丙型肝炎病毒多表位基因核酸疫苗的构建及其免疫原性

目的构建丙型肝炎病毒(HCV)多表位基因的真核表达载体pcDNA3.1(-)-CtEm,用该重组质粒免疫BALB/c小鼠,并检测其免疫原性。方法用BamHⅠ和HindⅢ双酶切含有HCVC区、E2区模拟表位和NS3~NS5区细胞表位串联基因的原核表达载体pQE30-CtEm,克隆入真核表达载体pcDNA3.1(-),脂质体瞬时转染CHO细胞,并检测其表达。以100μg重组质粒免疫BALB/c小鼠,检测其体液免疫和细胞免疫效果。结果所构建的真核表达载体pcDNA3.1(-)-CtEm在CHO细胞中能获得有效表达。该质粒免疫小鼠后可诱导高水平的抗体,特异性淋巴细胞增殖反应、IFN-γ水平及CTL活性均明显高于空载体和生理盐水对照组。结论已成功构建HCV多表位基因的真核表达载体pcDNA3.1(-)-CtEm,免疫小鼠后可诱导特异性体液免疫和细胞免疫应答。     

离散型细菌觅食算法求解TSP

旅行商问题(TSP)是组合优化问题的典型代表,针对TSP的求解提出一种离散型细菌觅食(DBFO)算法.该算法通过结合2-opt算法设计了一种适合处理离散型变量的趋化算子,将细菌觅食算法推广到了离散情形.同时,结合TSP的特点,在迁徙算子中引入基因库的思想来指导新个体的生成,提高了算法的搜索效率.通过对TSPLIB标准库中22个实例进行仿真实验.实验结果表明,该算法能够有效求解城市规模500以下的TSP,与混合蚁群算法和离散型萤火虫群算法相比,具有更好的全局收敛性和稳定性.     

基于SDNA-GA 优化的模糊神经网络控制

针对最新的生物DNA研究,病毒中同一DNA碱基顺序可以编码出2条或者3条不同的多肽链.在此基础上分析与模仿了重叠基因和重叠密码的机理,得到一种新的基于重叠基因编码框架,从而提高了问题求解的效率;同时,得到一种移码解读框架的DNA遗传算法(SDNA-GA)计算模型,并将其应用于一类广义隶属度型T-S模糊神经网络控制器(GTS-FNNC)的优化设计,实现了GTS-FNNC的在线学习.     

中国人丙型肝炎病毒全长NS3基因的克隆、序列分析及表达

目的　为改进HCV试剂的质量克隆 1b型丙型肝炎病毒 (HCV)全长NS3基因并在原核细胞中表达。方法　用RT PCR方法从中国人血清中扩增全长NS3片段 ,进行序列分析 ,并克隆到pET3 0a(+)原核表达载体中 ,构建的原核表达载体pET NS3 180 0在大肠杆菌BL2 1(DE3 )中表达 ,用Westernblot方法进行验证。结果　扩增到 1b型HCV全长NS3片段 ,经Westernblot实验表明该片段具有抗原活性。结论　构建的质粒可在大肠杆菌中表达完整的NS3蛋白     

Tissue-type plasminogen activator variants with domain duplications and rearrangements

The interactions between tPA domains that are important forcatalysis are poorly understood. We have probed the functionof interdomain interactions by generating tPA variants in whichdomains are duplicated or rearranged. The proteins were expressedin a transient mammalian expression system and tested in vitrofor their ability to activate plasminogen, induce fibrinolysisand bind to a forming fibrin clot. Duplication of the heavychain domains of tPA produced enzymatically active tPA variants,many of which demonstrated similar in vitro amidolytic and fibrinolyticactivity and similar fibrin affinity to the parent molecule.Zymographic analysis of the domain duplication tPA variantsshowed one major active species for each variant. Selectionof the residues duplicated and the interdomain spacing werefound to be critical considerations in the design of tPA variantswith duplicated domains. We also rearranged the domains of tPAsuch that kringle 1 replaced the second kringle domain and viceversa. An analysis of these variants indicates that the firstkringle domain can confer fibrin affinity to a tPA variant andfunction in place of kringle 2. Therefore, in wild-type tPA,the functions of kringle 1 and kringle 2 must be dependent partiallyon their orientation within the heavy chain of the protein.The functional autonomy of the heavy and light chains of tPAis demonstrated by the activity of a tPA variant in which theorder of the heavy and light chains was reversed.     

