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1.
代谢网络的拓扑结构分析和可视化是系统生物学研究的热点。如何自动合理地由数量众多的代谢方程构建代谢网络是研究者首先面临的问题。基于二部图模型,采用节点唯一化和忽略高度节点策略,提出一种由代谢方程直接构建代谢网络的方法,并给出MATLAB实现步骤,最后使用生物网络模拟软件可视化生成的代谢网络,结果表明这种方法能用来构建复杂代谢网络,并具有较好展现网络模块和拓扑结构的特点,适用于由大量代谢反应方程自动构建复杂代谢网络的一般应用需求。该方法的MATLAB源码和说明文档可以通过http://bioinf.jiangnan.edu.cn/在线获得。 相似文献
2.
F／10和G／11木聚糖酶家族的不同热稳定性机制 总被引：2，自引：0，他引：2
应用生物信息学方法分析了木聚糖酶初级序列中20种氨基酸同其最适温度之间的关系，发现在F／10家族中有正相关作用的氨基酸是w，负相关作用的是A，D，H，S；理论上最高最适温度是119．8℃．在G／ll家族中有正相关作用的氨基酸是L，D，P，Y，负相关作用的是H；理论上最高最适温度为105．6℃．惊奇地发现在不同家族中D起不同的作用，这只能从它们各自不同的蛋白质空间结构上进行解释．从初级序列基础上证明了木聚糖酶的不同蛋白质家族有不同的热稳定性机制． 相似文献
3.
脯氨酸肽键数据集的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
由分辨率<0.25nm,同一性(identity)<30％的2401条肽链中计算提取了全部顺式与反式脯氨酸肽键的位置,数目分别为1221个与26401个,从而建立了一个较大规模的脯氨酸肽键数据集。统计分析了该数据集的基本特征:肽键N端残基的分布、N端残基的二面角统计、在二级结构中的分布情况、顺式肽键在脯氨酸肽键中所占比例。此数据集对于进一步研究顺反X-Pro肽键的结构、与氨基酸序列之间的关系,以及肽链折叠动力学具有重要作用。 相似文献
4.
细菌基因组中基因密度高、结构相对简单,基因预测可以达到较高的准确度。细菌基因预测的一个重要问题是难以准确判断基因起始位点,目前应用最广的基因组自动注释方法给出的结果中,占总数约1/5的基因的起始位点有分歧,尚无利用基因结构的统计特征改进起始位点预测的有效方法。通过蛋白质同源性搜索,为推断起始位点提供新的线索。对氧化葡萄糖酸杆菌Gluconobacter oxydans 621H全基因组的分析表明,这种方法可以实质性改善起始位点预测结果。 相似文献
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针对生产中大多数α 淀粉酶不能适应高酸性和高温条件,需要改进才能适应工业生产的实际,研究了α 淀粉酶的最适pH与各种氨基酸含量的关系,构建了α 淀粉酶序列库和pH序列库.通过对α 淀粉酶pH序列库统计分析,发现α 淀粉酶的最适pH与某些氨基酸含量有一定的关系,当丙氨酸(A)质量分数大于5.8%并谷氨酸(E)质量分数大于5.0%,苏氨酸(T)质量分数大于6.5%并酪氨酸(Y)质量分数在4.3%～6.3%时,α 淀粉酶的耐酸性能力较好. 相似文献
6.
氨基酸序列决定蛋白质高级结构是普遍接受的假设,也是蛋白质结构预测的理论基础.但近来不断有研究表明,同义密码子用语和蛋白质二级结构间存在着某些关联,这些结果可能对蛋白质折叠理论和基因工程有积极意义.本文对这一课题研究的最新进展情况进行了简要的分析与评述. 相似文献
7.
对大肠杆菌基因组的全部编码区序列进行了统计分析,发现同义密码子用语与氨基酸序列上下文关系密切,尤其是紧邻氨基酸的影响最为显著.讨论了该结果的结构生物学意义及其在基因工程领域可能的应用. 相似文献
8.
核酸序列是否包含更多蛋白质结构信息 总被引：2，自引：0，他引：2
氨基酸序列决定蛋白质高级结构是普遍接受的假设，也是蛋白质结构预测的理论基础。但近来不断有研究表明，同义密码子用语和蛋白质二级结构间存在着某些关联，这些结果可能对蛋白质折叠理论和基因工程有积极意义，本文结这一课题研究的最新进展情况进行了简要的分析与评述。 相似文献
9.
蛋白质的远同源性探测是结构基因组学和功能基因组学的主要研究任务之一。一些具有一定相似结构和功能、但序列相似性却较低的蛋白质组成蛋白质超家族,则远同源性探测问题等价于对蛋白质超家族的识别问题。作者提出了一种基于模块性的聚类算法ModuleFind,该方法通过最大化蛋白质网络的模块性来寻找具有较强集团结构的划分。在蛋白质结构分类数据库(SCOP)超家族层次上进行的实验表明,该方法得到的聚类结果更接近分类基准,且具有较高的F-测度值。 相似文献
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