酵母多基因表达载体在纤维素生物转化中应用

构建含酿酒酵母组成型强启动子PGK、G418抗性基因及rDNA片段的整合型载体pScIKP,利用rDNA多个同源重组位点,将外源基因以多拷贝整合到酵母染色体上,无需诱导即可持续表达;利用载体位于表达盒两端同尾酶,可插入多个基因表达盒,实现多基因稳定共表达.为检验共表达情况,反转录从绿色木霉中获得纤维素酶基因eg3和cbh2, 克隆并转化获得重组酵母菌株S.cerevisiae-ec. 该重组酵母能降解羧甲基纤维素形成水解圈;用羧甲基纤维素还原糖法和滤纸酶活力法测定酶活力,其最适温度和最适pH值与所表达单酶相似,表明共表达未影响两种酶的生物学特性;且双酶具有协同作用,能更有效降解非结晶纤维素.pScIKP载体能成功用于多个外源基因共表达和产物协同作用的研究,为构建能直接降解纤维素的酿酒酵母菌株,实现纤维素可再生能源的生物利用奠定了基础.     

基于图形表达的基因序列模糊聚类应用研究

给出了一种新的非退化的基因图形三维表达方法,这一表达方法不仅避免了图形的重叠和交叉,同时还保留了序列的生物学特征.利用这种表达方法对H5N1病毒基因序列进行数字特征的提取,并引入基于多维PFS判别函数进行模糊聚类分析应用.在聚类分析过程中直接利用数字特征作为源数据,分析结果表明,利用该图形表达建立基因序列数字特征矩阵进行的聚类分析具有一定的合理性.     

钩端螺旋体黄疸出血群赖株LipL41基因的克隆表达及鉴定

目的　对钩体黄疸出血群赖株LipL4 1基因进行克隆、表达及鉴定。方法　采用高保真PCR ,从我国钩体黄疸出血群赖株基因组中扩增全长LipL4 1基因片段 ,并构建原核表达系统。结果　所克隆的LipL4 1基因核苷酸和氨基酸序列与已发表LipL4 1基因序列 (GenbankL4 6 794 )同源性分别为 96 2 5 %和 98 87% ;所表达的目的蛋白经Westernblot证实为具有良好免疫反应性的广谱抗原。结论　可作为研制基因工程疫苗的候选抗原     

P-糖蛋白基因疫苗的构建与鉴定

目的　制备P 糖蛋白基因疫苗。方法　利用PCR方法扩增编码人类P 糖蛋白多药耐药基因序列胞外区约 1kb片段 ,与真核表达载体pcDNA3进行定向重组 ,限制性内切酶BamHI和XhoI双酶切反应及测序鉴定该重组基因疫苗 ,磷酸钙共沉淀法转染人类K5 62红白血病细胞 ,经G418筛选后 ,免疫组化分析该重组基因疫苗表达产物的抗原特异性。结果　构建了pcDNA3 MDR1重组基因疫苗。限制性内切酶BamHI和XhoI双酶切分别显示 5 .4kb的载体片段及约 1kb的插入序列 ,测序 948个碱基中除 2个碱基突变外均与原序列排列相符。免疫组化方法证实细胞膜表面MDR1约 1kb片段的表达产物可被抗Pgp抗体识别。结论　构建的pcDNA3 MDR1重组基因疫苗可被市售的Pgp抗体特异性识别 ,具有Pgp抗原特异性     

基于C++的基因配对问题算法仿真与实现

在数据结构中,有一种结构较为特殊,它就是字符串,原因是其处理的数据被限定为字符类型.在实际的研究和学习过程中,需要处理很多数据,而字符串就占了大部分,它比一般的数值型问题的处理要复杂.C++语言相较于C语言来说,具有其自身的特点.通过C++语言实现了一个字符串匹配的基因配对问题,给出了问题的描述、算法的流程,并对算法进行仿真并得出结果.     

