基于MPI和CUDA的蛋白质定量软件的设计和分析

介绍了蛋白质定量软件的设计及测试结果,分析结果表明:P-QuantWiz软件在曙光600。的Intel集群部分,测试规模达到2048核,在256核加速比仍在增加。相对P-QuantWiz软件在单CPU运行的结果,PG-QuantWiz软件在单CPU运行的加速比为8.1,在16个GPU上运行的加速比为14.18,并行效率为89%。     

新型核序列自相关函数用于非同源蛋白质结构类预测

从天然氨基酸的50个性质参数中经主成分分析得出1种新的氨基酸描述子:氨基酸特征性质得分.并在此基础上通过定义基于向量形式的自相关函数以及引入Mercer核技术将该函数运算空间进行非线性变换,最终提出了1种新的蛋白质序列表征方法:核序列自相关函数.采用该函数对632个已知晶体结构的非同源蛋白分类研究结果表明:KSACF能...     

基于混合SVM方法的蛋白质二级结构预测算法

预测蛋白质二级结构,是当今生物信息学中一个难以解决的问题。由于预测蛋白质二级结构的精度在蛋白 质结构研究中起到非常重要的作用,因此在基于KDTICM理论基础上,提出一种基于混合SVM方法的蛋白质二级 结构预测算法。该算法有效地利用蛋白质的物化属性和PSI-SEARCH生成的位置特异性打分矩阵作为双层SVM的 输入,从而大大地提高了蛋白质二级结构预测的精度。实验比较分析表明,新算法的预测精度和普适性明显优于目前 其他典型的预测方法。     

不同理想蛋白质水平对生长猪氮代谢的影响

本试验采用单因子试验设计 ,选择体重 54.0 4± 3.0 7kg的健康大白×长白杂交猪 2 0头 ,随机分为 5组 ,每组 4个重复 ,进行氮平衡试验。在等能等氨基酸 (AA)模式 (DLys∶D -SAA∶DThr∶DTrp为 1 0 0∶6 0∶6 1∶1 8)的基础上 ,研究了 5种不同理想蛋白质 (IP)水平的饲粮对生长猪氮代谢的影响。 5种饲粮的CP和DLys分别为 8.6 1、1 1 .33、1 4 .0 6、1 6 .6 7、1 9.2 9%和 0 .33、0 .4 6、0 .58、0 .71、0 .83%。试验结果表明 ,氮沉积 (NR)随IP水平的提高而增加 ,当CP为 1 6 .6 7%和DLys为 0 .71 %时 ,NR最大 ,之后再增加IP水平 ,NR又明显下降。氮排泄率随IP水平的提高而减少 ,当CP为 1 6 .6 7%和DLys为0 .71 %时 ,氮排泄率最少 ( 4 7.4 2 % ) ,之后再增加IP水平 ,氮排泄率又增多。血清尿素氮 (PUR)随IP水平的提高而增加。用回归分析发现。当DLys为 0 .77%时 ,CP为 1 8.1 % ,日粮具有最高消化率和最大NR及最低氮排泄     

添加不同抑菌促生长剂对早期断奶仔猪结肠内蛋白质腐败、腹泻和生产性能的影响

选用 2 0头 2 6日龄断奶的长白×荣昌杂交仔猪 (平均体重 4.8kg) ,随机分成 4组。 4组仔猪的试验处理分别为 :( 1)对照饲粮 (未添加抑菌促生长剂 ) ;( 2 )对照饲粮 2 5 0 mg Cu( Cu SO4· 5 H2 O形式 ) /kg;( 3)对照饲粮 2 5 0 0 mg Zn( Zn O形式 ) /kg;( 4)对照饲粮 30 mg喹乙醇 /kg。试验结果显示 :( 1)饲粮中添加抑菌促生长剂使仔猪结肠内容物中含氮腐败产物产量显著 ( P<0 .0 5 )降低。 ( 2 )添加抑菌促生长剂显著 ( P<0 .0 5 )降低仔猪腹泻程度。( 3)添加高铜可显著 ( P<0 .0 1)促进断奶仔猪的生长。添加高锌和喹乙醇也有促进断奶仔猪生长的效果 ,但差异不显著 ( P>0 .0 5 )。试验结果表明 ,饲粮中添加高铜、高锌和喹乙醇可有效地减弱结肠内蛋白质的腐败作用 ,从而降低仔猪腹泻程度和提高仔猪生产性能。     

日粮能量蛋白质水平对种公猪繁殖性能的影响

本文以杜洛克公猪为试材,研究日粮能量蛋白质水平对种公猪繁殖性能的影响,试验采用单因子随机试验设计,１８头平均为１１月龄的种公猪,按照体重、月龄和窝别平均分为三组,每组６头;日粮设两种蛋白质水平（１２％,１６％）,两种能量水平（３．０Ｍｃａｌ／ｋｇ,３．４Ｍｃａｌ／ｋｇ）,组合成三种日粮处理：１）高能高蛋白组（ＥＰ）,２）低能高蛋白组（ｅＰ）,３）低能低蛋白组（ｅＰ）,三组公猪随机对应三种日粮处理。试验结果表明,日粮处理对种公猪体重、日增重、背膘厚、睾丸体积有显著影响;本试验所设范围内,日粮能量蛋白质水平对公猪繁殖性能无影响。     

《有氧呼吸》教学设计、反思及评析

一、教材分析 《有氧呼吸》是人民教育出版社2002年大纲版《生物》教材中第三章《细胞呼吸》第一部分的内容。因本节内容中的有氧呼吸和线粒体相联系,呼吸作用释放能量与细胞分裂、蛋白质合成、DNA复制等知识相联系,呼吸作用与生活系统的物质循环、能量流动等知识相联系,所以,本节内容在整个高中生物学教材中具有重要的地位和作用。按照教学层次要求,均要求“理解”。     

海洋生物粘接的化学原理

1　引言礁岩潮间带遍布全球 ,而日本最为多见。潮间带生长着大量的座生生物。由于海水流速常常超过10ｍ·ｓ- 1,这些座生生物常常受到巨大的侧向和向上拉力 ,所以座生生物在潮间带生存的必要条件是要有强大并且耐环境侵蚀的粘接能力。仔细查看一下潮间带礁岩表面就会发现许多种永久或半永久吸附其上的生物。藤壶、牡蛎、贻贝、笠贝、管栖性多毛纲生物和海带只是其中少数的几个例子。这类生物的粘接方式之所以引起人们的兴趣 ,是因为它们的粘接策略是随机应变 ,在水下它们可以与所遇到的任何类型的硬质表面 ,例如矿物、石蜡、聚丙烯酸酯、聚…     

连续泡沫分离蛋白质

本文以空气-明胶水溶液体系为研究对象，较为详细地考察了通气量、进料流量、进料浓度、进料位置、泡沫高度、溶液pH值等因素对连续泡沫分离明胶过程中明胶富集度变化的影响．     

基于残基接触数的蛋白质折叠速率预测

文中从蛋白质的三级结构出发,对数据集中二态和多态蛋白质的接触数进行筛选分类,建立了一个利用蛋白质残基接触数来预测蛋白质折叠速率的线性回归模型.模型计算预测的折叠速率和实验验证的折叠速率的相关系数以Cα原子为特征时达到了0.832,以N原子为特征时达到了0.903.结果表明残基间的相互作用对蛋白质折叠速率有很大的影响;蛋白质残基中的N原子与其他原子的相互作用对折叠速率的影响要大于残基中Cα原子对折叠速率的影响.