基于弹性网络模型的蛋白质结构-功能关系

蛋白质结构-功能关系研究是结构生物学领域的热点问题之一,具有重要的理论和实际应用价值.弹性网络模型(elastic network model,ENM)是获取蛋白质结构本身固有动力学性质,进而揭示其生物学功能的有效方法,在蛋白质结构-功能关系研究中得到了广泛应用.简要介绍了ENM的基本原理及其在蛋白质结构-功能关系中的应用,主要包括蛋白质功能性运动分析和关键位点识别等.     

基于加权网络和局部适应度的蛋白质复合物识别算法

蛋白质复合物识别对分析蛋白质网络的结构特征和模块功能具有重要意义。通常在蛋白质网络中挖掘稠密子图或模块来识别其中的蛋白质复合物,限制了其应用范围和识别的准确性。针对该问题,提出了一种基于加权网络和局部适应度的蛋白质复合物识别算法,该算法综合稠密子图的密度指标和模块性定义了新的局部适应度函数,并基于边聚集系数构建加权的蛋白质网络,根据权值选择边,在加权蛋白质网络中将种子边不断聚类扩展,从而获取具有最大综合适应度的子图作为蛋白质复合物。在酵母蛋白质等多个实际网络中试验表明,该算法能够有效提升蛋白质复合物识别的准确性。     

蛋白质折叠的计算机模拟研究进展

蛋白质折叠是结构生物学领域有待解决的重要科学问题,计算机模拟方法是研究蛋白质折叠的主要手段之一.对蛋白质折叠的计算机模拟研究进展进行了简要介绍,主要内容包括:全原子分子动力学模拟、Gō模型以及弹性网络模型的主要思路及其在蛋白质折叠研究中的应用.     

蛋白质修饰剂制备硫化物水溶性量子点及其性能研究

采用不同的修饰剂(溶菌酶(Lyz)、牛血清白蛋白(BSA)和巯基丙酸(MPA))合成4种不同的Ag2S和ZnS量子点(QDs),分别为Ag2S量子点(Lyz-Ag2S QDs)、BSA包裹的ZnS量子点(BSA-ZnS QDs)、MPA包裹的ZnS量子点(MPA-ZnS QDs)以及BSA包裹的Ag2S量子点(BSA-Ag2S QDs).采用紫外、荧光和透射电镜方法进行分析比较不同量子点,运用红外光谱和热重分析方法探究了量子点合成机理.其粒径均在5~10nm之间,其中以BSAAg2S QDs的形貌最优,粒径分布均一且晶形完美.对于Lyz-Ag2S QDs,Ag2S与Lyz中的三个基团发生了作用,分别为-OH、amide I和amide II.BSA-ZnS QDs结果表明-OH、amide I、amide II和amide A’在合成量子点过程中都起到重要作用.MPA-ZnS QDs结果表明MPA中的-COOH和-SH基团与ZnS量子点发生了配合作用.而BSA-Ag2S QDs中的-OH,-NH和-SH三种基团在合成中起到重要作用.热分析结果表明量子点晶核与蛋白质之间的作用增加了蛋白质的热稳定性,原因是因为蛋白质的一些官能团和量子点之间发生了结合.     

甜荞麦麸皮蛋白质提取工艺研究

以甜荞麦麸皮为原料,分别以碱法和盐法提取蛋白质.通过单因素实验和正交试验,探讨了不同因素对蛋白质提取率的影响,确定了最佳提取参数.结果表明,碱法和盐法提取蛋白质的等电点分别为3.8和4.2.碱法提取蛋白质的最优条件为:pH 10.5,料液比1∶25,温度45℃,时间4h,在此条件下提取率高达70.5%.盐法提取蛋白质的最优条件为:pH 7.8,NaCl浓度0.3mol/L,料液比1∶20,温度45℃,时间1.5h,此条件下的提取率高达57.3%.     

融合多数据源的蛋白质功能模块的挖掘算法

针对蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络的信息不完善和高噪声问题,提出一种融合多生物数据的二分图聚类集成方法以检测网络中的功能模块.该方法结合了基因本体论(gene ontology,GO)、基因表达谱数据以及多种基础聚类算法,用一种新的二分图来组织多种基础聚类算法的中间结果,并结合对称非负矩阵分解(non-negative matrix factorization,NMF)算法挖掘其中功能意义上最一致蛋白质功能模块,同时,该算法能处理蛋白质功能重叠问题.实验结果表明:所提算法整体优于基准比较方法,是一种融合多种生物信息源和不同的聚类方法的有效途径.     

Cadmium in agricultural soils,vegetables and rice and potential health risk in vicinity of Dabaoshan Mine in Shaoguan,China

Soil cadmium （Cd） contamination resulted from mining and smelting is a major environmental concern,and health risk associated with Cd exposure to multi-media through muti-pathway is increasing.Cd concentrations in soils,vegetables and paddy rice were investigated,and potential non-carcinogenic and carcinogenic health risks exposure to Cd were estimated at six villages around the Dabaoshan Mine,South China.A total of 87 soil samples were found to exceed the China＇s maximum permission level （MPL） for Cd,while the highest value of 4.42 mg/kg was found near irrigation ditch associated with Hengshi River in Xinyi （XY） Village.Cd contents in vegetables and rice exceeded the maximum permissible concentration by more than five times in every village.Cadmium accumulation in plants is in the order of celery 〉 lactuca sativa L 〉 Chinese cabbage 〉 Romaine lettuce 〉 asparagus lettuce 〉 mustard 〉 cabbage mustard 〉 cabbage.The mean hazard quotient （HQ） of all villages is in the range of [5.29,25.75],and the mean values of cancer risk for investigated areas are more than 10 times greater than the USEPA （2009） threshold limit value of 10-4.Moreover,human non-carcinogenic and carcinogenic risks are mainly attributable to paddy rice intake,followed by vegetables intake,soil ingestion,inhalation,and dermal contact.The results indicate that Cd has a huge potential risk on human health for the local residents.     

金龙鱼大米竞赛

扬州大学旅游烹饪学院学生参加金龙鱼国际烹饪研究院举办的金龙鱼米制品创意比赛,研制出40道色、香、味俱全的作品。     

芯砂用动物蛋白质粘结剂的研究

研讨了用动物蛋白质凝胶作主粘结剂的芯砂性能、最佳配比和烘干工艺。这种芯砂的比强度高，溃散性好，烘干温度较低，时间较短，能满足铸铁件型芯的要求。该粘结剂成本低廉、无毒、无害，为铸造用无公害粘结剂系统的开发开辟了一个新的领域     

动态加权蛋白质相互作用网络构建及其应用研究

一个蛋白质可能在不同条件或不同时刻与不同的蛋白质发生相互作用,这称为蛋白质的动态特性.蛋白质在分子处理的不同阶段参与到不同的模块,与其他的蛋白质共同完成某项功能.因此, 动态蛋白质相互作用的研究有助于提高蛋白质功能预测的准确率.结合蛋白质相互作用网络和时间序列基因表达数据,构建动态蛋白质相互作用网络.为降低PPI网络中假阴性对功能预测产生的负面影响,结合结构域信息和复合物信息,预测和产生新的相互作用,并对相互作用加权.基于构建的动态加权网络,提出一种功能预测方法D-PIN (Dynamic protein interaction networks). 基于三个不同的酵母相互作用网络实验结果表明, D-PIN 方法的综合性能比现有方法提高了14%以上.结果验证了构建的动态加权蛋白质相互网络的有效性.