蛋白质功能预测方法研究进展

蛋白质功能预测是后基因组时代生物信息学的研究热点之一。利用计算方法预测蛋白质的功能,可以弥补传统生物实验方法周期长、效率低和成本高等方面不足。首先介绍蛋白质功能预测的研究背景,并从计算角度定义蛋白质功能预测问题;然后,对蛋白质功能预测方法的研究现状进行分析与总结,最后指出已有方法中存在的不足及未来的研究方向。     

基于环介导等温扩增技术的产呕吐毒素 蜡样芽胞杆菌特异性检测

本研究旨在建立食品中产呕吐毒素蜡样芽胞杆菌的快速检测方法.基于产呕吐毒素蜡样芽胞杆菌合成酶基因cesB靶基因,设计4条特异性引物(2条内引物、2条外引物),建立环介导等温扩增技术(LAMP).然后采用2株产呕吐毒素蜡样芽胞杆菌、19株蜡样芽胞杆菌和41株非蜡样芽胞杆菌验证了该LAMP具有很好的特异性.LAMP检测的灵敏...     

酸土脂环酸芽孢杆菌Fe-SOD基因克隆及生物信息学分析

酸土脂环酸芽孢杆菌具有嗜酸耐热的独特生理特性,从该属细菌中分离到的多种酶类都具有耐酸热稳定性,是筛选耐酸耐热酶的重要菌种资源。超氧化物歧化酶(SOD)由于具有重要的生理功能而广泛用于食品、药品及化妆品等行业。为了深入探讨酸土脂环酸芽孢杆菌SOD的分子生物学特性,本研究利用同源克隆、交错式热不对称PCR技术和生物信息学方法进行Fe-SOD基因克隆、测序及序列分析。结果表明,Fe-SOD基因(GenBank序列号:JN614998)ORF全长为606bp,编码202个氨基酸,其推测氨基酸序列与来源于酸热脂环酸芽孢杆菌DSM446的Fe-SOD(ACV58017.1)序列相似性最高,为78%。整个蛋白序列含有Fe/MnSODs家族的5个模体,SOD活性中心含有金属离子结合配基His27、His82、Asp164和His168,具有Fe/MnSODs家族典型的蛋白结构特征。酸土脂环酸芽孢杆菌Fe-SOD基因的克隆和生物信息学分析为进一步构建原核表达载体、获得生产耐酸热Fe-SOD的基因工程菌株奠定基础。     

食品中空肠弯曲菌荧光重组酶聚合酶扩增检测方法的建立

本研究为了实现空肠弯曲菌的快速和便捷检测,建立了一种基于荧光重组酶聚合酶扩增技术(exo-RPA)快速检测空肠弯曲菌的方法。通过对空肠弯曲菌和对照菌株的exo-RPA检测来判断该方法的特异性。用梯度稀释的空肠弯曲菌作为模板进行检测来分析exo-RPA方法的灵敏度。通过对模拟污染样品检测来分析exo-RPA的应用效果。分别以exo-RPA和荧光PCR检测实际食品样品来分析二者的检测效果。空肠弯曲菌exo-RPA方法可特异检出空肠弯曲菌,检测灵敏度达到6.0×102CFU/m L。在模拟污染试验中,含2.5×101 CFU/m L空肠弯曲菌的增菌液在培养24 h后可以被exo-RPA检测出阳性信号。exo-RPA和荧光PCR对于40份样品的检测结果相同。本研究建立的空肠弯曲菌exo-RPA具有特异、灵敏和抗干扰性强的特点,方法操作简便快速,具有较好的应用前景。     

基于硬件实现的基因算法的研究

本文提出了一种VLSI实现的硬件基因算法.研究了基因算法的各种变种,探讨了它们的性能及硬件实现的可能性.提出了一个能进行群体存储、父本选择、交叉、变异等操作且易于硬件实现的结构.在硬件实现上,用VHDL描述了整个算法.所作的设计是一个通用的VLSI结构,通过流水线结构和并行化操作获得了很好的性能.硬件实现基因算法有效地缩短运行时间,为实时应用提供了可能.整个设计用Altera公司的FLEX10K40型号的芯片进行了FPGA实现,它完全可以用VLSI来实现.     

