临界布尔网络的函数泛化问题研究

布尔网络是研究基因调控网络的一种非常重要的模型,通过时序数据推理基因之间的调控关系是研究网络动态行为和干预策略的基础.现有的预测研究主要集中在基因之间的调控关系,而对调控基因与目标基因之间的布尔函数的作用方式研究甚少.由于基因调控网络是一种处于有序和无序之间的临界网络,本文研究了众数规则、基于偏斜和基于互信息的三种泛化方法对临界布尔网络的稳态分布距离和灵敏度误差的影响.结果表明合理的泛化能够明显提高预测网络的稳态分布距离和灵敏度误差指标.三种泛化方法中,基于互信息的泛化方法的总体性能最好.     

多表达式程序设计的新型评估方法

多表达式程序设计(MEP)是应用十分广泛的自动程序设计方法。从MEP的染色体表示规则及种群演化方式来看,每个染色体中的任何基因都有可能多次被当前或其它后续种群中的其他基因引用,从而造成重复计算,耗费大量时空资源。由此提出并实现了一种新型评估方法,该新型评估方法在不改变传统MEP的染色体表示规则和种群演化方式的情况下,能够准确有效地识别演化过程中所有被重复引用的基因,从而避免了大量重复计算,显著提高了演化效率。     

用基因芯片技术分析不同剂量60 C0γ射线照射后淋巴细胞株的差异基因表达谱

用基因芯片来筛选不同剂量辐射诱导的差异表达基因,为快速生物剂量指标的筛选提供科学依据.用0.5、3和8Gy60Coγ射线照射指数增长期的淋巴细胞永生化细胞株,24h后提取细胞总RNA、反转录成cDNA、标记后用基因芯片筛选各剂量点的差异表达基因;并用实时荧光PCR对某些基因表达水平进行定量分析.结果发现,0.5、3和8 Gy剂量组分别有16、240和462个差异表达基因,其中在三个剂量组均上调或下调的基因分别为4个和3个.对TP5313基因进行实时荧光PcR定量分析,结果与芯片结果一致.电离辐射诱导的TP5313、GDFl5、CDC43EP5、S100A4、IGJ和KLF2等基因的mRNA表达水平变化有可能与照射剂量有关.     

高氡暴露地区人群中代谢酶GSTM1基因多态性与肺癌易感性关系的研究

本文采用病例-对照研究方法,以多重聚合酶链反应扩增技术,对高氡暴露地区53例肺癌患者和72例对照人员进行了代谢酶GSTM1基因多态性检测,并分析了不同人群中该基因多态性与肺癌发病风险的关系,以探讨高氡暴露地区人群中GSTM1基因多态性与肺癌易感性的关系。结果表明,GSTM1基因功能型和缺陷型在肺癌组分布分别是38.9%、64.1%,在对照组分布分别为43.1%、56.9%。GSTM1基因缺陷型的肺癌发病风险为1.35倍(95%可信限0.652～2.81),有效剂量<50mSv的人群中GSTM1基因缺陷型的肺癌发病风险是功能型的1.14倍(95%可信限0.198～6.60)。从以上结果可以看出,GSTM1基因功能型在肺癌组的分布频率低于对照组的分布频率,而缺陷型在肺癌组的分布频率高于对照组的分布频率;GSTM1基因缺陷型使肺癌的发病风险有增高的趋势,但未见显著性差异。     

经导管动脉注入脂质体介导的 p５３ 基因治疗肝癌的实验研究

目的以兔VX２肝癌模型为对象，探讨经导管动脉注入脂质体介导的p５３基因治疗肝癌的可行性及转染和表达情况。方法将pCMV-myc-p５３质粒、阳离子脂质体LipofectAMINE以及pCMV-myc-p５３和LipofectAMINE的复合体分别注入兔VX２肝癌模型的肿瘤供血动脉，并提取肿瘤组织蛋白，采用蛋白印迹法及免疫组化检测基因转染及其表达。以不同量的pCMV-myc-p５３与LipofectAMINE形成的复合体分别注入兔VX２肝癌模型的肿瘤供血动脉内，同法检测基因的转染及其表达。结果脂质体介导的p５３基因经动脉途径成功转染了兔VX２肝癌模型的肿瘤组织并进行表达，其转染效率明显高于单纯基因导入，基因的量与转染效率之间存在量效关系。结论经动脉途径导入脂质体介导的p５３基因治疗肝癌是可行、有效的，具有广阔的应用前景。     

