16S rRNA测序技术在饮用水全流程微生物多样性研究的应用

饮用水中微生物与人类健康息息相关.16S rRNA基因序列具有的普遍性及保守性,被越来越多地应用于饮用水水质全流程微生物多样性及群落结构研究.文中简要介绍了16S rRNA基因测序技术的发展历程,并基于16S rRNA基因测序技术在饮用水中的研究成果,探讨了全流程水环境条件与水中微生物多样性的相互关系.结果表明,水源水...     

基于流式细胞仪和高通量测序技术联用的超微藻检测方法

了解超微藻结构的动态变化规律有利于更好的评估水体水质情况,然而由于现有技术手段和表征方法的限制,对超微藻检测的准确性还较低.提出综合运用流式细胞仪和高通量测序技术,实现超微藻检测方法体系的构建和运用,对超微藻细胞进行定性和定量分析.以上海金泽水库水体样本为试验材料,验证此方法具有可行性,能够有效提高超微藻检测的准确性.     

水量冲击对AAO系统中微生物群落结构的影响

为进一步明确AAO系统抗水量冲击能力,文中通过AAO中试试验对比了1.5倍水量冲击前后AAO系统出水水质变化,并采用高通量测序技术对水量冲击前后好氧区活性污泥的微生物群落结构进行分析.在1.5倍水量冲击期间,出水CODCr变化较小,出水氨氮和TN明显上升,出水TP呈先升高后下降趋势.水量冲击后,微生物物种总数下降、群落多样性下降、微生物群落结构发生变化,其中,拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度变化最为明显,相比水量冲击前降低了18.15％,变形菌门(Proteobacteria)和绿菌门(Chlorobi)的相对丰度上升了10.80％、10.64％.对比水量冲击前后污泥中主要脱氮除磷功能菌属分布特征,发现系统中的氨氮氧化细菌(ammonia oxidizing bacteria,AOB)、亚硝酸氮氧化细菌(nitrite oxidizing bacteria,NOB)和大部分具有反硝化功能的菌属受水量冲击影响,相对丰度下降,导致出水氨氮和TN上升,而系统中的聚磷菌的Candidatus accu-mulibacter相对丰度明显上升,生物除磷效果提升.     

我国首次绘制完成大熊猫基因组精细图

记者12月13日从国家林业局获悉，大熊猫基因组测序研究项目近日正式完成，并绘制出大熊猫基因组精细图。这是中国科学家第一次全面系统地对大熊猫基因组进行测序研究。     

米香型白酒中不同制曲工艺的微生物群落结构差异分析

采用高通量测序技术研究了米香型白酒生产工艺中圆盘制曲和传统制曲的微生物群落结构差异,对比分析了两种曲的理化指标。结果表明：传统制曲的糖化力、酯化力、液化力、发酵力等均高于圆盘制曲;微生物群落结构表明,在细菌和真菌门水平上两种曲各不相同,在属水平上也表明两种曲微生物结构存在较大差异且传统制曲的功能微生物优于圆盘制曲。通过对比分析企业两种制曲方式之间的理化、微生物群落结构的差异性,能够为提高圆盘制曲的质量提供有益指导,进而提升企业酒体的品质。     

MiSeq测序研究散装酱卤鸭肉贮藏期间微生物群落多样

为研究散装酱卤鸭肉贮藏过程中微生物变化规律,揭示其腐败本质,以期为确定其特定腐败菌（Specific Spoilage Organisms,SSO）提供依据,本文采用MiSeq测序分析其在4 ℃和25 ℃贮藏过程中微生物群落多样性。结果表明,样品在4 ℃和25 ℃贮藏过程中细菌和真菌物种多样性在总体上均呈现下降趋势。样品贮藏初期优势细菌是Weissella sp.、Staphylococcus sp.、和未分类的肠杆菌科,优势真菌是Debaryomyces sp. IZ_1257和Lodderomyces elongisporus。4 ℃贮藏中后期,肺炎嗜冷杆菌（Psychrobacter pulmonis）和Staphylococcus sp.为主要优势细菌;而25 ℃贮藏中后期的优势细菌则为Weissella sp.、Staphylococcus sp.、溶酪大球菌（Macrococcus caseolyticus）和未分类的肠杆菌科。4 ℃、25 ℃贮藏中后期样品中最主要优势真菌均为Debaryomyces sp. IZ_1257。相比较于传统方法,MiSeq测序提供的微生物多样信息更接近于样品微生态,更能够全面解析各环境样品微生物多样性。     