基于混合并行遗传算法和阈值限定法的基因调控网络构建

为了解决传统基因调控网络构建算法准确度不高的问题,提出了一种基于混合并行遗传算法和阈值限定法的新型基因调控网络构建算法。该算法分缩小解空间和参数拟合两部分,缩小解空间阶段先用奇异值分解法限定数学上可行的基因调控网络,减少不必要计算,然后用阈值限定法将每个基因的控制基因限定到一定规模,提高计算效率的同时更合乎生物信息学规则。参数拟合部分先用并行遗传算法在整个解空间快速寻优,而后采用爬山法进行小范围细致求解,提高计算精度。实验部分将本文算法应用于人类复杂疾病的皮肤黑色素瘤和2型糖尿病基因调控网络的构建上。本文计算结果与真实网络作对比,验证了本文算法的有效性。同时将本文计算结果与传统遗传算法,粒子群算法进行比较,证明本文算法具有更高的执行效率。     

sisI替换genP在绛红小单孢菌G1008中的功能表达

将依纽小单孢菌3′,4′-双脱羟基基因sisI组合到绛红小单孢菌G1008中,替代其中的同工异源酶基因genP,研究sisI基因异源表达的内在特征.以温敏型质粒pKC1139作为克隆载体,构建sisI替换genP的重组质粒pIP303,利用接合转移技术,将穿梭质粒导入绛红小单孢菌G1008基因组,影印筛选并通过PCR(聚合酶链式反应)鉴定,获得一株基因重组工程菌GIP95.借助TLC(薄层色谱)、HPLC(高效液相色谱)和MS(质谱)检测代谢产物组分及结构变化,结果表明突变株GIP95的代谢流未被阻断,仍能够合成庆大霉素C族组分.由此得出结论,外源基因依纽小单孢菌3′,4′-双脱羟基基因sisI参与了庆大霉素生物合成中绛红糖胺3′,4′-双脱羟基这一关键步骤,在绛红小单孢菌G1008中实现异源表达.     

武汉地区结核分枝杆菌链霉素耐药分离株rpsL基因分子特征研究

探讨武汉地区结核分枝杆菌链霉素（SM）耐药临床分离株rpsL基因分子特征。收集71株临床分离株,采用刃天青法测定临床分离株对SM的最低抑菌浓度（MIC）,同时用直接测序法分析rpsL基因的突变情况;用RD105基因缺失检测法鉴定71株临床分离株中＂北京基因型＂菌株。结果显示20株SM敏感株rpsL基因未发现突变（MICs〈0.25 mg/L）;51株SM耐药株中,35株（68.6%）检测到rpsL基因突变,主要发生在第43位和88位密码子,MIC≤1 mg/L的SM耐药株（低水平耐药株）总突变率低于MIC≥2mg/L（高水平耐药株）;北京基因型与耐药株的相关性不大。研究表明SM耐药菌株rpsL基因突变类型存在地域差异;rpsL突变与SM高水平耐药的相关性在本研究中关联度不大;＂北京基因型＂菌株在武汉地区呈流行趋势。     

一种微阵列数据降维新方法

提出一种二阶段并行基因选择方法(TPM),可以获得最优特征子集。针对以往算法易于陷入局部极值的不足,提出了一种模糊多种群粒子群(FMP),可以有效地扩展搜索空间。通过在leukemia、colon、breast cancer、lung carcinoma、brain cancer五个数据集上的测试,验证了本文方法不仅可以获得更优特征子集和更高的分类精度,而且可以选择尺寸更小的特征子集。本文的研究成果可为基因表达领域提供一种新的思路。     

结核分枝杆菌链霉素耐药临床分离株 rrs基因突变与其耐药水平相关性研究

研究武汉地区耐链霉素（ SM）结核分枝杆菌的耐药分子机制,进一步研究阐明rrs基因突变与结核分枝杆菌耐链霉素的关系;同时探究武汉地区结核分枝杆菌“北京基因型”菌株的流行趋势,为进一步研究武汉地区耐链霉素菌株rrs基因突变与“北京基因型”的相关性奠定基础。84株结核分枝杆菌中,44株对链霉素耐药,20株耐其它药物,20株对链霉素敏感,采用PCR直接测序法分析链霉素菌株rrs基因突变情况;采用RD105缺失法鉴定84株临床分离菌株中“北京基因型”菌株。结果显示44株SM耐药菌株中,16（36．4％）株检测到rrs基因突变,其中9株1401位点A→G,6株514位点A→C突变,1株1487位点G→A突变;20株耐其它药菌株中1401位点A→G和514位点A→C突变各1株,20株敏感菌株中发现1株1029位点C→T点突变;84株临床分离菌株中有77（91．8％）株“北京基因型”菌株,7株非“北京基因型”菌株。研究表明链霉素耐药菌株rrs基因主要突变位点在514和1401位点,武汉地区“北京基因型”菌株为当地流行的结核分枝杆菌,且SM耐药菌株中突变菌株93．8％（15/16）为“北京基因型”,“北京基因型”菌株研究及其鉴定是有其科学价值的,值得我们重视。