苗家白酸汤中微生物群落多样性研究及其优势微生物的筛选

以贵州传统特色民族食品苗家白酸汤为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对白酸汤中微生物的群落组成及多样性分析;结合传统可培养技术对白酸汤中优势微生物进行筛选,以糯米粉为发酵底物,模拟白酸汤发酵试验筛选发酵性能较好的优势菌株,并对其进行分子生物学鉴定。结果表明:白酸汤中主要优势微生物为乳酸杆菌属(Lactobacillus)、醋酸杆菌属(Acetobacter)、克鲁维酵母属(Kluyveromyces);共筛选到发酵性能较好的优势菌株20株,其中干酪乳杆菌4株,副干酪乳杆菌2株,细菌菌株2株,酿酒酵母8株、克鲁维酵母2株、毕赤酵母2株。其中干酪乳杆菌MY4-1产酸量最高,达1.392±0.024 g/100 g;酿酒酵母YJ24菌株降糖率达72.84%;干酪乳杆菌TLM3-2、马克斯克鲁维酵母YJ1、曼氏毕赤酵母YX5等菌株感官得分较高。     

糯米酸细菌多样性解析及其表型和基因功能预测

在采用MiSeq高通量测序技术对糯米酸中细菌多样性进行解析的基础上,对细菌表型和基因功能进行了预测.结果发现,糯米酸的细菌类群主要为隶属于Firmicutes(硬壁菌门,97.45％)的Lactobacillus(乳酸杆菌属,89.36％)和Pediococcus(片球菌属,6.37％).有5个分类操作单元存在于所有样...     

高通量测序技术在酿酒微生物多样性研究中的应用

高通量测序技术是分析研究酿酒微生物多样性的重要手段,与其他方法相比,具有测序方法简单、通量高、速度快和准确度较高等特点。本文在阐述高通量测序技术特点和测序平台的基础上,着重介绍其在酿酒微生物多样性研究领域中常用的数据分析方法和应用现状,旨在为酿酒微生物多样性研究者提供较为系统、全面的关于高通量测序技术的使用策略。     

基于PacBio SMRT技术的婴幼儿配方奶粉微生物安全性评价

目的:婴幼儿配方奶粉中的大量细菌已被灭活,然而灭活微生物仍影响产品品质和货架期。现行纯培养技术只能对食品基质中活菌进行检测,无法全面评估污染微生物组成,而基于宏基因组学策略能够对婴幼儿配方奶粉加工过程中污染微生物进行全面客观的评价。方法:采集6份婴幼儿配方奶粉,使用细菌纯培养、单分子实时测序技术(PacBio SMRT)和微滴式数字PCR(ddPCR)联用技术对其污染微生物组成进行评价。结果:采用纯培养技术在样品中均未检测到大肠菌群、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、阪崎肠杆菌和芽孢。使用PacBio SMRT测序技术,在婴幼儿配方奶粉中共鉴定出14个细菌门、138个细菌属和255个细菌种。其中6份样品均存在过嗜冷菌蜡样芽孢杆菌,其平均相对含量高达23.54%,这一灭活的细菌也会影响产品货架期。此外,在IF3、IF4、IF5和IF6样品中,检测到相对含量较低的致病菌大肠杆菌,其相对含量分别为0.06%,0.01%,0.15%和0.05%。采用ddPCR技术对SMRT测序方法检测到的致病菌蜡样芽孢杆菌和大肠杆菌进行定量分析,发现每克奶粉样品中蜡样芽孢杆菌和大肠杆菌的平均拷贝数取对数后分别为5.45和4.89。结论:在6份婴幼儿配方奶粉中均未检出致病菌,符合食品安全国家标准,然而奶粉中被灭活的蜡样芽孢杆菌和大肠杆菌可能增加产品腐败的风险,影响产品的货架期。本研究结合多个技术全面评价婴幼儿配方奶粉的微生物污染情况,初步建立婴幼儿配方奶粉的微生物检测技术。     

市售茨河花色腐乳和红方腐乳微生物菌群及风味物质的比较分析

基于MiSeq高通量测序技术对湖北省谷城市茨河花色腐乳和全国不同地区的红方腐乳的微生物菌群进行了分析,同时使用GC-IMS对腐乳的气味基础—挥发性有机物进行了分析。结果表明,花色腐乳与红方腐乳的细菌与真菌菌群结构存在显著差异(P<0.05),前者的生物标志菌属为假单胞菌属(Pseudomonas),而红方腐乳的生物标志菌属为红酵母属(Rhodotorula),曲霉属(Aspergillus)和明串珠菌属(Leuconostoc)。GC-IMS结果显示,两种腐乳的小分子酯类风味物质种类最丰富,醛类物质在红方腐乳中富集,而酮类物质在花色腐乳中富集。另外,红方腐乳的特征风味物质为乙醇、2-甲基丁醛,2-甲基异丙醛等,而花色腐乳的特征风味物质为乙醛,丙烯酸乙酯,柠檬烯等。另外,威克汉姆酵母属(Wickerhamomyces)和毛霉(Mucor)与多种风味物质呈正相关,因此在花色腐乳的生产中具有开发与应用的潜力。     

