第六届无机材料专题——材料基因组工程研究进展研讨会第一轮通知

正为促进学科发展,充分发挥中国硅酸盐学会学术交流优势,以《硅酸盐学报》和Journal of the Chinese Ceramic Society(即《硅酸盐学报(英文版)》,以下简称"JCCS")作为开展学术交流平台,中国硅酸盐学会联合中国工程院、中国科学院材料基因计划咨询项目组和上海大学,定于2014年4月18日~20日在上海大学举办第六届无机材料专题——材料基因组工程研究进展研讨会。研讨会主题为:材料基因组计划在材料     

基于机器学习的基因组微卫星状态探测方法综述

[目的]探讨机器学习在基因组微卫星状态检测方法中的应用及未来研究方向.[文献范围]本文收集了微卫星状态检测方法相关文献.[方法]首先简要介绍微卫星状态检测的意义和常用的检测手段,其次对目前主流的基于机器学习的检测方法进行详细介绍,最后展望未来机器学习在微卫星状态检测领域中的研究方向.[结果]基于机器学习的检测方法从大量...     

基于图划分的全基因组并行拼接算法

提出了一种基于图划分的全基因组并行拼接算法．该算法巧妙地将数据划分问题转化成图划分的问题,解决了传统数据划分算法中存在的节点负载不平衡的问题．同时,算法在建立关系图时有效地利用了WGS测序中所提供reads之间的长度信息和配对信息,使reads关系图能更准确地反映出数据之间的关系特性,从而提高了数据划分的准确性．实验结果表明,该算法可以准确地划分各种模拟数据、真实数据的数据集,相对于传统数据划分算法划分质量有了明显改善．     

基于先验算法的AD基因与影像的关联研究

阿尔兹海默病(Alzheimer's disease,AD)已成为导致死亡的主要原因之一.AD的早期诊断和干预成为大多数研究关注的焦点.本文针对多个SNP的相互关联,将影像表型和基因变异之间进行关联研究.首先处理ADNI-GO/2期的基因分型数据,提取位于24个AD候选基因中±20Kbp的SNPs;其次处理1515名参...     

2019—2022年聊城市食品和病例分离单增李斯特菌基于全基因组测序的分子特征及耐药性分析

目的 基于全基因组测序（WGS）比较分析2019—2022年聊城市单核细胞增生李斯特菌（Lm）食品和病例分离株基因组特征、毒力性、耐药性以及遗传多样性。方法 对聊城市33株市售食品和临床病例中Lm分离株开展抗生素敏感性试验和WGS。利用MGAP对WGS数据进行拼接组装,对组装基因组进行基因预测和功能注释、MLST,制作cg MLST最小生成树图,并与美国国家生物信息中心（NCBI）上获取的18株国内外Lm构建wg-SNP进化树。结果 33株Lm分离株的基因组大小为2.89～3.41 Mb,CG含量为37.81%～37.97%,可分为6个ST型（ST9、ST121、ST8、ST87、ST155、ST101）,分别属于6个克隆复合群（CC9、CC121、CC8、CC87、CC155、CC101）;分离株均携带fosX和mprF耐药基因,此外还携带lplA1、prsA2等其他18个毒力基因,有不同程度的毒力基因缺失情况。2株菌对四环素耐药,1株菌对林可霉素耐药。均携带毒力岛LIPI-1和LIPI-2,未检测到毒力岛LIPI-3和LIPI-4。wg-SNPs、cgMLST和基于单拷贝核心蛋白序列的系统发育树遗传进化分析显示,33株Lm分子分型呈现高度多样性,病例来源菌株与食品分离株亲缘关系密切,食品分离株与国外暴发分离株在进化关系上密切相关。结论 山东省聊城市食品和病例中分离的单增李斯特菌均携带毒力基因,具有一定的潜在致病能力,耐药情况尚不严重。分子型别呈现出多样性,食品来源菌株和病例分离株具有较近的亲缘关系,提示市售食品有食源性感染的潜在风险。     