重组G145R HBsAg亲和纯化方法的建立及其应用

目的建立重组乙型肝炎病毒G145R变异HBsAg抗体亲和纯化方法。方法用抗-HBs单克隆抗体(D12- McAb)制备亲和层析胶,对2A8细胞(分泌G145R变异HBsAg)培养上清盐析物进行亲和纯化。采用SDS-PAGE、Western blot及ELISA,对纯化产物的纯度、特异性、含量和回收率进行鉴定,并与同法纯化的HBsAg阳性血清及r-wHBsAg提取物进行比较。结果D12-McAb对重组真核表达G145R变异HBsAg、HBsAg阳性血清及r-wHBsAS三者具有相似的亲和性,产物纯度分别为90.3%、95.2%和93.1%,回收率分别为43.3%、72.0%和66.4%。结论已成功地建立了重组G145R变异HBsAg抗体亲和纯化方法,为G145R变异以及其他HBV免疫逃逸变异感染的深入研究奠定了重要的技术基础。     

人乳头瘤病毒16型晚期蛋白L1基因重组MVA病毒的构建及鉴定

目的研制预防人乳头瘤病毒(HPV)感染的重组修饰的Ankara痘病毒(MVA)活载体疫苗。方法将HPV16L1基因插入MVA病毒转移载体psc11M2的P7·5启动子的下游,构建转移质粒psc11M2-L1,与MVA共转染鸡胚成纤维细胞(CEF),进行同源重组。通过9轮蓝斑筛选,以PCR和Westernblot鉴定重组病毒。结果获得的含目的片段的重组MVA病毒,表达产物与鼠抗人HPV16L1抗体发生阳性反应,目的蛋白相对分子质量约为55000。结论已成功地构建了可正确表达HPV16L1基因的重组MVA病毒株。     

葡萄球菌肠毒素B基因真核表达系统的构建及目的蛋白的鉴定

目的　克隆葡萄球菌肠毒素B(SEB)基因 ,构建其真核表达系统并表达目的蛋白。方法　采用高保真PCR从金黄色葡萄球菌FRIS6B株中扩增全长SEB ,目的片段T A克隆后测序。重组质粒pUCm T SEB经酶切获得的pUCm T SEB基因片段与真核表达载体pPIC9K连接。将重组真核载体pPIC9K SEB转化入P .pastorisGS115株 ,经PCR筛选并鉴定pPIC9K SEB P .pastorisGS115。在 0 5 % (v v)甲醇诱导下 ,采用SDS PAGE检测重组SEB(rSEB)的表达 ,并对rSEB的N端氨基酸序列和诱导人脐静脉内皮EVC 30 4细胞分泌IL 1α和TNFα的作用进行了检测。结果　所克隆的SEB基因核苷酸及氨基酸序列的同源性分别高达 98 84 %～ 10 0 %和 10 0 %。表达的SEB在SDS PAGE图谱的位置与预期相符。rSEB氨基末端氨基酸序列与预期完全相符。rSEB与SEB商品有相似的促人脐静脉内皮细胞EVC 30 4分泌IL 1α和TNFα的活性。结论　已成功地构建了SEB的真核表达系统 ,为进一步分析SEB分子中毒性相关活性位点、定位突变获得减毒或无毒的突变体奠定了基础。     

Destabilizing interactions between the partners of a bifunctional fusion protein

Hybrid MalE–GVP is a bifunctional protein in vitro sinceit binds maltose as protein MalE of Escherichia coli and sinceit is dimeric and specifically binds single-stranded DNA asprotein GVP of phage M13. The oxidation rate of a unique cysteineresidue was used to compare the stabilities of GVP in its freeand hybrid forms, under conditions where MalE was either foldedor unfolded by a denaturing agent. The results showed that boththe covalent link and tertiary non-covalent interactions betweenMalE and GVP destabilized GVP in MalE–GVP. To test whetherGVP had identical structures in its free and hybrid forms, mutationswere used as local conformational probes. The effects of thesemutations on the capabilities of MalE–GVP to dimerizeand to bind single-stranded DNA were assayed in vitro. Theywere compatible with the effects of the same mutations on theglobal activity of free GVP in vivo and with the effects thatcould be predicted from the known data on free GVP, in particularits crystal structure. Thus, one partner of a hybrid proteincan be destabilized by the other partner while maintaining itsstructural and functional characteristics.     

采用基因表达式编程的沟灌入渗模型参数估计方法

入渗参数的准确估计是沟灌系统设计优化的关键问题。本文基于基因表达式编程(GEP)算法,通过数值试验获得了沟灌入渗模型参数γ估计GEP算法所需的有效数据集合,进行了参数γ的敏感性分析,确定了模型参数γ估计GEP算法的输入因子及其最优组合,建立了γ与最优组合因子的定量关系,进而提出了γ的估计方法。研究结果表明,γ对积水深度、初始有效含水率和沟深度最敏感;土壤水力特性参数对γ影响较大,模型参数γ估计GEP算法的最优输入因子组合为积水深度、沟深、初始有效含水率、饱和导水率和进气值参数;变积水深度条件下γ的估计值与定积水深度的γ值相近;在变积水深度条件下,与利用HYDRUS-2D模型计算得到的"精确"入渗量相比,应用基于γ估计值的沟灌入渗模型计算的累积入渗量误差小于5%,满足计算精度要求。入渗过程中边界效应对总入渗量的贡献逐渐增大,与细质土壤相比,粗质土壤中边界效应对总入渗量的贡献更大,本研究条件下黏壤土中边界效应最终贡献约为25%,砂土中约为37%。研究表明GEP算法可作为沟灌入渗模型参数γ估计的一种有效方法。