生物信息学中的MicroRNA预测研究

为microRNA预测的研究提供参考,讨论了生物信息学中有关MicroRNA预测研究的若干问题。根据最新的研究成果,由MicroRNA预测的特征信息和数据源,从结构序列分析方法、比较基因组方法和机器学习方法等方面对MicroRNA预测的生物信息学方法做了回顾和展望,指出了该领域研究的趋势。通过对3类方法的比较结果表明,采用机器学习方法的效果更优越,能较精确地预测出MicroRNA。     

一种微波快速提取可用于qPCR的酵母基因组DNA的方法

研究微波快速提取可用于qPCR分析的酵母基因组DNA的方法.在微波作用下分别采取干法和湿法制备酵母基因组DNA样品提取物与试剂盒法制备的提取物进行比较,通过紫外分光法、琼脂糖凝胶电泳、常规PCR及qPCR等方法检测提取物浓度与纯度.结果表明微波法提取物可用于常规PCR分析,其中微波干法提取物用于qPCR分析可获得准确的检测结果.     

基于Contig的单面基因组框架填充2-近似算法

随着基因测序技术的持续发展,基因组框架填充问题受到广泛关注。该文针对基于contig的单面含重复基因的基因组框架填充问题开展研究。通过设计有效的近似算法,完成根据参照基因组,将缺失基因填充至基因测序获得的不完整框架中,提高基因组框架的完整性。前期研究的基因组框架填充问题,缺失基因可以插入到不完整序列的任意两个基因之间,而基于片段重叠群(contig)的基因组框架填充,缺失基因的插入位置被限制在两个contig之间,更具一般性,该问题已被证明是NP完全问题。现有的近似算法中,2-近似算法处理的实例具有特殊性,2.57-近似算法针对一般实例,但近似性能比不够理想。该文以缺失基因、基因位点和断点三者之间的对应关系为基础,采用贪婪策略和最大匹配相结合的方式避免在填充过程中出现冗余公共邻接,并通过生成新的contig增加外邻接的数量,将针对一般实例的算法近似性能比提高到2,完成了基于Python的可视化程序开发,进一步验证了算法的有效性。     

临沂市食源性单增李斯特菌分子特征分析

目的：基于全基因组测序分析临沂市食源性单增李斯特菌的毒力基因、耐药基因携带情况及分子分型特征。方法：利用测序数据对27株食源性单增李斯特菌株进行多位点序列分型、毒力基因和耐药基因分析,并构建基于cg-SNP的系统发育树。结果：27株分离菌株共分为10个ST型,其中ST121为优势型别。27株单增李斯特菌有26株菌携带磷霉素（FosX）耐药基因,占96.3%,2株菌携带四环素类（tetM）和甲氧苄氨嘧啶类（dfrG）2种耐药基因,仅有1株菌不耐药。27株菌出现两种毒力缺失,第一种是毒力岛LIPI-1缺失,缺失率为7.4%。第二种是毒力岛LIPI-2中inlF单一缺失,缺失率为40.7%。系统发育树分析显示,27株菌株距离较近,聚集于3个分支中。绝大部分菌株分离自肉制品,占74.1%(20/27)。结论：食源性单增李斯特菌存在多种耐药基因,毒力基因分布以毒力岛（LIPI-1、LIPI-2）为主,具有潜在的致病性。建议临沂市单增李斯特菌专项监测工作在牲畜肉制品的基础上,应加大对冷冻饮品及其乳制品原料、生禽肉类、水果蔬菜类样本的监管,进一步降低单增李斯特菌所致食源性疾病流行风险。     

