冬夏两季水牛乳中细菌多样性的比较分析

利用16S rDNA高通量测序研究冬夏两季水牛乳中的细菌多样性.提取当天采集的生水牛乳样本的细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,采用Miseq PE300平台进行高通量测序以及BLAST比对.结果冬季组样本共得到19个细菌门,92个目,456个属和733个种.而夏季组样本共得到14个门,63个目,274个和42...     

基于高通量测序分析不同品种水牛生乳中细菌多样性

目的 利用16S rRNA高通量测序研究广西水牛研究所种畜厂内摩拉、尼里-拉菲及三品杂3品种水牛生鲜乳中的细菌多样。方法 提取当天采集的生水牛乳样本细菌总DNA,PCR扩增细菌的16S rDNA,纯化PCR扩增目的片断,将PCR产物与pMD18-T载体连接,构建其菌群的16S rDNA文库。用Miseq对其16S rRNA基因的V3-V4可变区进行测序以及BLAST比对。结果 3品种27个样本共获得1223个OUTs, M、N、S独有的OTU分别为295、41和42,共有OTU为511。物种组成与丰度差异显示：3品种优势菌门为：变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)。优势菌属为：金黄杆菌属(Chryseobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、乳球菌属(Lactococcus)、假单胞菌属(Pseusomonas)。样本层级聚类显示：3品种样本间菌落组成相似度较高。PCA与PLS-DA分析表明：3品种样本组内菌群多样性差异不显著,但组间菌群丰度差异明显。结论 摩拉、尼里-拉菲及三品杂水牛生鲜乳中细菌菌群均呈现较丰富的多样性,其共有的优势菌群为金黄杆菌(Chryseobacterium)、不动杆菌(Acinetobacter)、乳球菌(Lactococcus)、假单胞菌(Pseusomonas)。各品种间菌群组成种类整体相似,但其主要菌落丰富度差异明显。     

基于16S rDNA高通量测序分析水牛初乳与常乳中细菌多样性

目的:利用16S rDNA高通量测序研究广西水牛研究所种畜厂三品杂水牛初乳与常乳的细菌多样性。方法:提取当天采集的生水牛乳样本的细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,利用纯化后的扩增片段构建其菌群的16S rDNA文库,采用Miseq PE300平台进行高通量测序以及BLAST比对。结果:初乳组样本共得到19个门,292个属和437个种。而常乳两组样本共得到7个门,203个细菌属和330个细菌种,初乳组的细菌多样性高于常乳组。初乳组中的优势菌属为金黄杆菌属（Chryseobacterium）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单胞菌属（Pseusomonas）,而常乳组中的优势菌则为金黄杆菌属（Chryseobacterium）、乳球菌属（Lactococcus）、肠球菌属（Enterococcus）。样本层级聚类显示:初乳组与常乳组组间群落差异不显著。PCA与PLS-DA分析表明:两组样本组间菌群结构差异显著。结论:三品杂水牛初乳与常乳均呈现较丰富的多样性,常乳组中细菌多样性显著高于初乳组。