基于传统培养和宏基因组测序分析泗洪小龙虾不同部位的菌群多样性

通过传统培养和宏基因组测序方法分析泗洪地区小龙虾整体、表面、尾肉等不同部位的菌群多样性,确定不同部位的特定污染菌组成。结果表明:小龙虾整体的初始菌数达8.4 (lg(CFU/g)),且不同部位的微生物群落有明显差异;通过宏基因组测序发现,在科水平上,黄杆菌科(Flavobacteriaceaea)是泗洪小龙虾不同部位的优势菌科,丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、莫拉氏菌科(Moraxellaceae)和气单胞菌科(Aeromonadaceae)分别是小龙虾整体、表面和尾肉的优势菌科;在属水平上,金黄杆菌属(Chryseobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)和气单胞菌属(Aeromonas)分别是小龙虾整体、表面和尾肉的优势菌属,黄杆菌属(Flavobacterium)在3个部位中相对丰度均较高。     

全基因组测序在食源性疾病监控和暴发调查中的应用

全基因组测序(WGS)分型在微生物的遗传与变异特征分析、菌株进化和暴发溯源调查中已经显示出了其极大的应用价值和发展潜力。本文简要概述了WGS的基本原理,介绍了基于全基因组的单核苷酸多态性分型和基于全基因组多位点序列分型两种主要的测序数据解读和分析方式,比较了WGS与脉冲场凝胶电泳技术、多位点序列分型等常见分子分型手段的主要特点,列举了典型的WGS应用于食源性疾病监控和暴发识别的案例,最后对WGS分型在食源性疾病监控和暴发调查领域的发展前景进行了展望。     

大豆、油菜籽及大豆油中外源基因检测的灵敏度、准确度研究

本研究针对转基因产品中转入的目的基因以及启动子、终止子,设计了相应引物35SCP142、CPNOS165.通过对引物的调整,使PCR扩增产物的大小控制在100～170 bp,从而提高了检测灵敏度.在25μl的PCR反应体系中,可以检测到0.01ng的外源DNA.为了检测以大豆为原料的油脂类产品中的外源基因,我们又设计了NEST-PCR的两对引物35SCP318和35SCP114,并检测到了外源基因的片断.对新设计的引物进行准确度分析,即在不同的样品(包括转基因或非转基因产品)中进行检测,并经测序验证,新设计的引物35SCP142,CPNOS165及NEST-PCR的引物都有高特异性,可用于含有相应外源基因的产品检测.     

冷藏小龙虾优势腐败菌的筛选鉴定及细菌群落结构和多样性分析

以4℃贮藏小龙虾货架期终点筛选武汉孝感小龙虾中优势腐败菌,同时结合高通量测序方法,进一步确定小龙虾中优势腐败菌,并对小龙虾贮藏过程中菌相变化、微生物结构及其多样性进行分析。结果表明：传统培养法从腐败小龙虾中共筛选出10 株腐败菌,包括波罗的海希瓦氏菌（Shewanella baltica）、维氏气单胞菌（Aeromonas veronii）、普通变形杆菌（Proteus vulgaris）等;在属水平上,高通量测序法最终确定气单胞菌属（Aeromonas sp.）及希瓦氏菌属（Shewanella sp.）是小龙虾腐败末期相对丰度最大的2 种优势腐败菌;同时,高通量测序结果表明,随着贮藏时间的延长,小龙虾微生物群落丰富度、多样性及均匀度不断下降,这与腐败末期优势腐败菌的大量增长及生长繁殖过程中抑制其他种类微生物有关。     

四川晒醋固态发酵过程中理化因子与真菌群落结构的动态变化规律

为了探究四川晒醋发酵过程中真菌群落的演替及关键理化因子的变化规律,本文利用国标法和高通量测序技术对醋醅的理化指标和真菌群落进行了解析,同时结合真菌群落和理化因子进行冗余分析,找出影响真菌群落变化的关键理化因子.结果表明,随着发酵的进行,醋醅的pH降低,水分、温度基本保持稳定,总酸、氨态氮含量先持续增加后保持稳定,还原糖...