生鲜畜禽肉中沙门氏菌全基因组分析与分子溯源

依据GB 4789.4—2016对从长沙市生鲜市场随机采集的生鲜猪肉、鸡肉进行检验。结果显示:有20份生鲜猪肉样品检出沙门氏菌,检出率为83.3%;有20份生鲜鸡肉样品检出沙门氏菌,检出率为74.1%;总检出率为78.4%。通过对其中40株沙门氏菌进行全基因组测序与分子溯源研究,结果表明:20株猪源性沙门氏菌与20株鸡源性沙门氏菌按分子溯源分析可分为5个明显不同的聚类,清晰反映了沙门氏菌的污染源分布及交叉污染情况,实现了精准溯源;其中发现了15个致病基因,从基因层面阐明了沙门氏菌可能存在的致病基因与致病机制,提示了沙门氏菌潜在的致病风险;试验发现了15个耐药基因,从基因层面阐明了沙门氏菌可能存在的耐药基因与耐药机制。     

食品中2株非常见耶尔森菌分离鉴定及耐药性分析

目的 对食品中两株Yersinia aleksiciae(Ya)进行分离鉴定及耐药性分析研究,为非常见耶尔森菌属菌株的分离鉴定提供技术储备。方法 2018年8月至2019年3月采集猪肉、牛肉、鸡肉食品样品,共300份。对分离到的疑似Ya菌株完成生化鉴定、耐药表型鉴定和全基因组测序分析。结果 食品样品中Ya的检出率为0.7%(2/300),生化鉴定中Ya与小肠结肠炎耶尔森菌(Yersinia enterocolitica,Ye)最大区别是Ye为赖氨酸脱羧酶阴性,Ya为赖氨酸脱羧酶阳性。Ya暂未发现与Ye类似的对氨苄西林、I代头孢菌素、替卡西林等抗生素的天然耐药性,两株Ya菌株的耐药性不同。全基因组测序比对16S rRNA和gyrB、rpoD基因三个片段序列,证实两株分离菌株为Ya。结论 分离到的两株Ya为国内首次发现,目前国外鲜有从食品中分离出该菌的报道。本研究提供的方法可用于其他非常见耶尔森菌的分离鉴定。     

庆大霉素适应性菌株遗传稳定性研究

适应性进化是工业微生物遗传育种的重要技术手段之一。以庆大霉素连续进化1 200代的干酪乳杆菌Zhang为研究对象,将其在去掉选择压力的培养基中连续传1 000代,对其细胞形态、活菌数、浊度、耐药表型、基因型的变化进行跟踪监测。研究结果显示:适应性菌株在去掉选择压力环境中进化1 000代后,其细胞形态、活菌数、浊度及耐药表型趋于稳定;基因组仅检测到11个突变位点,包括4个同义突变位点和7个非同义突变位点。干酪乳杆菌Zhang庆大霉素适应性菌株具有良好的遗传稳定性。     

高质量核桃基因组图谱绘制成功

核桃是世界重要的木本油料和珍贵用材树种,核桃坚果位居世界"四大坚果"之首。我国是核桃资源大国,核桃种植面积和产量均居世界首位。近日,中国林业科学研究院林业研究所联合上海师范大学、中国科学院计算技术研究所和西藏农牧科学院开展了核桃基因组深入研究,相关成果在线发表于《植物生物技术杂志》(Plant Biotechnology Journal)。     

基于宏基因组分析酸马奶的微生物多样性及功能基因

酸马奶风味独特、保健功能突出,这与其复杂的微生物构成密切相关.采用宏基因组技术分析酸马奶的微生物多样性,挖掘其功能基因.结果表明:从酸马奶中鉴定出的微生物分属于30个门,331个科,913个属,2692个种.优势菌种为马乳酒样乳杆菌、瑞士乳杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、解鸟氨酸拉乌尔菌、柠檬酸杆菌和乳酸乳球菌.在COG、KEG...     

上海市市售低温酸奶中细菌多样性的初步研究

该文采用16S rDNA扩增子测序法,对上海市市售低温酸奶中细菌的多样性进行了初步研究.一共选取16个酸奶样品进行分析,其中8个样品来自同一品牌,其余来自其他8种不同品牌.结果表明,在16个酸奶样品中共得到16种主要的细菌操作分类单位(operational taxonomic units,OTU)序列,其中优势的OT...