基于模糊谱聚类的不确定蛋白质相互作用网络功能模块挖掘

针对谱聚类融合模糊C-means（FCM）聚类的蛋白质相互作用（PPI）网络功能模块挖掘方法准确率不高、执行效率较低和易受假阳性影响的问题，提出一种基于模糊谱聚类的不确定PPI网络功能模块挖掘（FSC-FM）方法。首先，构建一个不确定PPI网络模型，使用边聚集系数给每一条蛋白质交互作用赋予一个存在概率测度，克服假阳性对实验结果的影响；第二，利用基于边聚集系数流行距离（FEC）策略改进谱聚类中的相似度计算，解决谱聚类算法对尺度参数敏感的问题，进而利用谱聚类算法对不确定PPI网络数据进行预处理，降低数据的维数，提高聚类的准确率；第三，设计基于密度的概率中心选取策略（DPCS）解决模糊C-means算法对初始聚类中心和聚类数目敏感的问题，并对预处理后的PPI数据进行FCM聚类，提高聚类的执行效率以及灵敏度；最后，采用改进的边期望稠密度（EED）对挖掘出的蛋白质功能模块进行过滤。在酵母菌DIP数据集上运行各个算法可知，FSC-FM与基于不确定图模型的检测蛋白质复合物（DCU）算法相比，F-measure值提高了27.92%，执行效率提高了27.92%；与在动态蛋白质相互作用网络中识别复合物的方法（CDUN）、演化算法（EA）、医学基因或蛋白质预测算法（MGPPA）相比也有更高的F-measure值和执行效率。实验结果表明，在不确定PPI网络中，FSC-FM适合用于功能模块的挖掘。     

利用Visual C＋＋和Direct3D设计雷达显示器

利用Visual C＋＋和Direct3D对某雷达显示器的实现过程作了详细论述,包括数据采集、PPI型显示器、A型显示器、B型显示器、余晖显示、航迹显示等。通过试验证明,采用Direct3D绘图方式比采用GDI绘图方式效果好,更适用于数据处理量大、天线扫描速度快的雷达显示器。     

Deciphering the Binding Interactions between Acinetobacter baumannii ACP and β-ketoacyl ACP Synthase III to Improve Antibiotic Targeting Using NMR Spectroscopy

Fatty acid synthesis is essential for bacterial viability. Thus, fatty acid synthases (FASs) represent effective targets for antibiotics. Nevertheless, multidrug-resistant bacteria, including the human opportunistic bacteria, Acinetobacter baumannii, are emerging threats. Meanwhile, the FAS pathway of A. baumannii is relatively unexplored. Considering that acyl carrier protein (ACP) has an important role in the delivery of fatty acyl intermediates to other FAS enzymes, we elucidated the solution structure of A. baumannii ACP (AbACP) and, using NMR spectroscopy, investigated its interactions with β-ketoacyl ACP synthase III (AbKAS III), which initiates fatty acid elongation. The results show that AbACP comprises four helices, while Ca²⁺ reduces the electrostatic repulsion between acid residues, and the unconserved F47 plays a key role in thermal stability. Moreover, AbACP exhibits flexibility near the hydrophobic cavity entrance from D59 to T65, as well as in the α₁α₂ loop region. Further, F29 and A69 participate in slow exchanges, which may be related to shuttling of the growing acyl chain. Additionally, electrostatic interactions occur between the α₂ and α₃-helix of ACP and AbKAS III, while the hydrophobic interactions through the ACP α₂-helix are seemingly important. Our study provides insights for development of potent antibiotics capable of inhibiting A. baumannii FAS protein–protein interactions.     

基于PLC的小型柔性生产线PPI网络设计

针对小型柔性生产线中PLC之间需要进行实时数据通信这一问题,设计基于S7-200PLC的PPI网络通信系统.介绍PPI网络的特点和设计步骤,重点阐述通信读写数据的规划、通信子程的生成及调用、主站和从站的通信子程序设计等关键技术.     

S7—200系列PLC与监控计算机通讯的几种实现方法

针对控制系统中上位机与S7—200系列PLC通讯的实际问题,总结了几种监控计算机与S7—200系列PLC实现数据通讯的方法。实际应用表明,这些方法分别在不同的控制环境中能较好地解决它们之间的数据通讯问题。     

新一代抗溃疡药—质子泵抑制剂

介绍了奥美拉唑、兰索拉唑、潘多拉唑的合成路线，并介绍了２，３，５－三甲吡啶，２，３－二基吡啶的合成方法。     

国内外合金化热镀锌汽车外板表面粗糙度对比分析

对国内外合金化热镀锌汽车外板的表面粗糙度指标Ra,PPI,Rmax和Wca值进行了详细的对比分析,指出国内合金化板表面粗糙度控制的不足之处,并给出了一些改进措施.分析发现,国外合金化板的粗糙度沿板面横向分布得比较均匀,而且总体Ra、Rmax和Wca值都低于国内板,PPI值高于国内板,并且O5面粗糙度指标较非O5面要好,这对最终产品的涂装和鲜映性非常有利.     

基于组合核的蛋白质交互关系抽取

蛋白质交互关系(PPI)抽取是生物医学信息抽取领域的一个重要部分,具有很高的应用价值和实际意义。该文使用一种基于SVM的组合核方法进行蛋白质关系抽取,将基于特征的平面核和基于结构的卷积树核组合。一棵完整的句法解析树中包含了较多噪声,需对其修剪以提高PPI抽取效果。首先讨论不同的树的剪裁策略对实验结果的影响,分别使用完全树、最小完全树、最小树和最短路径闭包树进行实验,最短路径闭包树效果最好;然后在最短路径闭包树的基础上提出一种动态拓展树,该树取得了明显优于其他解析树的效果。最后基于组合核在AIMED上进行10倍交叉实验,精确率、召回率和F值分别达到了82.40%、51.30%和63.23%。     

Speed-up for N-FINDR algorithm

N-FINDR is a very popular algorithm of endmember (EM) extraction for its automated property and high efficiency. Unfortunately, innumerable volume calculation, initial random selection of EMs and blind searching for EMs lead to low speed of the algorithm and limit the applications of the algorithm. So in this paper two measures are proposed to speed up the algorithm. One of the measures is substituting distance calculation for volume calculation. Thus the avoidance of volume calculation greatly decreases the computational cost. The other measure is resorting dataset in terms of pixel purity likelihood based on pixel purity index (PPI) concept. Then, initial EMs can be selected well-founded and a fast searching for EMs is achieved. Numerical experiments show that the two measures speed up the original algorithm hundreds of times as the number of EMs is more than ten.     

蛋白质关系网络可视化系统的研究与实现

蛋白质关系网络的研究在生物医学领域中已成为一个热点。研究者通过对蛋白质关系网络进行分析和聚类,能够发现其中的复合体,进一步理解细胞组织原理。在对关系网络进行分析的过程中,将网络拓扑显示为图形,以直观地表示出关系网络的结构,便于对比聚类方法,辅助关系网络的研究。利用网络建模与可视化工具包JUNG设计并实现了一个蛋白质关系网络可视化系统,它能够解析多种格式的蛋白质关系网络数据,集成了几种有效的图聚类算法,并实现了一种基于蛋白质功能标注的发现复合体的聚类算法。用户能够通过二维网络视图方便地观察原始网络和聚类后的结果。