一种用于基因预测的FIR数字滤波器

数字信号处理技术已经用于DNA(DeoxyriboNucleic Acid)序列中的基因分析与识别.本文利用数字滤波器对基因序列进行分析和预测,根据基因序列周期3bp(base pair),设计了一种具有窄带选通特性的FIR(Finite Impulse Response)数字滤波器,对基因序列进行滤波,与IIR(Infinite Impulse Response)数字滤波器计算的结果对比,获得了较好的仿真结果.     

猪源金黄色葡萄球菌vwb基因分布及对不同动物体外凝血致病作用的研究

为调查猪源金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aurues,S. aureus)对不同动物宿主具有凝血致病作用及是否携带S. aureus凝固酶基因vwb~C、vwb~Sbo4、vwb~Sov2和vwb~Seq1,本文以厦门地区生猪养殖场、屠宰场和终端市场分离的130株S. aureus为研究对象,通过血浆凝固酶实验研究菌株对兔血浆、牛血浆和羊血浆的凝血致病性,采用PCR方法对实验菌株进行vwb~C、vwb~(Sbo4)、vwb~(Sov2)和vwb~(Seq1)基因的扩增。结果表明,兔血浆、牛血浆和羊血浆的阳性凝血率分别为100.00%、28.46%、28.46%。S.aureus凝固酶vwb~C,vwb~(Sbo4)和vwb~(Sov2)基因的检出率分别为100.00%(130/130),26.92%(35/130)和26.93%(38/130),vwb~(Seq1)基因未检出;来自生猪养殖场S.aureus中vwb~(Sbo4)和vwb~(Sov2)基因的检出率以及对牛血浆和羊血浆的阳性凝血率明显高于另外两种来源S. aureus,有显著性差异(p0.05)。研究结果说明猪源S. aureus对不同动物宿主具有凝血致病作用,为猪源S. aureus对不同动物宿主的凝血致病作用和适应性提供研究基础。     

影响猪肉质的主效基因和候选基因

猪肉的品质问题已经引起了生产者和消费者的普遍关注,肉质性状直接影响到肉品的食用价值和经济价值。分子生物学技术的快速发展也促进了人们对于影响肉质相关基因的重视和研究。本文综述了与肉质相关的主效基因（Major Gene）烷氟基因（Hal gene）、单磷酸腺苷蛋白激酶（AMPK）γ3亚基基因（PRKAG3）和酸肉基因（Rendement Napole Gene,RN）以及脂肪酸结合蛋白基因（Fat Acid Binding Protein FABPs）、激素敏感脂肪酶（Hormone-Sensitive Lipase,HSL）基因和脂蛋白脂肪酶（Lipoprotein Lipase,LPL）基因等候选基因（candidate gene）的研究进展。      

实时荧光环介导等温扩增技术检测乳粉中的肺炎克雷伯氏菌

为了建立食品中肺炎克雷伯氏菌灵敏快速的检测方法,根据GenBank中已公布的肺炎克雷伯氏菌phoE基因设计引物,利用实时荧光监测仪,建立实时荧光环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification,LAMP）技术检测食品中肺炎克雷伯氏菌的方法,可直观判定检测结果,仪器亦可自动显示检测结果。对该检测方法的特异性、灵敏度等方面进行研究,并与聚合酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）检测方法进行比较。结果表明,实时荧光LAMP检测方法特异性强、灵敏度高。用于特异性实验的21 株实验菌株中,4 株肺炎克雷伯氏菌,呈现阳性结果,而其他17 株非肺炎克雷伯氏菌,均呈阴性结果;检测纯菌的灵敏度和检测人工污染乳粉的检出限分别为79 CFU/mL和79 CFU/g,是常规PCR检测方法的100 倍。总之,本研究建立的实时荧光LAMP检测方法灵敏度高、特异性强、耗时短、结果判定直观,实现了对肺炎克雷伯氏菌的快速检测。     

最新酵母技术可抵御酿酒过程硫化氢的生成

H2S是一种有毒气体,是葡萄酒中最易被感知的物质。即使极微小的剂量,人们也会闻出腐烂的臭鸡蛋气味。H2s还会与其他葡萄酒原料发生反应,散发出难闻的、不易去除的气味。比森与其团队经过10年的研究,在美国葡萄园基金会的大量资金援助下,首次发现1种特殊的基因,可作用于任何酵母菌株,将酿酒过程产生的硫化氢量减至最低。这种基因一经识别,就可以复制。这种特殊的基因变化,可以持续追踪,