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蛋白质结构-功能关系研究是结构生物学领域的热点问题之一,具有重要的理论和实际应用价值.弹性网络模型(elastic network model,ENM)是获取蛋白质结构本身固有动力学性质,进而揭示其生物学功能的有效方法,在蛋白质结构-功能关系研究中得到了广泛应用.简要介绍了ENM的基本原理及其在蛋白质结构-功能关系中的应用,主要包括蛋白质功能性运动分析和关键位点识别等. 相似文献
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蛋白质折叠是结构生物学领域有待解决的重要科学问题,计算机模拟方法是研究蛋白质折叠的主要手段之一.对蛋白质折叠的计算机模拟研究进展进行了简要介绍,主要内容包括:全原子分子动力学模拟、Gō模型以及弹性网络模型的主要思路及其在蛋白质折叠研究中的应用. 相似文献
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为了解决如何筛选出更加有效的抗病毒类化合物的问题,研究了离解速率(k_(off))与抗病毒类药物结构的关系,理论依据是k_(off)常用于评价药物在人体开放性系统中的活性.首先,应用分子描述符软件计算出每个抗病毒类化合物的分子描述符,并使用多元逐步回归分析法、偏最小二乘法和遗传算法3种方法对描述符进行筛选.然后,分别采用支持向量机和BP神经网络方法建立抗病毒类化合物的k_(off)的预测模型,并用测试集对模型进行了验证.结果表明:筛选出了具有良好预测能力的描述符,建立的2个预测模型经验证均合理,对未来抗病毒类药物的研制具有指导意义. 相似文献
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分子对接方法在药物发现之外领域的应用 总被引:1,自引:0,他引:1
分子对接是一个预测蛋白质与配体的结合模式和结合自由能的强有力的计算工具.该方法起源并主要应用于药物设计与研发领域,而其设计思想却可以服务于很多其他领域的研究.详细叙述了分子对接的基本原理和方法,并进一步介绍了应用广泛的基于分子对接的虚拟筛选技术.然后,结合已发表的文献,具体介绍了分子对接方法在蛋白质工程、生物修复、生物传感器及纳米科学等领域的应用.这将有助于分子对接方法及相关技术更好地服务于非药物发现领域的研究工作. 相似文献
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分子对接是目前研究蛋白质-RNA相互作用与识别的有效方法之一.其中,打分函数的合理设计与分子结合位点的准确识别对成功预测蛋白质-RNA复合物结构至关重要.结合小组的工作,对用分子对接方法预测蛋白质-RNA复合物结构中所涉及2个关键性问题(即分子对接打分函数的设计和RNA结合位点的预测)及研究进展进行了回顾,并对几种常用的方法进行了比较.最后分析了这两方面研究目前所存在的主要问题,并对未来的发展方向进行了展望. 相似文献
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为了解决如何筛选出更加有效的抗病毒类化合物的问题,研究了离解速率(
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基于分子对接的反向虚拟筛选方法在药物靶点确定、老药新用以及药物副作用/毒理研究领域具有重要的应用前景,吸引了药物发现领域研究人员的广泛关注.首先对分子对接方法和蛋白质数据库进行细致的介绍,然后列举目前可以用于反向虚拟筛选的网络服务器,并列举该方法在药物设计领域的一些具体应用,最后对该方法目前所存在的问题进行讨论.
相似文献9.
为了解决临床生化检测中隐蔽的交叉携带污染,提出了一种合理普适的交叉携带污染评估和解决方案.该方案采用雅培c16000全自动生化分析仪,设计合理普适的交叉携带污染测定试验及特殊的污染清洗程序,对体外诊断市场中占有率较高的中生试剂的交叉携带污染情况进行评价,通过对31个临床常规检测试剂盒的930个组合进行交叉携带污染试验,对隐蔽性的交叉携带污染提出判定标准,并对具有交叉携带污染的组合用提出的特殊的清洗程序进行清洗.结果表明,传统标准仅识别出10个具有交叉携带污染的组合,而提出的新标准比传统标准额外识别出了5个交叉携带污染组合.对以上15组具有交叉携带污染的组合用提出的特殊的清洗程序进行清洗,其污染率绝对值全部显著降低,且交叉携带污染情况全部得到消除. 相似文献
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气体钻井中井眼温度变化及其对注气量的影响 总被引:5,自引:0,他引:5
目前关于气体钻井时所需注气量的计算方法均是将环空流体的温度取同一深度的自然地层温度来进行计算,没有考虑井眼内流体与地层进行换热的影响,这必然会带来误差。而且随着井深的增加,这种误差还会相应增大。为此,根据能量守恒原理,建立了考虑井筒流体与地层换热对井筒流体温度影响在内的数学模型,并进行了求解。然后利用求解获得的环空流体温度计算了所需注气量,并将其与按照地层未受干扰温度所得的注气量进行了对比。结果表明,按照自然地层温度所得的注气量偏小,并随着井深的加大该差值会逐渐增大。因此,在进行深井气体钻井作业时需要考虑地层与井眼流体换热的影响来计算井眼流体温度,进而确定出合理的注气量。 相似文献