酿造大麦品种及纯度的鉴定

在酿造工业中,大麦的品种对于啤酒质量有着极其重要的影响,目前我国每年需进口大量的大麦,而对其品种和纯度却没有行之有效的方法来进行鉴别。国外已对此进行了大量的研究,建立了多种准确的鉴别方法。其中以基因组分析法和蛋白质电泳法最为可行,它们都具有感官鉴别所没有的准确性和可信性,是将来大麦品种鉴定的首选方法。     

随机诱变和基因组重排选育阿维拉霉素高产菌

以绿色产色链霉菌(Streptomyces viridoehrongenes 2-21)为原始出发菌株,依次进行常压等离子(atmospheric and room temperature, ARTP)和2轮~(137)Csγ诱变,从中筛选出高产阿维拉霉素的突变株,作为基因组重排的亲本菌株,以利福平为筛选剂,经过4轮原生质体递归融合,最终得到1株遗传稳定的高产阿维拉霉素重组菌株H_4-15。摇瓶发酵结果表明,阿维拉霉素产量可达到(2 155.48±7.81) mg/L,中试发酵结果表明,阿维拉霉素产量达到(2 356.44±6.34)mg/L,是原始出发菌株的3.47倍。高产菌株H_4-15发酵产物的LC-MS结果显示,其主要组分是阿维拉霉素A和阿维拉霉素B。综合表明,以利福平为筛选剂,结合传统随机诱变和基因组重排技术选育阿维拉霉素高产菌株,能大幅提升其生产能力,具有工业化生产的潜在价值。     

基于高通量测序的烟草粉螟基因组初步研究

为研究烟草粉螟基因组信息,基于低深度高通量测序,利用Illumina测序平台对烟草粉螟基因组进行了分析,采用K-mer法预测烟草粉螟基因组大小、杂合度和重复序列等基因组特征,并使用SOAP de novo软件对烟草粉螟基因组进行了初步组装.研究表明:①烟草粉螟预估基因组大小为546.4 Mb,杂合度为1.93％,重复序...     

T-2毒素对凡纳滨对虾DNA黏度损伤效应

为探究T-2毒素对凡纳滨对虾DNA黏度的损伤效应,通过小牛胸腺DNA与T-2毒素作用,采用响应面分 析T-2毒素与DNA的最佳作用条件,通过体外T-2毒素与对虾DNA作用验证,以及喂食对虾T-2毒素进行蓄积染毒 后,观察其对DNA黏度的影响。结果：响应面分析优化出对DNA黏度影响最明显的反应条件为T-2毒素质量浓度 2.70 ng/mL、DNA质量浓度50 μg/mL、反应时间43 min;T-2毒素与对虾DNA体外作用,随着T-2毒素质量浓度的增 加,DNA黏度随之增大,在T-2毒素质量浓度为2.70 ng/mL时达到最大值,此后降低;喂食对虾T-2毒素进行蓄积染 毒对对虾DNA黏度的影响无明确规律,与体外对虾DNA实验结果并不相似。本研究阐明T-2毒素对对虾DNA黏度的 影响,对探讨T-2毒素的毒理作用具有一定的意义。     

基因组重组选育强降解苹果酸毛葡萄酒酵母及其发酵特性

在构建产酒酵母菌和降解苹果酸酵母菌单倍体细胞亲本库的基础上,首先优化了亲本酿酒酵母和解苹果酸裂殖酵母原生质体制备、再生和灭活条件,通过2轮基因组重组,经苹果酸降解指示培养基初筛和毛葡萄汁发酵复筛,选育获得了1株遗传稳定的融合菌株F8,其毛葡萄汁发酵液中平均总酸量仅为4.89 g/L,平均乙醇体积分数达10.39%,发酵性状接近于亲本酿酒酵母和解苹果酸裂殖酵母。实验成功证明了基因组重组技术在葡萄酒酵母选育中的有效性和高效性,同时也为毛葡萄酒酿造中一步实现产酒和降酸的新工艺奠定了基础。