黑曲霉bgl基因在毕赤酵母中的表达研究

为构建具有分泌黑曲霉β-葡萄糖苷酶活力的酵母工程菌,探讨β-葡萄糖苷酶基因(bgl基因)在酵母菌中的表达情况.克隆了黑曲霉bgl基因的cDNA片段,利用质粒pPICZαA构建了该基因的酵母表达载体,经线性化后采用电穿孔法转入毕赤酵母菌中.以甲醇为诱导物进行诱导培养,检测结果表明黑曲霉bgl基因已成功转入酵母菌中并可正常表达,重组蛋白具有β-葡萄糖苷酶水解活性,在诱导培养72 h后,发酵液的酶活力可达到0.78 U/mL.     

Isolation and identification of Rhodosporidium diobovatum DS-0205 from deep-sea sediment of eastern Pacific Ocean

A facultative heterotrophic strain (DS-0205) was isolated from a deep-sea sediment sample collected at a depth of 5.2 km in the eastern Pacific Ocean, China. Strain DS-0205 is motile helmet-like single cell or pairs, forming hemisphere with the center sunken of variable size. It has a widespread carbon source and nitrogen source, including agarose, citric acid, salicin, D-glucitol nitrate, sodium nitrite and ethylamine. It can grow in the following environment: temperature 4–37 °C, pH 2.0–12.0, tolerance to NaCl⩽15%. Two phylogenetic trees, one based on the ITS and 5.8S rRNA sequences and the other based on the 18S rRNA sequences, unite strain DS-0205(=JCM 0205) to the type strain of Rhodosporidium diobovatum JCM 3787 through a considerable evolutionary distance. These results suggest that strain DS-0205 is a new strain of the Rhodosporidium diobovatum.     

基于基因模型的机构变异方案设计

针对传统机构变异的复杂性,分析了生物基因遗传和变异的机理与机构变异的相似性,总结出由遗传特征、变异特征和联结特征集等特征组成的构件、运动副基因表达式和由构件特征矩阵、运动副特征矩阵和联结关系矩阵等3个矩阵组成的机构基因表达式,并根据机构基因表达式建立了机构的基因模型.为保留机构遗传特征归纳出机构基因变异的3条变异法则,模仿生物的基因突变根据变异法则规定了6种对机构基因模型的变异运算,即自发变异、极端变异、互换变异、反向变异、重组变异和杂交变异等.利用机构的基因模型对由平面六杆机构、平面四杆机构和棘轮机构等组成的原机构进行基因变异运算获得2种变异机构,对基于基因模型的机构变异方案设计的步骤进行了说明,证明了该设计的可行性.     

外源小鼠核酸促电离辐射损伤的同系小鼠肠腺细胞修复的相关基因克隆

为研究克隆外源核酸促电离辐射损伤的小鼠肠腺细胞修复的相关基因。建立BALB／c小鼠电离辐射后给予外源RNA与生理盐水治疗的6、12、24h,4d和8d的模型,收集空肠组织标本后采用消减杂交基础上的LD－PCR技术,获取与受照射小鼠肠腺损伤修复相关的基因克隆,对其进行全自动测序与GeneBank检索,新基因递交给基因库。获取了90个与肠腺修复相关的基因,杂交证实在核酸治疗组与生理盐水治疗组之间呈差异表达,其中18个是新基因,GeneBank接受号为AF240164－240181。获取了90个可能与外源核酸促肠腺修复相关的基因克隆,其中18个是新的相关基因。     

放射敏感性启动子调控CD基因/5-FC自杀系统慢病毒载体的构建及125I诱导表达的研究

合成了含8个CArG元件的放射敏感性启动子E8,将其连接于胞嘧啶脱氨酶（Cytosine Deaminase, CD）基因及GFP报告基因上游,构建了重组慢病毒载体pGC-FU-E8-codA-GFP。与慢病毒包装系统共转染293T细胞包装重组慢病毒颗粒E8-codA-GFP LV,研究重组慢病毒感染EJ细胞在不同剂量¹²⁵I的电离辐射下绿色荧光表达情况及其将5-FC转化为5-FU的能力。结果显示：构建的含有E8启动子及CD基因的重组慢病毒载体,包装的重组慢病毒滴度为2×10⁸TU/mL;经¹²⁵I照射的重组慢病毒感染EJ细胞均可观察到绿色荧光,其细胞上清液均可检测到5-FC转化成的5-FU紫外峰,其中55.5 kBq及74.0 kBq ¹²⁵I照射的细胞组绿色荧光明显,148 kBq ¹²⁵I照射的细胞组,其5-FU紫外峰最为明显。以上结果表明：本工作所构建的放射敏感性启动子调控CD基因/5-FC自杀系统重组慢病毒载体具有电离辐射调控作用,可在¹²⁵I的电离辐射作用下诱导下游基因表达,为放射性核素¹²⁵I联合CD基因/5-FC自杀系统对肿瘤细胞的治疗作用研究提供了实验基础。     

