基于弹性网络模型的蛋白质结构-功能关系

蛋白质结构-功能关系研究是结构生物学领域的热点问题之一,具有重要的理论和实际应用价值.弹性网络模型(elastic network model,ENM)是获取蛋白质结构本身固有动力学性质,进而揭示其生物学功能的有效方法,在蛋白质结构-功能关系研究中得到了广泛应用.简要介绍了ENM的基本原理及其在蛋白质结构-功能关系中的应用,主要包括蛋白质功能性运动分析和关键位点识别等.     

蛋白质折叠的计算机模拟研究进展

蛋白质折叠是结构生物学领域有待解决的重要科学问题,计算机模拟方法是研究蛋白质折叠的主要手段之一.对蛋白质折叠的计算机模拟研究进展进行了简要介绍,主要内容包括:全原子分子动力学模拟、Gō模型以及弹性网络模型的主要思路及其在蛋白质折叠研究中的应用.     

基于残基涨落的加权氨基酸网络的构建及应用

提出了一种以残基间距离涨落为权重的氨基酸网络的加权方式.对180个蛋白质的加权与非加权氨基酸网络的拓扑特征量进行了分析.统计结果表明,氨基酸网络具有明显的小世界特征,加权网的平均集聚系数比非加权网的小.节点度分布具有幂律形式,显示了网络的层次模块性,进一步发现疏水残基对这一性质起了主要作用.另外,加权网的介数对折叠核的区分能力强于非加权网,表明加权网较非加权网包含了更多的蛋白质结构信息.     

ZL20型装载机

宜春工程机械厂和一机部天津工程机械研究所共同研制的ZL20型装载机(见本刊封面),已经国家鉴定,批量生产。现介绍如下。一、用途该机是一机部轮式装载机系列产品之一。     

用支持向量机预测HIV-1整合酶抑制剂活性

HIV整合酶可催化病毒复制周期中的整合过程,即将HIV反转录产物cDNA整合入宿主基因组,它是病毒复制过程中不可缺少的酶,也是抗HIV药物设计的重要靶点.构建嘧啶酮类(pyrimidones)HIV-1整合酶抑制剂定量构效关系模型,有助于进一步了解影响抑制剂活性的结构因素.本文应用CoMFA软件计算了68个化合物的拓扑、分子极化、亲水性等结构参数,用所选的结构参数作为支持向量机(support vector machine,SVM)的输入,建立起非线性的支持向量机回归模型.研究表明:支持向量机算法与分子结构参数的有机集成,可为HIV整合酶抑制剂的结构与活性数据建立起预测模型,为抗HIV药物设计提供生物学信息.     

虚拟原子受体表面模型法研究进展

有机物的定量结构-活性关系(QSAR)技术,在药物设计中起到了越来越重要的作用.本文总结了QSAR的基本原理与方法,以及虚拟原子受体表面模型法(quasar)的主要理论以及该法建立模型的步骤,及其在药物设计中的应用.本文对于促进面向药物设计QSAR技术的研究和发展,具有一定的指导意义.     

非格子模型的蛋白质设计方法

为了克服双重蒙特卡罗方法用于较大分子体系及非格子模型的困难,提出了一个基于相对熵的蛋白质设计的简单方法.利用非格子模型,以16个处于天然稳定态的真实蛋白质为目标结构进行测试,成功率可达75.9％.与其他利用Monte Carlo方法搜索序列空间的方法相比,该方法更为快速有效,在很大程度上节省了对序列空间的搜索.     

HIV-1辅助受体的研究进展

综述了HIV辅助受体研究的新进展,特别是有关细胞嗜性、CXCR4在介导病毒进入细胞中的作用、gp120与CXCR4的作用区域、CCR5的结构及其在介导病毒进入细胞中的作用、gp120与CCR5的作用区域。人免疫缺陷病毒1型(HIV-1)感染细胞时,病毒先附着在细胞表面的CD4分子上,除CD4外,还需要辅助受体的帮助病毒才能进入细胞,其中两种主要的辅助受体是CXCR4和CCR5。通过对HIV辅助受体的研究可为研制抗艾滋病新药提供更多的理论依据。     

阻断HIV-1进入细胞的抑制剂研究

为了解决HlV-1病毒耐药的难题,研究阻断病毒进入细胞的抑制剂是一个重要途径,通过对近年来国 内外学者在阻断HIV-1病毒进入宿主细胞的抑制剂方面所发表的文献进行分析,概述了阻断HIV-1病毒进入宿主细胞的抑制剂的研究进展．阻断病毒进入细胞的抑制剂具有强大的抗逆转录病毒作用,它的优势在于可以对抗目前所有的HIV-1耐药毒株,它分为阻断病毒与细胞吸附的抑制剂、阻断病毒进入的抑制剂及阻断病毒与细胞融合的抑制剂．提出了研究抑制剂时可考虑的几个不同靶点．     

HIV-1 gp41蛋白与其抑制剂NB-2的结合模式

为了设计以HIV-1跨膜蛋白gp41为靶点的抑制剂,采用分子对接、分子动力学模拟及自由能计算方法研究了gp41与其抑制剂NB-2的结合模式,利用从头药物设计方法,通过改造NB-2的结构,设计了有效的gp41选择性抑制剂,并用分子对接方法评价了这些新化合物的结合模式和能力.从分子对接结果得到2种主要的NB-2与gp41的结合模式.分子动力学模拟和自由能计算结果表明,结合模式1优于模式2,所以模式1是比较合理的结合模式.从结合模式1出发设计了103个新的化合物,这些化合物具有已知gp41抑制剂所没有的结构特征且大部分化合物比NB-2与gp41的结合自由能低.得到的结合模式合理解释了NB-2与gp41的相互作用.