大豆肽对果蝇睡眠的影响

研究大豆肽(soybean peptides,SBP)对果蝇睡眠的影响。通过大豆分离蛋白酶解,制得SBP,选择20日的雄性果蝇,分为4组,无添加的培养基作为空白组,SBP分为2、4、8 mg/mL额外添加到培养基作为3个实验模型组,通过VideoTrack动物行为分析系统监测果蝇睡眠时长,并检测SBP对果蝇脑部生物钟基因(per、tim、clk、cyc)与参与调控睡眠神经递质合成限速酶的基因(gad、tph、gdh、hdc)以及五羟色胺(5-hydroxytryptamine,5-HT)的影响。研究发现,在监测睡眠的第2日晚上,SBP对果蝇睡眠延长效果最好,并呈现剂量依赖性,又通过剥离取头,分析其生物钟基因(per、tim、clk、cyc)和神经递质合成限速酶基因(gad、tph、gdh、hdc),得到SBP是通过调节tim和tph的基因表达并提高5-HT在脑部的含量来延长果蝇的睡眠时长的结论。     

作物种质资源学科的发展和展望

作物种质资源学科是 2 0世纪发展起来的 ,瓦维洛夫的世界考察收集及其材料的表型多样性地理分布研究 ,奠定了作物种质资源学科的基础。自 195 8年美国建成世界第一座现代化种子库后 ,至今全世界的种质库已达 130 0多个 ,保存种质 6 0 0× 10 4 份 (另一文献为 2 5 0 0× 10 4 份 )。现在的种质库分为长期、中期和短期三种 ,并在研究液态氮保存。无性繁殖作物采用种质圃或试管苗保存。由于育种工作对种质资源要求日益迫切 ,以及分子生物技术的发展 ,使作物种质资源研究进入了以评价鉴定为主的时代。应用分子遗传图谱不仅能鉴定质量性状 ,而且能发掘数量性状基因。中国原产的作物种质资源得到了较好的收集 ,1986年建成国家作物种质库(长期库 ) ,其中已存入各种作物的种质资源 31× 10 4 份。并建有西宁复份保存库 ,2 2个中期库 ,30个国家种质圃和 2个试管苗库。对保存的材料大多数进行了农艺性状、抗病虫害、抗逆性和品质初步鉴定 ,并建成了中国作物种质资源信息系统。随着生物技术的加速发展 ,应用高新技术千方百计在种质资源中发掘新基因将是 2 1世纪作物种质资源学科发展的热点。因此 ,要妥善保护现有种质资源 ,不再使任何基因流失 ;并从国外引进新作物、新基因 ,以促进农业改制和作物生产的发展 ;大力     

食源性单核细胞增生李斯特菌四环素、红霉素耐药基因研究

研究了食源性单核细胞增生李斯特菌四环素、红霉素耐药基因的分布状况及和耐药表型的关系。采用微量肉汤稀释法对2005~2007年河北省疾病预防控制中心分离到的食源性单核细胞增生李斯特菌株进行四环素、红霉素药敏实验;应用PCR方法对实验菌株进行四环素耐药基因tet(M)、tet(S)、tet(L)、tet(K)、tet(B)、及与tet(M)基因关系密切的转座子Tn916、红霉素核糖体甲基化酶基因ermB、ermC、及与ermB基因关系密切的转座子Tn917检测,对阳性样本序列进行鉴定分析;应用血清学分型、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、及脂肪酸聚类分析方法分析四环素耐药菌株之间的相关性,确定基因型和多态性。结果表明,91株单核细胞增生李斯特菌四环素敏感77株、耐药14株;红霉素敏感89株、耐药2株,其中包含1株菌同时交叉耐药四环素和红霉素;14株四环素耐药株中含tet(M)基因的13株,在13株tet(M)基因阳性菌中,tet(M)位于Tn916转座子上的9株;1株同时交叉耐药四环素、红霉素菌同时携带tet(S)、ermB基因;ermC基因、转座子Tn917均为阴性;四环素、红霉素敏感株中未检测到上述任何耐药基因。14株四环素耐药菌株血清型分布以1/2a型为主(n=12),部分菌株PFGE、脂肪酸分型完全一致。食源性单核细胞增生李斯特菌获得tet(M)基因是耐四环素的主要机制之一,具有水平传播耐药基因能力的接合型转座子Tn916与该菌四环素耐药播散有直接关系;ermB基因介导的核糖体靶位点改变存在食源性单核细胞增生李斯特菌红霉素耐药株中;PFGE基因型结合脂肪酸聚类分析能够用来分析菌株之间的相关性。     

基因算法在信息免疫模型中的应用

研究了Web信息过载问题，提出一种新的基于基因算法的信息免疫模型（IIM）。根据免疫细胞的特异性，IIM利用不同的染色体描述用户需求，并专注于对无关信息的处理，使用户免于该类信息的入侵，并引入了特征选择和信息熵，阈值的选择也是可变的。最后，用试验与Rocchio方法作了对比，证明此模型有效地提高了信息过滤的查准率和查全率。     

基因脉冲导入仪及其在动物肿瘤治疗上的应用

本文介绍了电穿孔技术的原理和天津理工大学自行研制的基因脉冲导入仪LN-301的系统组成.使用该系统在昆明小白鼠进行肿瘤治疗实验,实验结果表明基因脉冲导入仪有利于肿瘤的治疗.