基于权值的局部保持半监督降维算法*

针对现有的半监督降维算法没有考虑存在于数据集中的大量未标记信息,不能得到最好的降维效果的问题。本文提出了一种改进的基于权值的局部保持半监督降维算法。该算法在保持正、负约束信息的同时,还利用距离权值来保持数据集所在的局部结构,从而提高降维效果。在UCI数据集上的实验表明,该算法能够提高降维的效果,尤其是在数据分布特性不满足流形结构时,仍能得到较好的聚类结果。     

一种衡量基因语义相似度的新方法*

利用GO (Gene Ontoloty) 来衡量基因之间的相似度是近年来研究的热点。传统的方法在准确性上有一定的弊端,本文提出了一种新的方法来衡量基因之间的语义相似度。该方法的主要原则是同时依赖于GO拓扑结构图中基因注释项之间的路径长度和基因注释项的公共祖先节点在GO拓扑结构图中的深度。本文用人工数据和取自酵母基因数据库的基因数据进行了实验,结果表明本文的方法比传统方法更有效。     

基于支持向量机的中国地鼠分类特征基因选取

针对中国地鼠基因表达谱数据维数高和样本小的特点,提出一种基于支持向量机(SVM)的分类特征基因选取方法。该方法利用改进的Fisher判别(FDR)基因特征计分准则剔除分类无关基因,提出由空间距离和功能距离组成的新距离作为相似性度量的标准进行冗余基因的剔除,采用SVM作为分类器检验特征基因的分类性能。实验结果表明,该方法有效地剔除了分类无关基因和冗余基因,选取的特征基因满足对中国地鼠正确分类的最小基因数。     

基于YKW图形表达的人类基因短编码序列识别

针对人类短编码序列的识别问题,根据碱基在密码子三个位置的偏性和碱基自身物理化学性质的分类,提出一种新的图形表示方法--YKW图形,然后在此图形上,提取了9个有效的面积矩阵特征,识别过程中,为了提高识别率利用递增特征选择算法添加4个统计特征,并采用主元分析(PCA)方法对这13个特征降维,最后使用支持向量机(SVM)对人类的短编码序列进行编码区/非编码区识别。实验结果表明,与其他方法相比,该方法使用较少的特征(7个或4个)取得了更好的识别结果。     

结肠癌基因表达谱的分类检测问题研究

随着大规模基因表达谱技术的发展,基于基因表达谱的癌症诊断方法正在成为临床医学上一种快速有效的诊断方法,但是由于基因表达数据维数过高、样本量小、噪声大,使得正确提取有关癌症的特征基因成为关键。以结肠癌肿瘤的基因表达谱数据为例,提出了结合Fisher权函数、离散傅里叶变换和主成分分析的混合特征基因提取方法,以多元Logistic回归分析和贝叶斯决策作为分类器进行肿瘤分类检测。实验结果表明,该方法对于结肠癌数据集CV识别准确率高达96.80%。     

采用新的DNA进化算法自动设计Takagi-Sugeno模糊控制器

提出一种新颖的基于DNA的进化算法(DNA-EA)来自动设计一类Trakagi-Sugeno (TS)模糊控制器.TS模糊控制器采用带有线性规则后项的TS模糊规则,连续输 入模糊集,Zadeh模糊逻辑和常用的重心反模糊器.TS模糊控制器被证明是带有可变增 益的非线性PI控制器.DNA-EA被用于自动获取TS模糊规则,并同时优化模糊规则前 项和后项中的设计参数.DNA-EA采用由生物DNA结构启发得到的DNA编码方法来编 码模糊控制器的设计参数.在DNA-EA中,引入了受微生物进化现象启发的基因转移和细 菌变异操作.另外,也引入了基于DNA遗传操作的框构变异操作.DNA编码方法非常适 合于复杂知识的表达,基于基因水平的遗传操作也很容易引入到DNA-EA中.染色体的长 度是可变的,且可插入或删除部分碱基序列.作为示例,给出了采用DNA-EA来自动设计 TS模糊控制器用于控制一类非线性系统的方法.DNA-EA能自动地构造模糊控制器.计 算机仿真结果表明,DNA-EA是有效的,且优化得到的模糊控制器是满意的.     

杂交型DNA电化学生物传感器研究进展

杂交型DNA电化学生物传感器是一类利用核酸互补配对杂交原理检测和分析特定DNA序列的电化学生物传感器。由于其具有快速简便、选择性好、灵敏度高等优点,在临床医学、遗传工程、环境检测、食品安全监测和生物科学等领域有着重要的应用价值。简述了杂交型DNA电化学生物传感器的一般原理,对共价键结合法、自组装法、生物素-亲和索法、电聚合法以及吸附法等单链DNA的固定方法和DNA杂交信号的直接和间接电化学转换机制的近期研究进展进行了深入探讨,并对其在医疗检测和转基因植物检测等基因检测方面的最新应用和发展趋势进行了论述。     

热轧生产过程加热炉优化调度模型及算法

钢铁生产中的加热炉调度问题是一类复杂的组合优化问题。本文进一步考虑不同轧制位对应的候选板坯集存在交集的生产实际,建立了以板坯住炉时间最小为优化目标的数学模型,提出了三阶段的启发式算法,确定各轧制位板坯的入炉和出炉时间。仿真实验表明,给出的模型和求解算法对加热炉调度问题的优化效果很好。     

siRNA分子设计研究进展

为了设计高效的siRNA（Short-interfering Ribonucleic Acid）分子、最大限度地减少siRNA分子的脱靶效应（off-target effects）,siRNA分子设计已经成为热门研究领域。siRNA分子设计主要是基于序列和能量特征,以及靶标的二级结构特征,基于这些特征设计的siRNA分子已经有了较高的抑制基因表达的效率。RNAi（RNA in-terference）在基因发现以及疾病治疗领域已有非常广泛的应用,就siRNA分子设计近年的研究进展作一综述,为今后siRNA研究提供参考。