通过MySQL、SQLite等建立了lncRNA数据库,对数据的访问方式和可视化参数进行配置.实验结果表明,多源lncRNA数据在GBrowse框架下能够得到整合与可视化,并在基因组空间同时呈现,这使得研究者能够以更加直观的方式观测数据,进而建立新的科学假说.     

巨龙竹基因组DNA的提取及RAPD反应条件的优化

用改良CTAB法从巨龙竹硅胶干燥的叶片中提取基因组DNA，成功地进行RAPD扩增，通过正交法以RAPD反应条件优化。6个试验因子的最适条件为：模板DNA1－1.5ng/μl，引物0.8-1.0μmol/L,dNTPs0.1-0.5mmol/L,Mg^2 2.0-2.5mmol/L,Taq酶0.5-1.0U，退火温度35－36℃。     

安捷伦推出分析基因调控的芯片平台

安捷伦科技公司于9月12号推出了它的用于分析基因组调控区域活动的CHIP—on—chip芯片平台。真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在，因此，研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay，CHIP）是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。     

肠道内毒素是很多疾病的根源

2012年9月25日-27日，“第二届全国益生菌与食品微生物学学术会议”在上海海洋大学举办，国家人类基因组南方研究中心郑华军博士、上海交通大学赵立平教授等国内外微生物著名专家学者及养乐多、联合利华、达能、丹尼斯克等国际知名企业的专家在会上作了精彩的专题报告。     

中国材料基因组计划如何跨出第一步？

材料基因组计划（MGI）是用高通量并行迭代替代传统试错法的多次顺序迭代，逐步由“经验指导实验”向“理论预测、实验验证”的材料研究新模式转变，最终实现材料“按需设计”。MGI包括高通量材料计算、高通量材料实验和材料数据库3个要素，是材料创新的基础设施，是MGI的核心。     

肉品安全与检测

<正>世界首个驴基因组测序项目启动驴基因测序项目的启动意味着我国将在全球首个掌握驴基因资源。此次世界首个驴基因组项目启动会由东阿阿胶联合山东省农科院、华大基因三方共同启动。此次研究将绘制基因组精细图谱,力争确定影响肉、皮、奶、生长速度、繁殖力、耐粗饲和抗病性等经济性状的部分功能基因;在未来率先建成具有自     

基因组改组选育产酯化酶地衣芽孢杆菌

从高温大曲中筛选到一株产酯化酶的地衣芽胞杆菌G2。采用低温等离子体对G2进行诱变,以筛选酶活提高最多的3株菌株作为亲本。将亲本原生质体灭活后对其进行基因组改组。将融合后的菌体进行筛选纯化之后,对融合子进行发酵测定其酶活并挑选酶活较高菌株进行传代测定其酶活稳定性。结果表明6#融合子酶活最高且稳定为10.7U/ml,相对于初始菌株的5.3U/ml提高了102%。对其发酵液进行气相色谱分析表明,6#融合子代谢产一定量的酸类、酯类及醇类等物质,其中乙偶姻含量达2565mg/L。     

DNA甲基化与基因表达调控研究进展

表观遗传修饰是指不改变DNA序列的、可遗传的对碱基和组蛋白的化学修饰,主要包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑以及非编码RNA等。表观遗传修饰是更高层次的基因表达调控手段。DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰,参与基因表达调控、基因印记、转座子沉默、X染色体失活以及癌症发生等重要生物学过程。近年来随着研究方法和技术的进步,全基因组DNA甲基化的研究广泛兴起,多个物种全基因组甲基化图谱被破译,全局水平对DNA甲基化的研究不仅利于在宏观层面上了解DNA甲基化的特性与规律,同时也为深入分析DNA甲基化的生物学功能与调控奠定了基础。结合最新研究进展综述DNA甲基化在基因组中的分布模式、规律以及和基因转录的关系等。