P53基因、Bcl-XL基因表达对淋巴性肿瘤细胞株辐射敏感性的影响

本文运用PCR－SSCP银染法检测人淋巴细胞恶性肿瘤株8226、U266、Raji、Jurkat、Daudi p53基因状态,RT－PCR半定量检测了Bcx-xL的mRNA的相对表达,DNA片段释放法检测细胞受照后24h的细胞DNA链断裂量,探讨了p53基因功能状态及Bcl-xL基因表达对细胞株8226、U266、Raji、Jurkat、Dsaudi辐射敏感性的影响。结果表明,淋巴细胞恶性肿瘤株8226、U266、Raji、Jurkat、Daudi均存在p53基因突变,高表达Bcl-xL基因的细胞株较低表达细胞株有较强的辐射耐性。     

非特指型外周T细胞淋巴瘤FGR和TP73基因改变的研究

目的 研究非特指型外周T细胞淋巴瘤(PTCL-NOS)中FGR和TP73的基因改变,验证前期基于芯片的比较基因组杂交(a-CGH)研究结果,为PTCL-NOS的发生、发展提供科学依据.方法 间期双色荧光原位杂交(FISH)技术检测34例PTCL-NOS(其中19例经过a-CGH检测)中FGR和TP73的基因改变,所用探针为缺口平移法自制的FGR和TP73特异位点探针以及商品化1号染色体着丝粒探针(CEP1).结果 34例中出现基因改变者7例(20.6%),其中FGR扩增1例,TP73扩增2例;FGR和TP73同时出现基因改变4例(11.8%),其中同时杂合性缺失(LOH)1例,同时扩增3例.CEP1扩增4例(11.8%),与TP73/FGR基因扩增同时存在.Kaplan-Meier生存分析显示基因改变组较基因无改变组以及TP73改变组较TP73无改变组均有预后不良的趋势,但差异无统计学意义(均P>0.05).结论 FISH结果部分验证了前期a-CGH的研究发现;淋巴瘤相关基因FGR和TP73改变以及1号染色体多倍体可能在PTCL-NOS的发生、发展中起着重要的作用.     

基因算法结合类神经网络优化注塑成型参数

以熔融温度、射出时间、保压压力、保压时间、冷却时间等5个制程参数作为控制因子,利用Moldflow仿真软件对导光板模型进行模流分析,应用田口法搭配倒传递类神经网路Super PCNeuom 5.0程序,建立导光板总翘曲值、体积顶出收缩值、缩痕指数质量预测模型,再应用MATLAB基因演算程序来搜寻在控制参数水平范围内局部最佳解参数组合,使塑料产品的质量提升.     

植物抗性基因识别中的随机森林分类方法

为了解决传统基于同源序列比对的抗性基因识别方法中假阳性高、无法发现新的抗性基因的问题,提出了一种利用随机森林分类器和K-Means聚类降采样方法的抗性基因识别算法。针对目前研究工作中挖掘盲目性大的问题,进行两点改进:引入了随机森林分类器和188维组合特征来进行抗性基因识别,这种基于样本统计学习的方法能够有效地捕捉抗性基因内在特性;对于训练过程中存在的严重类别不平衡现象,使用基于聚类的降采样方法得到了更具代表性的训练集,进一步降低了识别误差。实验结果表明,该算法可以有效地进行抗性基因的识别工作,能够对现有实验验证数据进行准确的分类,并在反例集上也获得了较高的精度。     

CPL: Detecting Protein Complexes by Propagating Labels on Protein-Protein Interaction Network

Proteins usually bind together to form complexes, which play an important role in cellular activities. Many graph clustering methods have been proposed to identify protein complexes by finding dense regions in protein-protein interaction networks. We present a novel framework （CPL） that detects protein complexes by propagating labels through interactions in a network, in which labels denote complex identifiers. With proper propagation in CPL, proteins in the same complex will be assigned with the same labels. CPL does not make any strong assumptions about the topological structures of the complexes, as in previous methods. Tile CPL algorithm is tested on several publicly available yeast protein-protein interaction networks and compared with several state-of-the-art methods. The results suggest that CPL performs better than the existing methods. An analysis of the functional homogeneity based on a gene ontology analysis shows that the detected complexes of CPL are highly biologically relevant.