贵州腌鱼中微生物群落的多样性研究

采用高通量测序技术对发酵腌鱼进行微生物群落多样性分析(采样于贵州省黔东南州6 个县).结果表明,腌鱼的微生物群落呈复杂多样性,不同样品间丰度存在较大差异性,且取样至不同地方的腌鱼乳酸含量、蛋白质含量和脂肪含量等指标呈明显差异,其中剑河县的腌鱼pH最高,天柱县的腌鱼乳酸含量最高,为剑河县的28倍.通过对腌鱼的微生物群落结...     

基于Illumina PE300高通量测序的海南糟粕醋微生物多样性分析

目的 研究海南糟粕醋中微生物的多样性,分析海南糟粕醋在自然条件下贮藏时的优势菌及风险菌。方法 采用Illumina PE300高通量测序技术对海南糟粕醋中细菌和真菌群落进行多样性分析,扩增糟粕醋中细菌的16S rDNA和真菌的ITS序列。结果 细菌多样性测序获得306,600条序列, 130,745,424碱基(base pair, bp),505操作分类单元(operational taxonomic units, OTU),可归属为23门(phylum)、51纲(class)、115目(order)、191科(family)、312属(genus)、432种(species);真菌多样性测序获得612,015条序列, 132,784,567 bp, 27 OTU,可归属为3 phylum、7 class、12 order、18 family、24 genus、25 species。糟粕醋在自然条件下贮藏时,主要细菌属为:乳酸菌属(Lactobacillus)、棒杆菌属(Corynebacteriums)、乳酪短杆菌属(Brevibacterium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、...     

基于转录组学分析酸胁迫影响鼠伤寒沙门氏菌耐酸能力的机理

目的：探究酸胁迫和非酸胁迫条件下鼠伤寒沙门氏菌（Salmonella typhimurium）的转录组反应,分析差异基因（differentially expressed genes,DEGs）表达水平,阐明酸胁迫影响鼠伤寒沙门氏菌耐酸反应（acid tolerance response,ATR）的相关代谢通路。方法：对鼠伤寒沙门氏菌进行酸胁迫处理,利用转录组测序技术和生物信息学分析相关DEGs,并通过实时聚合酶链式反应（real-time polymerase chain reaction,real-time PCR）进行验证。结果：经酸胁迫后,共筛选到683 个DEGs,其中上调343 个,下调340 个。其中涉及细胞运动、氨基酸代谢、细胞膜组成等通路上调能够使鼠伤寒沙门氏菌快速适应酸环境;碳水化合物代谢相关通路上调能够为鼠伤寒沙门氏菌快速适应酸环境提供更多的能量,与此同时,嘧啶代谢等能量代谢通路下调能够使鼠伤寒沙门氏菌降低能量消耗以维持上述的必需代谢过程;细菌应激调控相关通路上调赋予鼠伤寒沙门氏菌交叉保护抗性;鞭毛、外膜蛋白、脂多糖等毒力相关基因表达上调增强了鼠伤寒沙门氏菌的毒力。real-time PCR验证结果与转录组测序分析表达趋势一致。结论：酸胁迫显著提高了鼠伤寒沙门氏菌的耐酸能力,其中与代谢和细胞过程相关的通路发挥主要作用,本研究结果为进一步了解该菌的酸胁迫反应及更好地控制其在食品中的污染提供了理论依据。     

酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中细菌多样性分析

该研究应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中细菌多样性,并阐明其优势真菌微生物群落结构及其随酿造工艺动态变化。结果表明,在酒曲中主要优势菌有芽孢杆菌科（Bacillaceae）、海洋芽胞杆菌属（Oceanobacillus）;堆积发酵中主要优势菌有芽孢杆菌科（Bacillaceae）、变形菌纲（Proteobacteria）;在窖内发酵中乳杆菌属（Lactobacillus）占绝对优势;窖泥中主要优势菌有放线菌（Actinomyces）和乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）。同一酒厂和不同酒厂新老车间酒曲、堆积、窖内发酵、窖泥之间细菌组成相似度较高,但其优势菌群丰度差异显著。发酵车间使用年限及窖龄影响着酿酒微生物多样性;使用时间长的车间和窖池其环境微生物种群结构更稳定,优势菌群更突出。